小中大一般来说 进化树都是用NJ模型
做出来的差别大不大不跟模型相关，跟你在GenBank筛选用来做进化树的基因序列的亲缘性远近有关。
这个东西一句两句说不清楚，给你举个例子吧：
A跟B是亲戚，直系；
A跟C是旁亲，A跟D是路人，A是黄种人，E是白人，F是黑人。
好了，选取这几个标本用来做进化树，做出来梯度是非常分明的，一般没什么问题，可信度也不错。
如果你选择的是A跟M是直系，A跟N是直系，A跟O是直系，A跟P是直系。
这几个做，做出来非常难看。生物信息学的东西，你去看看，有用。
加我好友吧，我分享给你一个生物信息学进化树制作专题。
这个是我的老师做的课件PPT，你不要外传。
