生物质谱

开卷考坑爹的题目：
1、2-DE与质谱联用和液质联用路线是蛋白质组学分析的两大主要方法，分别是在蛋白质水平和多肽水平上进行蛋白质组学分析，2-DE与质谱联用路线能否在多肽水平进行分析，液质联用路线能否在蛋白水平进行分析，如果不行，请说明理由，如果可行，请说明技术路线。
2、翻译后修饰（包括糖基化、磷酸化、泛素化等）的蛋白质组学研究中共性核心技术是什么？请简洁设计一个利用该核心技术进行翻译后修饰（糖基化、磷酸化、SUMO化中任意一种）蛋白质组学研究的实验方案。
3、Please describe how to prepare samples (cultured cells or animal or plant tissues extracts) and do protein complex via immunoprecipitation and confirm it with immunoblotting (IP-IB approach).
各位大神帮帮忙啊，金币不是问题

本人刚好做的蛋白质组学方面的实验。关于楼主的第一和第三个问题，本人不是很确定，为了避免误导就不回答了。但是对于第二个问题，蛋白修饰的问题，想来应该可以略答一二。若有不准确的地方还请谅解。至于金币，无所谓了，旨在助人，意非金币。
修饰的共性核心技术在于：对于修饰蛋白的分离和富集。因为不论是磷酸化还是糖基化或者泛素化，这些蛋白在总的蛋白质的表达量中所占的比例是很低的，通常情况下不容易被检测到，如果要对这些蛋白的进行定量或者定性的研究，首先是要对目标蛋白进行富集。也就是单独的将这些修饰蛋白分离和集中起来，而对没有发生修饰化的蛋白弃之。实验设计方案（基于iTRAQ技术的磷酸化蛋白质组学得实验实验设计方案）：
样品的制备和完整性检测----FASP酶解-----iTRAQ标记-----TiO2磷酸化富集------毛细管高效液相色谱-----ESI 质谱鉴定-----ESI质谱数据分析   (此为实验流程或者步骤，若用文字详细描述如下：)
1、样品制备及样品质控。
2、样品酶解及对样品进行iTRAQ试剂标记，
3、进行TiO2富集并进行质谱分析，以检测样品iTRAQ标记TiO2富集磷酸化情况，
4、每个组分分别进行高精度质谱,
5、进行磷酸化定性定量分析，出具正式实验报告。
所知有限，希望能对楼主有所帮助。也希望你能有个好成绩噢！
:hand:

不客气了。声明一下，本人乃是MM。另外我很好奇，楼主是哪个学校或者研究所的，考试出这样的题目？想来，这个老师应该是科研比较厉害的一位了。

sweat:，协和医大的期末考，本人是搞心血管的，开学选课随便选了蛋白质组学这课，研究方向和这根本不搭边，属于被误伤的，题目是协和基础所蛋白质组学实验室老师出的。其实还有最后一题我没好意思帖出来：实验设计，根据蛋白质组学研究方法，结合本实验室的研究方向，设计一个相关蛋白质组学实验。（包括研究目的意义、国内外研究现状及参考文献、研究方法及技术流程、主要难点及创新点、预期结果）。研究目的意义、国内外研究现状及参考文献、主要难点及创新点、预期结果我都可以自己搞定，但研究方法及技术流程真的不行，MM能否帮个忙。比如：我要检测某种心脏病患者血中一种多肽（BNP）的浓度，我推测BNP浓度和疾病严重程度相关，经过治疗后BNP浓度可能下降，研究方法和技术流程怎么搞？ 肯定是先抽血，然后呢？

非常抱歉，楼上的兄弟，我今天才看到你的帖子。然后还要说声抱歉，因为我做的是植物方面的实验，所以对医学是不懂的。你上面提到的问题我可能也没有办法帮你。其次，我想说的是，你既然研究背景、创新点等都可以搞定，那么你应该是心里有数要采用哪种方法了。然后针对这种蛋白质组学方法来搜相关的中文文章就能找到相应的答案。
我按照经验说点吧。首先抽血，然后提取血液当中的总蛋白，然后根据某方法中的需求进行总蛋白质的酶解，再然后对所得肽段进行色谱过柱，再质谱鉴定，最后拿到所有总蛋白的表达量的变化。这个变化应该包括你所提到的BNP的表达量的变化。然后就是分析和得出结论了。
通常的蛋白质组学的方法都是这么如此吧，当然针对不同的方法有不同变化。还要说明的是，蛋白质组学中某蛋白或者总蛋白的浓度和量的变化是两个概念，希望你不要混淆。我仔细看了下你的题目，应当是说BNP的表达量下降的意思才对。
以上所言并不肯定是正确的，仅供参考。你只能自力更生或者求助其他人了。祝好运！