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标题:[求助]请教如何使用blast ？

兔纸[使用道具]
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发表于 2011-10-21 13:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

[求助]请教如何使用blast ？

[求助]请教如何使用blast ？


请问如何使用pubmed上的blast
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发表于 2011-10-21 13:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
进入ncbi主页进入blast页面：


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2011-10-21 13:43
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发表于 2011-10-21 13:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
接着点击“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ”选项，进入核酸blast界面:


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发表于 2011-10-21 13:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
在“search”框内粘帖你要比对的序列，然后按“BLAST!“ 键，进入 Formating BLAST 页面：


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2011-10-21 13:45
75707828_snap.jpg (36.13 KB)
 
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发表于 2011-10-21 13:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
点击” Format “ 按键，进入” reaults of BLAST " 页面，这是Blast的等待画面，过几秒终就会出现检索结果的页面。


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2011-10-21 13:46
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发表于 2011-10-21 13:46 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这就是比对结果页面，因为很长，所以只帖出了上面一小部分，会了么？

另外，这是对人的核酸序列进行比对，对蛋白或这动物的序列进行比对，在我发的第一个图片的页面里面选择不同的比对程序就可以了！


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73093998_snap.jpg (44.54 KB)
 
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=菓子=[使用道具]
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发表于 2011-10-21 13:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
也问个（5个）问题。

Discontiguous megablast
Megablast
Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)
Search for short, nearly exact matches
Search trace archives with megablast or discontiguous megablast  
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荒漠孤驴[使用道具]
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发表于 2011-10-21 13:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
MEGABLAST ：主要用来鉴定一段核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。

Discontiguous MEGABLAST 和 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ：两者都是侧重于用来比对序列同源性的，但是所用算法不同，所以Discontiguous MEGABLAST 的灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。

Search for short nearly exact matches：主要用于引物片断和较短核酸序列的比对，设计引物的时候，常常会用到这个比对程序。

Search trace archives with megablast or discontiguous megablast：用来查找别与比对序列相关的原始未加工序列信息，其数据库主要由全基因组鸟枪打靶，BAC 末端序列和 EST 序列构成。

以上是俺对这几个比对程序的粗浅了解，可能有很多不对和不足的地方，请各位战友指正！
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荒漠孤驴[使用道具]
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发表于 2011-10-21 13:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
MEGABLAST ：主要用来鉴定一段核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。

Discontiguous MEGABLAST 和 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ：两者都是侧重于用来比对序列同源性的，但是所用算法不同，所以Discontiguous MEGABLAST 的灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。

Search for short nearly exact matches：主要用于引物片断和较短核酸序列的比对，设计引物的时候，常常会用到这个比对程序。

Search trace archives with megablast or discontiguous megablast：用来查找别与比对序列相关的原始未加工序列信息，其数据库主要由全基因组鸟枪打靶，BAC 末端序列和 EST 序列构成。

以上是俺对这几个比对程序的粗浅了解，可能有很多不对和不足的地方，请各位战友指正！
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桔囿[使用道具]
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发表于 2011-10-21 13:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想问问在结果里表里线条的不同颜色是不是代表不同的分？
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