生物质谱

刚接触生物大分子质谱。小肽链分子量4117.mass主峰出在4116.5.那分子量4132和4164是怎么回事？还有小16和小40的又是什么情况。还有另外，每个峰后面括号内的数字是什么？如（R12270，S1382).

此处你放一张图会比较好分析啊

有同位素影响，分子量和分子的精确质量数不是一个概念，特别是分子量大的物质；质谱解析更多用的的是精确质量数。
峰上标注的（R12270，S1382)意思是分辨率（R）12270，信噪比（S）1382。
质谱解析最好和有相关经验的老师交流一下。

生物大分子如蛋白或多肽经PEG修饰并纯化后（HPLC纯度比如说在97-99%之间），也就是说杂质比例可能在2%左右（与目标分子量有明显差异）。如果进行MALDI-Tof进行分子量鉴定，请问杂质分子量信号能明显检测到吗？会不会因为比例较小，在同一张图里显示不明显呢？
另外有什么办法可以加强杂质的信号响应呢？

这个没有确定性，质谱检测主要是分子的离子化，响应信号也要根据离子化程度来看，所以含量少不一定离子化程度不好，不一定显示不出。

一般什么样的物质或者说结构相对容易被离子化内，我的杂质应该和主产物的组成成分是较类似的，在这种情况下，它占的比例很少，会不会在同一张图里由于信号强度很小，显示不出来。（如我目标分子约20k，杂质30k或40k），在20k位置有强峰，而40k的看不出来？

不一定，主要看扫描范围，而且不一样的基质，对物质的离子化影响不同，得全面考虑

如果顺着你的问题回答：如果你的杂质也是蛋白肯定可以看到。因为你问的其实是这样一个问题：质谱的动态范围是多大？就是说在最强峰恰好饱和的情况下能看的最弱峰的读数是多少？一般质谱的线性范围都在10的3次方到4次方之间所以2%的杂质肯定能够被质谱检测到。
但是，从你问的问题来看我觉得你对质谱，尤其对maldi-TOF质谱分析蛋白质的流程并不了解。首先maldi-TOF质谱是一个定性工具，它的作用主要是打出肽指纹图谱用于定性蛋白质，如果用它来定量那是非常不准确的，原因不好解释，如果你做过液相色谱实验应该能明白。
其次，我们院的maldi-TOF质谱工作这几年从来没见过有人直接拿一个蛋白直接上质谱做实验的，一般都要先将蛋白水解成肽段然后再进行分析，杂质蛋白被水解之后肽段是什么分子量会不会跟你的目标蛋白重叠……这个问题就很复杂了，不在讨论范围内。
如果想测杂质直接用葡聚糖凝胶柱接个紫外检测器看一下280的吸收波长不就可以了吗？

您好，非常感谢你的详细解答。 我之前把我的样品冻干后送到外面的公司做的MALDI-TOF，基本原理是懂的，具体流程没见过。这个用来定性我是能理解的，我现在就是想测定下我杂质的分子量，但是由于杂质与主产物在hplc上很近，峰部分重叠，分离度约1.7且其含量较少。 目前没办法大量收集到这个杂质。
另外我还想请教下，向这种情况可以做LC-MS吗，直接HPLC分离后，读出主峰和杂质的质量？（我的样品分子量较大，MS现在一般考虑maldi-tof）

LC-MS也是要将蛋白先水解成肽段再进行定量和定性，不过肯定没问题了，LC-MS可以很轻松的分辨四五千个蛋白，更何况你只有两种