[分享]3分钟学用FastPCR设计简并引物

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标题:[分享]3分钟学用FastPCR设计简并引物

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发表于 2011-10-24 14:07 资料个人空间短消息加为好友

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[分享]3分钟学用FastPCR设计简并引物

一、从别无选择的蛋白序列设计简并引物，如：
M(A/T)ASV(E/D)NR(Q/H/Y)F
你只需要用FastPCR的DNA、Protein互转功能即可。

1、分析可能的组合，如下（FASTA format）：
>1
MAASVENRQF
>2
MTASVDNRHF
>3
MTASVDNRYF
将以上可能序列粘贴到FastPCR，如下图：

[ 本帖最后由 jude 于 2011-10-24 14:10 编辑 ]

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2011-10-24 14:10

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2、将蛋白序列转换为DNA序列

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3、结果显示在result.txt中

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发表于 2011-10-24 14:11 资料个人空间短消息加为好友

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4、综合各简并序列，将各位置的碱基合并，如下：
>Degenerate DNA
atggcngcntcngtngaraaycgncartty
atgacngcntcngtngayaaycgncaytty
atgacngcntcngtngayaaycgntaytty
综合为：
atgacngcntcngtnganaaycgnyantty

5、计算简并倍数（Degenerate Fold）,本例为：
1×1×1×1×1×4×1×1×4×1×1×4×1×1×4×1×1×4×1×1×2×1×1×4×2×1×4×1×1×2＝131072

6、适当去除末端碱基，用I代替若干N，减少简并倍数，一般有效简并引物的简并倍数<1000，（当然也有例外）。引物设计完成。如下：
atgacngcntcnIgtIgaIaaycg
最后引物简并倍数为128

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二、从若干完全保守区设计简并引物
1、输入保守区蛋白序列
>1 //
MAASVDNRQYARLEPGLNGVVR
>2 //
RKGGALNVCFEGSEDLPGG
>3 \\
MMNNCWFRVKTNVCKPHKGEI
>4 \\
ILLREELDGWAEQYPDRLK
（//表示设计Left primer，\\表示设计Right primer）

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