小中大这个问题略久了，首先感谢各位战友的积极回答。 对于这个课题，后续又做了一些研究。 本人经过脱K之后发现，碱性峰比例相应减少（仍存在），而酸性第一个峰的比例明显上升，表明此酸性峰中确由碱性峰的一个成分脱K而来，另外碱性峰中并非只是一个翻译后修饰导致，而是一个混合物。对于是什么导致的翻译后修饰，样品正在送检打质谱，待日后再讨论。
ylhuang0502 说得现象以及文献我之前也有阅读过，因为我这里是纯化，用的制剂纯品，并不涉及培养液中的铜。
为了得到足够纯的样品，将第一次纯化的再重复分离，样品纯度上升不少，，但依然存在上述的现象。 将碱性组分一直往后收集，收集完不浓缩，直接分析，仍能见到约有10%的主峰。这个现象也说明，酸碱性质相近，在这样的分离条件下，（HPLC,WCX-10柱子）不能完全分离。
综上，出现最开始的情况，两种因素都存在，分离效果不佳以及转化问题。
......
==============================================================================================================
又看到楼主的图谱了，仔细看了下，第1个碱性峰是单K，第2个碱性峰是双K，一般要求仿制药是第1个碱性峰的含量大于第2个碱性峰的，楼主的含量反过来了，我们现在也遇到这个问题了；另外，又遇到个大问题：放大到50L时，碱性成分增到了20%，以前做的小试研发工艺是除去酸性成分后碱性是符合要求的，现在碱性占的比例变大，就不好办了，酸性成分比碱性成分好处理，现在还得重新研究工艺除去碱性成分，希望上游放大到100L又出现了新的酸碱比例。
