小中大三重四极杆质谱仪，QQQ
QQQ质谱给四极杆质谱仪在保留QMS原有定量能力强的特点上，提供了串级功能，加强了质谱的定性能力，检测标准中常作为QMS的确认检测手段。
优点：
有串极功能，定性能力强
定量能力非常好，MRM信噪比高于QMS的SIM
是常用的QMS结果确认仪器
除一般子离子扫描功能外，QQQ还具有SRM、MRM、母离子扫描、中性丢失（Neutral loss）等功能（离子阱不行）对特征基团的结构研究有很大帮助
缺点：
分辨力不足，容易受m/z近似的离子干扰
售价较高
需要认真维护
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典型产品：
SCIEX Triple Quad? 5500 LC/MS/MS 系统： 据说是市场上灵敏度最高的三重四极杆质谱？在复杂基质的混合物分析中，仍具有高灵敏度和极强的耐用性。
四极离子阱，QTrap
技术上而言，在传统QQQ的四极杆中加入了辅助射频，可以做选择性激发；或者就功能而言，为QQQ提供了多级串级的功能
优势：
同时具备MRM、SRM、中性丢失和多级串级功能，非常适合于未知样品的结构解析
缺点
分辨力还是低了点
典型产品：
ABI/Sciex， QTrap5500系列质谱：世界上最灵敏的离子阱系统。
线性离子阱，Linear Ion Trap
传统3D离子阱的增强版本
优点：
相对于传统3D离子阱，灵敏度高10倍以上
多级串级质谱
缺点：
相对于QQQ，还是不能做MRM、中性丢失等特征基团筛选功能
典型产品：
Thermo公司的LTQ XL线性离子阱质谱仪：增强型二维线性离子阱质谱仪，拥有无与伦比的灵敏度和超快的周期时间，可以保证在最短的时间内用最少的样品得到最多的质谱信息
线型离子阱和三维离子阱的比较
这个比较可能是很少有的一边倒的场面——线型离子阱的灵敏度、分辨力、速度、通量等指标均优于传统的3D离子阱。
自从2003年Finnigan公司推出了LTQ线型离子阱之后，由于专利的问题其他公司不能生产线型离子阱，一时间众多厂家的3D离子阱销量下降很多。3D离子阱的市场被线型离子阱蚕食的非常严重，特别是在中国质谱市场，由于用户爱追新潮、求大求好，线型离子阱在中国卖的很好。以至于在很多时候Bruker和Agilent的离子阱广告都看不见了。但是实际上线型离子阱在国外并不是非常流行，特别是一些离子阱的老用户，由于已经习惯了离子阱的指标，对于价钱高很多的线型离子阱往往只叫好不出手，宁可买只要3/5价钱的LCQ这种老式3D离子阱。又便宜又好用。。。
