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第一看要看一下你跑的胶,目的蛋白的量怎么样,如果本身条带很浅很细,那很容易受到污染蛋白的影响,质谱鉴定过程中是很难保证完全没有非样品信号,有的非样品峰如角蛋白的峰、酶自切峰还可以作为内标校准峰,所以并不是什么坏事情。质谱鉴定时的信号本身就是一个此消彼长的过程,如果你的目的蛋白的含量高就会把污染蛋白肽段的信号压制下去,获得更多的样品信号峰,从而获得更可信的鉴定结果。所以如果发现目标蛋白量小,就加大上样量。
第二酶解过程中的影响,如果你的酶解过程有问题,你再多的样品量也没有用。如果酶没有进入胶内,没有切到样品蛋白,那自然就只能切到胶外的污染角蛋白。所以要仔细检查酶解过程有没有闪失,这个是关键。
希望对你有帮助,good luck