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APC和前二者间不做补偿。它们不是由同一根激光激发，走不同的光通道，互相之间没有影响，因此不用。PI＆FITC均由488nm激光激发，走相同的光学通道，两者的发射波长有重叠部分，因此要求补偿。
检测三标细胞的比例是个简单数学问题，别想得太复杂。
“阳性细胞和阴性细胞在散点图上应该有明显的分群，但是为什么我检测的图形只是整体有微弱偏移，而并没有明显的分群？”
不一定。有的细胞上的表达呈线形，比如说少就10个，多就20～30个。那么这就是个平移的图。有的是少量＆大量的区别。比如阴性100个，阳性10000个，这样的图用对数看时就是明显分群的。因此，您的图的变化是根据这种蛋白表达的实际情况来区分的。
“想请教各位，能不能取同时加了三种同型对照的管子调节电压，三种标记分别标记的三个单管调节相应的补偿，然后用三种标记均加进去的管子进行检测？这样能不能用这根检测管检测两两标志间的表达情况以及三种标志的表达情况？”
这就看操作者的熟练程度了，如果相当熟悉，可以简化步骤。
为体是你的实验中如果蛋白表达是线形关系，即平移的，那补偿调节自然就困难的多。还是按照规范来操作吧。
“Cell Quest软件虽然可以做3D图，但是也似乎只有X轴和Y轴，也就是无法在一张图上同时显示三种荧光指标。不知道是不是这样？”
是的，是假三维的。Z轴是量，而不是第三参数。呵呵
