细胞世界

严格来说，右上象限的判断依据应该如下：
1，当右下角没有早期凋亡细胞，而出现右上角细胞时，可以判断为坏死
2，当右下角出现许多早期凋亡细胞，而右上角也存在细胞分部时，右上角是晚期凋亡或者坏死。

因为凋亡是个连续的过程，早期凋亡的细胞经历了一段时间后，都会进入右上角晚期凋亡部分，这个时候和坏死（如果有的话）无法区分。所以对右上角最严格的定义是晚期凋亡或者坏死，但基于对细胞死亡的基本认识，出现上面讲的2这个情况，可以把右上角称为晚期凋亡。因此如果看到许多研究者计算凋亡比例时，也把这部分计算进去，不要奇怪：）

有点小小的不同意见，我们一起来探讨一下哈：）

1，凋亡即使是在体内，也是有早期和晚期的，其实这只是个基于时间的划分，并不是功能性的划分。你说的很对，体内凋亡的细胞很快就会被吞噬，但为什么体内仍然有晚期呢？其实只要能鉴定到这个凋亡细胞，无论它是在被吞噬之前还是之后，我们研究的时候都会标注为凋亡细胞，在吞噬细胞内的，EM标注时，一般标注late corpse。我们做EM实验，会这样严格标记，但也有人就一般标记为apoptotic cell或者corpse，不去标记late与否。

2，早期晚期在体内虽然不是依据功能划分，但显然因为时间因素，其不同阶段的corpse，反映的生理特征是不一样的。比如，晚期的一般对某些dye比较特异吸附作用，所以可以用dye染色观察。这些区别，对于研究phagocytosis的人来说，非常有用，比如做time lapse实验观察凋亡细胞的内吞时，常用到不同的marker，这些marker是有严格区分，哪些是engulfment marker，哪些是lysosomal marker的，前者主要在凋亡早期，或者在吞噬细胞后者在凋亡细胞检测到，后者随后只有在吞噬细胞才能检测到。

3，体外研究，你说的很对，一般区分早期晚期没有太大生理学意义，多数情况下只是个生化事件的早晚期阶段的不同反应结果罢了。同时体外的晚期凋亡和早期凋亡的概念和体内是不一样的，体内的晚期一般都在吞噬细胞内，生理特征发生了很大变化。然而经过如此，体外的晚期凋亡，是一个的确存在的事件，指的就是凋亡细胞的晚期阶段。很简单的一个实验，你做AV实验时，把样品放在RT时间长一些，比如放6h以上，那么右上角象限比例会高很多，这部分增多的显然不是因为发生了坏死，而是凋亡的早期阶段的那些细胞后来随着凋亡生化事件的进行，进入了晚期阶段，细胞膜完整性受到破坏，AV可以进细胞，自然也就呈现AV和PI双阳性了。

4，AV 阳性，PI阴性，利用的就是凋亡早期阶段细胞膜仍然保持完整性这个特点来鉴定早期凋亡的。所以这也是为什么一般只有在AV这个检测系统里才说early apoptosis，而在其它系统里不用这个词，因为一般都无法区分早晚阶段，只是对某一个生化特征进行分析，不涉及这种考虑到膜在不同阶段完整性的因素。

5，坏死是需要特定的程序性机制或者非程序性行为才能启动的，并不会因为一个方法的检测时间不同而出现坏死。所以做AV时，通常不要等到细胞死亡太多再去检测，收集样品后也要尽快检测，不然会在右上角出现大量双阳性细胞，但这个不意味着有坏死出现。你就是表达持续激活的caspase，在细胞飘起50%的时候，AV法检测，右上角都会有大量细胞出现，但显然不能说caspase激活会引起坏死：）

那你很厉害了，对凋亡的认识不亚于这个领域的很多人。我试着评论一下你的这些问题吧：
1，现在认识到的PS维持是靠flippase，所以的确如你所言，necorsis是有可能也有翻转的，当flippase失去活性后。这方面的报道很少，04年apoptosis上有一片文章报道necrosis早期也有翻转，不过这方面关注的不多，因为necrosis很快膜就crash了，annexin v检测到的阳性大部分还是在内膜。目前还不好说你这个观点对不对，因为PS外翻的机制至今不是很清楚，这个比较murky，维持和外翻都需要酶，所以不好讲flippase没活性了，就外翻了。我的理解是，没有活性维持极性了，就保持原样，而早期坏死有人可以检测到PS阳性，可能是因为这个时候外翻的通路还存在活性。一旦这个活性也没了，应该是维持原样的。不过鉴于非程序性坏死的速度非常快，所以普遍认为PS在坏死中不会外翻的。

2，研究凋亡，无论体内体外都不是为了研究凋亡细胞的功能，体外是为了研究凋亡的诱导通路，体内研究晚期凋亡其实是有两个目的：a，以凋亡细胞的吞噬做模型，研究内吞机制。b，体内凋亡细胞即使被吞噬了，如果消化不彻底，仍然会导致很多疾病发生。虽然人们还不清楚这个机制，但相信这个过程仍然有生理学意义。

3，同意你的看法，体外区分早晚期，多数情况下没有意义，这个区分只是AV方法引入的。但时间区分是有意义的，只是不会涉及那么晚期。比如DR通路一般早期只启动典型的DR通路，在稍后会和线粒体通路有crosstalk，这个对于凋亡机制，疾病治疗都很有用。还有更多时间上的概念，都很有意义，比如cytochrome c的释放，就是一个很有时间次序的东西，起初只释放一点，这个时候不引起许多凋亡事件发生，然后诱导cascade，释放更多，才出现一系列能检测到的指标。类似的还有很多，即使在晚期的研究也是有意义的。现在有些人在研究caspase 3的底物，想知道，这些底物切割诱导的事件，其先后差别有没有什么特征，意义？主要是建立体外模型，因为体内的凋亡细胞的降解过程不容易研究，但有很重要。

4，PI不可以区分坏死和凋亡，还是那句话，凋亡的早期阶段，膜的完整性还保持，晚期阶段，膜的完整性不保持了，PI自然可以进细胞了。这个只要看AV的综述描写，多半都会提到的。不过这个部分的定义，就体外研究来说，没有太多讨论价值，有人就定义这个为necrotic stage of apoptotic cells，呵呵。