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标题:[求助]请教关于基因芯片的几个问题

shenkunjie[使用道具]
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发表于 2012-3-10 16:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

[求助]请教关于基因芯片的几个问题



我是新手，毕业在即，正在做的课题是关于肿瘤耐药基因的。具体如下：应用基因芯片技术检测乳腺癌细胞株和乳腺癌耐药细胞株之间基因表达谱的差异。
想请教关于基因芯片的几个问题：
1.我不知道本课题该选几百或几千基因的“小芯片”，还是选2万多基因的“大芯片”？ 前者担心会漏掉重要基因，后者担心筛选出上千个差异基因，到时候不知如何处理！
2.如果筛选出几百上千个差异基因，该如何处理？
3.筛选出差异基因以后，该如何验证？或下一步该如何做？
4.请问朋友们是否有用过的比较好的芯片和公司推荐？

因一直搞临床，在实验发面是新手，问题比较多，非常需要你的帮助，不胜感激！
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发表于 2012-3-10 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

１：因为你单纯研究的是乳腺癌，我建议你使用一些小芯片，主要是涵盖肿瘤相关基因的！
２：筛选出来的差异基因，你还要看复点的重复性如何，复点之间的差异是不是很大，再加上你自己的专业知识，确定你感兴趣的基因
３：验证的方法一般是ＲＴ－ＰＣＲ，和Real-Time PCR
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发表于 2012-3-10 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
可是我还是不是太明白。还请大家多多指点。
1.“还要看复点的重复性如何”， “复点”是同一张片上的 还是再重复做一张片上的点？
2.做芯片是否一定要做重复呢？ 要重复几次呢？cy3和cy5对调重复还是怎么样？

问题较多，谢谢指点。
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发表于 2012-3-10 16:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

１：复点的重复性是指同一张片子上的复点，比如都上调，和都下调，如果一个上调一个没有变化，那么这个基因就值得商榷
２：芯片一般不重复同一个样本的，但是你你至少要做几个同一种病的不同的几个样本！
３：你说的康成和博奥都很好，但是可能没有你的专门针对乳腺癌的，我们实验室可以做芯片，并且去年由于有人在这做乳腺唉研究，而专门把乳腺癌相关基因都买来了，并且那个人做的不错！我们实验室可以自己点片子，自己做！
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bamboo16[使用道具]
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发表于 2012-3-10 16:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

先确立一些备选基因，比如有30种，然后再用芯片分析两种不同细胞株的基因表达情况。假如又能筛选 出10种基因在两种细胞株中表达差异比较大（假设在敏感株中的表达较高）。然后将这10个基因转染到耐药株中，再继续分析其基因表达情况，如果耐药株在获得了其中一个或多个基因后也变成了敏感株，那就基本可以确定，这一种或者几种基因，就是导致耐药／抗药的基因。
我也在做生物芯片技术在临床诊断上的应用，现在仍然在理论阶段，只是看了一些文献，技术上还没开始。欢迎交流。
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2012-3-10 16:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
听这么一说我的问题好象更加多了！
1.“复点的重复性是指同一张片子上的复点，”
为什么除了康成的说有复点，博奥和联合都没有呢？ 博奥让我做cy3和cy5对调重复
2.“芯片一般不重复同一个样本的，但是你你至少要做几个同一种病的不同的几个样本！”
我提供的标本是细胞，怎么做 “几个同一种病的不同的几个样本！”啊？？
急死人了，博奥让我做同一种样本cy3和cy5对调重复，
3.博奥让我做同一种样本cy3和cy5对调重复，这样有“重复”的意义吗？

问题比较多，非常需要朋友们的帮助
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2012-3-10 16:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问朋友们是否有用过的比较好的芯片和公司推荐？
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2012-3-10 16:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
以下是以前朋友对我的细心解释，同时希望更多的群友能从中受益,所以将该贴放到这里

1.如果课题经费有限,另外基因代谢通路已经明确已知,可以选择"小芯片",但是如果考虑发更好的文章,或者涉及的基因不明确,则需要选择"大芯片",毕竟"小芯片"用的人少,人们还没有广泛接受.
2.结果当中基因的选择跟你筛选的条件有关,如果你想筛选出很少的基因,需要用严谨性高的条件来筛选.当筛选出基因以后,一般是用排序的方法,选出既可性,又有生物学意义的基因来做进一步验证.
3.筛选出基因后,必须用Real-Time PCR 来验证,更深一步可以做蛋白水平或功能水平的验证.
4.做芯片一般需要至少重复3次,一般是生物学意义上的重复(比如三只不同的小鼠分别杂交三张芯片),如果技术平台不稳定(特别对于cDNA芯片),可以做技术重复和cy3和cy5对调重复,但是如果一般到具有稳定商业化的平台做的话,技术重复不需要.
5.博奥和联合芯片上的复点不是很了解,不过affymetrix上面确实有1-10个复点,这些复点的存在意义不大,而且数据分析起来不好处理.
6."芯片一般不重复同一个样本的，但是你你至少要做几个同一种病的不同的几个样本！”重复同一样本为技术重复,同一种病的不同样本为生物重复,请参看第3条.一般生物重复是指不同生物体的重复,来检测在不同生物在相同状况下的变异程度.按照你的情况,要做生物重复,可以选择不同批次的细胞来做.一般前一种重复不需要(原因在于现在技术平台都很稳定),第二种重复需要.
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33号[使用道具]
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发表于 2012-3-10 16:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

芯片结果很不稳定，建议做之前三思。
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