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标题: 【讨论帖】蛋白芯片制作与应用 [打印本页]

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:35 标题: 【讨论帖】蛋白芯片制作与应用

建立此帖目的是给大家提供一个蛋白芯片制备和应用方面的交流平台，有相关问题请在此发言：

愿在此就蛋白芯片的任何问题与大家交流分享，共同提高。

[ 本帖最后由 NBA 于 2013-4-20 14:40 编辑 ]

作者: summerxx 时间: 2013-4-20 14:37

刚刚接触芯片，老师能否教我常规做芯片的slide一共有多少种啊？谢谢!

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:37

QUOTE:

原帖由 summerxx 于 2013-4-20 14:37 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
刚刚接触芯片，老师能否教我常规做芯片的slide一共有多少种啊？谢谢!

1）与DNA芯片不同，蛋白芯片不能直接在原位合成，而只能采用点样或喷墨方法制作。
2）制作蛋白芯片最大的难题在于如何将蛋白与基底材料有效结合的同时，仍能保持其原有的生物活性（免疫原性、抗体特异性）不变。
3）可用于蛋白芯片的基底材料有很多种，其选择的基本要求为：①靶标蛋白以某种共价键或稳定的非共价键形式与基底表面连接；②其它蛋白、配体或小分子物质能够特异性地与所固定的蛋白发生反应；③非特异性吸附低；④稳定性好，有较长的保存期。
4）目前常用的基底材料有：硅片、聚丙烯酰胺凝胶、PVDF膜、NC膜、载玻片等，也有人使用CD盘作为基质材料。
5）最常用的还是载玻片，其中又有醛基化、巯基化、氨基化或环氧基等不同活化处理。

[ 本帖最后由 NBA 于 2013-4-20 14:39 编辑 ]

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:38

再给你些更详细的解释：

1）载玻片是最最常用的蛋白质芯片的基质材料，但是要事先经过一定的化学处理。
2）Genometrix公司的Mendoza等人采用的载玻片处理方法是先用化学试剂氨丙基三甲氧基硅烷（Aminopropyltrimethoxysilane，APTES）（5％的乙醇溶液）浸泡洁净的载玻片10分钟，进行硅烷化反应，再用化学试剂进行进一步的处理，从而便于与蛋白质结合（Mendoza et al，1999）。
3）Harvard大学的MaBeath采用的则是另外一种方法，他们直接采用了美国TeleChem公司的SuperAldehyde载玻片。这种玻璃片是表面带有醛基修饰的载玻片。蛋白质N端的氨基或是其中赖氨酸所带的氨基可以和载玻片表面的醛基发生共价结合，形成希夫（Schiff）碱结构。也可以先在洁净的载玻片表面覆盖一层BSA分子，再用化学试剂对BSA进行活化。这样BSA中被活化的赖氨酸（Lys）、精氨酸（Arg）和谷氨酸（Glu）残基可以和点到载玻片上的蛋白质发生氨基偶联或是形成脲的结构。但是这种共价连接方式可能会使得固定于载玻片表面的蛋白质不能保持原始的稳定构象，从而失活。而研究表明，由于蛋白质分子与载玻片表面的连接总是通过少数几个这样的共价键形式实现的，反而有利于蛋白质以各种可能的方式展现在载玻片的表面（MacBeath et al，2000）。
4）Yale大学的Synder实验室的Zhu等人制作的世界首张酵母全蛋白组芯片也是使用载玻片为芯片的基底。他们使用高效表达载体表达并且纯化出大约5800种酵母的蛋白，由于表达出的蛋白质都带有His tag，所以他们在玻片表面使用Ni2+进行修饰，通过亲和吸附固定蛋白质分子（Zhu et al.,2001）。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:39

简单介绍一下蛋白质芯片的知识
研究蛋白质芯片的意义
1 。蛋白质是基因表达的最终产物, 接近生命活动的物质层面；
2 。探针蛋白特异性高、亲和力强, 可简化样品前处理，甚至可直接利用生物材料(血样、尿样、细胞及组织等)进行检测；
3 。适合高通量筛选与靶蛋白作用的化合物；
4 。有助于了解药物或毒物与其效应相关蛋白质的相互作用。

蛋白质芯片的分类：
1，蛋白质检测芯片
2，蛋白质功能芯片
蛋白质芯片的制备：
1。固相载体及其处理
载体（滴定板、滤膜、凝胶、载玻片）
2。蛋白质的预处理
选择具有较高纯度和完好生物活性的蛋白进行溶解
3。点制微阵列
可使用点制基因微阵列的商品化点样仪或喷墨法等
4。膜为载体：芯片放入湿盒， 37°C 1h
载玻片为载体：化学修饰产生醛基固定蛋白

5。微阵列的封闭固定微阵列上的蛋白样点
主要封闭试剂：BSA或Gly

作者: kuaizige 时间: 2013-4-20 14:40

1 在蛋白芯片的制备中，结合在基质上的蛋白的来源，即这些蛋白是不是都是自己分离纯化出来的？
2 结合在基质上的蛋白对蛋白的纯度有什么要求？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:41

QUOTE:

原帖由 kuaizige 于 2013-4-20 14:40 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
1 在蛋白芯片的制备中，结合在基质上的蛋白的来源，即这些蛋白是不是都是自己分离纯化出来的？
2 结合在基质上的蛋白对蛋白的纯度有什么要求？

相关疾病：
乙型肝炎

你的问题只有通过文献回答较好。
1）在研究用蛋白芯片中，很多蛋白都是实验室自己纯化的，如以下3篇巨著：Ptacek J, Nature. 2005 Dec 1;438(7068):679-84.
Hall DA, Regulation of gene expression by a metabolic enzyme.
Science. 2004 Oct 15;306(5695):482-4.
Zhu H,Analysis of yeast protein kinases using protein chips.
Nat Genet. 2000 Nov;26(3):283-9.在偏重于临床诊断蛋白芯片中，很多蛋白可以商品化购买，比较大的可以提供人源蛋白的公司有Abnova和Genecopoeia。当然象国内喜欢做的乙肝、病毒、肿瘤标志物等，完全可以自己纯化（注意一点，国内肿瘤标志物自制成功例不多）。

2）结合在基质上的蛋白纯度要根据你使用的基质决定，不同的选材和表面衍生化处理对蛋白纯度要求不一。常规用的玻片对蛋白纯度总体要求不高

作者: 00无名指00 时间: 2013-4-20 14:42

发现30个差异蛋白, 欲明确这些蛋白在疾病变化过程中,在某组织中表达变化情况,运用蛋白芯片来检测,不知道可行不?

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:43

AFFYMETRIX系统是一个不错的芯片平台，尤其是用于核酸芯片方面，它的SNP很有特色，短核苷酸可以精确判定缺失及点突变，独创的多任务杂交装置的无效体积较小，单位样品点世界第一，但配套的扫描仪略显不足。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:44

QUOTE:

原帖由 00无名指00 于 2013-4-20 14:42 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
发现30个差异蛋白, 欲明确这些蛋白在疾病变化过程中,在某组织中表达变化情况,运用蛋白芯片来检测,不知道可行不?

1）理论上完全可行，对几十到几百个这个范围的目标蛋白质而言，正是芯片发挥长处的地方，常规的酶免方法对同时研究30个差异蛋白而言往往力不从心。
2）为了检测这些蛋白在疾病变化过程中的表达变化情况，你需要用相应的抗体来制作芯片。
3）使用MALDI－TOF也可以达到类似实验要求。

作者: 00无名指00 时间: 2013-4-20 14:44

谢谢大虾！可能是我说的不够详细。
我做临床外科的，主要是晚上上网。
现在急着开题（postdoctor）。需要完成的课题是：明确差异蛋白（这些蛋白在博士阶段，用2-D和MALDI－TOF找到的，文章已发）的临床诊断（需要较大规模数量标本）意义。下面是我的想法：
1）以往的思路是，在100份标本上，一个一个做免疫组化（有报道，可以两个联合做的）。大约30*100=3000份。试剂费用1500*30约50K，就是不完成临床工作，体力也不济。
2）用抗体芯片来做，30个抗体，100张芯片，不知道费用多少。估计远远不止50K。财力不够！且好象还不能反映出蛋白在组织的定位。
3）倒是这课题完成后，我觉得有可能开发临床诊断芯片。
4）准备用组织芯片做，减少劳动强度。

都是开题把人逼急了，恳请赐教！还在为开题发晕。。。。

作者: JK.jon 时间: 2013-4-20 14:46

目前只能做固态芯片检测，不能制作固态芯片，准备制作液态芯片！
大师看可行吗？

液态芯片原理

编码微球：分别用不同配比的两种荧光染料将直径5.6μm的聚苯乙烯微球（Beads）染成不同的荧光色，从而获得多达100种经荧光编码的微球。

交联探针、抗体或抗原：把针对不同检测物的核酸探针、抗体或抗原以共价方式结合到特定荧光编码的微球上。

检测反应：先把针对不同检测物的、用不同荧光色编码的微球混合，再加入被检测物（可以是血清中的抗原、抗体或酶等，也可以是PCR产物）。悬液中的微球与被检测物特异性结合，结合物被标记上荧光物质。

激光分析：微球成单列通过两束激光，一束判定微球的荧光编码；另一束测定微球上的报告分子的荧光强度。

作者: eric930 时间: 2013-4-20 14:47

请问:内皮细胞的基因芯片、蛋白芯片目前有无商品化，能够买到吗？我想从事这方面的研究，谢谢！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:48

请问:内皮细胞的基因芯片、蛋白芯片目前有无商品化，能够买到吗？我想从事这方面的研究，谢谢！

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1）内皮细胞专一的基因芯片和蛋白芯片目前都没有商品化。
2）如果做核酸类研究，可以选择相应物种的全基因组基因芯片进行代替，如果要做蛋白类研究，只能先做内皮细胞的2Dgel，然后选择靶蛋白进一步实验。
3）可供选择的模式物种为人、小鼠、大鼠、线虫、家蚕。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:48

目前只能做固态芯片检测，不能制作固态芯片，准备制作液态芯片！
大师看可行吗？

液态芯片原理

编码微球：分别用不同配比的两种荧光染料将直径5.6μm的聚苯乙烯微球（Beads）染成不同的荧光色，从而获得多达100种经荧光编码的微球。

交联探针、抗体或抗原：把针对不同检测物的核酸探针、抗体或抗原以共价方式结合到特定荧光编码的微球上。

检测反应：先把针对不同检测物的、用不同荧光色编码的微球混合，再加入被检测物（可以是血清中的抗原、抗体或酶等，也可以是PCR产物）。悬液中的微球与被检测物特异性结合，结合物被标记上荧光物质。

激光分析：微球成单列通过两束激光，一束判定微球的荧光编码；另一束测定微球上的报告分子的荧光强度。

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相关疾病：
肿瘤

1）液态芯片目前仍然处于基础研究方面，虽然已经有部分临床研究，但可能离大规模应用还有一段距离。
2）常见的应用如肿瘤、内分泌、自身免疫等的检测，也有人将其用于细胞因子谱判断。
3）下面是一些液态芯片相关经典的文献，有时间参考一下
1.  Hany Ezzeldin, Yoshihiro Okamoto, Martin R. Johnson, et al. A High-qhroughput Denaturing High - Performance Liquid Chromatography Method for the Identification of Variant Alleles Associated with Dihydropyrimidine Dehydrogenase Deficiency. Analytical Biochemistry,2002,306:63 - 73..
2.  Carson RT, Vignali DA. Simultaneous quantitation of 15 cytokines using a multiplexed flow cytometric assay. J Immunol Methods, 1999,30.227(1 -2) :41 -52..
3.  Karlar,G. A, M. Jeddi-Tehrani, F. Shokri. Diminished Thl and Th2 cytokine production in healthy adult nonresponders to recombinant hepatitis B vaccine. Scand. J Immunol,2002 ,55 :311-314..
4.  Taylor JD,Briley D ,Nguyen Q,et al. Flow cytometric platform for high throughput single nucleotide polymorphism analysis. Biotechniques,2001.30 ( 3 ) ,661 - 666.668 - 669..
5.  Wilco de Jager, Henk te Velthuis, Berent J. Prakken, et al. Simultaneous Detection of 15 Human Cytokines in a Single Sample of Stimulated Peripheral Blood Mononuclear Ceils. Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology,2003,10( 1 ) :133-139..
6.  lannone MA.Microsphere-htsed molecular cytometry. Clin Lab Med,2001.21 (4) :731 -742..
7.  Joos TO, Stoll D, Tempiin MF. Miniaturised multiplexed immunoassays. Curr Opin Chem Biol,2002,6( 1 ) :76 -80..
8.  Dunbar SA, Vander zee CA, Oliver KG, et al. Quantitative, multiplexed detection of bacterial pathogens : DNA and protein applications of the Luminex Lab MAP system. J Microbiol Methods,2003,53 (2) :245 - 252..
9.  David Opalka, Charles E. Lachman, Stefani A. MacMullen, et al. Simuhaneous Quantitation of Antibodies to Neutralizing Epitopes on Virus-Like Particles for Human Papillomavirus Types 6,11,16, and 18 by a Multiplexed Luminex Assay. Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology,2003,10( 1 ) :108-115..

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:49

谢谢大虾！可能是我说的不够详细。
我做临床外科的，主要是晚上上网。
现在急着开题（postdoctor）。需要完成的课题是：明确差异蛋白（这些蛋白在博士阶段，用2-D和MALDI－TOF找到的，文章已发）的临床诊断（需要较大规模数量标本）意义。下面是我的想法：
1）以往的思路是，在100份标本上，一个一个做免疫组化（有报道，可以两个联合做的）。大约30*100=3000份。试剂费用1500*30约50K，就是不完成临床工作，体力也不济。
2）用抗体芯片来做，30个抗体，100张芯片，不知道费用多少。估计远远不止50K。财力不够！且好象还不能反映出蛋白在组织的定位。
3）倒是这课题完成后，我觉得有可能开发临床诊断芯片。
4）准备用组织芯片做，减少劳动强度。

都是开题把人逼急了，恳请赐教！还在为开题发晕。。。。

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知道你要做什么就好更有针对性的帮你了。
1）前提：这30个蛋白你手里应该已经有了。
2）临床检测有2种，一种是血清学指标，一种是组织形态学指标，因此请首先做预实验确认这点，如果兼或有之，对一个博后课题而言，选择其一进行即可，不可能面面俱到。
3）如果是血清学检测，则选择蛋白芯片较好。
4）如果是形态学观察，可以用组织芯片。
5）无论使用哪种芯片，都需要得到这30个蛋白的抗体，按照你文中的经费是不太够用，对那些有商品化的，尽量选择小包装抗体，全新蛋白，建议你还是放弃吧，否则制备抗体投入太大，即使做多抗也需要2－3个月，还需要K以上经费。
6）得到抗体后，做蛋白芯片其实很简单，自己在PVDF等膜上点样即可，成本很低。
7）至于检测芯片倒是有可能在你课题进行当中获得启示和灵感。
8）组织芯片是个很好的工具，的确可以大大减少劳动强度。

作者: XYZQ 时间: 2013-4-20 14:49

谢谢指教!

1.前面几届没有在血清中找到有实际意义的差异蛋白.故血清学检测放弃.
2.已经设计用组织芯片技术来做免疫组化检测.
3.预计结果是几个蛋白联合才能反映该疾病的发生\复发趋势.
4.后期工作可能是要做蛋白检测芯片.到时候请赐教!愿意合作也可以,我们有临床基地,标本也绝对不愁.

作者: u234 时间: 2013-4-20 14:50

请大师就目前蛋白芯片的实际应用方面发表高见！呵呵！目前我就知道价格高！昨天询价，每片需要6000人民币左右！天价啊！！

作者: memory 时间: 2013-4-20 14:51

刚接触蛋白芯片，有个问题想请教老师，我已经用seldi分析了两组疾病，目的是要找到有差异的蛋白，现在我已经找到了几个处蛋白有差异显著性。可是我希望还能往下做，找到其中的蛋白具体是什么。但查了文献，好像目前做seldi分析血清的都是只做到找出差异蛋白为止。
希望老师可以给我建议。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 14:51

请大师就目前蛋白芯片的实际应用方面发表高见！呵呵！目前我就知道价格高！昨天询价，每片需要6000人民币左右！天价啊！！

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1）总体而言，蛋白芯片还是一个处于发育期的事物，尽管有着很光明的前景，但路还要一点点去走。芯片目前仍然是阳春白雪，离老百姓的实际生活应用还有一段距离。现在的芯片主要还是科研用途，实际上在这方面，蛋白芯片已经和正在显示其卓越的特质，发挥了很大作用。
2）国内是喜欢做一些检测应用，如肿瘤标志物C12系列和肝炎检测、自身免疫检测等，总体而言，这些项目的前景还是可以看好的。
3）由于目前该领域门槛较高，竞争不激烈，高价是市场化不完善的必然后果。如果只是做实验，个人认为lzsgxl兄完全可以自己做芯片，不用买商品化的。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:00

刚接触蛋白芯片，有个问题想请教老师，我已经用seldi分析了两组疾病，目的是要找到有差异的蛋白，现在我已经找到了几个处蛋白有差异显著性。可是我希望还能往下做，找到其中的蛋白具体是什么。但查了文献，好像目前做seldi分析血清的都是只做到找出差异蛋白为止。
希望老师可以给我建议。

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1）我没有qq，如有问题，欢迎来此交流，我会经常来此回帖。
2）SELDI技术是2002年诺贝尔化学奖的应用技术，目前其应用研究成果发表在Nature、Science、Lancet等30余种著名杂志上。
3）该技术特点在于高灵敏度、高准确性，能从一个不同成分的混合体系中检查和区分不同组分、不同分子量，差别在1~2个氨基酸即可区分。
4）该技术只能提供差异，即指纹图谱。
5）如果需要进一步研究，仍然需要用常规方法，如测序、展示或酵母杂交等。

作者: one 时间: 2013-4-20 15:02

请教斑竹几个问题：
1.想在蛋白芯片公司定制可以同时检测多种病菌的芯片，可行否？有没有这种公司？制作蛋白芯片所用到的抗体可否请另外一家抗体公司合成？
2.蛋白芯片的价格如何？当然种类不一，价格也有区别，我指可以同时检测多种病菌的芯片。细菌检测时（如检测水样内的细菌），要不要前处理？应用蛋白芯片是否比现有的细菌检测技术更快速准确灵敏？
3.使用蛋白芯片需要相关的配套设备，有哪些？全套设备价格如何？
多谢指教，不胜感激！

作者: JK.jon 时间: 2013-4-20 15:03

现在没有点样设备！只能买片子了

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:04

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原帖由 JK.jon 于 2013-4-20 15:03 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
现在没有点样设备！只能买片子了

预实验完全可以用0.5微升加样枪头手工点样，不需要购买机械手。

作者: PCR 时间: 2013-4-20 15:05

没有想到斑竹老师这么快就给我回复，本人倍感荣幸！我们准备制作的这种芯片主要是为了实际应用，我们打算与相关公司合作开发这样的检测产品。我们的目标是快速、准确、灵敏的检测出多种（至少十种）病原体（包括病毒和细菌如霍乱弧菌、鼠疫杆菌等烈性传染病的病原体），当然要优于现有的其它检测手段，先不考虑成本。有时时间就是生命。不知可行否？我们单位有一定的经济承受能力，还可以申请到一笔科研经费。多谢赐教！盼复！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:05

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原帖由 PCR 于 2013-4-20 15:05 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

没有想到斑竹老师这么快就给我回复，本人倍感荣幸！我们准备制作的这种芯片主要是为了实际应用，我们打算与相关公司合作开发这样的检测产品。我们的目标是快速、准确、灵敏的检测出多种（至少十种）病原体（包括病毒和细菌如霍 ...

如果有实际应用的打算，则需要配置芯片相关仪器。必备仪器主要有两个，即扫描仪和点样仪。入门级别的扫描仪为GenePix 4000 B生物芯片扫描仪，这是一款可以进行双波长同步扫描的仪器，用户群较广。注意一点，这款机器采用倒置式扫描，在长期使用后水平轴方向会慢慢产生漂移，如果介于3－5um时不会影响数据，但如果大于10um以上就会使数据失真。总之记得经常校正即可。

更高级别的是SCANARRAY 4000 或5000，当然银子也花得多。
这类机型适用于专业实验室，扫描精度更高，可以用5微米激光束进行真正的直径5微米分辨率的扫描，可以将数据进行整合，同时提供GPR和CSV文件，特点如下：1）在杂交前检查存在的样点和DNA固定性的独创功能2）强大的找点功能和整合能力，使用GAL文件或用户自定模板3）以连续可调的激光强度和PMT增益获取最优的数据4）出色的重复性：静态和动态重复性变异系数小于5% 5）对波长可进行升级，现在可支持近70种可选择的染料6）可在一次实验中同时使用多达5种染料。

如果支持国产可以考虑购买CapitalBio的Luxscan，这款机器性能非常不错，使用起来一点不比Scanarray差。

点样仪一般不用喷头式，就买接触式的即可，型号为PixSys 5500，Cartesian Technologies生产，这款机器性能很稳定，可以连续长时间工作，仪器偏差极小。点样针就用TeleChem International 的不锈钢针吧，Model SMP3可以确保点直径在适合大小。CapitlBio也有点样机械手卖，外观很漂亮，暂不推荐。

你们的课题很有意思，也是十一五期间国家优先扶持的科研项目，希望你们能拿到。蛋白芯片的确可以快速、准确、灵敏的检测出多种病原体，数量在10－20种之间为宜，不必太多，否则项目实际实施时常会带来交叉识别等意料之外的问题，增加攻关难度。

作者: yysr238 时间: 2013-4-20 15:06

非常感谢楼主的精彩讲解！我还想了解一下国内在用蛋白芯片检测病原体方面达到了什么水平，有没有达到实用水平的产品，制作这种芯片有哪些必须突破的技术难题

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:06

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原帖由 yysr238 于 2013-4-20 15:06 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

非常感谢楼主的精彩讲解！我还想了解一下国内在用蛋白芯片检测病原体方面达到了什么水平，有没有达到实用水平的产品，制作这种芯片有哪些必须突破的技术难题 ...

1）水平参差，有一些国际领先。
2）期待中。
3）基质、抗体、交叉反应、灵敏度。。。

作者: yysr238 时间: 2013-4-20 15:07

请搂主就目前国内有那些实验室在进行芯片方面的研究工作进行讲解！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:07

QUOTE:

原帖由 yysr238 于 2013-4-20 15:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请搂主就目前国内有那些实验室在进行芯片方面的研究工作进行讲解！

这个题目出得有点大了，现在只做了一半，就是国内的生物芯片相关公司总结，做芯片研究的实验室太多了，即使总结也很难全面，下次吧：
北京博奥生物有限责任公司cuturl('http://www.capitalbio.com')
北京海康基因芯片开发有限公司
北京意宏安生物科技有限公司cuturl('www.immunohunt.com')
大连普瑞康生物技术有限公司cuturl('www.practical-bio.com')
复旦-张江cuturl('http://www.fd-zj.com/')
江南生物科技cuturl('http://www.jn.doe2e.com/')
南京大渊生物技术工程有限责任公司
南京益来cuturl('http://www.el-gene.com/')
上海博道基因技术有限公司
上海博微晶科技有限公司
上海博星基因芯片有限责任公司cuturl('http://www.ugbiostar.com/')
上海华冠生物芯片有限公司
***生物工程有限公司
上海生物芯片有限公司cuturl('http://www.shbiochip.com')
上海数康生物科技有限责任公司cuturl('http://www.health-digit.com')
上海中科开瑞生物芯片科技股份有限公
深圳创益生物科技有限公司cuturl('http://www.cy-biotech.com')
深圳微芯生物科技有限责任公司cuturl('http://www.chipscreen.com')
生物芯片上海国家工程研究中心
微晶生物科技公司
亚能生物技术cuturl('http://www.dbs-decipher.com/')
中科开瑞cuturl('http://www.casarray.com/')
中美合资陕西超英生物科技有限公司超英生物cuturl('http://www.cybrdi.com')

作者: fox_79 时间: 2013-4-20 15:08

国内有哪些科研机构主要是哪些实验室在做这个方面的研究?

作者: ha111 时间: 2013-4-20 15:08

请教楼主：

在基因芯片中有一种分析叫做POOLED的DNA检测。
不知蛋白质芯片中是否有类似方法。
我们目前在分析一组患者在治疗前后的数组基因变化，能否将这些患者的蛋白混合后点一张芯片，然后将治疗前后的两张芯片进行比较。观察哪些蛋白发生了改变，然后再用免疫组织化学来进一步研究发生变化的蛋白的变化程度，以及在哪些患者中发生变化。不知这样是否可行？

作者: langlang 时间: 2013-4-20 15:09

我做的是CM10 （阳离子）蛋白质芯片，血清样本已经出来了指纹图谱，P< 0.01的有3个峰，如何做下一步的蛋白质鉴定呢？如果将血清样本混合，然后SDS电泳，在峰那个分子量处酶切，做蛋白鉴定可行吗？

作者: junhun 时间: 2013-4-20 15:11

我想用塑料或者玻璃片做芯片的基质来结合蛋白，然后用DNA和protein芯片杂交，最后染色DNA来检测（比如EB或者银染）。塑料或者玻璃片通过化学处理来醛基化。请问你能否给份把塑料或者玻璃片醛基化的操作步骤或文献，我刚开始接手这方面的工作，以前从来没有碰过这方面的东西，不太懂这方面的知识。请帮忙看一下这项工作的可行性、要注意的方面。

作者: misswu61 时间: 2013-4-20 15:11

请教楼主：
我们打算做一种细菌疏水性膜蛋白的分析，蛋白质芯片中有一种好像是疏水性蛋白质芯片，我想请教一下是否这种芯片可以用于细菌膜蛋白的分析，还有就是如果可以的话，是否需要将膜蛋白先进行粗提，还是直接将细菌裂解就可以进行分析，谢谢

作者: is2011 时间: 2013-4-20 15:12

心里面最近一直在想一个问题，
针对已经投入应用的几种蛋白芯片，比如说 C12肿瘤标记物蛋白芯片。
您怎么看这类产品的前途，是否有点拔苗助长，因为好像国外芯片企业的主要面对的都还是研究机构，国内现在早早的把它应用在临床上会不会因为个别产品的效果不理想，一下子把群众们心中对蛋白芯片的美好印象都玷污了。
还有这类的蛋白芯片，准确地说是抗体芯片的保质期是多少啊，有没有什么特殊的保存和运输要求阿？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:13

我做的是CM10 （阳离子）蛋白质芯片，血清样本已经出来了指纹图谱，P< 0.01的有3个峰，如何做下一步的蛋白质鉴定呢？如果将血清样本混合，然后SDS电泳，在峰那个分子量处酶切，做蛋白鉴定可行吗？

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这要看你目标蛋白的丰度，如果表达量太少，后续的蛋白鉴定较困难。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:17

请教楼主：

在基因芯片中有一种分析叫做POOLED的DNA检测。
不知蛋白质芯片中是否有类似方法。
我们目前在分析一组患者在治疗前后的数组基因变化，能否将这些患者的蛋白混合后点一张芯片，然后将治疗前后的两张芯片进行比较。观察哪些蛋白发生了改变，然后再用免疫组织化学来进一步研究发生变化的蛋白的变化程度，以及在哪些患者中发生变化。不知这样是否可行？

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Pooled Standard Deviation是针对研究对象中子数据结构，从根本上看是对σwithin的一种无偏估计，也就是说将实验组的内部偏差进行无偏化处理（无偏系数为C4）。现在据我所知还没有人把这一方法应用于蛋白芯片上，但根据前述理论，这种方法看起来也没有什么不可以扩展到蛋白方面的。

我们目前在分析一组患者在治疗前后的数组基因变化，能否将这些患者的蛋白混合后点一张芯片，然后将治疗前后的两张芯片进行比较。观察哪些蛋白发生了改变，然后再用免疫组织化学来进一步研究发生变化的蛋白的变化程度，以及在哪些患者中发生变化。不知这样是否可行

这个想法很新颖，个人鼓励你尝试，如果有好结果在来和我讨论，设计时注意以下几点：
1）你应该用的是膜，2Dgel系统。
2）先把预实验证实的无关蛋白组分去除。
3）样本量要足够大，否则个体差异会掩盖目标数据。
4）如果你能用到免疫组化方法，说明你已经有抗体了，那么又何必。。。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:18

请教楼主：
我们打算做一种细菌疏水性膜蛋白的分析，蛋白质芯片中有一种好像是疏水性蛋白质芯片，我想请教一下是否这种芯片可以用于细菌膜蛋白的分析，还有就是如果可以的话，是否需要将膜蛋白先进行粗提，还是直接将细菌裂解就可以进行分析，谢谢

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你要做的应该是seldi系统，这是蛋白芯片里面另一个关键技术，从发表文献看应该占到整个蛋白芯片的35％左右。
直接将细菌裂解后就可以上样分析了，不需要提纯。具体操作可以到厂家去要cuturl('http://www.ciphergen.com/')

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:18

心里面最近一直在想一个问题，
针对已经投入应用的几种蛋白芯片，比如说 C12肿瘤标记物蛋白芯片。
您怎么看这类产品的前途，是否有点拔苗助长，因为好像国外芯片企业的主要面对的都还是研究机构，国内现在早早的把它应用在临床上会不会因为个别产品的效果不理想，一下子把群众们心中对蛋白芯片的美好印象都玷污了。
还有这类的蛋白芯片，准确地说是抗体芯片的保质期是多少啊，有没有什么特殊的保存和运输要求阿？

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谢谢你！能问出这样问题的人一看就是个专家了，也说明你思考了很多。中国多有一些你这样的人会是一个幸事！
下面是个人对此的观点，偏颇的地方欢迎争鸣。坦率的讲，胡应该是中国做芯片的科学家中商业化做的最好的人之一，2001年开始试产C12到2002"入选"年度公众关注的中国十大科技事件"，C12的宣传做的很好，05年3月又得到了正式批文，国际首例蛋白芯片实践产品的头衔也给数康带来了较好的经济利益。从技术上讲，肿瘤标志物蛋白芯片现在已经比3年前成熟许多，已经比较稳定，C12系统和金标准的阳性符合率应该在80%左右，而且本身的多指标检测又可以相互验证其准确性，很少在出现检测结果惊吓正常人的事情了。至于有时出现的假阳性很多是由于系统阈值，标本处理和个体差异造成的，只有他们公司的技术人员足够努力，经过调整会慢慢好起来。个人认为蛋白芯片应该还是有前途的，好的靶标，特异性抗体，芯片基质是其中较为重要的几个研究方面，国人应好好钻研才是。国外的应用产品是不多，也是国情和各自审批机构的条文所限，就当做另一个国内特色吧。
至于这些抗体芯片的保质期，如果使用玻璃基质，一般在半年左右；多聚物膜的在保存方面要好一些。另外，点样液的配方也会影响到抗体的保存时间。运输到没有什么特殊要求。欢迎和你继续讨论！

作者: shenkunjie 时间: 2013-4-20 15:19

目前只能做固态芯片检测，不能制作固态芯片，准备制作液态芯片！
大师看可行吗？

液态芯片原理

编码微球：分别用不同配比的两种荧光染料将直径5.6μm的聚苯乙烯微球（Beads）染成不同的荧光色，从而获得多达100种经荧光编码的微球。

交联探针、抗体或抗原：把针对不同检测物的核酸探针、抗体或抗原以共价方式结合到特定荧光编码的微球上。
激光分析：微球成单列通过两束激光，一束判定微球的荧光编码；另一束测定微球上的报告分子的荧光强度。

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大家做的都好新啊,

请问楼主老师,
我想把我所需要的蛋白键合到带有羟基的小球上面, 怎么才能失去的活性最小,而又最有效呢?

作者: vcve 时间: 2013-4-20 15:19

请问怎么来保证结合在蛋白芯片上样品的天然生物活性，基质和固定方法对天然生物活性有影响吗？最好选择那种方法呢？

作者: finger 时间: 2013-4-20 15:20

相关疾病：
肿瘤

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谢谢你！能问出这样问题的人一看就是个专家了，也说明你思考了很多。中国多有一些你这样的人会是一个幸事！
下面是个人对此的观点，偏颇的地方欢迎争鸣。坦率的讲，胡应该是中国做芯片的科学家中商业化做的最好的人之一，2001年开始试产C12到2002"入选"年度公众关注的中国十大科技事件"，C12的宣传做的很好，05年3月又得到了正式批文，国际首例蛋白芯片实践产品的头衔也给数康带来了较好的经济利益。从技术上讲，肿瘤标志物蛋白芯片现在已经比3年前成熟许多，已经比较稳定，C12系统和金标准的阳性符合率应该在80%左右，而且本身的多指标检测又可以相互验证其准确性，很少在出现检测结果惊吓正常人的事情了。至于有时出现的假阳性很多是由于系统阈值，标本处理和个体差异造成的，只有他们公司的技术人员足够努力，经过调整会慢慢好起来。个人认为蛋白芯片应该还是有前途的，好的靶标，特异性抗体，芯片基质是其中较为重要的几个研究方面，国人应好好钻研才是。国外的应用产品是不多，也是国情和各自审批机构的条文所限，就当做另一个国内特色吧。
至于这些抗体芯片的保质期，如果使用玻璃基质，一般在半年左右；多聚物膜的在保存方面要好一些。另外，点样液的配方也会影响到抗体的保存时间。运输到没有什么特殊要求。欢迎和你继续讨论！

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谢谢你的分析，我现在的想法是，做这样广谱的肿瘤标记物芯片觉得特异度灵敏度还不够，可否把这个想法做专一点，比如12种标记物针对某一种特定的肿瘤，现在每种肿瘤的标定物大多都超过5种，临床主要还是应用一些免疫试剂盒来完成，如果把这些试剂盒的抗体集中一下都拿来做成一张芯片，也就是一张芯片针对一种肿瘤，是否会大大提高诊断预测的能力和术后复查的能力。有一个想法我们有点不谋而合，那就是国外的医疗制度决定的发展方向，他们大多是私人诊所，大医院的就诊量和国内不可同日而语，也许这就决定了他们芯片公司的发展方向。
让我隐隐担忧的最大的因素不是技术上的，而是国家的药品管理机构，对市场引导和管理能力之低下，“个别人员”之Fu Bai 程度令人发指。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:21

请问怎么来保证结合在蛋白芯片上样品的天然生物活性，基质和固定方法对天然生物活性有影响吗？最好选择那种方法呢？

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1）不同基质的确对蛋白保存有很大影响，简单的说玻璃基质的保存效果比三维芯片要差一些。
2）固定方法，如巯基、醛基、环氧基等也有一定影响，其中环氧基较好。

作者: wawa 时间: 2013-4-20 15:21

我的课题是用蛋白芯片检测差异蛋白,看了上面的贴子,受益匪浅,我是用SELDI 检测的,最近遇到了一个很麻烦的问题,我先用SAX2(强阴离子交换)把实验和对照组蛋白扫了一下,发现有差异蛋白,接下来想用不同PH值的洗脱液分馏蛋白,但是查不同的文献发现用不同的洗脱液,有用Tris-HCL ,有的用磷酸钠和醋酸钠什么的,真是搞不明白到底这不同的洗脱液到底有什么不同,希望得到大家的帮助,谢谢

作者: 2541 时间: 2013-4-20 15:22

Pooled Standard Deviation是针对研究对象中子数据结构，从根本上看是对σwithin的一种无偏估计，也就是说将实验组的内部偏差进行无偏化处理（无偏系数为C4）。现在据我所知还没有人把这一方法应用于蛋白芯片上，但根据前述理论，这种方法看起来也没有什么不可以扩展到蛋白方面的。

我们目前在分析一组患者在治疗前后的数组基因变化，能否将这些患者的蛋白混合后点一张芯片，然后将治疗前后的两张芯片进行比较。观察哪些蛋白发生了改变，然后再用免疫组织化学来进一步研究发生变化的蛋白的变化程度，以及在哪些患者中发生变化。不知这样是否可行

这个想法很新颖，个人鼓励你尝试，如果有好结果在来和我讨论，设计时注意以下几点：
1）你应该用的是膜，2Dgel系统。
2）先把预实验证实的无关蛋白组分去除。
3）样本量要足够大，否则个体差异会掩盖目标数据。
4）如果你能用到免疫组化方法，说明你已经有抗体了，那么又何必。。。

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因为标本量比较大，如果一张张地做下去，需要很多的工作量，所以想出这样一个点子，通过芯片进行初筛，如果幸运的话找到新的蛋白（那当然更好）如果找不到也可以通过这种方式节约些时间精力。

作者: yapuyapu 时间: 2013-4-20 15:24

标本量大还是用芯片较好!要不累死人啊!

作者: ukonptp 时间: 2013-4-20 15:25

我也要做蛋白芯片。我手头上已经有近30种抗体，如何做蛋白芯片呢？
希望楼主能提供详细的操作过程，因为第一次接触蛋白质方面的问题，很多东西都不太清楚。谢谢!

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:27

我的课题是用蛋白芯片检测差异蛋白,看了上面的贴子,受益匪浅,我是用SELDI 检测的,最近遇到了一个很麻烦的问题,我先用SAX2(强阴离子交换)把实验和对照组蛋白扫了一下,发现有差异蛋白,接下来想用不同PH值的洗脱液分馏蛋白,但是查不同的文献发现用不同的洗脱液,有用Tris-HCL ,有的用磷酸钠和醋酸钠什么的,真是搞不明白到底这不同的洗脱液到底有什么不同,希望得到大家的帮助,谢谢

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1）不同的洗脱液本身没有什么区别。
2）PH值影响洗脱效果和收率更为重要。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:27

生物芯片国际所有大公司地址及简介

cuturl('http://www.affymetrix.com/')
cuturl('http://www.gsilumonics.com/')
cuturl('http://imaging.brocku.ca/FrameSet1.html')
cuturl('http://www.probes.com/')
cuturl('http://arrayit.com/biochip4/')
cuturl('http://www.gatconsortium.org/')
cuturl('http://www.spotfire.com/of_2_0.htm')
cuturl('http://www.genomesystems.com/')
cuturl('http://www.biorobotics.com/')
cuturl('http://www.cartesiantech.com/')
cuturl('http://www.ias.com/')
cuturl('http://www.biodot.com/index.htm')
cuturl('http://www.genemachines.com/index.html')
cuturl('http://www.biodiscovery.com/')
cuturl('http://www.xeno.com/')
cuturl('http://www.cellrobotics.com/')
cuturl('http://www.ultranet.com/~radius/')
cuturl('http://www.incyte.com/about/management.html')
cuturl('http://www.packardinstrument.com/prod_serv/biochiparrayer.htm')
cuturl('http://www.sigenetics.com/')
cuturl('http://www.genetix.co.uk/Instruments.htm')
cuturl('http://www.esit.com/')
Array or Slide Companies

cuturl('http://www.superarray.com/')
cuturl('http://www.ultranet.com/~radius/')
cuturl('http://www.resgen.com/')
cuturl('http://www.scimatrix.com/')
cuturl('http://www.mergen-ltd.com/')
cuturl('http://dnamicroarray.com/')
cuturl('http://arrayit.com/')
cuturl('http://www.clontech.com/') (soon)
cuturl('http://www.operon.com/ss2b1/home.html')
cuturl('http://www.phase1tox.com/')
cuturl('http://www.nenlifesci.com/')
cuturl('http://www.genomesystems.com/')
cuturl('http://www.displaysystems.com/')
cuturl('http://www.s-and-s.com/index.htm')
cuturl('http://www.biochip.com/tech_uk.html')
cuturl('http://www.cmt.corning.com/')
cuturl('http://www.surmodics.com/')
cuturl('http://www.gracebio.com/')

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:28

简介

ACLARA BioSciences, Inc., (used to be called Soane Biosciences) Hayward, California (Plastic chips and microfluidic systems based on "Lab-On-A-Chip" microfluidics US Patent 5,750,015: "Method and device for moving molecules by the application of a plurality of electrical fields") Wins NIST ATP Award in "Tools for DNA Diagnostics" for Project: Multiplexed Sample Preparation Microsystem for DNA Diagnostics
Affymetrix, Inc., Santa Clara, California (The technology leader; manufactures the widely used GeneChip®arrays, including HIV, p450, p53, Rat Toxicology U34 arrays, etc.)
Alexion Pharmaceuticals Inc., New Haven, Connecticut
AlphaGene, Inc., Woburn, Massachusetts (full length cDNA FLEX? and MicroFLEX library construction; High Throughput Gene Expression Profiling; High Throughput DNA Sequencing; Bioinformatics)
Applied Precision, Inc., ssaquah, Washington. ArrayWoRx is a wide field light source based microarray scanner, combines limitless wavelength possibilites with automation and image processing software.
ArrayIt, Making DNA chip.
Axon Instruments, Inc., Foster City, California (GenePix 4000 Integrated Microarray Scanner and Analysis Software, simultaneously scans microarray slides at two wavelengths using a dual laser scanning system, displays images from two wavelengths and a ratio image as they are acquired in real time; US$50,000)
AxyS Pharmaceuticals, La Jolla, California: Wins NIST ATP Award in "Tools for DNA Diagnostics" Project: Liquid Array Technology Development
BioChip Technologies
bioDevice Partners, Cohasset, MA. Provides consulting services to the micorarraying community in the area of optics and instrumentation
BioDiscovery, Inc., Los Angeles, California (ImaGene?, special image processing and data extraction software)
Biomedical Photometrics, Inc., (MACROscope? for reading genetic microarrays, in collaboration with Canadian Genetic Microarray Consortium)
bioMerieux, in vitro diagnostics
BioRobotics Ltd., Comberton, Cambridge, UK (MicroGrid, for arraying oligonucleotides or cDNA clones on glass slides and plastic chips)
Brax, Cambridge, UK
Cadus Pharmaceutical Corp., Tarrytown, New York (yeast living chip)
Caliper Technologies Corp., Palo Alto, California: LabChips? based on microfluidics. Awarded $2 million contract by NIST to develop high-throughput DNA diagnostic platform. Project: Reference Laboratory LabChip? DNA Diagnostics System
Cartesian Technologies, Inc., Irvine, CA. PixSys PA Series: for Automated liquid handling system for creating high-density arrays for genomics research. Scan Array 3000: A Fluorescent Imaging System for microarray biochips.
Celera, Rockville, Maryland
Cellomics, Inc., Pittsburgh, Pennsylvania (ArrayScan?, cell-based "High Content Screening" (HCS) for drug discovery)
Cepheid Sunnyvale, California (microfluidics)
Ciphergen Biosystems, Palo Alto, California. ProteinChip? Arrays for the investigation of proteins on the femtomole scale directly from their "native" environments. Based on Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization (SELDI?).
Clinical Micro Sensors, Inc., Pasadena, California: DNA microchip-based medical diagnostics; detection of directly detect DNA via electron transfer. Wins NIST ATP Award in "Tools for DNA Diagnostics" Project: DNA Diagnostics for the Point of Care Using Electronic Nucleic Acid Detection
Clontech
Corning Science Products Division, Acton, MA provides the (Corning Microarray Technology) CMT-GAPS amino silane coated slides and CMT-Hybridization chamber.
Corvas International, Inc., (2D gel, proteomics)
CuraGen Corp., New Haven, Connecticut. GeneCalling? and Quantitative Expression Analysis (QEA?), CuraMode, CuraTox
diaDexus, LLC, Santa Clara, California. joint venture between SmithKline Beecham Corp. and Incyte Pharmaceuticals, Inc.. Specialized in using microarray technology for molecular diagnostics
DNAmicroarray.com. offers complete "made to order" high density DNA microarray synthesis and analysiss services. Prices, availability, and turnaround time seem impressive.
Gel biochip
Gene Logic, Inc., Columbia, Maryland (Flow-thru ChipTM: has hundreds of thousands of discrete microscopic channels that pass completely through it. Probe molecules are attached to the inner surface of these channels, and target molecules flow through the channels, coming into close proximity to the probes. This proximity facilitates hybridization. READS?, Restriction Enzyme Analysis of Differentially-expressed Sequences, for capturing and analyzing the overall gene expression profile of a given cell or tissue type to identify drug targets)
GeneData AG (Basel, Switzerland), analysis of genomics and proteomics data: GeneData WorkBench, GeneData Expressionist.
Genemachines Genomic Instrumentation Services, Inc., Menlo Park, California (OmniGrid, glass slides or nylon membranes, similar to Dr. Pat Brown's)

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:32

General Scanning Inc., Watertown, Massachusetts (laser scanning and micropositioning, manufactures MicroArray Biochip Scanning System: ScanArrayTM). Now called GSI Lumonics
GeneScreen, Inc., The Genetics Profiling Company
GeneTrace Systems
Genetic Analysis Technology Consortium (GATC)
Genetic MicroSystems Inc., Woburn, Massachusetts (instrumentation for DNA microarray-based analysis)
Genetix Ltd., Christchurch, Dorset, UK (Q-Bot, Q-Pix)
Genome Systems Inc., St. Louis, MO, a wholly owned subsidiary of Incyte Pharmaceuticals, Inc., GDA: Gene Discovery Array
Genometrix Inc., The Woodlands, Texas (Bioscanner?, GeneView®, Universal Arrays?, Risk-Tox)
Genomic Solutions, Ann Arbor, Michigan (Flexys? modular robotic system, GeneTAC? and Genomic Integrator? array analysis products automates the imaging and analysis of gene microarrays.)
Genosys Biotechnologies, Inc., The Woodlands, Texas (Panorama?E. coli Gene Arrays, 4,290 genes per array)
GENSET, Paris, France (specialized in pharmacogenomics)
Genzyme Molecular Oncology (SAGE®: Serial Analysis of Gene Expression)
HP GeneArray Scanner (used by Affymetrix and others)
Hyseq Inc., Sunnyvale, California (Sequencing By Hybridization. HyX platform and Gene Discovery, HyGnostics, and HyChip? modules)
Illumina, Inc., San Diego, California. utilizes fiber optics, microfabrication, and advanced information processing to create arrays where 250,000 discrete sensors fit on a probe the diameter of the head of a pin.
I.M.A.G.E. Consortium: "Sharing resources to achieve a common goal - the discovery of all genes"
Imaging Research, Inc., St. Catharines, Ontario, Canada. The company writes software, develops detection technologies, and integrates systems for image analysis. Its PC-based ArrayVisionTMsystem has been widely used for rapid and automated analysis of genome arrays.
Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, California (GEM Microarrays, GeneJetTM array, LifeSeq® Database with estimated 100,000 genes, and LifeArray Microarray Software)
Intelligent Bio-Instruments, Cambridge, Massachusetts
JMAR's Precision Systems, Inc., Chatsworth, CA. Designer and manufacturer of UV exposure and mask aligner systems specifically designed for bio-chip manufacturers. Also produces custom micropositioning systems for micro-spotting equipment and high resolution dimensional metrology and defect inspection systems for quality assurance of bio-chips and DNA micro-arrays.
Labman AutomationLtd., North Yorkshire, TS9 5JY, UK (HDMS: Labman High-Density Microarray Spotter)
Lifecodes Corp., Stamford, Connecticut (Lifecodes MicroArray System: LMAS)
Micronics, Inc., Redmond, Washington. microfluidics based systems for application to clinical laboratory diagnostics: Microcytometer?, H-Filter?, T-Sensor?, and O.R.C.A. µFluidics.
Molecular Applications Group, Palo Alto, CA. Stingray? is integrated software and database products for gene expression, gene function, and gene sequence analysis from microarray data. It is integrated with and dependent upon the use of Affymetrix's GeneChip® system and its Expression Data Mining Tool (EDMT) software.
Molecular Dynamics, Inc., Sunnyvale, California (Storm® and FluorImager®
Molecular Tool, Inc., Baltimore, Maryland. Genetic Bit Analysis, GBA®, Genomatic?. Acquired by Orchid Biocomputer on September 14, 1998.
Nanogen, San Diego, California (Electronic Addressing, Concentration, and Hybridization)
NEN Life Science Products, Boston, MA (MICROMAX? Human cDNA Microarray System I for differential gene expression analysis)
Oncormed Inc., (acquired by Gene Logic in July, 1998) characterizes genes to establish their clinical relevancy and provides molecular profiling of patients for pharmacogenomic and therapeutic purposes
Orchid Biocomputer, Inc., Princeton, New Jersey (a Sarnoff company) microfluidic chips; applying microfabrication processes in glass, silicon, and other materials to create three dimensional structures. Contained within these devices are small capillary channels less than a millimeter wide. Wins NIST ATP Award in "Tools for DNA Diagnostics" Project: Polymerase Signaling Assay for DNA Variation Detection on Universal Processor Arrays It also has a Web site on single nucleotide polymorphisms (SNPs).
Packard Instrument Company, Meriden, Connecticut. (BioChip Arrayer)
Partek, Inc., St. Peters, Missouri. Provider of pattern recognition and data visualization software for science and engineering. Its Partek Pro 2000 system has been used by companies to analyze microarray gene expression data.
PE Applied Biosystems, Wins NIST ATP Award in "Tools for DNA Diagnostics" for project: Integrated, Micro-Sample Preparation System for Genetic Analysis
PharmaSeq, Inc., Monmouth Junction (near Princeton), NJ. Developer of microtransponder-based technology for DNA diagnostic assays. Wins NIST ATP Award in "Tools for DNA Diagnostics" for project: Multiplex DNA Diagnostic Assay Based on Microtransponders
Phase-1 Molecular Toxicology, Inc., Santa Fe, New Mexico. Molecular and high throughput toxicology using gene chips (Licensed from Xenometrix)
Proteome, Inc.

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:37

Protogene Laboratories, Palo Alto, California (Surface tension array on glass substrate; "Printing" reagents using drop-on-demand technology)
Radius Biosciences, Medfield, Massachusetts
Research Genetics, Huntsville, Alabama (GeneFilter)
Rosetta Inpharmatics, Kirkland, Washington.
Scanalytics, Inc. , Fairfax, VA. Its MicroArray Suite enables researchers to acquire, visualize, process, and analyze gene expression microarray data. Developed by scientists at the NIH's National Human Genome Research Institute.
Sequana Therapeutics (merged with Arris Pharmaceutical to become AxyS Pharmaceuticals), La Jolla, California
Sequenom, Hamburg, Germany, and San Diego, California (DNA MassArray, BiomassPROBE, Biomass SIZE, BiomassSEQUENCE, BiomassSCAN, BiomassINDEX, and SpectroChip)
Silicon Genetics, Redwood City, California (GeneSpring workbench for analyzing experiments based upon genomic expression experiments)
Spotfire, Inc., Cambridge, Massachusetts. Offers advanced data visualization capabilities including the ability to perform gene cluster analysis and metabolic pathway mapping. The Spotfire Array Explorer is ideal for any researcher performing microarray analysis.
Synomics Ltd., Cambridge, UK (bioinformatics)
Synteni, Inc., Fremont, California (acquired by Incyte Pharmaceuticals, Inc. in January 1998) (UniGEM? Gene Expression Microarray)
TeleChem International, Sunnyvale, California (offers whole system parts: ChipMaker, SmartChips, ArrayIt, Hybridization Cassette, ScanArray 3000, ImaGene Quantification Software)
Virtek Vision International Inc. (Ontario, Canada) ChipReader? is a high-sensitivity laser confocal system for rapid imaging of the DNA microarrays.
Vysis, Inc., Downers Grove, Illinois (CGH-Comparative Genomic Hybridization)
Xanthon, Research Triangle Park, North Carolina. develops microplate based mini-arrays for high throughput screening of compounds for their effects on gene expression.
Xenometrix, Inc., Boulder, CO (Gene Profile Assay and bioinformatics for gene induction profile analysis; a demo is available)

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:38

“功能基因组和生物芯片”重大科技专项
方向： “功能基因组和生物芯片”重大专项的实施对于推进我国生命科学和生物技术的发展发挥了重要的作用，为我国生物技术产业开辟了广阔的前景，奠定了我国生物芯片新产业的基础。

技术突破：在医药方面，已经验证并具有重要应用前景的功能基因56个。其中，14个新的单基因遗传病致病基因、16个用于肿瘤血清学诊断和分子分型的基因的发现和确证，将开创我国新型医学分子诊断技术和产业的新局面；18个潜在的药物靶标、15个肿瘤药物先导化合物的发现，将改变我国医药产业原始创新能力不足的被动局面。

在农业方面，拥有我国自主知识产权的分蘖基因、脆杆基因、抗旱基因、营养高效利用基因已经开始应用于我国农作物新品种的选育，为我国农业生产的发展，保障粮食安全发挥重要作用。

在传统产业改造方面，通过功能基因组研究提高了对发酵工业生产菌株的优选技术，选择的优良青霉素生产菌株和维生素C生产菌株已经应用于工业化生产，显著增加了生产效率，提高了我国在青霉素和维生素产业的国际竞争能力。

社会效益：目前，我国已经形成了北京、上海、西安、天津和南京5个生物芯片研发和产业化基地。200多项生物芯片和配套设备新产品研制成功，其中6项产品获得上市许可。到2005年底，生物芯片基地的产品和技术服务销售额达到2亿元。特别值得一提的是，我国自主研发的生物芯片技术和产品已经开始向美国等发达国家出口，技术转让和出口近7000万元，开始打破我国在生物技术高端仪器设备方面完全依赖进口的局面。生物芯片技术和产业的发展也对我国疾病诊断、药物研发、食品安全监测等技术和产业领域产生了良好的推动作用。改变了我国生物技术领域原始性创新的被动局面。到2005年底，共申请国内专利1021项，批准178项，申请国际专利202项，批准34项。30多个功能明确的新基因有望在医疗诊断、药物创新等方面得到应用。10个左右新基因已经开始进行作物品种改良的尝试。

全面提升了我国生命科学和生物技术的总体水平。到2005年底，共发表论文1709篇，其中在国际刊物上发表的论文1151篇，影响因子超过10的高水平论文62篇。影响因子在5—10的论文241篇。自本专项实施以来，已经在《NATURE》、《SCI鄄ENCE》和《CELL》国际刊物上发表论文21篇。

继2000年完成国际人类基因组测序（HUGO）1％任务之后，我国科学家又于2005年顺利完成了所承担了人类SNP（单核苷酸多态性）作图国际计划（HapMap）10％的任务，且国际公认我国科学家完成的质量是最好的；目前又发起并领导了“国际人类肝脏蛋白质组计划”（HLPP）。此外，在“十五”期间还独立完成了水稻、家蚕、血吸虫等重要物种的全基因组测序工作。

作者: DONT 时间: 2013-4-20 15:40

相关疾病：
肿瘤
请问哪里有监测喉癌血清的蛋白质芯片？还有多肿瘤蛋白质芯片的概念，是不是就是能检测十二种肿瘤标志物的芯片/

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:41

相关疾病：
肿瘤肺癌乳腺癌胃癌胰腺癌

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请问哪里有监测喉癌血清的蛋白质芯片？还有多肿瘤蛋白质芯片的概念，是不是就是能检测十二种肿瘤标志物的芯片/

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1）目前尚未研制出可以检测喉癌的蛋白质芯片。
2）多肿瘤蛋白质芯片即C12，开发商为上海数康。具体品种为CEA、AFP、CA125、CA19-9、NSE、CA242、HCG、HGH、CA15-3、F-PSA、PSA、Ferritin。
3）以上芯片检测时阳性率超过55%的有肝癌、肺癌、乳腺癌、子宫癌、卵巢癌、胃癌、肠癌、胰腺癌，不包括喉癌。

作者: 8princess8 时间: 2013-4-20 15:41

请楼主谈谈蛋白芯片能否在3－5年内应用于临床检验！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:42

QUOTE:

原帖由 8princess8 于 2013-4-20 15:41 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请楼主谈谈蛋白芯片能否在3－5年内应用于临床检验！

相关疾病：
肿瘤沙眼结核感染疾病

目前国内的蛋白芯片已经批准的共有以下5种，其中多肿瘤检测芯片已经覆盖了很多3甲医院，解脲脲原体，人乳头瘤病毒，沙眼衣原体抗体蛋白芯片的市场前景也看好。

1: 多肿瘤标志物蛋白芯片检测系统( 保护期、 2013-12-16 )
2: 丙型肝炎病毒分片段抗体检测试剂盒(蛋白芯片)( -----、 ----- )
3: 幽门螺旋杆菌抗体蛋白芯片检测系统( 保护期、 2014-07-18 )
4: 解脲脲原体，人乳头瘤病毒，沙眼衣原体抗体蛋白芯片检测系统( 保护期、 2014-07-18 )
5: 结核分枝杆菌IgG抗体检测试剂盒(蛋白芯片)( 待定、 null )

未来还会有自身免疫检测芯片，肿瘤亚型分型芯片，术前检测芯片和感染性疾病检测芯片等会陆续申报并投入市场。

作者: one 时间: 2013-4-20 15:43

老兄好强呀！！佩服！！
我是做相互作用的尤其是药物方面的，不知能否与您的蛋白芯片联系起来，特别是应用FACS技术呀！◎多谢指教

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:43

QUOTE:

原帖由 one 于 2013-4-20 15:43 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

老兄好强呀！！佩服！！
我是做相互作用的尤其是药物方面的，不知能否与您的蛋白芯片联系起来，特别是应用FACS技术呀！◎多谢指教

蛋白芯片应用于药物研究是一个很好的方向，相信不久的将来就会有很好的实验结果出来。
以后碰到问题就随时写出来大家一块学习讨论，共同提高吧！

作者: xue258 时间: 2013-4-20 15:44

各位大虾：我想请教一个问题，我想研究植物与病原菌的分子互作研究，用cDNA 表达芯片做还是蛋白芯片做更好一些，目前寄主的背景资料很清楚，而病原菌的背景资料不清楚，请大家提出建议和意见。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:44

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原帖由 xue258 于 2013-4-20 15:44 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
各位大虾：我想请教一个问题，我想研究植物与病原菌的分子互作研究，用cDNA 表达芯片做还是蛋白芯片做更好一些，目前寄主的背景资料很清楚，而病原菌的背景资料不清楚，请大家提出建议和意见。 ...

1）请说明你研究植物和病原菌的名称，不是每个研究对象都有芯片。
2）蛋白芯片除酵母菌和线虫外，其他无从谈起。

作者: greenbee 时间: 2013-4-20 15:45

请问:内皮细胞的基因芯片、蛋白芯片目前有无商品化，能够买到吗？我想从事这方面的研究，谢谢！

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内皮细胞的基因芯片已商品化，蛋白芯片还没有。
基因芯片是美国superarray的，上海康◎成为其中国代理。可研究人、大鼠、小鼠的内皮细胞功能。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:45

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请问:内皮细胞的基因芯片、蛋白芯片目前有无商品化，能够买到吗？我想从事这方面的研究，谢谢！

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内皮细胞的基因芯片已商品化，蛋白芯片还 ...

superarray的产品质量尚可，适于研究。

作者: 鲇鱼少爷 时间: 2013-4-20 15:46

新手请教,我刚接触蛋白质组学,不知有什么书籍或好的文献可以介绍一下么,万分感谢!

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:46

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原帖由 鲇鱼少爷 于 2013-4-20 15:46 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

新手请教,我刚接触蛋白质组学,不知有什么书籍或好的文献可以介绍一下么,万分感谢!

可以参考学习的书籍有：
1）蛋白质与蛋白质组学实验手册
出版社：化学工业出版社

2）蛋白质组学--从序列到功能||现代生物技术前沿
出版社：科学出版社

3）疾病蛋白质组学
出版社：化学工业出版社

文献很多，在以下链接选择你感兴趣的部分查阅学习：
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=search&term=proteomics')

作者: loli 时间: 2013-4-20 15:47

相关疾病：
肿瘤

多肿瘤蛋白质芯片即C12，开发商为上海数康。具体品种为CEA、AFP、CA125、CA19-9、NSE、CA242、HCG、HGH、CA15-3、F-PSA、PSA、Ferritin

请问这些芯片用的是单抗还是多抗?单抗和多抗在芯片检测效果上有什么区别呢?

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:47

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原帖由 loli 于 2013-4-20 15:47 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
相关疾病：
肿瘤

多肿瘤蛋白质芯片即C12，开发商为上海数康。具体品种为CEA、AFP、CA125、CA19-9、NSE、CA242、HCG、HGH、CA15-3、F-PSA、PSA、Ferritin

请问这些芯片用的是单抗还是多抗?单抗和多抗在芯片检测效果上有 ...

单抗和多抗在芯片使用方面实际并无太大差别，只要能良好配对，满足检测限捡出率要求即可。

作者: vivian4123 时间: 2013-4-20 15:48

如果想比较系统的学习芯片方面的知识的话，能否推荐一下比较好的书籍，谢谢了

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:48

1）入门和系统学习比较好的：马立人《生物芯片》
2）由多人文章综述集合体：邢婉丽《生物芯片技术》
3）专业及技术指导：方肇伦《微流控分析芯片》《微流控分析芯片的制作及应用》陈忠斌《生物芯片技术》邢婉丽《生物芯片技术实验教程》

作者: vivian4123 时间: 2013-4-20 15:49

英文方面比较系统的有哪些？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:49

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原帖由 vivian4123 于 2013-4-20 15:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

英文方面比较系统的有哪些？

see attached for some example:
Biochip technology: On Psychiatric Observation and Anthropological Understanding
... Glasgow University, Glasgow, UK Jing Cheng, Biochip Research and Development
Center, State Key Laboratory of Biomembrane and Membrane Biotechnology, ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Frontiers in Biochip Technology
by Jing (EDT) Cheng - 2006 - 369 pages
... Biochip ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Gene Families: Studies of Dna, Rna, Enzymes & Proteins - Page 171
by Guoxiong. Xue - 2001
Besides the explosive data it can generate, biochip has many other merits as ...
The rapid development in biochip study benefits mainly from two aspects, ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Biochips: Technology and Applications - Page 35
by Wan-Li. Xing, Jing Cheng - Medical - 2003 - 134 pages
In biochip technology, hydrophilic polysaccharides (or bovine serum albumin) ...
The construction of biochip microarrays was achieved by combining ink-jet ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Parliamentary Debates, House of Representatives, Weekly Hansard - Page 959
by Australia Parliament. House of Representatives - 1996
The Government will reconsider the upgrade when economic conditions improve.
Biochip: Australian Research (Question No. 373) Mr Chynoweth asked the Minister ...
Snippet view - About this book

Micro Total Analysis Systems, 2002: Proceedings of the MTAS 2002 Symposium - Page 187
by A. van den (Albert) Berg, Yoshinobu Baba, Shuichi Shoji - 2003 - 983 pages
The prototype disposable biochip, which has been fully micromachined using plastic
micro-injection molding, is presented and demonstrated for analysis of ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

DNA Computing: :7th International Workshop on DNA-Based Computers, DNA 7, Tampa, FL, USA, June... - Page 168
by Nataša Jonoska, Nadrian C. Seeman, Azuma. Ohuchi, Masami Ed Hagiya - Mathematics - 2002 - 392 pages
A universal design for a biochip that reads out DNA encoded graphs is enhanced
by a readout technique that may resolve multiple solutions of Hamiltonian ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Advances in Solid State Physics 43 - Page 406
by Bernhard Kramer - Medical - 2003 - 1000 pages
4 Application in a Magnetoresistive Biochip Magnetic sensing is one of the
fundamental applications of the TMR and GMR (giant ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Sensors and Microsystems: Proceedings of the 7th Italian Conference, Bologna, Italy 4-6 February... - Page xix
by C. (Corrado) Di Natale - Technology - 2002
... A-2444 Seibersdorf, Austria Biochip technology is rapidly advancing and ...
least one order of magnitude higher than the conventional biochip arrayers). ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

Nanoelectronics and Nanosystems: from transistors to molecular and quantum devices - Page 172
by Peter Gl©œsek©œtter, Karl F. Goser, Jan Dienstuhl - Technology - 2004 - 284 pages
11.1.2 DNA Analyzer as Biochip An interesting application for the well-being of
mankind are analytical chips that might identify certain diseases and serve ...
Limited preview - Table of Contents - About this book

作者: vivian4123 时间: 2013-4-20 15:50 标题: 回复 #72 NBA 的帖子

可惜了google book search不能读全部啊

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:50

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原帖由 vivian4123 于 2013-4-20 15:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
可惜了google book search不能读全部啊

真想读原版书，而且国内可以找到的，建议看以下两本即可：
1）Cheng, J. and Kricka, L.J. (eds.), Biochip Technology, Harwood Academic
Publishers, Pennsylvania, U.S.A., 2001.
2）Xing, W. and Cheng, J. (eds.), Biochips－Technology and Applications,
Springer-Verlag, Heidelberg, Germany, 2003.

作者: vivian4123 时间: 2013-4-20 15:51

想请教你以下问题：

1.蛋白芯片现在的针点和喷点两种点样方式有什么区别？仅仅是接触基质与不接触基质的区别吗？在诊断试剂的研发过程中，常常采用哪种点样方式？听说喷点的CV要大一些？

2.蛋白芯片点样过程中，膜的本底信号值过高的解决方法有哪些？是从封闭剂的角度去摸索，还是有其他方法？应该思考的方向是哪些？通过上不同膜的供应商的网站能否获得类似信息？

3.点样蛋白的稀释剂应该从哪几个方向去探索？比如蛋白的缓冲溶液的pH值等。可不可以参照那些在膜上进行Ag Ab结合试验的系统，比如斑点杂交，胶体金？

4.蛋白在膜上的稳定性试验是否应该在稀释液中一同考虑？

问题比较多，也比较繁琐，谢谢老师！

作者: gemei0115 时间: 2013-4-20 15:51

各位大侠，我刚开始做抗体芯片，全部过程我都要手工自己操作，我做的主要是将ELISA反应在芯片上进行。在操作过程中我遇到一些困惑的问题，漂洗过程应该怎样操作是最好的？能详细介绍是怎样做的吗？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:52

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原帖由 gemei0115 于 2013-4-20 15:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

各位大侠，我刚开始做抗体芯片，全部过程我都要手工自己操作，我做的主要是将ELISA反应在芯片上进行。在操作过程中我遇到一些困惑的问题，漂洗过程应该怎样操作是最好的？能详细介绍是怎样做的吗？ ...

1）完全手工操作，可以用洗瓶盛放PBST连续流冲洗。
2）半手工操作，取用合适容器，将芯片放于底部，加入清洗液，摇床振动清洗。
3）全自动操作，仪器较贵，刚开始可不考虑。

作者: yonger 时间: 2013-4-20 15:52

刚刚接触蛋白芯片，WAX，SAX芯片指的是什么呀？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:53

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原帖由 yonger 于 2013-4-20 15:52 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
刚刚接触蛋白芯片，WAX，SAX芯片指的是什么呀？

1）WAX，SAX等是一系列离子交换色谱柱。

2）具体名称：键合磺酸根的强阳离子交换（SCX）、羧酸根的弱阳离子交换（WCX）、季胺的强阴离子交换（SAX）、叔胺的弱阴离子交换（WAX）。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:53

再补充一句，尽管目前蛋白芯片遇到很大的困难，但相信阴霾总有一天会过去。

作者: KGZ564 时间: 2013-4-20 15:53

知道你要做什么就好更有针对性的帮你了。
1）前提：这30个蛋白你手里应该已经有了。
2）临床检测有2种，一种是血清学指标，一种是组织形态学指标，因此请首先做预实验确认这点，如果兼或有之，对一个博后课题而言，选择其一进行即可，不可能面面俱到。
3）如果是血清学检测，则选择蛋白芯片较好。
4）如果是形态学观察，可以用组织芯片。
5）无论使用哪种芯片，都需要得到这30个蛋白的抗体，按照你文中的经费是不太够用，对那些有商品化的，尽量选择小包装抗体，全新蛋白，建议你还是放弃吧，否则制备抗体投入太大，即使做多抗也需要2－3个月，还需要K以上经费。
6）得到抗体后，做蛋白芯片其实很简单，自己在PVDF等膜上点样即可，成本很低。
7）至于检测芯片倒是有可能在你课题进行当中获得启示和灵感。
8）组织芯片是个很好的工具，的确可以大大减少劳动强度。

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请教目前蛋白芯片技术的发展, 国际上到了怎样一个水平. 拒我看的一些文献, 目前提的最多的是抗体的来源问题,另外,在自己构建蛋白芯片过程中, 可重复性、敏感性、检测范围、定量能力等都是需要解决的问题。而商业化的蛋白芯片主要集中在细胞因子检测，包括夹心免疫分析和直接标记法，似乎这种技术已经较为成熟了，但应用这些产品的文章目前并不是很多，更多的文章是关于技术的改进、各种检测方法、载体的比较等等。

作者: redbutterfly 时间: 2013-4-20 15:54

请教各位高手，最近我做蛋白芯片的时候发现抗体很难在深圳赛尔公司的琼脂糖芯片上固定，我用的固定方法是：抗体包被液为PH9.6的碳酸盐缓冲溶液＋30％的灭菌甘油，在湿盒中4度冰箱过夜，我做过24h和48h的包被，但抗体依然上不去，究竟出了什么原因？怎么判断抗体已经固定上去了？或者有没有更好的固定方法，请各位高手赐教！
后面漂洗的时候我都是很温柔的漂洗，不可能是把抗体冲掉的啊。我用鼠的单抗固定，然后用抗鼠的二抗去检测，但检测不到，所以我觉得应该是抗体没固定好。

作者: redbutterfly 时间: 2013-4-20 15:54

蛋白芯片手工操作都需要注意那些事项啊？

作者: redbutterfly 时间: 2013-4-20 15:55

『求助』抗体芯片的二抗是HRP标记的，该用什么显色液让它显色呢？

作者: 阿凡提 时间: 2013-4-20 15:55

我想了解一下蛋白芯片的起源和目前在临床上的应用情况以及蛋白芯片在临床应用上存在的不足之处。
另外想知道目前国内自主生产的蛋白芯片临床应用方面和国外的差距
多谢啦！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:56

请教各位高手，最近我做蛋白芯片的时候发现抗体很难在深圳赛尔公司的琼脂糖芯片上固定，我用的固定方法是：抗体包被液为PH9.6的碳酸盐缓冲溶液＋30％的灭菌甘油，在湿盒中4度冰箱过夜，我做过24h和48h的包被，但抗体依然上不去，究竟出了什么原因？怎么判断抗体已经固定上去了？或者有没有更好的固定方法，请各位高手赐教！
后面漂洗的时候我都是很温柔的漂洗，不可能是把抗体冲掉的啊。我用鼠的单抗固定，然后用抗鼠的二抗去检测，但检测不到，所以我觉得应该是抗体没固定好。

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1）使用中性缓冲液，如PBS固定。
2）判断抗体是否固定，可以在固定液中加入带荧光物质，固定清洗后直接扫描。

作者: lgm 时间: 2013-4-20 15:57

在网上看到《广州日报》关于c－12蛋白芯片的报道：C12肿瘤检测吓窒体检者cuturl('http://gzdaily.dayoo.com/html/2007-01/16/content_21929595.htm')
不知道是否目前蛋白芯片的应用还不成熟？请教楼主。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:57

请教目前蛋白芯片技术的发展, 国际上到了怎样一个水平. 拒我看的一些文献, 目前提的最多的是抗体的来源问题,另外,在自己构建蛋白芯片过程中, 可重复性、敏感性、检测范围、定量能力等都是需要解决的问题。而商业化的蛋白芯片主要集中在细胞因子检测，包括夹心免疫分析和直接标记法，似乎这种技术已经较为成熟了，但应用这些产品的文章目前并不是很多，更多的文章是关于技术的改进、各种检测方法、载体的比较等等。

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要点实际上你自己都已经回答了。补充一条，对美国和欧洲一些国家而言，科研的发展虽然容许灵活，但面对医学诊断和有生命的人体，则审批程序严苛许多。

作者: 子衿青青 时间: 2013-4-20 15:58

请问各位老师一个技术上的问题：取小鼠血清制成蛋白质芯片，用SELDI-TOF-MS分析血浆/清蛋白质波谱变化，这个过程怎样制备血清？预处理应该是怎样进行才能达到以后分析的要求？多谢！！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 15:58

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原帖由 子衿青青 于 2013-4-20 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请问各位老师一个技术上的问题：取小鼠血清制成蛋白质芯片，用SELDI-TOF-MS分析血浆/清蛋白质波谱变化，这个过程怎样制备血清？预处理应该是怎样进行才能达到以后分析的要求？多谢！！ ...

摘眼或尾静脉放血，37度静置2小时，4度放置过夜，2000rpm室温离心10分钟收集血清，加0.01%硫柳汞，-70冰箱长期保存。

作者: 子衿青青 时间: 2013-4-20 15:59

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原帖由 NBA 于 2013-4-20 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

摘眼或尾静脉放血，37度静置2小时，4度放置过夜，2000rpm室温离心10分钟收集血清，加0.01%硫柳汞，-70冰箱长期保存。

真的很感谢NBA老师的无私帮助！再加问一句，0.01%的硫柳汞应该加多少，或者以怎样的比例加入血清中？再次感谢！

作者: 子衿青青 时间: 2013-4-20 16:00

或者0.01%硫柳汞是终浓度吗?

作者: 8s5g 时间: 2013-4-20 16:00

请教大侠：
我们实验室想做蛋白表达差异性分析。就某一基因沉默后对肿瘤细胞分泌蛋白产生的影响。现在不能预知会产生什么样的蛋白差异性。想用SELDI-TOF-MS分析肿瘤细胞上清液不知是否可取？另外需将蛋白样品送到外地，怎样保存？如果是细胞内蛋白如何检验其提取的是否成功？
我是个菜鸟级的问题比较多，希望各位帮忙啊！！！
谢谢啦！

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:01

或者0.01%硫柳汞是终浓度吗?

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使用终浓度

作者: queen 时间: 2013-4-20 16:02

蛋白芯片是我们今年刚申请的课题，之前没有人做过，我也是刚接触，希望大家多多指教哈
那两篇文章：Microarray on the slide .
Solid supports for microarray immunoassays.
我下不下来，劳烦能不能帮我发到邮箱啊，我邮箱是xiaolixu1983@gmail.com
多谢啦！

作者: newway 时间: 2013-4-20 16:04

以前也做过双向电泳，但是结果不太好，后来就不敢再尝试了，也没有往下作。
但是看了上面这些讨论，收获很多，对今后的工作很有帮助，对双向电泳的分析方法又有了信心。虽然过去的实验经历可以总结一些教训，但还是很有益处的。

想请教斑竹和各位老师，双向电泳中对蛋白的pH和分子量估计意义大么？用什么方法染色有利于进一步的质谱分析？（既获得蛋白高检测率又不影响后面质谱分析）。质谱分析国内哪家做得好？

作者: jujuba 时间: 2013-4-20 16:05

请教，我打算做抗体芯片，检测病毒，但是把单抗点到芯片上后确不能和病毒结合，检测不到信号，是不是点样过程中，单抗的功能结构被破坏了啊，谢谢！

作者: KGZ564 时间: 2013-4-20 16:05

个人觉得原因可能有以下几点：

单抗本身有问题
单抗可能在点样的过程失活
点样在片基（载体）上的单抗可能在缓冲液洗涤的过程中被冲洗走了，损失了很多

如果能把试验过程介绍稍详细点就好让大家帮助你了。

作者: 阿凡提 时间: 2013-4-20 16:06

我想用cy3标记我的单抗，但是在网上找不到方法，而且我没打听到哪个厂家有代理CY3 这种荧光素的，目前只有通用（ＧＥ）有卖，但是太贵了，1mg近400美金，舍不得买啊

作者: bling 时间: 2013-4-20 16:06

看了以上的讨论，受益匪浅，我刚接触蛋白芯片，有很多不懂的地方。
最近需要将脂多糖结构的探针点制芯片，但结合问题一直困扰我，个人觉得重点在于点样液的配置，哪位知道这方面知识的请告诉我非常感谢

作者: qumm1985 时间: 2013-4-20 16:07

如何保证靶蛋白（点制在基片上的抗原或抗体等蛋白累物质）的生物活性？

作者: 8princess8 时间: 2013-4-20 16:08

Ray biotech人细胞凋亡检测芯片，含43个检测蛋白。（RayBio? Human Apoptosis Array G1 (4)

请教，我要用以上蛋白芯片检测凋亡，做一个表达谱，请问怎么可以查到该芯片是否有被人应用过发表过文章？

作者: 8princess8 时间: 2013-4-20 16:08

QUOTE:

原帖由 qumm1985 于 2013-4-20 16:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

如何保证靶蛋白（点制在基片上的抗原或抗体等蛋白累物质）的生物活性？

如何保证靶蛋白（点制在基片上的抗原或抗体等蛋白累物质）的生物活性？

生物活性不用担心，可以使用相关的缓冲液保护

只要确保蛋白的结构不发生变化通常活性不会有太大损失。

作者: okhaha 时间: 2013-4-20 16:08

请问在对蛋白质芯片进行数据分析的时候，会不会像对基因芯片那样会用到很多的统计学知识哦？

作者: star#room 时间: 2013-4-20 16:09

最近在看原位蛋白芯片，没有人在做NAPPA和PISA吗？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:09

看到这个区讨论蛋白芯片都是2007年的事情，现在有那些还在做蛋白芯片吗？因为本人要涉及这方面的工作，希望有专业同行能在这里给予帮助

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的确如此，最近几年芯片确实从初始的繁华浮躁中走出，慢慢平和安静下来。目前的发展总体而言不温不火，其实未尝不是一件好事。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:09

这么好的讨论,怎么没有继续下去?难道蛋白芯片的用途已经穷途末路?还有人再作检测或诊断用的蛋白芯片吗?

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事物总是螺旋式上升发展的，也经常会经历起伏转折。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:10

Ray biotech人细胞凋亡检测芯片，含43个检测蛋白。（RayBio? Human Apoptosis Array G1 (4)

请教，我要用以上蛋白芯片检测凋亡，做一个表达谱，请问怎么可以查到该芯片是否有被人应用过发表过文章？

======================

可以咨询公司技术支持。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:10

以前也做过双向电泳，但是结果不太好，后来就不敢再尝试了，也没有往下作。
但是看了上面这些讨论，收获很多，对今后的工作很有帮助，对双向电泳的分析方法又有了信心。虽然过去的实验经历可以总结一些教训，但还是很有益处的。

想请教斑竹和各位老师，双向电泳中对蛋白的pH和分子量估计意义大么？用什么方法染色有利于进一步的质谱分析？（既获得蛋白高检测率又不影响后面质谱分析）。质谱分析国内哪家做得好？

谢谢！双向电泳是很有用的技术，在很多时候都用得到。。

作者: bananapeople 时间: 2013-4-20 16:11

本人是新手，请问蛋白质芯片的检测类似于ELISA吗，结果可以替代WB吗，哪位老师能将两者比较一下。

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:11

请教，我打算做抗体芯片，检测病毒，但是把单抗点到芯片上后确不能和病毒结合，检测不到信号，是不是点样过程中，单抗的功能结构被破坏了啊，谢谢！

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你用的是什么片基？

作者: NBA 时间: 2013-4-20 16:11

以前也做过双向电泳，但是结果不太好，后来就不敢再尝试了，也没有往下作。
但是看了上面这些讨论，收获很多，对今后的工作很有帮助，对双向电泳的分析方法又有了信心。虽然过去的实验经历可以总结一些教训，但还是很有益处的。

想请教斑竹和各位老师，双向电泳中对蛋白的pH和分子量估计意义大么？用什么方法染色有利于进一步的质谱分析？（既获得蛋白高检测率又不影响后面质谱分析）。质谱分析国内哪家做得好？

===============================================================================================================

谢谢！
样品制备和溶解方法对双向电泳的影响很大，好的方法可以获得更多的分离蛋白质，现在比较好的染色方法是DIGE，便于后续质谱分析。国内的质谱服务很成熟，要看你具体在哪里了。

作者: zhz0477@163.com 时间: 2013-8-29 12:33

100个组织，做成组织习片5000。按30个抗体切片60张，900。做组化，60张，6000。拍照分析。总费用3万以内的呀。

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