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标题: 【讨论帖】两分钟Step by step 学习凝胶分析软件 [打印本页]

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:53 标题: 【讨论帖】两分钟Step by step 学习凝胶分析软件

按：现在有很多常用的分子生物学软件，但对于初学者，尤其是不太擅长计算机者，使用起来有相当难度。琢磨说明书，或者自己一点点试验，难免觉得头绪纷繁，乃至兴味索然。后来我发现，其实用一个实例，从头到尾示范一遍，可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了，这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。这个想法在心里很久了，但是一直没有时间付诸实践，的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从BandScan这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程，奋战一整天，终于完成了第一个实例学习。

BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件，我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在，我就以我自己表达的一个蛋白图，来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。

1.安装软件BandScan5.0。主程序可以在网上找到（请搜索以往的帖子或用google搜索BandScan_dl.exe）。安装以后加个补丁（如果找不到补丁可以email我zhuzhang@sohu.com，这有4.3、4.5和5.0的补丁，请尽量自己先找一下）。

2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。双击打开。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:54

3.打开后的界面如图。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:54

3.打开后的界面如图。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:55

5.打开。这时候凝胶图像显示出来。1道是低分子量标准，2道是诱导表达的蛋白，3道是未诱导的对照。旁边有一个图像预览窗口Image Preview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。其实这里是要你先选定一个图像处理的范围（select rectangle）。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:55

6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角，松开鼠标，划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。这时，命令框内均变成黑色的（可以操作）。上面那个undo rect可以取消选框，下面的image options可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动，直接单击accept selected region。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:56

7.出现color to signal selections复选框。这个是选择信号检测方式，直接用默认的original image，或选择gray scale（灰阶）。本例中不改动，单击use current image。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:57

8.出现如下分析框。它是自动转换成灰阶的。其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。移动鼠标就可以看到它的变化。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:57

9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧：）打开工具栏上的band finding/find bands，出现一个让你选择有几条泳道的框selecting number of lanes，我们设置成3道。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:58

10.看，每一个条带都自动被框起来了：）红色+记号是条带的中心位置，兰色竖线是泳道位置。同时出现了一个复选框select more or select few bands。可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择蛋白条带。拉动左边的滚动条，可以增加或减少条带的数量。选好后单击ok。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:58

11.现在就可以看看蛋白的表达量了。打开window/band table。出现了一个band location的表格。把它最大化，放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置（红色+的位置）。

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 12:59

12.在band location的数据类型data type中，选择percent signal，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。
13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的29.8%。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：）

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作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:07

总结：真的只是领进门。因为BandScan绝不仅仅是这么简单，它还可以做很多事情。比如通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量。比如用手动方式加入未被自动选择的条带，等等。举个例，我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上，可以用band finding/manually insert a band命令把它们选上。这时，条带百分数也会随之改变。
这样直观的学习想必是大家都喜欢的吧：一个例子学会一个软件。我更加希望，有更多的高手可以用这种方式把初学者迅速领进门。有什么问题，请大家跟帖子或联系我，也希望大家支持我，把这件事情坚持做下去。

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http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=16097

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:11

我想做的是凝胶分析、质粒绘图、引物设计、序列分析[比对-对付测序报告，酶切位点分析]、蛋白质分析[提供物化参数、抗原性、二级结构预测，helix, sheet预测，同源性比较]、统计绘图、文献管理这几个东西。有了这些，其实基本上能够使计算机不很精通的战友的工作效率大大提高了：）

作者: greenbee 时间: 2013-5-8 13:12

我想请问你三个问题，
1.用DNAStar比对-对付测序报告,是怎么操作的？
2.质粒绘图怎么操作？感觉很复杂
3. BandScan的补丁打不上，不知怎么回事？不过好像不影响使用。
谢谢！

作者: greenbee 时间: 2013-5-8 13:13

2.质粒绘图有多种软件可以实现，具体的要看你的要求。关于这方面的介绍，可以到医学，计算机版检索学习。这类软件不会太难。如果有一定的ps基础，很快就能做出比较精制的图谱。

3.这类软件的补丁一般是针对其使用次数或者期限的***补丁。在你没有达到这个日期或者次数的时候，其本身的这个限定自然是显现不出来了。

作者: kuaizige 时间: 2013-5-8 13:14

我有一个问题请教：
这个软件可以用来分析westernblot的蛋白条带吗？
和其他的灰度扫描有什么不一样的？
谢谢

作者: redbutterfly 时间: 2013-5-8 13:20

有个疑问：在显示的灰度测定值中的泳道2里的第二条带的灰度是90,但从图上可直接看出这一条带的颜色是最深的。但它的灰度值怎么会低于其它的条带呢？是不是测定有问题？

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:21

QUOTE:

原帖由 redbutterfly 于 2013-5-8 13:20 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

有个疑问：在显示的灰度测定值中的泳道2里的第二条带的灰度是90,但从图上可直接看出这一条带的颜色是最深的。但它的灰度值怎么会低于其它的条带呢？是不是测定有问题？ ...

那个显示的是band location，而不是gray：）
这个软件只是处理现成图片，没有测定：）

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:21

我有一个问题请教：
这个软件可以用来分析westernblot的蛋白条带吗？
和其他的灰度扫描有什么不一样的？
谢谢

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可以用来处理，但我的感觉是有些粗略的。做精确定量的话，需要慎重。另外，它的一个缺点是，对分子量的估计，其实不很准。因为它依据的标准曲线不很好（线性或对数）。分析表达量最好。

作者: caihong 时间: 2013-5-8 13:22

我觉得这个bandscan软件得出的结果不准确,不同的人对同一块胶分析会得到不一样的结果.

作者: caihong 时间: 2013-5-8 13:22

其实用哪个软件都会有准确度的问题，关键是看谁的准确程度离真理相差较小就最好！
这个软件我用的不多，用的多的是另外的凝胶分析软件！
我的疑问是，软件对于蛋白电泳条带的分析和定量是基于什么样的基础或者说理论基础是什么！
对于DNA电泳条带分析，其理论基础是很明显，即是所谓的灰度值是与DNA的质量成正比，这就是软件定量DNA的基础，想一想其实蛋白条带也是类似，不过等段时间我有空就好好看看一下蛋白条带这方面的，找到一些有力的证据！

作者: huifeng0516 时间: 2013-5-8 13:23

12.在band location的数据类型data type中，选择percent signal，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。
13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的29.8%。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：）

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如果我分析的是膜上单一条带的灰度，怎么来定量呢？

作者: glass 时间: 2013-5-8 13:23

请问怎么用BandScan5.0_patch来***BandScan5.0

作者: caihong 时间: 2013-5-8 13:23

如果我分析的是膜上单一条带的灰度，怎么来定量呢？

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其实定量都是相对的，也就是说若要所谓的准确定量分析就需要有对照！如果没有对照就只能分析相对含量如百分比什么的！

作者: ALALA 时间: 2013-5-8 13:24

我有一问题请教：我用Bandfinding找带时有明显的条带没能找到，调整select more oar select less band也不起作用，如果用手工画则自动关闭程序，不知是何原因。我机器所用系统为Win XP(随机正版），将程序作兼容性处理则程序没有反应。
谢谢各位战友先！

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:25

我觉得这个bandscan软件得出的结果不准确,不同的人对同一块胶分析会得到不一样的结果.

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是的。但如果不去改动设置参数，结果就可以完全重复：）

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:25

好啊，我也是为生物软件一筹莫展，终于找到一个好地方了。但我打不开下载的地址啊。

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到cuturl('ftp://tu030161.tsinghua.edu.cn/')去下吧

作者: tianmei001 时间: 2013-5-8 13:26

为什么我在使用INSERT BAND时，选中条带轮廓猴就死机，大家出现过这种情况吗？

作者: uaubc 时间: 2013-5-8 13:27

QUOTE:

原帖由 tianmei001 于 2013-5-8 13:26 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
为什么我在使用INSERT BAND时，选中条带轮廓猴就死机，大家出现过这种情况吗？

到cuturl('ftp://tu030161.tsinghua.edu.cn/')去下一个4.3版本试一下,这个我从来没有遇到那个问题

作者: hustwb 时间: 2013-5-8 13:27

你好!

有一个问题想向你请教：

为什么我下载的Bandscan 5.0或4.3安装后启动，总是出现软件过期现象？请你提供帮助，谢谢!

作者: hustwb 时间: 2013-5-8 13:28

为什么我下载的Bandscan 5.0或4.3安装后启动，总是出现软件过期现象？

上面这个问题我已解决了。

作者: mimili_901 时间: 2013-5-8 13:29

QUOTE:

原帖由 hustwb 于 2013-5-8 13:28 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

为什么我下载的Bandscan 5.0或4.3安装后启动，总是出现软件过期现象？

上面这个问题我已解决了。

将补丁装好就解决。

作者: applebook=213 时间: 2013-5-8 13:29

各位战友：

我是一个刚进入遗传学领域的人，对许多问题还不太清楚，想向各位战友请教。我的问题如下：
由于计算遗传多样性的公式有多种，并且各文献对公式中的符号所表示的含义也不尽相同。我对遗传多样性的计算比较糊涂，盼各位战友赐教。我使用的方法为AFLP，假设有对引物的PCR扩增结果如下：
样品
引物编号 1 2 3 4 5
1 1 1 1 1 1
0 1 1 0 0
0 0 0 1 1
1 1 1 1 1

2 1 1 1 1 1
0 1 0 0 1
1 1 0 1 1
1 0 0 1 1
Shannon指数H0=-∑ЛilnЛi中Лi在上述结果中是如何计算的？

盼各位战友赐教，谢谢!

作者: popo520 时间: 2013-5-8 13:30

考马斯亮蓝-R250 染色后凝胶直接照相就可以吗？？有那么敏感吗？/
不是用发光试剂盒吗？？

作者: flower-201 时间: 2013-5-8 13:30

请教一下楼主，先前的图例应该是介绍的蛋白条带的分析吧，现在请教能否再用bandscan分析DNA条带，最好能以图例来阐述。再次表示感谢！

作者: nut6694 时间: 2013-5-8 13:31

你好，我想请教一个问题，我在几个月前下过这个软件，但是现在过期了，想重新下，可是好像下不了啊，还有补丁如何大啊？问这些比较菜鸟的东西，实在是不好意思！

作者: PPT 时间: 2013-5-8 13:31

非常棒，我做了24只老鼠脊髓全横断模型分析蛋白表达量可事半功倍。谢

作者: summerxx 时间: 2013-5-8 13:32

你辛苦了，十分感谢！让我受益菲浅。
请问一下：它能将条带扫成谱图吗？

作者: wsll 时间: 2013-5-8 13:33

请问您的软件是不是只用来做蛋白条带的分析？对于DNA条带我也想按您的方法分析，行吗？

作者: wsll 时间: 2013-5-8 13:33

11.现在就可以看看蛋白的表达量了。打开window/band table。出现了一个band location的表格。把它最大化，放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置（红色+的位置）。

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不论什么软件，我希望的是这样的比较模式来分析DNA条带，楼主能推荐一种吗？我用quantity one 行吗？另外，如果想把此种条带分析的信息写进论文发表的话，则需要一种被国际认可的分析软件，希望楼主和各位高手推荐！并请给出关键的使用方法！谢谢！

作者: 天蝎座 时间: 2013-5-8 13:34

自动分析出来的条带范围太宽，不知要如何调整？

作者: 我佛慈悲 时间: 2013-5-8 13:34

软件真的很不错，另外想请教一下你的电泳图跑的非常的漂亮，但是我的图各孔之间总是有弥散，相互交叉，电泳缓冲液都是新换的，不知道原因何在？请赐教。

作者: 101010 时间: 2013-5-8 13:35

请问，能否用此软件分析核酸条带？我们的凝胶成像软件太古老了，另外由于电脑图像过多，打开速度很慢，而且不好用。

作者: kuohao17 时间: 2013-5-8 13:35

遇到几个棘手的问题：
1、所选的条带不是太精确
2、手动选带不会操作，

高手、指教~~

作者: dongdongqiang 时间: 2013-5-8 13:36

请问楼主，我想做Western blot ，我想最后得到的特异性现象，怎么做一个半定量阿？比如说在诱导前后我的各种所测神经标记蛋白的变化情况？我见有的可以取一个参照，其他与它的比，作什么灰阶分析，我想应该和这个差不多吧。但具体应该怎么做呢？

作者: nn255 时间: 2013-5-8 13:36

我也遇到和楼上同样的问题
1、“所选的条带不是太精确
2、手动选带不会操作” ，请楼主指教，谢谢了

作者: ending 时间: 2013-5-8 13:37

好多链接都打不开阿，
急人啊，楼主能给我发一份到信箱么？
我最近在做SDS-PAGE，用的是柯达凝胶扫描成像系统，但感觉没有这个好

作者: langlang 时间: 2013-5-8 13:37

非常感谢！用该软件还可以DNA和RNA的量吧，对吗？

作者: ritou1985 时间: 2013-5-8 13:38

太感谢了，我正想找这个软件。
另外我还想请教一个问题：我目前的课题是做抗体，因软件预测整段基因的抗原性和疏水性普遍不好，我从中选取了一段，然后又把中间疏水性很不好的一小段缺失掉，我想这样做可能对蛋白的构象有影响，所以想问问哪个软件可以比较缺失前后两种蛋白构象的差异，从哪可以下载这个软件？
谢谢！

作者: pencil菲 时间: 2013-5-8 13:39

很不错，楼主，能发个分析2DE图谱的软件就更好了。
支持你！

作者: duoduo 时间: 2013-5-8 13:39

真是可惜，为何我现在才看到您的这个教程呢？
几天前我自己花了很久时间才刚入门，早知道就能节省不少时间了！
但还有一些没有解决的问题，而且很是紧急：
为何我安装的BandScan 5.0版本装了补丁程度依然不能使用insert band功能，一使用时就会被windows关闭。

作者: 锤子 时间: 2013-5-8 13:40

我的ＢＡＮＤＳＣＡＮ　５．０版本只能用３０天怎么办啊？？

作者: jujuba 时间: 2013-5-8 13:40

我刚用过，但是不知道怎么把marker的大小加上，为什么总是不对呢？

作者: PCR 时间: 2013-5-8 13:41

用BANDSCAN 能根据蛋白MARKER条带计算目的蛋白的相对分子量吗??怎么操作啊???

作者: PCR 时间: 2013-5-8 13:41

如何用BANDSCAN设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量？

作者: any333 时间: 2013-5-8 13:41

有没有分析western blot的Quantity one软件的类似介绍呀,我想分析转膜图片.

作者: qhyu 时间: 2013-5-8 13:42

请问楼主，这个软件可以用来分析DNA条带吗？
急盼您的解答

作者: yychen 时间: 2013-5-8 13:42

请问高手做普通PCR如何选择限制性内切酶，有什么参考书目？请帮忙谢谢！:

作者: 小野花 时间: 2013-5-8 13:43

求助下图是我做骨骼肌肌球蛋白SDS－PAGE的结果, 现在需要对下图中的四条肌球蛋白亚型条带进行半定量分析。用bandscan软件不知道如何对下图的四条带进行半定量分析。最上面一条条带不能自动识别，但manually Insert a
band 该功能不知道怎么使用请战友指点！多谢了

图片附件: 42857300.jpg (2013-5-8 13:43, 7.18 KB) / 该附件被下载次数 6
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作者: 菠萝喵 时间: 2013-5-8 13:43

LZ,我想请教一下可以分析琼脂糖凝胶的电泳图么？能用来分析DNA电泳条带么？谢谢

作者: 89tongzijun 时间: 2013-5-8 13:44

我用bandscan5.0软件，一点击Manully insert band 就自动关闭，不知道怎么回事？不知道大家用时出现过此种情况吗？怎么解决的？

作者: kulee 时间: 2013-5-8 13:45

目前对于基本操作已经学会了，但还有几个问题想请教：
1.我想做WB目的条带与内参OD的比值，请问怎么设置呢？这和palmyard
上面说的测目的条带在总蛋白中的量是否一样呢？
2.好像很多分析这类的软件都说需要扣除背景，对结果影响挺大的，请问是否需要呢？如果用Bandscan,怎么扣除背景呢？
不胜感激啊！

作者: qqq111 时间: 2013-5-8 13:45

谢谢楼主，基本的操作我也已经会了，也想问和楼上一样的问题，怎么跟内参比较？

作者: guagua 时间: 2013-5-8 13:46

这个只能做粗略的统计，重要的数据，直接读带的话，说不定更好

作者: 韩梅梅 时间: 2013-5-8 13:46

我试过，就是怎么不自动弹出上述的对话框呀？

作者: @花开花落@ 时间: 2013-5-8 13:47

请问lz，“通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量”这个功能应该如何操作？能否详细说明一下~~~~

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