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标题: 【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？ [打印本页]
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 16:29     标题: 【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？

这是一个我思考了很长一段时间的问题。我现在也就是一个老菜鸟，什么都知道一点，但是了解得都不深。按照我现在的理解，蛋白质组学研究最重要的意义，就是可以看出不同状态下细胞蛋白质组的变化。比如在正常生理条件下跟存在压力的条件下相比较，或者是正常细胞跟病变细胞相比较，或者是同一种细胞在不同的生长发育阶段相比较等等。其实说真的，在我心里这甚至是蛋白质组研究的唯一意义，因为我实在想不出它还有其他的什么意义。现在的情况是，如果运气好发现在不同状态下细胞的蛋白质组的确有明显变化，表现为2D上面某些点的有无或是量变，那么如果要进一步研究的话还是要一个一个地去做蛋白功能。我想讨论的是，蛋白质组学研究是不是想我想象的那样，只是能够为研究者缩小备选蛋白的范围，从而为选择到底应该去研究哪些蛋白提供一个方便。
作者: 98776langtao    时间: 2013-6-1 16:30


同意楼上，蛋白组学本身就是一个不确定，可靠度不强，简单说，就是没办法让人信服的方法。比如用一些蛋白片断匹配样品来鉴定，并且仅仅匹配到这些片段百分之几，而不是匹配整个蛋白，这样的鉴定可靠性的多少不说大家也知道。或用等电点和分子量来参考，去看匹配高的蛋白的功能同样可信度也让人怀疑，或用软件去分析图表，难怪以前有人说这是在自圆其说，实在是让人无奈。
所以蛋白组学现在并不能具体很好的解决问题，但是每一种方法都有其发展的过程，pcr从最开始在不同温度间拿来拿去到现在加完样往仪器里一放也是要有发展的过程的，所以我觉得不应全盘否定一个方法，她也一定有它的优越之处，这也在于我们后来人的发现与探索，方法本身的问题其实也正是我们的问题，我们为什么不去努力修正完善呢
作者: NBA    时间: 2013-6-1 16:30


蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。确实，那些世界范围内销路最好的药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。蛋白质组学研究不仅是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。 这个或许是它的一个重要意义!
作者: DDD    时间: 2013-6-1 16:30


蛋白质组学的优缺点并存，一方面，投入大，回报微；从事2D感觉自己是一个不折不扣的labor, 筛选过程婉如大海捞针。另一方面，目前以至未来相当一段时间内，这一手段还将在蛋白质的研究与鉴定上占主导地位；采用质谱方法从PMF到序列的测定是值得信赖并且快速可靠的鉴定手段。
作者: mimili_901    时间: 2013-6-1 16:31

刚进入这个领域，发表点陋见。
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。其意义大致是说，可以help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs . 由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标,。另一种策略可称为“功能法”，即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。意义在于of potential importance as diagnostic and therapeutic biomarkers and help to identify the proteins associatted with the development..
这两种策略同时存在难溶的膜蛋白及低丰度蛋白等不能被检测到，虽然现在分离的技术有所改善。但是，我想有些可能真正有意义的蛋白是不可能被检测到的。
同时，鉴定技术也存在很大的挑战。short-gun，一条带鉴定出几十个蛋白，每个都有那么可信吗？值得怀疑。虽然有很多的算法与理论支撑着。

不过，前面有人说过，每一种方法都有其发展的过程。通过蛋白质组发现一些
potential的东西，再通过其他的实验手段来检测或更深入的了解，或者通过蛋白质组的方法来验证在实验中发现的有意义的蛋白，我想，还是可取的。
还在深入了解学习中。
作者: NBA    时间: 2013-6-1 16:31


首先我们必须要回答"蛋白质组学研究到底有多大意义？"这个问题,我认为肯定有它的意义,这也许只是一个开始,所以碰到问题是理所当然的,对生物的研究犹如上个世纪对化学的研究一样,百花齐放.这是需要各项技术的创新性和跨世纪性的突破,这都依靠我们现在的科技工作者.既然只是一个开始,我们咎由自取更多的机会,有了更多的机会我们才有更多成功的机会.
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 16:31



QUOTE:
原帖由 NBA 于 2013-6-1 16:30 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为 ...

你说的这个很有道理，不过从本质上来说还是差异表达，有表达差异的蛋白就是潜在的诊断marker或者药靶。你贴的文章我也看了，其中就提到一点，蛋白质组学是要研究细胞在某一个状态下的所有蛋白。具体的就是做两方面的研究，一是做所有蛋白的表达模式，差不多就是现在n多人在做的2D；而是做所有蛋白的功能研究。表达模式的研究可以通过2D等方法实现高通量筛选感兴趣的蛋白，可是功能研究好像很难实现高通量吧，只能一个一个地去做。我也知道现在蛋白质组学的研究是在刚刚起步的阶段，我最想知道的就是，当前阶段的蛋白质组学研究除了用差异表达来筛选靶点之外还有没有其他的什么意义。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 16:37



QUOTE:
原帖由 mimili_901 于 2013-6-1 16:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
刚进入这个领域，发表点陋见。
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学 ...

不好意思，你说的第一种策略我没看懂，能不能再详细说说。我主要是没看出来你说地这两种策略有什么区别，难道你说的第一种是不需要进行差异表达对比就可以“help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs“的吗？
作者: any333    时间: 2013-6-1 17:29

我看啊 这几年会有新技术出来
目前基本是测序鉴定技术
看谁钱多 有猛仪器
就可以发什么改进的文章 嘿嘿
作者: ero11    时间: 2013-6-1 17:31


要是样本与正常对照间差异表达点太多（数十个），都作质谱分析的话是很烧钱而且不一定有回报的活动，这就是目前2D下游工作的最大困惑
作者: popo520    时间: 2013-6-1 17:32


没想到还有这么多的人怀疑蛋白质组学，呵呵。

楼主的困惑在于把蛋白质组学局限于比较蛋白质组学这一块。其实你说的只是蛋白质组学的一种策略。其实蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。但是，由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标。所以很多人提出了另一种策略：功能蛋白质组学[。即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。
不过从总体上看,蛋白质组研究可分为四个方面：(1)对细胞或组织内蛋白质的表达模式及修饰（表达蛋白质组学） 的研究。(2)建立在X-射线单晶衍射分析（晶体结构分析）、***核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）技术基础之上地蛋白质的序列和高级结构（结构蛋白质组学）地研究。(3)对蛋白质的胞内分布及移位（细胞图谱蛋白质组学）地研究：确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等。(4) 蛋白质的功能模式（功能蛋白质组学）

因此，我们做鉴定的蛋白质组学只是很初步的一个东西。蛋白质组学的发展潜力不容少视！
国际上已有实验室把蛋白质组学在疾病上的研究上的文章做到了 science ，nature.
作者: 49888    时间: 2013-6-1 17:38


人体内真正发挥作用的是蛋白质，蛋白质扮演着构筑生命大厦的“砖块”角色，随着的人类基因组计划进入尾声，生命密码被破译，一个以蛋白质和药物基因学为研究重点的后基因组时代已经拉开序幕，蛋白质将是今后的重点研究方向之一。但是，蛋白质的分离和鉴定非常费时，蛋白质功能的确定更是一个难题，并且目前测定蛋白质的技术远远落后于破译基因组的工具。人体内估计可能有几十万种蛋白质，这大概需要10年时间进行识别。不管怎样，蛋白质组学一定能为人类健康事业带来巨大的利益。同时我们必须认识到，蛋白质组学作为一种新生领域，目前还处于初期发展阶段，就好像我们国家现在还处于社会主义初级阶段一样，仍有许多困难待克服。
作者: ritou1985    时间: 2013-6-1 17:38

不好意思，你说的第一种策略我没看懂，能不能再详细说说。我主要是没看出来你说地这两种策略有什么区别，难道你说的第一种是不需要进行差异表达对比就可以“help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs“的吗？

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这两种策略肯定是有区别的啦。第一种主要在于建立整个组织或者组织的某个亚细胞器蛋白组（这现在好象有点热）的谱图，从而可为其他的研究提供一个蛋白资源库，现在这样的数据库网上也挺多的。这种方向也就不需要进行差异表达对比，也无对比可言。不知清楚否。
愿继续探讨。
作者: mickeylin    时间: 2013-6-1 17:38

第一种主要在于建立整个组织或者组织的某个亚细胞器蛋白组（这现在好象有点热）的谱图，从而可为其他的研究提供一个蛋白资源库
如果不用机械作业,做这样一个谱图是需要大量的人力和物力的.但是我们知道用maldi-tof仅仅只能估计某个蛋白点可能为某个蛋白质,那么这种用
maldi-tof做出来的谱图对于其他的实验而言也仅仅只能做一个辅助的参考。也就是如果其他实验和谱图不一样也不能说明其他的实验就是错的。
那么是否可以认为做这种谱图没有太大的意义呢？？
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:39

这两种策略肯定是有区别的啦。第一种主要在于建立整个组织或者组织的某个亚细胞器蛋白组（这现在好象有点热）的谱图，从而可为其他的研究提供一个蛋白资源库，现在这样的数据库网上也挺多的。这种方向也就不需要进行差异表达对比，也无对比可言。不知清楚否。
愿继续探讨。

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明白了，也就是说这种策略是为了建一个数据库，里面包含某种类型的细胞在某种特定状态下所表达的所有蛋白质的信息，就像当年的HGP测序一样。可是这里面问题多多呀。费时费力工作量大就暂且不说了，关键是就算做出了重复性很好的图，而且也把所有的蛋白都显出来了，那么这张图究竟有什么用处。我的感觉是短期内看不到有多大的用处，不知是否正确，还请牛人指点。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:39

不过从总体上看,蛋白质组研究可分为四个方面：(1)对细胞或组织内蛋白质的表达模式及修饰（表达蛋白质组学） 的研究。(2)建立在X-射线单晶衍射分析（晶体结构分析）、***核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）技术基础之上地蛋白质的序列和高级结构（结构蛋白质组学）地研究。(3)对蛋白质的胞内分布及移位（细胞图谱蛋白质组学）地研究：确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等。(4) 蛋白质的功能模式（功能蛋白质组学）

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楼上的回复中提到的蛋白质组研究的四方面让我对蛋白质组研究有了一个比较明确的认识。我觉得这四方面里，在当前只有第四点，也就是差异表达既可行又有意义。第一点我觉得表达模式以及修饰的信息得到以后好像意义不大。第二点无法解决高通量跟快速的问题，第三点也是如此，虽然感觉比第二点要容易很多。所以我觉得这两点在当前的可行性不大。不知道各位战友是否同意。
作者: uuooii    时间: 2013-6-1 17:40



QUOTE:
原帖由 veiwu 于 2013-6-1 17:39 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
不过从总体上看,蛋白质组研究可分为四个方面：(1)对细胞或组织内蛋白质的表达模式及修饰（表达蛋白质组学） 的研究。(2)建立在X-射线单晶衍射分析（晶体结构分析）、***核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）技 ...


第一点 意义怎么会不大呢，许多蛋白质都是在修饰与去修饰之间变化，修饰或者去修饰后才是其活性形式，与具体的细胞器定位相关，从而发挥作用；磷酸化 糖基化 乙酰化等，现在发现好多蛋白质都有乙酰化修饰，但是乙酰化蛋白质究竟起什么作用似乎还不太晓得，有人都要把它与磷酸化相提并论了，
作者: uuooii    时间: 2013-6-1 17:40


现在每个“组”都貌似很有前景，但是单独将他们分开来做，单一的“组”还是欠缺很多威力，不如狠一点，把他们都归入 系统生物学 算了，所以，每个“组”都必须整合起来，不然成不了气候；必须知道，哪个“组”里的某一成分起了变化，从而引起一系列“组”相应的变化；有时，我们仅仅是知道变化的结果，而对变化的因果却无法得知，这里面的因子越多越复杂，象我们这种土人又怎么能从千变完化里面摸出一点头绪出来
作者: ha111    时间: 2013-6-1 17:40


这让我想起了哲学中的一种说法，万物从起点开始，最后还是要回到这个起点。我们想想吧，最初，我们只能根据某一生物的外在表型来区分差异，选择优良，后来，出现了经典的孟德尔遗传定律，人们认识到了基因的存在及其重要的作用，于是开展了轰轰烈烈的人类基因组研究，再后来，又意识到基因必须经过转录，变成ＲＮＡ然后才能发挥作用，于是又有了转录组学的出现，现在的蛋白质组学，是不是也是一个过度时期呢？因为表型是生物体所有性状的总和，那最后，我们是不是还是会回到研究表型性状呢？
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:41

第一点 意义怎么会不大呢，许多蛋白质都是在修饰与去修饰之间变化，修饰或者去修饰后才是其活性形式，与具体的细胞器定位相关，从而发挥作用；磷酸化 糖基化 乙酰化等，现在发现好多蛋白质都有乙酰化修饰，但是乙酰化蛋白质究竟起什么作用似乎还不太晓得，有人都要把它与磷酸化相提并论了，

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蛋白质的修饰是很重要，这点谁也否认不了。可是你说的这些有关蛋白的磷酸化等等是针对个别蛋白，而不是整个蛋白质组，这样具体的信息在群友说的第一点研究里好像得不到。虽然蛋白质组远不只是2D，但是在当前蛋白质组研究好像在预分级之后马上要做的就是2D。我理解群友说的第一点是指跑出一张标准的2D图，从上面可以看出来蛋白的整体分布和修饰特征，但是这些信息我觉得没多大用处。至于uuooii提到的这些修饰的重大意义，又回到老问题上了，无法解决高通量并行研究的要求，只能一个一个蛋白地来做。
一家之言，欢迎探讨。
作者: pencil菲    时间: 2013-6-1 17:42

这让我想起了哲学中的一种说法，万物从起点开始，最后还是要回到这个起点。我们想想吧，最初，我们只能根据某一生物的外在表型来区分差异，选择优良，后来，出现了经典的孟德尔遗传定律，人们认识到了基因的存在及其重要的作用，于是开展了轰轰烈烈的人类基因组研究，再后来，又意识到基因必须经过转录，变成ＲＮＡ然后才能发挥作用，于是又有了转录组学的出现，现在的蛋白质组学，是不是也是一个过度时期呢？因为表型是生物体所有性状的总和，那最后，我们是不是还是会回到研究表型性状呢？

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“黑格尔式的重返”？！
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/thread/826811')

这个帖子也谈了相关得思路,值得一看!
作者: qhyu    时间: 2013-6-1 17:42


看了各位DX的贴子很长见识，我个人认为一个新技术、新概念的出现总会遇到这样那样的不同看法，但时间会证明一切。自从人类基因组的完成和新技术的出现，人类关于生命科学的研究别无选择进入到蛋白质研究的领域。这也是人类的进步。也象hongbaowang 战友所说的事物发展的一般规律。毕竟蛋白质是生命现象最直接的载体。
作者: dog002    时间: 2013-6-1 17:42


^_^个人认为，不管这个组还是那个组，其本质都是为了研究生命。

研究基因组时，当时的人们认为，DNA决定了一切，可以解释像人是怎么创造出来的，生命是如何制造的，从而人造生命。

结果发现DNA序列并不能解释这些问题！

进入后基因时代，即蛋白质组时代，DNA就4种，而蛋白质至少有20种。不同物种之间，它们的DNA序列可以相差的不多，但是蛋白质层面上就差了很多了。就估计是蛋白质的“制造”和“分配”产生了生命，于是蛋白质组就开始了。

所以蛋白质组学的意义就是：
1。通过蛋白质组的研究造出一个生命来，比如把一些蛋白的表达DNA联起来，人为的造出一个病毒来，可以自由复制和传播的。
2。或者证明通过蛋白质组学的研究不能完成step 1。寻找下一个可能完成这个目标的研究项目！^_^
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:43

楼上说的有道理。不过我觉得你说得其实是蛋白质组学的最终目标，也就是把细胞在某一状态下的所有蛋白质一起研究，以此来加深人们对生命的理解。不过实现这个目标有个手段的问题，这才是我开启这个话题的原因。想法，或者说是目标可以有很多，但是能不能实现很重要。我的感觉是现在的技术手段离这个目标差得很远，所以我才会说现在的蛋白质组好像有意义的只有差异表达的检测。
作者: yueban-1147    时间: 2013-6-1 17:43


发表拙见，以期抛砖引玉：
愚以为目前很多实验室都把蛋白质组技术当成一个独立的技术平台在运作，从提样品到鉴定一直就在这个圈内，并且如前面各位所说质谱鉴定的科学性和可靠性也是让人质疑的，给人的感觉就是王婆卖瓜了。那么我们最需要的就是将这种可以说是化学的鉴定手段与传统的经典的生物学实验手段结合起来，一来验证质谱鉴定的结果，二来把这些结果真正与生命本身联系起来，从微观和宏观两个方面共同探讨一些蛋白的意义。
作者: 831226    时间: 2013-6-1 17:44

现在的蛋白质组好像有意义的只有差异表达的检测。

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^_^也许应该是“差异表达”的入门门槛比较低把。只要有钱，把一堆仪器一买，钱越多，结果越好，反正都有protocol。
蛋白质组还是有其他方面的。
eg:
Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy.
Science. 2003 Nov 21;302(5649):1364-8.
PMID: 14631033 [PubMed - indexed for MEDLINE]
利用电脑设计蛋白结构。 也许以后就像”终结者“一样，生命也是可以设计的。

Evolution and evolvability of proteins in the laboratory.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Mar 23;101(12):3997-8. Epub 2004 Mar 15. No abstract available.
PMID: 15024102 [PubMed - indexed for MEDLINE]
这是一个commentary，介绍了在实验室内改造protein来应用。^_^也许生物武器就是这样来的！

还有其他很多方面，感觉上就是把生物当成一台机器，把上面的零件拆下来研究研究，看看能不能改进！^_^
作者: star#room    时间: 2013-6-1 17:44


从2－DE 到MS完成实验周期一般是多长？
作者: PINK    时间: 2013-6-1 17:45


从我个人来看,蛋白质组研究的潜力还是很大的,在药物靶标筛选、重大疾病治疗还是有一定作用的，至少有些潜力还有待于进一步发掘。但是目前我最深刻的体会就是：没钱千万别淌蛋白质组这道河。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:46

^_^也许应该是“差异表达”的入门门槛比较低把。只要有钱，把一堆仪器一买，钱越多，结果越好，反正都有protocol。
蛋白质组还是有其他方面的。
eg:
Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy.
Science. 2003 Nov 21;302(5649):1364-8.
PMID: 14631033 [PubMed - indexed for MEDLINE]
利用电脑设计蛋白结构。 也许以后就像”终结者“一样，生命也是可以设计的。

Evolution and evolvability of proteins in the laboratory.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Mar 23;101(12):3997-8. Epub 2004 Mar 15. No abstract available.
PMID: 15024102 [PubMed - indexed for MEDLINE]
这是一个commentary，介绍了在实验室内改造protein来应用。^_^也许生物武器就是这样来的！

还有其他很多方面，感觉上就是把生物当成一台机器，把上面的零件拆下来研究研究，看看能不能改进！^_^

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你说的这些好像不是蛋白质组吧，应该说是蛋白质工程才对。蛋白质工程就是认为改造天然蛋白质，创造出自然界没有的，但是性能比天然蛋白更出色的人造蛋白质。
作者: 8princess8    时间: 2013-6-1 17:46

相关疾病：
肿瘤
为什么不是？？
抱歉，我对概念历来理解的不好，^_^考试的时候，名词解释总是错误一堆。
个人认为：蛋白质工程应该属于蛋白质组

像我一个朋友，他的课题是：研究某遗传性癌症的机理，并进行药物研究。现在发现当某个蛋白中的某个AA发生突变的时候，癌症的几率会大大的提高，现在他的目的是研究那个蛋白的结构和功能，以及mutant的结构和对功能的影响，最后达到设计基因药物的地步。

这个课题应该算蛋白质组中的蛋白质工程的应用。
总不能说他开始用蛋白质组学确定了病变蛋白，然后用蛋白质工程。。。。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:47


相关疾病：
肿瘤
我觉得还真是你最后说的那样。现在有这么多的“组学”，“组学”的共同特征就是要研究全部，什么组学研究全部的什么，所以组学的一个特征就是高通量。蛋白质组就是要研究全部的蛋白。你的那个朋友既然已经在针对某一个具体的蛋白在进行功能研究，那么我认为这不是蛋白质组研究。当然了，他当初找这个蛋白的时候有可能也用到了蛋白质组技术，从正常细胞跟肿瘤细胞的许多蛋白中找到了这个蛋白做为具体的研究对象。如果他真是这么做的，我想十有***用的也是差异表达，因为这个蛋白在正常细胞跟肿瘤细胞里表达有差异，所以暗示它跟肿瘤的发生可能有某种联系，于是就仔细地去研究。这又回到我一开始的疑问上了，是不是蛋白质组学在现阶段只有差异表达有意义。当然了，改造蛋白可以属于蛋白质组的一部分也，不过我觉得前提是技术上可以实现成批地高通量的去改变。
作者: 8princess8    时间: 2013-6-1 17:47

“高通量” 是啊！！
所以我说 “差异表达”的入门门槛比较低

前一段时间，加拿大国家组织了一项project，目标是解决人体内所有蛋白质家族的3D-structure。因为虽然目前蛋白质很多种，但是如果按照结构分类，也就几千个families。如果每种family都有几个标志性的结构的话，那么就可以利用modelling来建立新蛋白的结构。这个project需要6年时间，好象是30亿US dollar。

如果你有机会去日本大阪，去看看那里的蛋白研究中心把，我一直很想去看看，一台beamline，近50台的NMR，无数的PCR，还有cell-free protein synthesis system。

在群友谈到的四点中，基本上都可以实现 “高通量”了，只是money的区别。
最后推荐一篇文章把。相信这也是“高通量”的把。
A protein interaction map of Drosophila melanogaster.
Science. 2003 Dec 5;302(5651):1727-36. Epub 2003 Nov 06.
PMID: 14605208 [PubMed - indexed for MEDLINE]
（Comprehensive analysis of the proteome of any organism presents a challenge. The development of genome-scale protein-interaction maps is a powerful first step toward addressing this challenge and provides the framework upon which a systems-biology understanding of cells and organisms can be developed）
作者: 大脑门儿儿    时间: 2013-6-1 17:48


蛋白质组学强调的是针对蛋白质的一个整体思路。从整体的角度看，蛋白质组研究可分为两种类型：一种是针对细胞或组织的全部蛋白质，也就是着眼点是整个蛋白质组；另一种是以与一个特定的生物学机制或机制相关的全部蛋白质为着眼点，在这里整体是局部性的。针对细胞蛋白质组的完整分析的工作已经比较全面地展开，不仅如大肠杆菌、酵母等低等模式生物的蛋白质组数据库在建立之中，高等生物如水稻和小鼠等的蛋白质研究也已开展，人类一些正常和病变细胞的蛋白质数据库也已在建立之中。与此同时，更多的蛋白质组研究工作则是将着眼点放在蛋白质组的变化或差异上.
作者: u234    时间: 2013-6-1 17:48


很同意楼上的看法。蛋白质组起初的着眼点应该是大规模和高通量，所以有很多课题组着手模式生物的蛋白表达库的建立。逐渐人们开始认识到，建库需要很大的人力物力，对于一般的小课题组来说是力所不能及的，于是在寻找蛋白表达差异上找到了出路。寻找不同状态下蛋白表达的差异不仅省时省力，而且可以更具实际意义。2D在找差异方面具有其它方法不可比拟的优势，但它也有很多固有的缺点，LC-MS/MS是一股新生力量，可能在以后会得到广泛的应用。但是它必须通过同位素标记才能找差异，这也是它自身的不足！
作者: 33号    时间: 2013-6-1 17:49


蛋白质组学虽然还是一个新的发展中的技术，但我认为其有广阔的前景；特别是在微生物的功能基因组学当中。大家都知道，原核生物的mRNA大部分都没有polyA尾，半衰期短（只有10几分钟），特别对于某些极端微生物（处理过程复杂），采用类似于基因芯片的方法了来筛选基因的话就非常困难，蛋白质组学的研究就克服了这个缺点。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:50

在群友谈到的四点中，基本上都可以实现 “高通量”了，只是money的区别。
最后推荐一篇文章把。相信这也是“高通量”的把。

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我不认为他说的四点都可以实现高通量。高通量的意思是说可以并行同时分析大量样本，比如说现在的pcr基本上可以几百个一起做，这才叫高通量。而蛋白质分析绝对不可能做到这样，即使有钱，也要做很长时间，这也就是你说的那个加拿大国家计划为什么要持续这么长时间的原因。对于蛋白质的结构和功能分析，我现在还没听说过有哪种方法能哪怕是两个一起并行做，现在的技术对分析蛋白的结构或者分析其功能都只能一个一个去做，而且在中国做出一个来就可以让一个博士毕业了，也就是说要经过几年的功夫。这样的分析速度怎么可以称作高通量？
你说的那篇文章我想我应该看过。是不是把果蝇细胞内的好像是3000多个蛋白质的相互作用网络给做出来了，还配有一张很详尽的图。其实我当时只是看到了这张图，并没有看全文，也不确定我看到的是不是就是你说的这篇文章，不过我觉得应该就是。可这样一张网络不是那一个课题组做出来的。果蝇从上世纪三十年代起就作为模式生物进行研究，到现在都八十年了，世界上有数不清的实验室做过果蝇的蛋白质，这张图只不过是把现成的结果给综合了一下罢了。所以说为了这张图，人类一共用了快一百年了，这再怎么说也不能称之为高通量吧。如果要做另外一种生物的这么一张图，不知道还要花多久。况且这张图也没有包括果蝇的所有蛋白质，也没有能够指出所有的蛋白间相互作用，更别提不同细胞，不同生理状态下的具体情况了。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:50

偶也来凑凑热闹。蛋白质组学的研究策略，有两种。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。但由于蛋白质表达随着空间和时间而不断变化，因此要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标。另一种策略为“功能法”，即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。
　　
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呵呵，我想知道这段话是从那里考过来了，在这个话题下已经有至少三个人的贴子里出现了这段话。贴个原文联接吧。
作者: 雪花子    时间: 2013-6-1 17:51

呵呵，我想知道这段话是从那里考过来了，在这个话题下已经有至少三个人的贴子里出现了这段话。贴个原文联接吧。

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呵呵！偶对蛋白组学是一个门外汉，只是平时没事看着玩，这篇文章对蛋白组学讲的很详细，不敢独享，相当于一篇蛋白组学研究进展的一篇综述，感觉很好，贴出来分享！链接如下：
cuturl('http://www.stcsm.gov.cn/learning/lesson/shengwu/20030211/lesson-4.asp')
作者: u234    时间: 2013-6-1 17:51

也就是说要经过几年的功夫。这样的分析速度怎么可以称作高通量？

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是啊，在中国是没法进行高通量，但并不代表着在世界没法进行高通量。说到底还是“钱”得问题啊！
在日本大阪，据说一个蛋白，15KD以下，只要它能用NMR解结构，从得到数据起，1个人15天就可以submit到PDB中去了。

至于那张图，推荐看看全文把，不是简单得综合，而是把全部得interaction都用Y2H验证过了，并且不止原有得，还发现了很多新得。看完你会有所feeling得。

就我所知，现在得蛋白质组研究，如果是以某种病毒为载体（如SARS－CoV），就是把它得所有ORF都找出来，看看结构(genome structure)，所有得interaction，然后再受体啊，抑制剂啊，药物设计啊。只有像人这样得复杂生物，需要得是全世界得能力，例如中国就分到了肝脏。 为此中国投入了多少钱！！！！

至于“比较蛋白质组学”，这只不过是第一步而已，仅仅是能看出初步的“不同状态下细胞蛋白质组的变化” ，能说明为什么吗，能预测吗？

如果你有时间，有兴趣，建议去看看那个肝脏得项目把，我觉得那个项目是中国最好得蛋白质组得项目了！
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:53


相关疾病：
肝癌

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是啊，在中国是没法进行高通量，但并不代表着在世界没法进行高通量。说到底还是“钱”得问题啊！
在日本大阪，据说一个蛋白，15KD以下，只要它能用NMR解结构，从得到数据起，1个人15天就可以submit到PDB中去了。

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这好像不光是钱的问题，更多的是技术问题。15kD以下的蛋白占的比例好像并不多，要用NMR解析还要解决溶解问题。就这样还得15天才能搞定一个，并且还是“从得到数据起”15天，那么得这些数据药多久呢，纯化一个蛋白就够做得了。这不是有钱买多少超贵设备就能解决得了的，是技术上存在瓶颈。跟现在已经公认达到高通量分析的核酸一比就知道技术上的差距了。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:53

至于那张图，推荐看看全文把，不是简单得综合，而是把全部得interaction都用Y2H验证过了，并且不止原有得，还发现了很多新得。看完你会有所feeling得。

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有时间我可能会去看看原文。我想说的是验证不是什么困难的事情，熟练的技术员作Y2H是很快的。问题是如果没有原先的结果，拿什么去验证？发现一个新蛋白和一种新的相互作用是要花很多精力的，而用Y2H验证相对来说就是太简单的事情了。还有的一些新的东西，也是建立在大量原有工作基础上的。如果没有这些，也就是说去对一个全新的物种作这样一张图，我觉得就是全世界所有力量联合起来也不一定在五年之内能搞定。相比之下测一个新物种的基因组，几千万人民币两个月，一个华大就搞定，说明蛋白质组技术和高通量的目标差得还远。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:54

至于“比较蛋白质组学”，这只不过是第一步而已，仅仅是能看出初步的“不同状态下细胞蛋白质组的变化” ，能说明为什么吗，能预测吗？

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我承认这是第一步，而且我认为这是现在唯一有意义的，因为这是据我所知到目前为止所有蛋白质组学技术里唯一一个实现了高通量的。2D号称分辨3000个点，实际分辨1000个一般可以实现，也就是说可以同时比较1000个蛋白的表达有没有差异。有了差异当然说明问题，说明这些有差异的蛋白的功能可能跟细胞所处的状态的变化相关。接下来的任务就是去仔细研究这些蛋白的功能，注意是一个一个去研究。所以我认为蛋白质组分析到了找到有差异的蛋白点就已经结束了，接下来的功能研究因为无法高通量进行，只能一个一个来，所以不是蛋白质组，而是还跑不出传统的生物化学跟细胞生物学。至于预测，我还不知道什么东西可以准确预测蛋白，有60%准确率就相当好了。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:54

如果你有时间，有兴趣，建议去看看那个肝脏得项目把，我觉得那个项目是中国最好得蛋白质组得项目了！！

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据我所知这个项目的主要目的是想找到肝癌和肝炎的可能的治疗途径，用的思路就是差异表达。找到候选蛋白质后可能会仔细研究结构，功能以及设计药物。但是这个阶段已经不再是蛋白质组了，因为这个阶段都只能一个蛋白一个蛋白来做。我认为不能实现高通量就不能叫组学。

为了消除误会我最后说一点，我不是说不应该去研究蛋白质组学，或者不应该用蛋白质组学的方法，相反我认为这个概念的提出很有意义。可问题是现在的技术离蛋白质组的要求差的实在太远了，无法高通量分析蛋白的结构和功能，根本不可能在蛋白质组水平上开展研究，只有差异表达真正到了可以实用的阶段。所以我认为，现在的蛋白质结构与功能的研究跟几十年前相比在技术上没有本质的革新，还是一个一个的来。如果这个问题不解决，蛋白质组学或许就只能是一个idea。
作者: uuooii    时间: 2013-6-1 17:55


重新看了一下帖子，发现我们想得不是一个东西，^_^，误会啊！

蛋白质组学有什么意义呢？应该说没有意义，没有价值。 一种方法能有什么意义？就好像我们总说“ 利用蛋白质组学来研究×××××”， 有意义得是在“××××”， 能拿到funding，发paper得是因为“×××××”，而不是因为“蛋白质组学”
不论“高通量”还好，还是其他什么还好，个人认为只要和蛋白有关得方法就叫“蛋白质组学”，其实叫不叫又有什么关系呢？能解决问题得方法才是有意义得，能帮助发paper才是有意义得。换一句话说，能解释生命现象得才是有意义得。

如果说“高通量得蛋白质组学”还只是个idea，oh ,ok, give me a break! i will not be care it any more!

^_^如果这样得，相信那些研究“蛋白质组学”得人马上就会把“高通量”去掉。

其实“高通量”就是个广告，吸引人得。有谁见过广告上得是100％得？^_^

就好像现在得楼上说只要有30％得同源，就可以预测结构了，可谁相信呢？

PS：“传统的生物化学跟细胞生物学” 呵呵，不知道为什么要用“传统”。我觉得不管用什么方法，最终都要归结到bio-functional study!
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:56

最近我也一直在想这个问题，也没想得太明白。我觉得现在组学这个名词很流行，所以世界各地的学者造出了n多以ome结尾的词，多少有点炒概念的意思，为了自己可以申请到更多资助。真的较起真来，蛋白组应该是去研究所有蛋白，但是谁也不敢保证能做到一个蛋白也不落下。其实不管什么组，好像要做到真正的全部一点不缺都是不太可能的。的确像你说的，应该把蛋白质组学看作一种技术，或者说一种思路，即大规模的筛选可能的靶点。用2D也好，用NMR也好，这才是有意义的。
作者: jujuba    时间: 2013-6-1 17:56


对于蛋白质组学来说，要实现"高通量",这个可能从生物信息学的角度考虑实现的可能性要大一点。从样品的分离和鉴定两步来看，都有其瓶径。现在样品在初处理后，主要是用HPLC或者2-D来分离，至于鉴定主要是MS。对于MS的效率，而且有些MS消耗样品少且测定速度很快。至于它的可信度，我还是很相信的。比如，MALDI-TOF,由于m/z 的限制，所以很多蛋白都是需要水解成多肽来测定。能测定出30%的多肽就很不错了。

另外，我也相信楼上等人的观点，蛋白质组学，生物信息学，*********很多很多， 都是一个技术，都是一个"idea",都是一个工具，对于从事生物的人来说，他的意义是我们怎么利用这个工具，从某个切入点能做出“东西”，。。。。。

诚希望能有高人指点，多谈谈这个方面的问题 。
作者: 04906    时间: 2013-6-1 17:56

受益不少！
蛋白质组学、蛋白质化学、蛋白质工程学、......都是一个概念吧，着重点不同，使用的方法有差异，便于交流而已。
最终还是：“其本质都是为了研究生命（deadsea ）” ；
是不是哪位伟人说过“生命的本质是蛋白质”呀？
作者: ROSE李    时间: 2013-6-1 17:57


就目前来说，谈蛋白质组学的具体应用似乎远了点，焦点在其方法学上的发展，如从传统的2DE到DIGE到PF 2D到心想事能成的时候，也就是它无限风光之时。
鄙人呕心沥血作了一个有关proteomics的ppt，约7M，想上传，how?希望同行们不吝赐教！
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:57


楼上说的有道理，现在还是技术方法达不到idea的要求，所以发展新技术挺重要的。你的ppt要上传的话最好另开主题。
作者: 8s5g    时间: 2013-6-1 17:58

如果要发展新技术的话，在蛋白质组中，除了2D系统，其他的最好需要有化学，物理的background，数理能力要很强。

如果只是biology的backgroud，想发展新技术还是很困难的。就算是在2D系统中，也只能改进样品的处理方法，没办法从根本上发展。

我觉得现在蛋白质的研究的瓶颈在于，没有一种方法可以实现蛋白质的体外，高效，特异性的扩增，就像PCR一样！^_^如果有人实现了，肯定是nobel
作者: 911    时间: 2013-6-1 17:58


最近也是在考虑蛋白质组的一些方面，愿与大家讨论：
1 蛋白质组学现在是一个起步阶段，需要做大量的基础工作；
2 现在检索文章所见的蛋白组学的研究，绝大部分集中于结构的研究，功能蛋白组学现在还谈不上；
3 前面的许多研究，如对某单一分子、单一蛋白质、单一炎症介质等的研究已经非常深入，但是机体是一个整体，实际出现的变化，绝不是单一的一种作用，或者单一的一种表达。所以“组学”的研究，也就成为了必然。（有些象熬中药，哈哈）；
4 曾经设想过一种理想的实验：叫先找差异，再找共同点。就是说，如用三种不同的物质刺激大鼠，产生炎症反应；然后分别寻找出三种不同的刺激前后的差异，而再将这三种差异中寻找共同点，这样的研究某一通路的方法意义可能大一些（诸位有敢于这样干的吗？）
5 对蛋白组学的研究，翻看了人类对抗疾病、寻找生命秘密的新的一页，但是现在这一页可能是扉页，我们看到的东西太少了。但是，回过头看看，凋亡、NO等等的研究，至今仍然未有穷尽，要看到希望。
以上是一点看法，不对处请指正
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 17:59

如果要发展新技术的话，在蛋白质组中，除了2D系统，其他的最好需要有化学，物理的background，数理能力要很强。

如果只是biology的backgroud，想发展新技术还是很困难的。就算是在2D系统中，也只能改进样品的处理方法，没办法从根本上发展。

我觉得现在蛋白质的研究的瓶颈在于，没有一种方法可以实现蛋白质的体外，高效，特异性的扩增，就像PCR一样！^_^如果有人实现了，肯定是nobel

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同意楼上所言。发展蛋白质组学的研究技术不是单一学科能实现的，要学科综合才可以。

说到蛋白的扩增问题，这确实是蛋白质比核酸难研究的主要原因，毕竟量大了很多事情都好办。但是蛋白的特异性扩增问题实在太大了，第一就是自然界没有现成的酶系统，第二是核酸只是一级结构，蛋白就算能把一级结构特异性扩增，没有活性的话其意义也有限。
作者: veiwu    时间: 2013-6-1 18:00


相关疾病：
肿瘤

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3 前面的许多研究，如对某单一分子、单一蛋白质、单一炎症介质等的研究已经非常深入，但是机体是一个整体，实际出现的变化，绝不是单一的一种作用，或者单一的一种表达。所以“组学”的研究，也就成为了必然。（有些象熬中药，哈哈）；
4 曾经设想过一种理想的实验：叫先找差异，再找共同点。就是说，如用三种不同的物质刺激大鼠，产生炎症反应；然后分别寻找出三种不同的刺激前后的差异，而再将这三种差异中寻找共同点，这样的研究某一通路的方法意义可能大一些（诸位有敢于这样干的吗？）
5 对蛋白组学的研究，翻看了人类对抗疾病、寻找生命秘密的新的一页，但是现在这一页可能是扉页，我们看到的东西太少了。但是，回过头看看，凋亡、NO等等的研究，至今仍然未有穷尽，要看到希望。
以上是一点看法，不对处请指正

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3.我同意这种研究思路，孤立起来研究是不对的，但是话说回来了，我认为在一段时间内分析还原的思路还是主要的，毕竟生命太复杂了。不过整体研究还是应当受到重视，这就是现在说的系统生物学的思路。其实我不太喜欢系统生物学这个词，应为现在的所谓系统生物学研究很少可以真正的做到系统，只是研究用的是从整体上考虑问题的思路。不过话说回来了，各个学科的提出好像总是比这个学科真正建立要早不少时间。
4.你的这个思路好像不算很新。我没记错的话很早就有人研究过不同癌症内的基因表达，分别分析了癌组织跟相应的正常组织的差别，发现了许多癌症的基因表达的异常有相同之处。当然我不知道有没有人在蛋白质水平研究过，你可以去查查资料。我觉得这个实验不是很困难吧，应该没有什么敢不敢的问题吧？
5，的确每开创一个新的研究领域总会有人支持有人怀疑，时间会证明一切的。
作者: lgm    时间: 2013-6-1 18:00

我个人认为，无论真核还是原核，在生命活动中蛋白的相互作用远远超出我们的认知范围。蛋白质组学从出发点来考虑是好的，从整个生命体的宏观角度来看待每个蛋白质所起的作用及其相互联系。但是，目前我们所掌握的技术条件及理论知识还不能将我们的目的实现。我们只能在现有的技术条件下从一个侧面、一个静止的时间来观测部分蛋白的差异。另一方面，我们的下游技术差的还很远，因此就不能将所有结果全部分析。2-D只是一个过渡技术，还不能满足我们对蛋白质的探索。未来的技术应向整个蛋白质组、生命的各个时间段以及生命体间的蛋白质组的相互关系（如细菌与细胞的相互作用）方向发展。
作者: lgm    时间: 2013-6-1 18:01

蛋白质组学是一个新兴的学科，它的意义是非常巨大的：
但是在实验中，也有自己的一点小小的感慨：
1. 费用太高，电泳。MS都是价格不菲。抗体，纯化鉴定仪器明显高于核酸研究

2.理论研究缺乏，不如核酸研究的透彻。如果有心人会发现，我们的蛋白质技术还是停留在70～80年的知识，这么多年来，几乎没有改变；偶认为这是蛋白质组学的瓶颈！
3.蛋白质本身的多样性，确定的蛋白质一级结构但是可能有多种高级结构，也是我们研究的困难！
作者: tuuu2    时间: 2013-6-1 18:01


看了大家的讨论,我学到了很多东西.下面是我个人的一点看法:蛋白质组之所以不象基因组发展的完善,成熟,主要有一下原因,1 组成蛋白质的氨基酸20种,远远大于DNA中的四个碱基,因而排序方面的难度准确性很难保证.2 蛋白质的种类,功能远比DNA复杂的多,而单个蛋白质的功能性又不像DNA那么强,那么专一,生物的许多外部性状是通过多钟蛋白质的协同作用表现出来的,虽然某一性状对应一个或少数几个基因.因而从蛋白质的测序到功能对照,结果很不明显.而同时研究蛋白质的协同作用,一方面工作量巨大,另一方面仿佛无从下手.这是制约蛋白质组学发展的根本性原因.
作者: jingling845    时间: 2013-6-1 18:01

这个讨论确实非常有必要。很同意大家的意见。
1，蛋白质组学的研究方法到底有多可靠？
2，蛋白质组学研究的费用也是个巨大的问题。
解决了这两个问题蛋白质组研究的意义就比较明显了。毕竟是全面、系统，和以往的生物学研究相比是上了一个台阶。
所以在这两个方面的努力是我们认为对蛋白质组学研究最有贡献的领域。
所以我们主要做
1，鉴定结果的质量控制，谱图的自动分析；
cuturl('http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/jissue/109065264')
2，主要研究耗材的自给自足（不是二道贩子，是自己用于实验的，稍有富余，希望能支持中小实验室多做两个实验）；
cuturl('http://www.proteomics-cams.com/service/lc-svc.htm')
（人少，没有专人做网页大家不要计较。网页上bjxx.net的Email也不灵了。只有用电话了。近期会重新收拾一下。）
希望能对同行有帮助。
作者: idea2011    时间: 2013-6-1 18:02


我也在做蛋白质组方面的工作，对这方面有些了解。我的感受是，蛋白质组的最大意义在于它是从蛋白质的水平上来研究生命现象，比在mRNA水平的研究更进一步了。在生物体中，mRNA的水平与蛋白质的水平在很多时候是不一致的。另外，蛋白质的翻译后修饰是无法从基因水平上去研究的，而蛋白质的翻译后修饰对蛋白的功能是很重要的。另一个意义是，相对于传统的蛋白质研究策略来说的，蛋白质组学可以大规模地研究很多蛋白质。如Westrn 　Blot只能单个地研究蛋白质的表达情况，而2－d或ICAT技术可以同时发现很多蛋白质的表达情况。
作者: zhezhe    时间: 2013-6-1 18:02

我想讨论的是，蛋白质组学研究是不是想我想象的那样，只是能够为研究者缩小备选蛋白的范围，从而为选择到底应该去研究哪些蛋白提供一个方便。

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对于这个问题，小弟也看了一些，想过一段时间。
蛋白质组学提供了一种方法，一个看问题的独特的视角。正如上面某个仁兄提到的“能解释生命现象得才是有意义得”。也许真是源于这个基础， “高通量得蛋白质组学”似乎显示出了蓬勃的生命力。
记得以前看到一副图画：比较了以前的单基因时代和蛋白质组的差异，一个犹如钓鱼，一个犹如捕鱼。于是大家就开始嘲笑当年科研人们的研究速度太慢，效率太低。不过，在我看来，蛋白质组应用于诊断的开发，的的确确存在大的优势，这个大家都公认，尤其是很多相关仪器的开发更说明了这一点。
但是我们不能忽视的一个现实是，在完成重要功能分子筛选的同时，我们就应该去重点研究几个分子，唯有这种从整体到局部，最后通过局部的准确分析再去分析整体的功能，才是合理的。
我们始终要坚持“能解释生命现象”，而不是对所谓的方法非常的崇拜，虽然有的方法的确重要。
总之，研究生命的现象不是一个方法，一个学科能解决的。仅就从蛋白质组学研究而言，它决不能摈弃单基因的研究，相反应该紧密的结合。这不仅对生命学科需要如此，其他的应该也是相同的。正如我们现在要解决一个问题需要联合，需要各种方法的融合，各领域专家的交流。
作者: vcve    时间: 2013-6-1 18:03


蛋白质虽然不能像PCR那样子很容易就扩增，但是E.coli，yeast，哺乳动物细胞表达，基本上都能将蛋白加以表达，只是比较费事罢了。
作者: sunnyB    时间: 2013-6-1 18:03


蛋白质组学研究可以说是既依赖于技术又受技术的牵制。我想如果二十多年前如果没有2-DE技术的产生的话，蛋白质组学研究只能是纸上谈兵，目前还没有一种技术能像2-DE那样能够在一块胶上一次分离成千上万种蛋白质。但是2-DE的局限也是显而易见的，难溶性的，等电点过高或过低的，分子量过大或过小的，以及微量蛋白质都无法得到分离。
但是蛋白质组学研究的意义是不容否认的，人类从探索遗传信息的载体--基因转而研究生命活动的执行者---蛋白质，有人认为这是一次黑格尔式的回归。其意义在于人类不再孤立的去研究生命现象，而是从整体上去把握，运用联系发展的观点去把握事物的本质，可以大胆的预测，目前是蛋白质组学研究，若干年后还会出现一个什么组。
对于蛋白质组学的研究学术界一直都是存在争论的，有赞成的观点，也有反对的观点。我目前从事的工作使我更关注于企业界，严格的说是国内的制药界对蛋白质组学研究的参与。据我手头的资料，好像除了内蒙的亿利集团投入5000万资金参与组建高等院校蛋白质组学研究院以外，国内的制药企业尚无行动，可见至少在国内，产业界并不看好蛋白质组学研究，这也是可以理解的，据统计，新药的研发至少需要7年的时间，理论上借助于蛋白质组学能够大大缩短新药研发的周期，然而从97年至今刚好7年，国外大的制药公司均投入资金从事蛋白质组学研究，但并未见有找到有效的药物作用位点的报道。试问国内有哪一家制药企业有魄力投入巨资去从事蛋白质组学研究？
可见，蛋白质组学研究的意义是不容置疑的。蛋白质组学能够产生巨大的经济效益也是不容置疑的，只是在现在与未来之间，道路还很漫长，而且这条道路，需要用大量的资金去铺就。
作者: flower-201    时间: 2013-6-1 18:03


最近看到有人提出"代谢组学", 并声称是各组学"-OMICS"的终结者.

初步理解认为, 基因组引发蛋白组, 后者引发代谢组....
作者: kuohao17    时间: 2013-6-1 18:04


关于"代谢组学"，前一阵看到有人用1DNMR来研究"代谢组学"，哇，感觉非常的不可靠，就靠1D能研究什么？

不过话说回来，如果能够实现2D or 3DNMR在代谢中的研究的话，就很有价值了。至少比放射性同位素好。

BTW：最近了解到NMR在大规模药靶筛选中有很好的作用。不知道这算不算蛋白质组？^_^
作者: 大海啊故乡    时间: 2013-6-1 18:04

我是个新手， 问个比较菜的问题，蛋白质组学贵在何处？设备？
作者: avi317    时间: 2013-6-1 18:05

我是个新手， 问个比较菜的问题，蛋白质组学贵在何处？设备？

蛋白质组学是基因组学的后续，就是研究一个基因组、一种生物或一种细胞所表达的全套蛋白质。高通量（200-300蛋白质/天）、高灵敏（fmol）、高分辨率（>10000）、高准确（5pmol)就是蛋白质组学的最大特点。

蛋白质组学的技术支持有两个，一个就是双向电泳，另一个是质谱。前者可以达到分离蛋白的目的，后者可以经分离的蛋白一一鉴定。
作者: lgm    时间: 2013-6-1 18:06

我是个新手， 问个比较菜的问题，蛋白质组学贵在何处？设备？

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我是个蛋白质组学的新手，因为单位刚刚采购了一套相关设备，因而有所了解。

设备：
双向电泳和高通量垂直板电泳系统约3万USD；
图像扫描与分析软件约2万USD；
斑点挖取系统约10万USD；
酶解系统约7万USD；
DIGE系统（Typhoon＋Decyder）约12万USD。

耗材：
等电聚焦干胶条，昂贵，消耗量大；
荧光素，天价。
作者: DONT    时间: 2013-6-1 18:07

医科院蛋白中心有自制的等电聚焦干胶条，可以减少一些日常费用。
作者: ROSE李    时间: 2013-6-1 18:08

各位高手就蛋白质组学技术方法已谈论的比较全面了！理解更深入一些了！

对于对蛋白质组学的意义的置疑，我是这样想的：

一切都是一个由量变到质变的过程！现在在差异比较之后可能后续的分析工作很繁琐细致，是高通量的“瓶颈”！看来又回到生化分析和单个蛋白的研究，似乎是“退”！但我个人认为是“以退为进”！对少数具体蛋白的研究有利于药物靶蛋白的筛选研究和透彻理解！而其附带效应是提供具体示例，作为将来高通量研究的基础！

比如，对某种模式生物大量的蛋白的透彻了解（目前我认为对大部分蛋白都难以说有绝对的透彻了解），就对发现其共性和特性提供了可能！这时再借助生化知识、信息技术、仪器开发等综合应用，发现奇迹！

也行结构同源性（比如三级结构的诱导）、作用过程相似性（同一家族蛋白识别方式）、合成修饰的关键因子（类似pcr中Taq酶一类的关键性因素）就这样被发现了！！

够乐观吧！
作者: fsdd817    时间: 2013-6-1 18:15


蛋白组学可以分为“完全蛋白组学”和“差异蛋白组学”，完全蛋白组学的意思就是类似基因组学的研究一样，把所有的蛋白都鉴定出来建成数据库，但目前的蛋白组学技术十分不成熟，所以不现实。因此，差异蛋白组学的现实意义就很大了，简单说就是通过比较“正常”和“异常”，处理前后....，得出有意义蛋白，鉴定就只能一个一个的来了。
作者: wood533    时间: 2013-6-3 15:09


我的理解是蛋白组学不能说一点用处没有，有点象一些基础科学的研究，感觉上没有短期的效益，前一段时间在杭州开会，碰见ABI的副总，他提出的看法是无论什么组学，最终的目的都是分析一个BIOMARK，就象蛋白组学的研究，最后还是回到了某些关键性的蛋白上，前面所做的工作也就是辅助作用。所以看你课题的大小来决定你开展的实验规模。
作者: veiwu    时间: 2013-6-3 15:09

蛋白质组研究在国内已经成为一种时尚和潮流，从最近的蛋白质组大会的论文上可以看出，国内蛋白质组研究已经遍布生物学各领域，动物，植物，微生物，育种，繁殖，发育。而且还有一些试验技术的改进和探索。我觉得其实大家不要一窝蜂的把自己的研究成为蛋白质组研究，有的就是生物质谱而已。我觉得生物研究应该以试验目的为核心，围绕这个目的来选择试验方法作为工具。现在生物质谱用起来很方便，大家不妨结合原有的技术联用一下生物质谱，可能会起到意想不到的效果。
蛋白质组研究并不是越大，越全则越好，试验思路好的话，瞄准一个小的目标，用生物质谱技术攻克，就能发一篇不错的文章。关键是思路。蛋白质组的优势是解决别的技术不能或者不好解决的问题，而不是万金油，哪都能抹一抹。
作者: kuaizige    时间: 2013-6-3 15:10


我觉得蛋白质组学本身是有意义的,做蛋白质组是无可厚非的,是要做的,但不是一哄而上,蛋白质组现在是泡沫,有其国内的人都开始赶时髦,好多单位都要做,国家真有这么多钱吗?但最后做的怎么样?大家都可以看见,简直又回到50年代,大炼钢铁了! 我只是对目前这种科研状态表示忧虑.
我觉得蛋白质组的意义在于分析一个细胞或组织在不同的生理状态下整个蛋白质的变化情况, 来全面了解蛋白质的的行为. 所以,蛋白质组必须走向定量化, 分析蛋白量的变化. 大家应该都知道国际上作蛋白质组最牛的人吧. 南丹麦大学的Matthias Mann, 他的研究基本上在引领蛋白质组的发展方向
作者: u76mp    时间: 2013-6-3 15:11


本人虽是个门外汉，但也认为讨论这个问题的确很有必要。从各位的讨论中学到了不少东西。目前从未做过蛋白组学方面的研究，但可能准备在这一方面开展血管方面的研究作为本人的博士课题。
cryptic写道：
“蛋白组学可以分为“完全蛋白组学”和“差异蛋白组学”，完全蛋白组学的意思就是类似基因组学的研究一样，把所有的蛋白都鉴定出来建成数据库，但目前的蛋白组学技术十分不成熟，所以不现实。因此，差异蛋白组学的现实意义就很大了，简单说就是通过比较“正常”和“异常”，处理前后....，得出有意义蛋白，鉴定就只能一个一个的来了。 ”
就我目前浅显的水平认识从“差异蛋白组学”进行研究比较有临床意义，也比较容易实现，通过比较正常组织和异常组织的蛋白差异，可以发现疾病的特异表达蛋白，这对于某个疾病的早期诊断或提供药物治疗的靶目标应该说具有重要的意义。
作者: sunnyB    时间: 2013-6-3 15:14


应该说做蛋白质组是一个历史的必然。我蛋白质是生命活动的具体执行者。从蛋白质入手上可以达到DNA,RNA水平，下可以和生理活动联系起来。
完全的蛋白质组研究和差异蛋白质组研究其实是从两个方面走向一个终点。就如同爬山，一个从南坡爬一个从北坡爬。有了完全的蛋白组学我们可以知道一个生物正常发育。差异的蛋白组学可以让我们找到如何去应对各种不良因素的挑战（包括自然的和非自然的，包括动植物和人本身）
作者: one    时间: 2013-6-3 15:14

我觉得大家似乎不是担心蛋白质组学的研究有无意义，而是都对蛋白质组学的研究进展过缓或者说伪“高通量”感到不满。我个人觉得抛开前人对各个体蛋白质的研究来谈纯粹的高通量有点不可思议，因为没有对个体蛋白质的研究谈何一个细胞甚至一个组织整体活性蛋白质的了解？更不必说各种活性蛋白质之间的互作了！所以这种时候谈功能蛋白质组条件未必成熟，而对表达蛋白质组进行研究是一种切实可行的策略。就像以前DNA序列的研究一样，后来出现的各种数据库都是总结的前人的工作不断充实和改进的结果，我想蛋白质组学的研究也应该是一个这样的过程，想一蹴而就是不现实的。像前面说的那个果蝇蛋白质组互作图，这是一篇很为人津津乐道的出色工作，我也看过，我觉得虽然可以肯定这个图只是一个大致，甚至以后会发现里面必然有不少错误，但是它并不妨碍人们把它看成一件出色的工作，它也确确实实代表了一种蛋白质组的研究策略或者说目标。个人认为现在研究单个的基因和单个的蛋白质对人类来说已经是一件很轻松的事情了，但是基因的调控机制和蛋白质之间的互作就另当别论了，而这也是人类最终解码生命奥秘和疾病治疗以及创造新的生命体的必须跨越的难题，任何一种新的技术，甚至还没有发现的将出现的技术，都是为了这一目标服务的，前人以及今人的工作也是为了以后的这一目标服务的。
作者: yueban-1147    时间: 2013-6-3 15:15


蛋白质组学，很大程度上是一种或者一类技术，具体用这种技术研究什么以及发现什么有意义的信息，要看设计者的思路以及这项技术本身功底的深厚程度。就象是PCR，这个化时代的技术手段，给人们带来的不只是基因序列的扩增一样。
作者: 阿凡提    时间: 2013-6-3 15:15


看了各位的高见,心里颇有感受,我认为蛋白质组学是生物技术发展到这一阶段的产物,目前关键的问题不是研不研究的问题,而是怎么样来改进研究方法更好的研究的问题
作者: yueban-1147    时间: 2013-6-3 15:15


对不起,必须纠正一下,蛋白质组研究的一个策略鸟枪法的英文名是shotgun,不是shortgun,蛋白质组专业的朋友们不能犯这个错误！
作者: 阿凡提    时间: 2013-6-3 15:16


看了各位的高见,心里颇有感受,我认为蛋白质组学是生物技术发展到这一阶段的产物,目前关键的问题不是研不研究的问题,而是怎么样来改进研究方法更好的研究的问题
作者: yueban-1147    时间: 2013-6-3 15:16


利用蛋白质组的手段，找差异，是其中的一个重要的方面。这种差异即体现在量上（表达量的高低），也表现在质上（有，或者无）。但是，仅仅是把蛋白质组研究局限于此，那就有失偏驳了。正如haoyw战友所说的，利用蛋白质组的手段，进行整体的分析蛋白的表达规律和行为特点，把细胞乃至集体的信息点（如，相互作用，信号通道等）以相对更加概括的手段连接起来，形成一个信息网络，或者说生活活动规律的信息有机体，这可能更是蛋白质组多追求的重要目标。诚然，蛋白质组发展还只是刚刚开始不久，很多新的技术手段还有待开发和完善，目前所能解决的问题可能还相对有限，但，把它放入科技发展的长河中一看，可能会对它发展的看法更加积极和乐观。 抛一砖。。。。。。。
作者: tianmei001    时间: 2013-6-3 15:16

蛋白质组学的终极目标：搞清所有蛋白是如何 有序的 组织在一起的，然后分别合成，添加核酸糖脂...，“搅和搅和”，咦，造出一个人工细胞！
作者: ukonptp    时间: 2013-6-3 15:17


兵马未动,粮草先行.
proteome 技术先行.
作者: rxcc33    时间: 2013-6-3 15:17


任何一个时期都会有研究热点，目前这个热点就转移到了蛋白质组学，本人初入这一领域，对国内同仁对蛋白质组的热情、资金的投入着实感到惊讶！
蛋白质组学想象的很有前景，但是它的技术手段并不成熟，现在动不动就研究整个器官的蛋白质组学，成功率究竟有多少？即使出来结果，它的可信度又有多少？通过分子量来推测千变万化的蛋白/肽我总感觉有点玄！单一的就这么玄，上千上万组合起来企不是更玄？我们真的有必要去凑这个热闹吗？而且从我们的国情考虑，研究差异可能比研究整个组学更有意义。以上是本人的陋见。
作者: tie8    时间: 2013-6-3 15:18


就目前来说，蛋白质组学远没有想象的的那末神秘，只能作为一种手段，来发现某一生理条件下，某种蛋白的表达差异，进而用其他的分子生物学手段研究其功能。
作者: c86v    时间: 2013-6-3 15:18


用蛋白质组学可以进行很多的工作，不可否认是一种比较强大的研究手段。但这一手段有其优势，可从整体来对蛋白进行研究。也有其不完善的地方，忽略了单一蛋白的研究，也不能反映出具体蛋白质的功能，其核苷酸的表达调控状况等等。因此，应该借助与其他的方法一同进行。而这一方法应该与你的研究目的相一致。这才能显出蛋白质组学的作用与意义。
作者: birdfish    时间: 2013-6-3 15:18


个人觉得蛋白质组学只是一种工具, 必须与特定的biology event结合起来才能更有意义,biology event包括的范围很广,如疾病,发育,衰老,代谢……
如果把蛋白质组学的各种策略(如差异蛋白质组学,亚细胞蛋白质组学,翻译后修饰蛋白质组学以及蛋白-蛋白相互作用等等)与biology event相结合,相信还是很有前途的.
作者: H2O    时间: 2013-6-3 15:19


生命活动的本质是“蛋白机器”的有机组合。人类对于蛋白质的研究已逾百年，但以往的视角只是针对生命活动中某一种或某几种蛋白质，这样难以形成一种整体观，难以系统透彻地阐释生命活动的基本机制。蛋白质组学给了我们这个全面了解生命活动的机会。现在的蛋白质组学的研究的确存在一些问题，如：烧钱、结果不一定可靠。但随着科技的发展，蛋白质组学的研究将会显示出其的生命力。
作者: fsdd817    时间: 2013-6-3 15:21


生命活动的本质是“蛋白机器”的有机组合。人类对于蛋白质的研究已逾百年，但以往的视角只是针对生命活动中某一种或某几种蛋白质，这样难以形成一种整体观，难以系统透彻地阐释生命活动的基本机制。蛋白质组学给了我们这个全面了解生命活动的机会。现在的蛋白质组学的研究的确存在一些问题，如：烧钱、结果不一定可靠。但随着科技的发展，蛋白质组学的研究将会显示出其的生命力。
作者: bling    时间: 2013-6-3 15:21


相关疾病：
肿瘤

蛋白质组学只是个新名词，用来概括综合以前和蛋白质研究有关的领域，使蛋白只科学的研究不再支离破碎，从而整合成一个相互联系，发展和全面的学科。 不要形而上学的认为这是个新学科。

蛋白质的结构与功能： 包含一级结构的测序，蛋白质的修饰，蛋白质3D结构的解析及其功能关系。

蛋白质功能研究： 主要是研究蛋白质的活性， 互作，和定位

蛋白质的表达. 差异表达仅是蛋白组学的一个小小的领域。 蛋白质互作，定位，修饰是表观遗传学的

这三者在不同的生命周期中， 疾病和治疗中的联系是很关键的。 以前的蛋白质研究比较孤立和片面， 很难形成一个整体的功能网络式的联系成一体。

简单的作个比喻： 目前的癌症特征蛋白是差异表达， 但蛋白质的修饰在癌症的发生和死亡中有着举足轻重的表观遗传学的作用。 也许在表达上没有差异， 但如果在修饰上存在差异， 那么就是诊断和治疗，研究癌症机理的一个突破口。

蛋白组学目的是在宏观上简单化，有助于再具体上给研究者提供思维上的联系，更好的发现问题和解决问题而不是复杂化。 如果是孤立的，那么就复杂化了。 蛋白组学就是蛋白质学科一目了然GPS和地图，具体你要到那一个地方，你还是要亲自跑， 不存在高深或优越的问题， 那是人的意识形态和科学无关。
作者: langlang    时间: 2013-6-3 15:22

可以用来删选标记物，但是的确很花钱。
作者: 89tongzijun    时间: 2013-6-3 15:23


我觉得参与讨论的人员大部分并非真正的蛋白组方面的研究人员，其实proteome不仅有未来，而且可以实现基因组很多无法实现的新工作。MALDI-TOF相关的2D-gel已经属于过去式，早已经不是主流；当前的主流是LC-MS/MS，可以实现微量的蛋白组研究，同时LC-MS/MS的高通量最高可以鉴定到上万个蛋白（2011年就是实现了人类培养细胞中1万个蛋白的鉴定），今年甚至有人实现human brain的1.6万蛋白的鉴定（一类细胞RNA大约也就是1.6万个，组织的RNA可能多一些）。 不仅仅蛋白鉴定，定量蛋白组，目标蛋白组，修饰蛋白组，互作蛋白组，仪器改进，色谱优化（多级色谱组合），质谱信息分析，位置蛋白组，多肽组，down-top蛋白组，抗体组等等方向发展都是非常迅速的。



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