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标题: 【讨论帖】白质组学与多肽阵列技术答疑专帖 [打印本页]

作者: 2541 时间: 2013-6-29 11:54 标题: 【讨论帖】白质组学与多肽阵列技术答疑专帖

后基因组时代，科学家们已将研究重点由基因组学研究转向功能蛋白质组学研究，而蛋白质与其它生物大分子如其它蛋白质、核酸及多糖之间的相互作用研究则是蛋白质组学研究的关键部分。多肽阵列技术是目前研究这一相互作用最新且最好的技术之一，它是一种新型生物芯片，使用自动化仪器通过原位合成技术将特意设计的成百乃至上千的多肽以极高的密度置于特殊处理的载体矩阵之上（如玻璃或滤纸等）。使用这种高通量的生物芯片，科学家们能够直接揭示蛋白质与其它生物大分子之间相互作用的秘密。

特开此蛋白质组学与多肽阵列技术答疑专帖。对站友们提出的问题给予解答，希望能够和大家相互学习，共同进步。

任何与蛋白质组学与多肽阵列技术有关的问题（包括产品、样品准备、实验设计、后续分析等问题），大家尽管提出，我们会尽力解答，也欢迎站友们参加讨论。

作者: wmp1234 时间: 2013-6-29 11:55

你的微阵列芯片是什么材质的？

作者: 2541 时间: 2013-6-29 11:55

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原帖由 wmp1234 于 2013-6-29 11:55 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你的微阵列芯片是什么材质的？

我们的芯片是在硝酸纤维素膜上的

作者: wmp1234 时间: 2013-6-29 11:56

奥，我看了你们的宣传材料，应该是原位合成吧？那，一般情况原位合成效率是多少？
我现在手上有个蛋白想找一下抗体结合的具体位点，是否适合？酵母杂交做了半年没结果，老板催的厉害！

作者: 2541 时间: 2013-6-29 11:56

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原帖由 wmp1234 于 2013-6-29 11:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

奥，我看了你们的宣传材料，应该是原位合成吧？那，一般情况原位合成效率是多少？
我现在手上有个蛋白想找一下抗体结合的具体位点，是否适合？酵母杂交做了半年没结果，老板催的厉害！ ...

多肽阵列是在膜上进行原位合成，合成效率大概在90%左右，
你要找与抗体结合的具体位点是可以用多肽阵列芯片来做的，
具体设计在下载的文档里有，你也可以直接咨询“博肽健诺威公司”。

作者: birdfish 时间: 2013-6-29 11:57

你好，我做双向电泳，用TCA/丙酮沉淀法提蛋白，是牛肌肉蛋白，配制胶检测，为什么每次都是高分子量蛋白（大于40kd）很少呢？

作者: 2541 时间: 2013-6-29 11:57

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原帖由 birdfish 于 2013-6-29 11:57 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你好，我做双向电泳，用TCA/丙酮沉淀法提蛋白，是牛肌肉蛋白，配制胶检测，为什么每次都是高分子量蛋白（大于40kd）很少呢？

你好！
很有可能是蛋白提取方法不合适造成的，TCA/丙酮主要用于提取微量蛋白，而且有时提取蛋白的溶解性较差。你可以试试其它的蛋白提取方法。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 11:58

多肽阵列技术可以广泛用于药物筛选、靶标确认、表位定位、疫苗开发，以及结构功能研究。同时出于对多肽药物不断增加的兴趣，这一技术也能用于多肽药物的研发，提高药物筛选的速度。

作者: kulee 时间: 2013-6-29 11:59

大家好！看了北京博肽健诺威公司的技术介绍，尤其是PEP-OVERLAP技术的介绍，很感兴趣，想问问：如果要做大鼠的血清，检测一下不同动物的某些感兴趣的蛋白表达情况，是否可以？能量化吗？
谢谢！！！

作者: 2541 时间: 2013-6-29 11:59

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原帖由 kulee 于 2013-6-29 11:59 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

大家好！看了北京博肽健诺威公司的技术介绍，尤其是PEP-OVERLAP技术的介绍，很感兴趣，想问问：如果要做大鼠的血清，检测一下不同动物的某些感兴趣的蛋白表达情况，是否可以？能量化吗？
谢谢！！！ ...

多肽阵列的技术在定性研究蛋白质-蛋白质（抗原-抗体，受体-配体，酶-底物）或蛋白质-其他生物大分子的相互作用中有明显的优势，然而在定量研究中仍然存在一定的局限性。如果要检测血清中某种蛋白的含量/表达量，建议使用ELISA或其他方法。

作者: 68943512yao 时间: 2013-6-29 12:00

这个方法是不是目前的iTRAQ

作者: 8s5g 时间: 2013-6-29 12:00

我想问一下，我从石蜡切片中提取蛋白，跑胶，从上到下挖胶鉴定得到的蛋白怎么有好多重复的，也就是说：从上到下分子量应该不一样，但鉴定到相同蛋白：如血红蛋白等，不知为啥从上到下相距那么远，怎么会鉴定到一样的蛋白肽段，能解释什么原因了，降解成不同的片段吗？
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16 NOL9_HUMAN
26 NOL9_HUMAN
12 NOL9_HUMAN

作者: 2541 时间: 2013-6-29 12:05

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原帖由 8s5g 于 2013-6-29 12:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我想问一下，我从石蜡切片中提取蛋白，跑胶，从上到下挖胶鉴定得到的蛋白怎么有好多重复的，也就是说：从上到下分子量应该不一样，但鉴定到相同蛋白：如血红蛋白等，不知为啥从上到下相距那么远，怎么会鉴定到一样的蛋白肽段，能解释什么 ...

石蜡标本在包埋之前经过甲醛固定，因此可能存在某些蛋白的亚基产生交联（如血红蛋白有四个亚基），因而产生上述现象。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 12:06

这个方法是不是目前的iTRAQ

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你好，多肽阵列技术与iTRAQ最大的区别在于其不能对结合的蛋白质定量。多肽阵列技术相较于与2D胶技术最大的优势在于，在筛查差异表达蛋白时它不受高丰度蛋白的影响，能够与低丰度蛋白特异结合从而鉴定出它们。

作者: am10 时间: 2013-6-29 13:11

楼主，这个可以用来分析蛋白复合体么？

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:12

楼主，这个可以用来分析蛋白复合体么？

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你好，分析蛋白复合体包括很多的方面，比如蛋白复合体的结构，蛋白复合体的功能等等。多肽阵列技术可以用来分析形成蛋白复合体的两种蛋白质结合的位点，结合位点关键氨基酸。可以用多肽阵列发现与某种蛋白相互作用或相互结合的蛋白质，验证两种蛋白间是否有相互作用。

作者: 12xunmei 时间: 2013-6-29 13:12

您好，如果我想提取金属蛋白的话，有什么方法？就是在提取的时候金属离子不丢失？谢谢。

作者: yueban-1147 时间: 2013-6-29 13:13

预测还是 XRAY 观察结构

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:13

您好，如果我想提取金属蛋白的话，有什么方法？就是在提取的时候金属离子不丢失？谢谢。

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你好！金属蛋白有很多种，并且存在不同的组织细胞中，所起的功能也不同。因此您在进行提取的时候需要根据您所要提取金属蛋白的种类和性质，确定提取方法；而不同金属蛋白的具体提取方法，有很多的中英文文献可以查看、阅读。

作者: birdfish 时间: 2013-6-29 13:15

请问，每一个芯片能同时检测多少目标蛋白片段，也就是芯片容量有多大？

作者: tuuu2 时间: 2013-6-29 13:34

还是多用基因芯片吧。

作者: tuuu2 时间: 2013-6-29 13:36

基因芯片联合免疫组化吧。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:37

基因芯片联合免疫组化吧。

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您好！是多肽芯片，就是将多肽原位合成在膜上，进行后续检测。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:40

请问，每一个芯片能同时检测多少目标蛋白片段，也就是芯片容量有多大？

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你好！实际上我们是以多肽的点数来描述芯片容量，一般来讲在一张12cmx8cm那么大的膜上，2000个点没有问题。

作者: any333 时间: 2013-6-29 13:41

楼主好，请教在不同的pH下，由于不同氨基酸的pKa不同，造成的蛋白质的绝对电荷变化，比如在等电点条件下，绝对电荷为0.

但是如何根据蛋白质的序列，计算出不同pH下的蛋白质的电荷，希望给出相关比较权威的线索，小弟不胜感激！！

作者: 3N4G 时间: 2013-6-29 13:41

请问一下高人，滤液中有蛋白质、多糖、和甜菜碱两性表面活性剂，用磷钨酸测定表面活性剂含量时，蛋白质、多糖会干扰测试吗？如何解决？

作者: bs4665 时间: 2013-6-29 13:42

您好！请问多肽阵列技术可以不受高丰度蛋白的影响而筛选出表达有差异的低丰度蛋白吗？如果检测血清样本，一个样本的价格大约是多少？

作者: kuaizige 时间: 2013-6-29 13:42

楼主：我们能从双向蛋白质电泳上得到什么信息？电泳的时候，必须要加上蛋白Marker么？双向蛋白以后，凝胶上的蛋白点，是不是必须要经过测序才能估计它的pI和分子量等信息？

作者: dongdongqiang 时间: 2013-6-29 13:43

楼主，你好，我是一名研一的临床专业学生。很高兴看到这样的帖子，有个问题想请教您。
我在一篇文献看到activity-based proteomic profiling(ABPP),这个是种什么技术，是近几年发展的么？能不能请您稍微介绍一点这方面的知识呢？
感激不尽！

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:43

预测还是 XRAY 观察结构

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你好！不是预测，也不是XRAY的立体结构解析。是从肽链的层面去发现结合基序及蛋白结合基序中的关键氨基酸位点。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:44

您好！请问多肽阵列技术可以不受高丰度蛋白的影响而筛选出表达有差异的低丰度蛋白吗？如果检测血清样本，一个样本的价格大约是多少？

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你好！是的，因为蛋白与多肽是特异性的结合，因此能够不受蛋白丰度的影响筛选出特异表达的蛋白。具体的价格信息请您与北京博肽健诺威生物技术有限公司联系。电话：010-62988627

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:44

楼主好，请教在不同的pH下，由于不同氨基酸的pKa不同，造成的蛋白质的绝对电荷变化，比如在等电点条件下，绝对电荷为0.

但是如何根据蛋白质的序列，计算出不同pH下的蛋白质的电荷，希望给出相关比较权威的线索，小弟不胜感激！！

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你好！见如下网页：

cuturl('http://protein.dxy.cn/bbs/topic/21701543')

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:46

楼主：我们能从双向蛋白质电泳上得到什么信息？电泳的时候，必须要加上蛋白Marker么？双向蛋白以后，凝胶上的蛋白点，是不是必须要经过测序才能估计它的pI和分子量等信息？

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你好！你需要了解一些关于双向电泳的基础知识，给您推荐两个网页，希望可以帮助到您：

cuturl('http://www.biomart.cn/experiment/430/465/474/16236.htm')

cuturl('http://baike.baidu.com/view/898023.htm')

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:49

楼主，你好，我是一名研一的临床专业学生。很高兴看到这样的帖子，有个问题想请教您。
我在一篇文献看到activity-based proteomic profiling(ABPP),这个是种什么技术，是近几年发展的么？能不能请您稍微介绍一点这方面的知识呢？
感激不尽！

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你好！这个技术也称作activity based protein profiling (ABPP),主要是使用化学探针来检测具有相似活性位点的酶类。今年来结合MS极大提高了鉴定的效率。与我们的技术不同之处在于，我们的技术不是使用化学探针，而是原位合成多肽，起到类似探针的作用，能够将与多肽反应的蛋白捕获，也可以用来进行酶学分析，或者分析相互作用蛋白质的结合位点及关键氨基酸。
推荐一个网页：
cuturl('http://en.wikipedia.org/wiki/Activity-based_proteomics')

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:49

多肽阵列技术出现于上世纪80年代，发展于上世纪90年代，2000年后广泛应用于抗原表位筛查、蛋白相互作用研究、多肽药物开发、酶学研究等领域。蛋白质组学的提出，使该技术在组学方面的应用也逐渐为人们所重视。相较于传统的研究技术而言，其还是一个处在不断发展中的新技术。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 13:50

请问一下高人，滤液中有蛋白质、多糖、和甜菜碱两性表面活性剂，用磷钨酸测定表面活性剂含量时，蛋白质、多糖会干扰测试吗？如何解决？

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你好！对表面活性剂研究不是很熟悉，我想如果是跟电荷有关的测试，应该就与蛋白质有关系，因为在不同缓冲液中蛋白质的带电性是不一样的。

作者: mysmdbl 时间: 2013-6-29 13:52

您好！多肽芯片可以同时检测几个蛋白么？

作者: one 时间: 2013-6-29 15:34

请问贵单位芯片的容量有多大？一般一张芯片可以放多少个多肽片段？谢谢

作者: 2541 时间: 2013-6-29 15:35

您好！多肽芯片可以同时检测几个蛋白么？

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你好！是的，根据你的实验需要，可以同时将不同的蛋白以多肽的形式制作成阵列（芯片），用于检测。也就是在技术文档里所说的overlapping技术。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 15:37

请问贵单位芯片的容量有多大？一般一张芯片可以放多少个多肽片段？谢谢

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在一张12cmX8cm的膜上，合成2000个多肽点没有问题。

作者: 89tongzijun 时间: 2013-6-29 15:38

请问，我想检测血清中某些受体的自身抗体：原先是先合成多肽，然后ELISA做，可以用多肽阵列技术吗？这种受体有很多亚型，然后我们要检测上百个血样。多谢！

作者: 2541 时间: 2013-6-29 15:39

请问贵单位芯片的容量有多大？一般一张芯片可以放多少个多肽片段？谢谢

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你好！芯片容量8x12cm的膜上，2000个多肽点没问题，一般一张芯片放1000左右的多肽点。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 15:39

请问，我想检测血清中某些受体的自身抗体：原先是先合成多肽，然后ELISA做，可以用多肽阵列技术吗？这种受体有很多亚型，然后我们要检测上百个血样。多谢！

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你好！可以，根据受体蛋白序列，使用“overlapping”技术将受体蛋白分为不同的多肽原位合成于膜上，之后与血清进行反应。根据不同的亚型的蛋白序列制备多肽阵列进行检测，阵列膜可以重复使用。具体实验设计可以联系北京博肽健诺威生物技术有限公司，电话010-62988627。

作者: idea2011 时间: 2013-6-29 15:42

蛋白质组学，是考虑iTRAQ，还是label free的比较好？
另外，什么方法可以最大程度的得到整个蛋白质组，包括膜蛋白和球蛋白。如果分成膜蛋白和球蛋白分别鉴定的话，则价格太高。

作者: huifeng0516 时间: 2013-6-29 15:43

你好！很高兴看到你的这个贴，我想了解的是这和噬菌体表面展示有何区别和优势？
我本想用噬菌体展示法筛选和我现在获取的靶蛋白序列的一段接合力最强的肽段，请问能用你的这个技术么？

作者: ffooll 时间: 2013-6-29 15:47

三种不同疾病模型小鼠样本，正常组wt，正常组xx基因KO，疾病组wt，疾病组xx基因KO，每组各五只，只用肝脏组织，可以用这种多肽阵列技术分析差异蛋白吗？费用在多少范围以内？

作者: 2541 时间: 2013-6-29 16:38

蛋白质组学，是考虑iTRAQ，还是label free的比较好？
另外，什么方法可以最大程度的得到整个蛋白质组，包括膜蛋白和球蛋白。如果分成膜蛋白和球蛋白分别鉴定的话，则价格太高。

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关键是看你需要什么样的结果，iTRAQ是为了解决传统2D技术的不足而产生的，它解决了最早2D技术没能很好解决的一些问题，比如能发现更多种类及数量的蛋白，而且不需要凝胶，但在胞浆蛋白及蛋白量的变化方面，其不如2D，所以这两个技术是可以互补的。label free是一种进行peptidome分析的研究工具，是否用它取决于你的研究需要。
个人认为更大程度的获得蛋白信息，iTRAQ应该更有优势。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 16:40

你好！很高兴看到你的这个贴，我想了解的是这和噬菌体表面展示有何区别和优势？
我本想用噬菌体展示法筛选和我现在获取的靶蛋白序列的一段接合力最强的肽段，请问能用你的这个技术么？

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完全可以用多肽阵列技术，而这个技术的优势也在研究蛋白质相互作用方面。与噬菌体技术最大的区别就在于噬菌体技术依赖于生物系统及编码基因，需要经过生物系统加工。而多肽阵列是直接根据与您感兴趣的靶蛋白相互做用的蛋白序列来设计多肽阵列，就是前面提到过的“overlapping”技术，用原位合成的方式将与靶蛋白发生互做的蛋白以多肽的形式呈列于固相载体上，能够直接找到互做的位点甚至是分析互做的关键AA。所以它不需要基因序列，甚至可以没有序列，根据已有的多肽数据库，合成随机多肽阵列，去发现与你的靶蛋白相互作用的多肽，通量高，省时省力。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 16:41

三种不同疾病模型小鼠样本，正常组wt，正常组xx基因KO，疾病组wt，疾病组xx基因KO，每组各五只，只用肝脏组织，可以用这种多肽阵列技术分析差异蛋白吗？费用在多少范围以内？

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可以，根据疾病类型设计随机多肽阵列，提取肝脏总蛋白后与其反应，实验的费用需要根据你所合成的随机多肽阵列所含多肽数量而变化，具体范围不好说。如果您感兴趣可以和公司直接联系。

作者: vera+ 时间: 2013-6-29 16:42

完全可以用多肽阵列技术，而这个技术的优势也在研究蛋白质相互作用方面。与噬菌体技术最大的区别就在于噬菌体技术依赖于生物系统及编码基因，需要经过生物系统加工。而多肽阵列是直接根据与您感兴趣的靶蛋白相互做用的蛋白序列来设计多肽阵列，就是前面提到过的“overlapping”技术，用原位合成的方式将与靶蛋白发生互做的蛋白以多肽的形式呈列于固相载体上，能够直接找到互做的位点甚至是分析互做的关键AA。所以它不需要基因序列，甚至可以没有序列，根据已有的多肽数据库，合成随机多肽阵列，去发现与你的靶蛋白相互作用的多肽，通量高，省时省力。

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但我个人觉得，我目前的研究主要是需要短肽，多肽阵列技术能满足这种需求么？因为我们的研究并不只是基础研究，我们更希望进入到应用研究方面，所以短肽低免疫源性！

上面划线部分理解的不是很清楚。

作者: 2541 时间: 2013-6-29 16:48

QUOTE:

原帖由 vera+ 于 2013-6-29 16:42 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
完全可以用多肽阵列技术，而这个技术的优势也在研究蛋白质相互作用方面。与噬菌体技术最大的区别就在于噬菌体技术依赖于生物系统及编码基因，需要经过生物系统加工。而多肽阵列是直接根据与您感兴趣的靶蛋白相互做用的蛋 ...

您还是不太了解多肽阵列技术，多肽阵列上面的多肽都是长度在8-15个aa的短肽，而且通过这一技术发现的相互作用位点一般都在3-5个aa左右。如果找到与您目标蛋白有反应的肽，可以直接给您提供作用的相互位点序列，直接根据序列大量合成后就可以做后续的工作，这方面有很多成功的例子。所以用它达成你的实验目的完全没问题。建议您直接跟公司联系：010-62988627

作者: 2541 时间: 2013-6-29 17:55

"所以它不需要基因序列，甚至可以没有序列，根据已有的多肽数据库，合成随机多肽阵列，去发现与你的靶蛋白相互作用的多肽，通量高，省时省力。"
这句话的意思是，可以人工设计肽库，找寻与你的靶蛋白有相互作用的短肽。

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