标题:
【求助】大家看看,我这图,是不是核酸干扰啊
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作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:07
标题:
【求助】大家看看,我这图,是不是核酸干扰啊
这是我的牛肉全蛋白电泳图,在上样口处,有蛋白,这是不是核酸干扰啊??还有就是样品条带下端,会比上端窄,请大侠指教啊 !!
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作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:07
不像是有核酸干扰,感觉是你的胶没有凝好,或者你上样的时候是一隔一道上样,而且中间为空白道,什么都没上~~
上面的浓缩胶应该是破了吧,上样口处应该是沉淀,可能是你高温(煮沸)变性,而且变性上样缓冲液里以2-ME为主,高温的过程中很容易将这些还原剂氧化,不能充分使蛋白去折叠,从而产生沉淀,上样时又没有离心,就会积累于上样口,出现所谓的“鬼影”~~
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:08
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原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:07 发表
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不像是有核酸干扰,感觉是你的胶没有凝好,或者你上样的时候是一隔一道上样,而且中间为空白道,什么都没上~~
上面的浓缩胶应该是破了吧,上样口处应该是沉淀,可能是你高温(煮沸)变性,而且变性上样缓冲液里以2-ME为主,高温的过程 ...
谢谢啊 ,我确实是隔一个上一个样,不过我其实在煮沸前是有离心的,出现这个上样口沉淀,正常吗??有没有可以解决的方法啊,因为我这个蛋白样,是要用来做双向的呢,担心沉淀影响聚焦啊 ,其实我以前的电泳图,也出现过,越往下越窄,不知道这个是 什么现象啊??请指教啊
作者:
11_hjx
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2013-10-17 15:08
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原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:07 发表
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不像是有核酸干扰,感觉是你的胶没有凝好,或者你上样的时候是一隔一道上样,而且中间为空白道,什么都没上~~
上面的浓缩胶应该是破了吧,上样口处应该是沉淀,可能是你高温(煮沸)变性,而且变性上样缓冲液里以2-ME为主,高温的过程 ...
有的类似这样,在底部出现这个弧状,有的则是变窄,不知道可以解释这个现象吗??
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(2013-10-17 15:08, 15.23 KB) / 该附件被下载次数 5
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=19470
作者:
greenbee
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2013-10-17 15:09
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11_hjx
于 2013-10-17 15:08 发表
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谢谢啊 ,我确实是隔一个上一个样,不过我其实在煮沸前是有离心的,出现这个上样口沉淀,正常吗??有没有可以解决的方法啊,因为我这个蛋白样,是要用来做双向的呢,担心沉淀影响聚焦啊 ,其实我以前的电泳图,也出现过,越往下越窄,不知道 ...
这个应该没有太大影响,至多就是样品没有完全变性,有少量损失而已,如果你感觉对你的结果有影响的话,那就在变性结束再加适量的DTT或者2-ME,如果你做双向的话,推荐你用DTT,就是变性的上样缓冲液里就用含有DTT的,好像2-ME更容易出现这个现象;
如果沉淀了,那肯定会影响聚焦的;越往下越窄是你的电压偏高,两边泳道空载或者加样差距较大的时候更容易出现;可以把电压调低一些试试,然后两边尽量不要空,如果不加样就加大致相同的Loading Buffer
作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:09
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11_hjx
于 2013-10-17 15:08 发表
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有的类似这样,在底部出现这个弧状,有的则是变窄,不知道可以解释这个现象吗??
你用的六一的电泳仪吗?
作者:
11_hjx
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2013-10-17 15:10
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greenbee
于 2013-10-17 15:09 发表
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这个应该没有太大影响,至多就是样品没有完全变性,有少量损失而已,如果你感觉对你的结果有影响的话,那就在变性结束再加适量的DTT或者2-ME,如果你做双向的话,推荐你用DTT,就是变性的上样缓冲液里就用含有DTT的,好像2-ME更容 ...
谢谢啊,从这个图上看吗,觉得有哪些需要进一步改进的吗??
作者:
11_hjx
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2013-10-17 15:11
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greenbee
于 2013-10-17 15:09 发表
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你用的六一的电泳仪吗?
不是6.1的啊 ,我有好多图,都出现那样的弧形状的,不知道啥原因,我想是不是什么东西干扰蛋白样品了??谢谢啊
作者:
greenbee
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2013-10-17 15:15
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11_hjx
于 2013-10-17 15:11 发表
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不是6.1的啊 ,我有好多图,都出现那样的弧形状的,不知道啥原因,我想是不是什么东西干扰蛋白样品了??谢谢啊
下面出现拱起来的现象不是污染,如果核酸污染(一般是DNA的污染,因为RNA很容易降解掉)那条带会有点呈现V字形的趋势;
而你的是整块胶中间往上拱,以前用六一的总会这样;既然这样那你就检查一下你的电泳液吧,看看离子浓度是否合适,不要过高了……
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:19
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原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:15 发表
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下面出现拱起来的现象不是污染,如果核酸污染(一般是DNA的污染,因为RNA很容易降解掉)那条带会有点呈现V字形的趋势;
而你的是整块胶中间往上拱,以前用六一的总会这样;既然这样那你就检查一下你的电泳液吧,看看离子浓度是否合 ...
恩,非常感谢啊,你说的V字形,是不是说,就是底部有点尖的样子呢》》?就是整个泳道,下面比较尖,是这样的吗?
作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:21
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11_hjx
于 2013-10-17 15:19 发表
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恩,非常感谢啊,你说的V字形,是不是说,就是底部有点尖的样子呢》》?就是整个泳道,下面比较尖,是这样的吗?
不是,如果样品里含有DNA的话,条带会出现V字形的趋势,DNA含量少的话会中间稍微向下尖,含量越多往下尖的越严重~~
注意我说的是条带,不是泳道,条带跟泳道不是一个概念的……
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:21
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原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:21 发表
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不是,如果样品里含有DNA的话,条带会出现V字形的趋势,DNA含量少的话会中间稍微向下尖,含量越多往下尖的越严重~~
注意我说的是条带,不是泳道,条带跟泳道不是一个概念的…… ...
恩,明白了,就是说,条带不是平的,而是呈现“笑脸”状,非常感谢啊,你看我中间那个样品,出现拖尾,而且有点模糊,大侠觉得这是什么原因造成的 啊??
作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:22
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原帖由
11_hjx
于 2013-10-17 15:21 发表
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恩,明白了,就是说,条带不是平的,而是呈现“笑脸”状,非常感谢啊,你看我中间那个样品,出现拖尾,而且有点模糊,大侠觉得这是什么原因造成的 啊?? ...
里面有细颗粒状沉淀,所以出现拖尾;
条带呈现波浪状,可能你的样品里盐离子浓度过高;还有一点就是电泳缓冲液可能离子浓度也有点高,可以检查一下配方……
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:28
QUOTE:
原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:22 发表
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里面有细颗粒状沉淀,所以出现拖尾;
条带呈现波浪状,可能你的样品里盐离子浓度过高;还有一点就是电泳缓冲液可能离子浓度也有点高,可以检查一下配方…… ...
你好,这个颗粒状沉淀,是不是蛋白沉底啊??盐离子浓度高,我这个牛肉蛋白,也需要除盐吗??
作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:29
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原帖由
11_hjx
于 2013-10-17 15:28 发表
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你好,这个颗粒状沉淀,是不是蛋白沉底啊??盐离子浓度高,我这个牛肉蛋白,也需要除盐吗??
是蛋白的沉淀,但不是蛋白沉底,就是你变性的时候由于高温,还原剂被氧化,起不到应有的还原作用,蛋白质不能完全去折叠,仍然聚集在一起(这里可能我解释的不太明白,你可以查一下上样缓冲液里还原剂的作用是什么),从你的上样口也可以看出,的确有再氧化存在,颗粒沉淀就是这么来的;
至于盐离子浓度,跟你什么蛋白没关,是你用的裂解液可能含盐离子过高,或者你再做别的处理,比如透析或者层析什么的操作而使得盐离子浓度过高;不过这只是怀疑,还是首先建议你检查一下你的电泳缓冲液配方~~
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:31
重新跑了次,顶端那絮状的东西,是不是也是蛋白沉淀啊 ,这个有没有什么方法来解决啊??
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作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:33
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11_hjx
于 2013-10-17 15:31 发表
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重新跑了次,顶端那絮状的东西,是不是也是蛋白沉淀啊 ,这个有没有什么方法来解决啊??
应该是你的蛋白变性有问题,尤其是左起第4道~~
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:34
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原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:33 发表
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应该是你的蛋白变性有问题,尤其是左起第4道~~
你好,大侠在不?我又提蛋白跑了次,请帮忙看看,有哪些不足啊,这个是要上双向的!!你说的那个“鬼影”貌似还在啊,你们跑得时候都能很好的出去吗??请指教啊 !!
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(2013-10-17 15:34, 122.87 KB) / 该附件被下载次数 2
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作者:
greenbee
时间:
2013-10-17 15:35
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原帖由
11_hjx
于 2013-10-17 15:34 发表
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你好,大侠在不?我又提蛋白跑了次,请帮忙看看,有哪些不足啊,这个是要上双向的!!你说的那个“鬼影”貌似还在啊,你们跑得时候都能很好的出去吗??请指教啊 !! ...
有时候也会偶尔出现,很久没做了,没太在意了~~
其实从图上看,这张电泳图除了上样孔处看似有沉积之外,其余还都挺好的了,不知道变型用的是什么还原剂,推荐你用DTT,而且双向电泳本身也推荐用DTT做还原剂~~
作者:
11_hjx
时间:
2013-10-17 15:35
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原帖由
greenbee
于 2013-10-17 15:35 发表
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有时候也会偶尔出现,很久没做了,没太在意了~~
其实从图上看,这张电泳图除了上样孔处看似有沉积之外,其余还都挺好的了,不知道变型用的是什么还原剂,推荐你用DTT,而且双向电泳本身也推荐用DTT做还原剂~~ ...
恩,谢谢啊 ,是用的DTT呢!!
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