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标题: 【求助】SNP与数量性状的相关性分析请教 [打印本页]

作者: ns5fan 时间: 2013-12-19 15:12 标题: 【求助】SNP与数量性状的相关性分析请教

研究与繁殖力相关的SNP，每个个体都有连续型的表型值，请问如何分析单个SNP是否与该性状相关？（不是control-case形式）如果有多个SNP可以比较不同SNP与性状的显著相关性大小吗？分析显著性前需要对每个SNP都进行三种遗传效应(加性、显性、隐形)的分析吗？文献中回归方程Y=u+G+E如何在SPSS中实现？如果想构建预测该性状的方程，是不是可以直接用逐步回归得出？

作者: ns5fan 时间: 2013-12-19 15:12

阅读了一些文献，判断一个SNP是否与某一个数量性状相关，就是通过对三个基因型的数量性状表型值进行方差检验，如果AA>Aa>aa(>代表有显著性），认为SNP与性状相关并且是加性效应；如果AA=Aa>aa(=代表没有显著差异），认为相关并且是显性效应；如果AA=Aa<aa,则认为相关并且是隐形效应；如果三个基因型对应的表型值没有显著差异，就认为该SNP与性状不相关。不知道这样理解对不对？

作者: ns5fan 时间: 2013-12-19 15:13

继续补充观点：若研究SNP与某一数量表型的关联时，比较3种基因型的表型值是否有差别（单因素方差分析），用新复极差多重比较，这样每个SNP会有一个P值，根据这个P值作为每个SNP与性状的相关性指标。不知道是不是这样？

作者: 舞song 时间: 2013-12-19 15:13

新复极差多重比较；这个还没听说过

不过楼主可以用两两比较，得到每两个SNP间的数量表型有无差异

作者: ns5fan 时间: 2013-12-19 15:13

谢谢帮忙。只要有两种基因型的数量表型有显著差异就可以认为该SNP与性状相关吗？有相当一部分SNP AA>AT>TT，但没有显著差异。是不是还可以直接用线性回归，赋值三种基因型为0,1,2 因变量为数量表型，然后通过回归方程的P值来衡量是否显著相关？

作者: ns5fan 时间: 2013-12-19 15:15

还有，不同SNP与同一性状的显著性大小如何衡量？

作者: 舞song 时间: 2013-12-19 15:15 标题: 回复 #5 ns5fan 的帖子

自变量只有 0 1 2这三个值，用线性回归好像不在合适。具体用在遗传学中，不太清楚

作者: 舞song 时间: 2013-12-19 15:17 标题: 回复 #2 ns5fan 的帖子

如果只是单个snp位点，的确是这样。

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