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标题: 【求助】做分子标记对提取的DNA质量要求高吗? [打印本页]

作者: 大脑门儿儿 时间: 2013-12-21 14:09 标题: 【求助】做分子标记对提取的DNA质量要求高吗?

AFLP.SSR这些分子标记技术对提取的DNA有啥要求?如果提取的DNA质量不好比如发生断裂会影响标记的结果吗?谢谢!

作者: zhihui小新 时间: 2013-12-21 14:09

ＳＳＲ对ＤＮＡ的要求不高吧

ＡＦＬＰ好象对ＤＮＡ要求比较高

作者: 大脑门儿儿 时间: 2013-12-21 14:10

能详细说说吗?谢谢!

作者: zhihui小新 时间: 2013-12-21 14:10

AFLP我没有做过，这个就不好说了．据文献报道对ＤＮＡ的质量要求比较高．也就是说提取ＤＮＡ的过程比较复杂，你得把ＲＮＡ，蛋白质等之类的东西去干净，可能需要的量也比较大（凭自己理解说的，仅供参考）．

ＳＳＲ还做了点，可以说一下．比较而言，ＳＳＲ可能就不必这样复杂了，你制备的摸板能用来做ＰＣＲ就可以了．所以，一些粗提的方法提出的ＤＮＡ就用来做ＳＳＲ的摸板．甚至可以直接用枪头取点叶片加入到ＰＣＲ混合液中就能扩出来，但这个操作的时候也有点麻烦．我现在用过的一种最高效的方法是用两种缓冲液，不需液氮，也不用研磨，用这种方法，可以在不到一个小时的时间内制备９６个ＰＣＲ反应摸板，我是做的水稻，也不知你整哪方面哦．

作者: shanzhapia696 时间: 2013-12-21 14:10

楼上的朋友说的正是

AFLP对ＤＮＡ的质量要求比较高，因为需要定量和做酶切

ＳＳＲ制备的摸板能用来做ＰＣＲ就可以

作者: 大脑门儿儿 时间: 2013-12-21 14:10

谢谢楼上的各位.那么除了蛋白和RNA 以外,DNA 的断裂和降解会不会对标记产生影响?

作者: shanzhapia696 时间: 2013-12-21 14:11

会有一定的影响

但只要不降解的太厉害应该没问题

作者: shanzhapia696 时间: 2013-12-21 14:11

总的来说，DNA的断裂和降解都会有影响，因为那样会使一部分标记的位点丧失，从而会影响标记的多态性。对于SSR，DNA有少部分的断裂和降解不会产生太大的影响，对于AFLP来说，因为它要求作酶切，然后再连上接头作PCR扩增，所以如果样品DNA发生断裂或降解的话就会影响DNA的完整性，从而影响酶切，导致标记位点丧失的可能性更大，因此，具备完整的DNA是进行AFLP的首要条件，当然酶切这一步也是非常重要的。

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