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标题: 【求助】同一基因的两个不同突变位点在同一染色体上 [打印本页]

作者: ilovegaga 时间: 2013-12-30 21:53 标题: 【求助】同一基因的两个不同突变位点在同一染色体上

背景是人的某基因，上面有两个不同的突变位点，相隔较远，PCR无法一次扩增出来，因此无法通过TA克隆判断是否在同一条染色体上，还有没有其他方法能判断这两个突变位点，是在同一条染色体上？还是在不同的染色体上呢？

作者: ii077345 时间: 2013-12-30 21:54

难道你的这个基因是基因家族里面的成员吗？如果不是的话一个基因就应该再一条染色体上吧！

作者: ilovegaga 时间: 2013-12-30 21:54

不是基因家族成员，是一个隐性致病基因。

现在测序结果是两个突变位点都是杂合状态，也就是说其中一个染色体上有碱基突变，但这两个位点的碱基突变分别在两个染色体上？还是在同一条染色体上？现在无法确定。但这影响到结果判断，如果分别在两条染色体上，那蛋白产物都是有缺陷的；如果在同一染色体上，还有一半蛋白产物是正常的。这是人的标本，无法通过经典的孟德尔规律杂交分析，也无父母的信息，即便是有父母的信息，也不敢保证子代两个突变位点之间不会发生交换。

那如何判断这个基因的两个不同突变位点在同一染色体上呢？

作者: idoww 时间: 2013-12-30 21:54

可以将PCR产物和载体TA克隆后摇菌，挑单菌落测序，

如果2个突变点在同一条染色体上，则单菌落克隆测序的结果是会出现2个突变都有的和没有突变的

如果2个突变点不在同一条染色体上，则单菌落克隆测序的结果是会出现各有1个突变的

作者: 扫雷军kuzi 时间: 2013-12-30 21:55

一般情况还是要检测家系的其他成员，特别是父母双方的突变情况，若父母各携带一个突变，那么完全可以视为是位于两条染色体上。可能为该病的遗传病因，为combined mutation。如果家系成员完全不能找到，那么可是找一下突变位点附近有没有SNP位点，如果有,可将SNP位点与突变位点一起PCR扩增出来，通过TA克隆测序分析SNP，也许可以分析出是否在同一条染色体上。

作者: ilovegaga 时间: 2013-12-30 21:56 标题: 回复 #4 idoww 的帖子

两个位点相隔比较远（10k以上），单次扩增有点困难。

作者: ilovegaga 时间: 2013-12-30 21:58 标题: 回复 #5 扫雷军kuzi 的帖子

父母的标本真是不好得到啊。

SNP方法是个不错的建议，多谢！

我的序列很长，估计要分好几段进行扩增分析。

作者: nvdabing 时间: 2013-12-30 21:59

前辈好~ 我也碰到了相同了问题，请问您后来具体怎么做的

作者: ssonglikihi 时间: 2013-12-30 22:00 标题: 回复 #7 ilovegaga 的帖子

父母的是效率最高的，不然兄弟姐妹，子女等等也可能有帮助

作者: 扫雷军kuzi 时间: 2013-12-30 22:00

SNP也存在交换的可能，可尝试FISH或通过IP-MS/MS测蛋白序列

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