分析测试百科

标题: 【求助】质谱鉴定没物种库怎么办？ [打印本页]

作者: 穿越时空 时间: 2014-1-14 17:02 标题: 【求助】质谱鉴定没物种库怎么办？

本人的研究材料是一种鱼类，但该物种的库基本上没有，质谱鉴定改如何进行呢？
谢谢了！

作者: 2541 时间: 2014-1-14 17:02

对于非模式生物的鉴定，需要寻找一种关系最近的模式生物做为对照，以该物种的数据库进行搜索，同时还可以利用更大的类型库进行搜索，比如做油菜（非模式生物）的数据鉴定，可以采用拟南芥的库进行搜索，也可以选择植物的库进行搜索，都是认可的，如果有需要鉴定的话可以推荐一下，祝好！

作者: pengke1983 时间: 2014-1-14 17:04

您如果本身有该物种的相关蛋白信息可以自建库进行搜索，这样搜索到得蛋白比较靠谱！

作者: taoshengyijiu 时间: 2014-1-14 17:04

是不是可以加上一点N端测序

作者: nn255 时间: 2014-1-14 17:05

de novo sequencing

作者: 2541 时间: 2014-1-14 17:05

没有数据库并且很难找到相近物种的确是挺麻烦的一件事，目前已经遇到好几个网友出现这种问题了！

作者: uuooii 时间: 2014-1-14 17:05

我也遇到了类似问题，做了一种寄生虫的蛋白质组，质谱数据已经有了，结果发现没有该种的检索数据库，只有其同属不同种的另一种的数据库，只好用它检索，结果检索到一个蛋白，但这个蛋白在这2种寄生虫中同源性很低，现在很困惑，我检索判断出的蛋白是否正确？该如何进行下一步工作？请各位战友不吝指教！

作者: 2541 时间: 2014-1-14 17:06

蛋白质谱鉴定后会给出一个得分以及相应的其它的评判标准的啊，你只要符号这个标准那就认为是正确的，如果低于此标准就是不正确的，还需要进一步分析甚至从做，但是因为你研究的是非模式生物，如果确实质谱没有问题的话，那估计从做也没有用，因为数据库没有更新，唯一的办法就是测序了，然后根据序列进行分析验证。

作者: orangecake 时间: 2014-1-14 17:07

似乎测序需要的蛋白量很大，双向电泳获得的点可能用于氨基酸测序吗？

作者: 2541 时间: 2014-1-14 17:07

QUOTE:

原帖由 orangecake 于 2014-1-14 17:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
似乎测序需要的蛋白量很大，双向电泳获得的点可能用于氨基酸测序吗？

可以

作者: orangecake 时间: 2014-1-14 17:08 标题: 回复 #10 2541 的帖子

请教：哪里可以提供这种对2D电泳差异点进行氨基酸测序服务？有什么要求？如何联系？

作者: toy 时间: 2014-1-14 17:08

如果没有很类似的物种，建议再考虑下实验思路，2D-质谱鉴定的思路或许走不通。

作者: cwcwcww 时间: 2014-1-14 17:08

个人建议：不要做，换思路。鄙人就做过这样类似的工作。
就算用同源库进行blast，结果也不一定可信。
如果是老板的硬性要求，那就硬着头皮做吧。
如果不是，换之。

欢迎光临分析测试百科 (http://bbs.antpedia.com/)