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标题: 转帖我对LC-MS定性的一点看法 [打印本页]

作者: dingdang 时间: 2007-8-9 23:57 标题: 转帖我对LC-MS定性的一点看法

对于生物分子，热不稳定化合物，有机盐等，EIMS就不好用了，而ESI/MS/MS等软电离源是很好的选择.

在进行LC/MS和/或ESI定性时，应该对所研究的样品心中有数，特别是分子骨架，可能的取代基等，当然，文献资料是应该具备的。

有一个朋友合成一个药物，产物杂质鉴定(NMR没有有意义的杂质峰)时从LC/MSMS中得到一个杂质(含量很低)，让我帮助分析。产物的结构已知，分析结果是产物脱去了一个基团，形成共扼结构。

MS不祥NMR那么直接，一个样品在样品管里可以做十几个/或几十种图谱.互相补充和印证，MS是数字和结构片段离子之间的联系，这种联系是需要经验(和文献)的。

有人说MS是马后炮。话是过分了点，也有几分道理。其它波谱也不是万能的，用NMR做药代，恐怕远不如LC/MS/MS好。

数据库问题，下次再谈吧。

作者: snow_white 时间: 2007-8-10 00:12

的确核磁在结构确认上有着先天优势，

H谱，C谱，P谱，F谱等可以看出结构关系，另外，二维谱，NOE 等可以进一步确认结构，的定性上NMR是上上之选。

LC－MS/MS只能做一些确认的工作，如果同分异构的话也很难确证，但NMR可以很简单的办到。不过NMR有一点不足的就是对样品的纯度有要求，没有90％很难进行解谱，特别是反应过程的负产物很难确证！虽然有制备与核磁联用的仪器，但毕竟用户是少数，而且对量的要求比较多。Mass在对一般性的定性问题上有快速、简便、对纯度要求不高等特点，但真正的解谱专家是NMR，Mass只是一种佐证而已。

不过Mass 的灵敏度在定量上确实很好，不过ESI 在基质效应影响分析结果的重现性上又带来RSD 偏大，甚至要每天做标准曲线的问题，总之也不是很理想。但API 技术发展起来也就十几年，相信随着技术的发展，LC－MS技术上会更成熟，应用范围会更广泛。

作者: snow_white 时间: 2007-8-10 00:13

另外，高分辨质谱，如双聚焦质谱仪，傅立叶变换质谱仪，带反射器的飞行时间质谱仪可以精确的测定化合物的分子式，其快速简便也是NMR所不能及的。

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:14

偶是新手，很想听你说说LC-MS的数据库方面的东西。
1）平时用LC-MS得到的图是什么图？
2）是不是跟GC-MS得到的图是一样的（TIC图和棒图）？
3）得到一个未知物的棒图后，怎么对它定性？是对照以前自己作过的（建立的）谱库，还是只看棒图来推测它是什么？ [/size=3]

作者: snow_white 时间: 2007-8-10 00:15

LC－MS 的图谱和 GC－MS的是一样的，区别在于一个是液相入口，一个是气相入口；在Mass数据上没有任何区别。

对于未知化合物的棒图，我们只能知道准分子离子峰和一些碎片情况，如果对样品有一定了解，可以通过分子量和碎片信息，推测一些可能的化合物。如果要定官能团等，LC－MS不如GC－MS，而且，LC－MS也没有通用的谱库，要想根据棒图来检索可能的化合物很难。但，自己可以建立谱库，然后索引。所以在谱库上，LC－MS是远远落后于GC－MS。

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:15

未知物的MS图谱解析(包括未知物NMR/IR的解析)是比较棘手的。我的经验是：
1．解析MS图谱时，首先确认分子离子峰，也就是确定分子量。最好高分辨MS测定分子式。
2．由分子离子峰区结合低质量区推断取代基，特别要看有没有互补离子。有经验者可以由特征离子群判断分子骨架类型。
3．从样品的来源途径获得分子骨架信息。非常重要!
4．你研究的化合物的文献数据。
5．尽可能检索数据库。
6．确实解不了，即时想专家请教。
7．不要轻易单独靠MS断定结构，和NMR、IR结合分析。

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:16

个人认为，串联离子阱在生物领域的应用前景最为广阔。

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:17

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原帖由 zhangsan 于 2007-8-10 00:16 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
个人认为，串联离子阱在生物领域的应用前景最为广阔。

离子阱分析质量上限20000多一点，你怎么能说它最为广阔呢？大于20000以上的蛋白它都抓瞎，而且，串联离子阱这个叫法也不太妥当，离子阱主要还是在小结构化合物的结构定性上，它可以打个多级验证一下结构，理论是十级，其实打到4、5就差不多了。

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:17

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离子阱分析质量上限20000多一点，你怎么能说它最为广阔呢？大于20000以上的蛋白它都抓瞎，而且，串联离子阱这个叫法也不太妥当，离子阱主要还是在小结构化合物的结构定性上，它可以打个多级验证一下结构，理论是十级，其实打到4、5 ...

四级杆串联（线性）离子阱确实把四级杆和离子阱的优点都集成在一起了，当然，检测的质量范围确实有点遗憾！但是，仪器检测的是M/Z，离子阱是在四级杆后面的，而四级杆是很少能超过3000的。但，对于蛋白，可以形成多电荷离子，从而扩充了四级杆的应用范围，离子阱也一样啊！不同的仪器有不同的用途，对于气质来说，能检测到1000有意义吗？

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:18

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四级杆串联（线性）离子阱确实把四级杆和离子阱的优点都集成在一起了，当然，检测的质量范围确实有点遗憾！但是，仪器检测的是M/Z，离子阱是在四级杆后面的，而四级杆是很少能超过3000的。但，对于蛋白，可以形成多电荷离子，从而扩充了四 ...

我的观点是：离子阱的质量上限限制了它在生物领域的一些应用，所以我认为它不能说在生物领域具有＂最＂广阔的前景，是针对那位朋友观点的，你老是用引申别人观点做什么，我说的话跟＂气质检测到1000＂有什么关系，加多少个电荷能扩充的问题，在很多情况下，必须降到一定酸度才可以保证加上足够多的氢正，加上足够多的氢正才能进入Ｍ／Ｚ测定范围（离子井或四极杆的），很多应用在药物和蛋白相互作用，或者蛋白－蛋白相互作用，蛋白－核酸相互作用时，pＨ并不是随心所欲的可以降，起码我尝试的几个都不可以降太厉害，个人认为，线性离子阱是炒作之物，并不是说得那么好听的优点集中，这是我的观点，你有什么反对可以说，但是别再啥气质之类的，就事论事好一些。

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:19

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原帖由 mass 于 2007-8-10 00:18 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我的观点是：离子阱的质量上限限制了它在生物领域的一些应用，所以我认为它不能说在生物领域具有＂最＂广阔的前景，是针对那位朋友观点的，你老是用引申别人观点做什么，我说的话跟＂气质检测到1000＂有什么关系，加多少个电荷能扩充的 ...

在四极杆之后的离子阱，由于四极杆的限制，对于质量（M/Z）高一些的离子，连四极杆也过不去，提高离子阱的检测范围的意义就不大了！对于气质而言，分子量超过400的就很难用气质来分析了。普通离子阱确实是个鸡肋，现在个大厂商的推广力度明显小了很多，从某种意义来说，是自己承认了失败！但四极杆串连（线性）离子阱，确实是集成了两者的有点，相互补充，在定性、定量上的表现尤为突出。但仪器终究是仪器，仪器自身的特点限制了仪器的应用领域，做蛋白本来就不是四极杆、离子阱的特长，当然，把两个加起来也是不很好的解决问题。但有一点需要指出的是，四级杆串连（线性）确实发挥了四级杆和离子阱的优势，使得鸡肋般的离子阱暂时还不会从我们的视野里消失！

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:19

你到底想说啥呢，

"对于蛋白，可以形成多电荷离子，从而扩充了四级杆的应用范围，离子阱也一样啊！"这是你说的，

"在四级杆之后的离子阱，由于四级杆的限制，对于质量（M/Z）高一些的离子，连四级杆也过不去，提高离子阱的检测范围的意义就不大了！" 这也是你说的，

没有什么逻辑性啊，怪怪的，

我觉得我说的没什么问题啊，离子阱再怎么加花，它也不可能成为生物领域应用前景最为广阔的技术，绕来绕去的你到底是在反驳我还是啥的?你明明是引用了我的话再回帖的，怎么感觉不对路啊，

最后你说离子阱是鸡肋我举双手同意，但是我觉得线性离子阱是更大的鸡肋,

我这样说的原因是：定量上四级杆好于离子阱。不如的地方在于定性，单四级杆在定性上是比不上离子阱。那么，串联四级杆(比如三重四级)是不是在定性上还是比不过线性离子阱呢?三重四级本身就是为了加强定性能力而产生，如果三重四级的定性能力能够让用户满意(大部分用户，大部分课题)，那么要这个线性离子阱做什么，这不是鸡肋是什么，我不知道您用过线性离子阱没有，真的那么完美么？如果让我在三重四级和线性离子阱两种仪器间选择一个，我选三重四级(差价不太大的话)事实上三重四级也不是那么天价，线性离子阱也不见得就便宜，

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:20

是谁在说离子阱的质量上限是20000的啊，在四极杆之后，这有意义吗？

串联离子阱中，四极杆在离子阱之后，能检测的质量范围是四级杆所决定的，故离子阱的质量范围就不要考虑了，可定是能大于四极杆的，但是在四级杆之后说质量范围，还有意义吗？

而现在的四极杆串联离子阱QTrap，大多数都是三极四级杆串连（线性）离子阱！当然就解决了四级杆的不足了。

虽说三级四级杆也可以用与定性，但只能做MS/MS，对于碎片的结构确定无能为力。而四级杆串连（线性）离子阱而言，可以做碎片的进一步确认。这时，离子阱就不那么鸡肋了。

离子阱是时间上的串连，虽然号称能做十级质谱，但每做一级约有30％的离子损失。而串连四级杆是空间上的串连，离子损失很少，这样的结合是相互弥补的。

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:20

对于质谱在蛋白质上的应用，也许搞生物的比较有发言权

作者: snow_white 时间: 2007-8-10 00:21

我想，从生物学的角度来看，没有最好的仪器，只有最适合的仪器。

我从生物学的角度来提出一个问题，请大家来讨论一下哪种仪器适合解决这个问题。这个问题是假设的，在研究中可能并不存在，但它是一个具有普世性的问题：

在肝细胞的细胞质中有一种单亚基蛋白分子，分子量5万左右，并且有三个磷酸化位点。在每个细胞中大约有500个左右这种分子。当这种蛋白在某一个特定位点发生了错误的磷酸化（三个中的一个）将导致细胞癌化、肿瘤的发生。假设目前的研究状况是：已经测得这个蛋白的序列，但是不知道磷酸化的位点(包括正确的和错误的）。现在想用质谱来确定这个磷酸化位点，并且形成一套快速的临床检测方法，怎么做呢？

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:27

我说它质量上限是20000，是为了说明它在生物领域没有广阔前景，做不了生物大分子，接不接在四级杆之后又怎么样，四级杆也有m/z到8000的，如果我没有记错的话，好象文章是发在欧洲生物化学杂志上的，不是97年就是98年，你一定要说接在四级杆后就不要考虑离子井的质量上限，我也没啥说的，想想木桶

你所说的关于这个线性离子井的优势，我看全是来自仪器商家的宣传资料而已，说到底了，不管四级杆还是离子井，都是入门级的，定性定量都有缺陷，靠这两个哥们自己互补，只能是仪器商家骗钱新战略,

"虽说三级四级杆也可以用与定性，但只能做MS/MS，对于碎片的结构确定无能为力。而四级杆串连（线性）离子阱而言，可以做碎片的进一步确认。这时，离子阱就不那么鸡肋了。

"对于结构确认而言,离子井和三重四级都只能是玩玩儿而已,说好听的就是"锦上添花",说不好听了就是多此一举,未知结构的靠这两个哥们也解决不了,白做,定向合成的目标化合物都知道分子量就是验证一下而已,当然了，我们现在讨论的是小分子化合物领域，

对于蛋白测序和相互作用研究,蛋白测序和多肽分析，用用离子阱其实挺好的，我猛扁离子阱是因为我比较讨厌离子井，有个人好恶在里面，这点是我不好，但是你猛吹线性离子阱我就奇怪了，你好象是做实验的，不是仪器公司的吧，相互作用的研究我做过一些核酸和药物的，确实是用离子阱做的，结果也不错，负离子做的，有兴趣的朋友可以一起讨论讨论。

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:27

楼上的朋友，酶解-2D胶-MALDI-TOF,如果一个细胞里只有500个左右的分子，在2D胶上用银染，能不能看到斑点？

作者: mass 时间: 2007-8-10 00:28

我们组跑核酸的多一些，我自己也不怎么跑胶，你到cuturl('www.dnathink.org')去问问吧，那里高手比较多

作者: zhangsan 时间: 2007-8-10 00:28

楼上的朋友，2D胶-MALDI-TOF是经典的方法，不过在这里不适用.

作者: snow_white 时间: 2007-8-10 00:29

用荧光共聚焦扫描显微镜，配合相应的荧光单抗，用生物芯片的方法，不过前提是所有错配的蛋白的抗体要拿到，也挺困难，不知道我说的对不对？

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