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标题: 【求助】SELDI的缺点都有那些？ [打印本页]

作者: ilovegaga 时间: 2014-5-16 10:48 标题: 【求助】SELDI的缺点都有那些？

SELDI的缺点都有那些？
朋友们讨论一下，讲的全面具体一点，最好列出参考文献，而不是自己的主观判断。
谢谢各位！

作者: qianqin1977 时间: 2014-5-16 10:48

这个东东IKWW2和上帝没有手老兄懂得很多,不知道他们什么时候上来.

作者: ilovegaga 时间: 2014-5-16 10:49

先说说自己知道一点的东西，
1、对于不同的样本，根据检测的目标采取或者设计几种芯片，理论上可以把所有的相同性质蛋白质捕获，但是实际上仍有少量的分子没与表面探针结合。
2、使用SELDI-TOF-MS，仅能给出蛋白质的分子量，不能给出C端、N端的序列，也没法知道蛋白质的构型，因此需要将蛋白质充分纯化后，用蛋白酶消化芯片上的蛋白质，分析肽段，再用生物信息学方法鉴定蛋白质序列。
3、在国内，该芯片费用较高，分析质谱需要大量后续工作支持。
4、比较适合临床诊断，对于蛋白质的鉴定，和进一步功能研究不是非常支持。

作者: nn255 时间: 2014-5-16 10:49

SELDI飞行时间质谱是一种比较新的蛋白鉴定技术和方法。它最吸引人的地方是它将样品的分离和质谱（准确的说是色谱）鉴定蛋白联用，使得样品在不用粗分离的状态下直接上样，这使得多蛋白样品（如血清）能够快速的得到鉴定；同时，它的上样量是纳克级。故而SELDI－TOF质谱可用于快速分析差异表达和微量制备目的蛋白。加上其所用芯片具有多种类型，所以该仪器还可用于化学样品的分离和鉴定。
如楼上朋友所说，SELDI技术并没有将蛋白质末端逐步降解，所以它和传统意义上的飞行时间质谱仪有较大差别，但是这种技术上累加的产品应该不会太久就会面世，所以现如今的仪器准确的说是一种色谱。它的芯片与样品所采用的也是非可逆的结合方式，所以一旦使用过后不能回收利用，这也同时增加了它的使用成本。
值得一提的是它的价格，包括所有配套设备和配送芯片一共可能要45万美元。这个价格一般的实验室是不能承受的，中心实验室和共享实验室可以考虑。

作者: ztonyc 时间: 2014-5-16 10:49

相关疾病：
艾滋病
就我知道的说两句：
楼上说得很对，SELDI－TOF 主要应用于建立临床诊断模式，下面仅提供一些重要文献：
use of proteomics patterns in serum to identify owarian cancer
这项工作很有意义，发表在the lancet，2002，vol 359：572
另一项有趣的工作是艾滋病鸡尾酒疗法发明人DAVID D.HO 应用这一技术发现了有关anti－HIV-1的蛋白，文献如下：
SCIENCE 2002 VOL 298:995
但是我个人认为SELDI－TOF 在蛋白鉴定方面存在一些不足，不如MALDI-TOF.
还有如果想知道样品中蛋白的总体情况，必须用不同的芯片，这样耗费就会比较大。
SELDI -TOF 最大的优点是速度快呀！快速筛选的首选工具！

作者: moonlight45 时间: 2014-5-16 10:50

3年前总结的是，用SELDI发现了有意义的结果，就采用该芯片使用的方法来分离，然后鉴定。就是利用其芯片的快速、高通量。但目前没有任何一种分离（SELDI芯片）能保持“所有”蛋白质不丢失的。
SELDI后面的质谱能鉴定不？样本消化后成多肽才能MALDI鉴定，但现在SELDI一般并不消化样本。不能鉴定是瓶颈。
其他，谢谢楼上各位的高见，坚决同意。
文献一篇：CURRENT DEVELOPMENTS IN SELDI AFFINITY TECHNOLOGY, Mass Spectrometry Reviews, 2004, 23, 34–44

作者: pengke1983 时间: 2014-5-16 10:51

从实践感觉最好将SELDI的板处理技术，他的分析软件与MALDI-TOF-TOF结合使用，那最好。其实，那只蜻蜓公司就是这个可以表面层析的板最好。

作者: PINK 时间: 2014-5-16 10:51

今天看到这里，就顺便说几句。
据我所知，SELDI最大的缺点是：重复性不好。不同的样品处理方法，不同的操作规程，不同的仪器，所得出的结果都有差异。
SELDI是一种很好的蛋白质分离技术，它的独特性在于它的芯片技术。它捕获的是在一定分子量范围内的具有一种特性的蛋白/肽分子。对于血清蛋白分子来说，他捕获到的只是很少量的蛋白。

作者: guagua 时间: 2014-5-16 10:51

SELDI是一种很好的蛋白质分离技术，它的独特性在于它的芯片技术。这是她的技术的整个优点所在，由此带来了可以将分离检测分析一体化，从而快速简便的优点。SELDI的缺点在于她的重复性，这个缺点的产生在于厂家制造质谱仪非其所长，使得虎头－SELDI芯片，加上了一条蛇尾－－不过关的质谱仪，因此产生了hsyl和yezi0623 所讲的问题，二位都是高手。个人认为要解决她的缺点，厂家必须和质谱仪的大腕厂家合作，共同生产。

作者: qiangren789 时间: 2014-5-16 10:52

QUOTE:

原帖由 guagua 于 2014-5-16 10:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
SELDI是一种很好的蛋白质分离技术，它的独特性在于它的芯片技术。这是她的技术的整个优点所在，由此带来了可以将分离检测分析一体化，从而快速简便的优点。SELDI的缺点在于她的重复性，这个缺点的产生在于厂家制造质谱仪非其 ...

也就是说把seldi的芯片和ESI-MS或MALDI甚至FT-ICR偶联,强强联合?

作者: flower-201 时间: 2014-5-16 10:52

目前只能和MALDI共用，有和Q-TOF公用的报道。

作者: flower-201 时间: 2014-5-16 10:52

下面这篇文章很不错涉及到了SELDI的缺点及解决方法。文章作者是2002年LANCET上那篇卵巢癌诊断文章课题组的，主要提及了不足的解决方法。从田家园那里转过来。

作者: ilovegaga 时间: 2014-5-16 10:53

hub坏了，几天没来，大家讨论的热火朝天，感谢各位的捧场，如果觉得话题值得继续讨论，请大家继续不吝赐教，谢谢！

作者: ilovegaga 时间: 2014-5-16 10:53

SELDI是一种很好的蛋白质分离技术，它的独特性在于它的芯片技术。这是她的技术的整个优点所在，由此带来了可以将分离检测分析一体化，从而快速简便的优点。SELDI的缺点在于她的重复性，这个缺点的产生在于厂家制造质谱仪非其所长，使得虎头－SELDI芯片，加上了一条蛇尾－－不过关的质谱仪，因此产生了hsyl和yezi0623 所讲的问题，二位都是高手。个人认为要解决她的缺点，厂家必须和质谱仪的大腕厂家合作，共同生产。

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本人太菜，请教你，芯片只是将蛋白质初步分离为几类，鉴定单独某个蛋白做的到吗？如何做？

作者: orangecake 时间: 2014-5-16 10:53

回楼上的，不能做单个蛋白的鉴定！
本人正在做这方面的课题LCM+SELDI，而且前些天参加了蜻蜓公司的客户培训，感觉做血清的人特多，有做组织的GGDDJJMM吗？请与我联系

作者: ilovegaga 时间: 2014-5-16 10:54

我所见到的SELDI的文献好像都是做血清或其他体液的，而做组织和细胞蛋白的几乎没见到，不知道这是为什么，为甚么它特别适合血清，而其他的做了效果为什么没有血清好？我想楼上的兄弟也应该关心这个问题或者比较了解这个问题吧？

作者: orangecake 时间: 2014-5-16 10:54

相关疾病：
痔疮
做血清或是体液,就象前几位高手说的,因为它的高通量,得出的结果指纹谱,找出差异就可以了 ,主要用于早期诊断,而组织和细胞,如果只是找出几个痔核比有差异的峰,恐怕还不够,要继续做蛋白的鉴定,烦死了,而且需要大量的银子,我只是研究生,那有那么多钱,所以我决定,我要去抓***,哼哼,拿到5000万......

作者: qianqin1977 时间: 2014-5-16 10:55

相关疾病：
癌症
做血清是为了赚大钱，仅卵巢癌的市场在美国便是几十亿美金，癌症的早期诊断这种方式确实是突破口，几十种癌症自然是大家最抢先的了。组织和细胞也不少。做组织和细胞我个人认为2D的方式比较好，可以进行鉴定。SELDI在这方面比较弱，能够得到的信息比2D少。

作者: 98776langtao 时间: 2014-5-16 10:55

感觉这样的讨论意思不大，SELDI是研究工具，锤子钳子一类的东西，我不知道30年前是不是有人在讨论PC的缺点有哪些？

作者: DONT 时间: 2014-5-16 10:56

有没有最新的关于SELDI-TOF MS优缺点的文献，小弟急需

作者: bamboo16 时间: 2014-5-16 10:56

最大的缺点及致命的原因是:生产的蛋白质芯片其他任何质谱都不能用,产品太锁死了,想用SELDI的蛋白质芯片,就必须要买他们的质谱,太局限了,属于小农意识.这样做的最后结果就是遭到不同质谱厂家的攻击,大多数人的不理解,十分不利于技术的推广,另外澄清一点,SELDI里的蛋白质芯片只是一个前期纯化手段,和仪器指标没有关系,按你们要求质量精度的原理质谱的分辨率约高约好,能做序列的质谱分辨率是高>8000,但是它能做表达谱么,能检测10000分子量以上的蛋白么?质谱的两个重要指标分辨率和检测范围灵敏度永远是成反比的,SELDI推的质谱是属于专门做表达谱的仪器,追求的是最大的检测范围500000分子量及低分辨率1000-2000,另外推荐大家别用蛋白质芯片了,都改用磁珠吧,便宜!性能是一样的,我做了半年的测试,与蛋白质芯片比,所得到的蛋白数量90%吻合.★欢迎加入SELDI-TOF-MS技术讨论群★20175902

作者: 3N4G 时间: 2014-5-16 10:57

对于临床肿瘤研究来说，这项技术还是有一定的应用前景的。比如可以预测肿瘤的分期分级及对肿瘤治疗的预后估计、预测手术后的复发与转移等，关键是在血清标本的制备上，不需要对蛋白进行提纯，简化了操作步骤，有一定的可取之处。
最主要的缺点如楼上所说，只能初步鉴定不同的质荷比峰，不能准确鉴定出具体的蛋白质。而在某一特定的质荷比峰上，也并不一定就是只有一种蛋白质形成。

作者: 8princess8 时间: 2014-5-16 10:57

各位高手，本人是一个菜鸟，看了以后对SELDI-TOF MS有了初步的认识了。不好意思再问问大家，基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)是近年来发展起来的一种新型的软电离生物质谱，其无论是在理论上还是在设计上都是十分简单和高效的。仪器主要由两部分组成：基质附助激光解吸电离离子源（MALDI）和飞行时间质量分析器（TOF）。还有这个MALDI-TOF-MS的详细介绍以及与SELDI-TOF MS的区别联系吗？请赐教。

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