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标题: 【求助】]确定了两个蛋白质分子之间有相互作用后,如何... [打印本页]

作者: moonlight45 时间: 2014-5-21 10:48 标题: 【求助】]确定了两个蛋白质分子之间有相互作用后,如何...

当确定了两个蛋白质分子之间有相互作用后,如何确定参与结合作用的结构域或motif?请高手指点,开题急需,谢谢!!有参考文献更好

作者: ending 时间: 2014-5-21 10:48

我也不是专家。但据我所知，最直接的办法是测晶体结构。间接的办法有很多。比如合成不同片段，测亲和常数。但需要很多实验。
外行意见，仅供参考。

作者: redbutterfly 时间: 2014-5-21 10:50

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盲
我们常用的办法就是分别构建两个蛋白的不同片断，通过片断之间的体内或者体外相互作用来确定，当然片断的构建不是盲目的，要通过生物信息学的预测或者查找相关文献来确定，否则工作量会很大

作者: flower-201 时间: 2014-5-21 10:50

我这里正好有一篇文献,和你的目的相同,用的方法是基因突变蛋白酶水解,告诉我你的邮箱可以给你发过去.

作者: windy+++ 时间: 2014-5-21 10:51

当你确定了蛋白A和B之间存在相互作用之后，如果想再确切的研究两者相互作用的结构域，可以根据某前文献所能提供的A和B的结构信息或者通过生物信息学预测他们的结构信息，然后分别构建A和B的截断体和缺失体，构建好的A/B的截断体和缺失体和B/A的全长进行相互作用验证，最后根据那些截断体和缺失体有相互作用，那些没有就可以分析得出相互作用的结合区。上面说的是Co-IP体系通用的。如果你是用Y2H检测的话，也是构建相应的截断体或者缺失体，然后通过检测报告基因的活性就可以确定相互作用结合区了。当然，如果这个结合区的确是某个特殊的功能结构域的话，我们才可以说相互作用结构域或者Motif了。

作者: 逗号是句号 时间: 2014-5-21 10:51

我以前的论文也是确定两个相互作用蛋白之间的相互作用结果域，这样的参考文献特别多。不知道你要研究得相互作用结构域有没有报道文献？我先提供一点粗浅的思路：（1）研究文献，如果有晶体衍射做出的相互作用结构域的报道，那么一定要仔细研究。（2）要用Cn3D研究清楚目的蛋白的三级结构，比如螺旋、片层的蛋白起始和结束位点。（3）确定研究方法，常用的有酵母双杂交，免疫共沉淀等。（4）做缺失突变体，可以从N端和C端逐一截掉氨基酸；还可以将中间比较重要的氨基酸序列全部删除（利用重叠PCR的方法就可以获得DNA序列）。

作者: 耗子=== 时间: 2014-5-21 10:51

其实，可能论坛里搞NMR（核磁共振）的不多哈哈，其实NMR是最好的方法。
当然前提是你的两个蛋白能够在大肠杆菌中表达出可容，并且折叠，那样你就可以通过核磁共振归属出每一个原子的化学位移。然后滴定之后，你可以根据每一个原子的化学位移的变化，你不但可以知道是不是有相互作用，而且可以确定相互作用的原子，更不用说domain了。

作者: u234 时间: 2014-5-21 10:56

NMR好是好了,但NMR后续图象处理工作太复杂了,要人命的了.

作者: 耗子=== 时间: 2014-5-21 10:56

这个也不是一定哈哈，看运气吧。现在NMR的图谱处理也很容易，即使算结构也只需一个月多。

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