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标题: 【求助】关于质谱的疑问 [打印本页]

作者: mercedes 时间: 2014-5-23 15:59 标题: 【求助】关于质谱的疑问

有个样品（SDS-PAGE)送去做液质，回复说没有双肽段匹配的结果，还要重新做。本人对于质谱这方面一窍不通，不知道这种情况是怎么产生的，是否跟我的样品有关。这个质谱结果对我来说太重要了，就等着拿这个毕业呢，希望懂质谱的各位大侠能给讲解以下，谢谢各位了。

作者: avi317 时间: 2014-5-23 16:00

请问你的样品条带是一个纯蛋白还是蛋白混合物.目的是想鉴定出来?种属是什么?
所谓的双肽段匹配我估计是:对于一个蛋白的鉴定,需要至少2条肽的串联同时指向你的目的蛋白.复旦大学蛋白质组研究中心可以做这个.021-54237416

作者: huifeng0516 时间: 2014-5-23 16:00

请问你的样品条带是一个纯蛋白还是蛋白混合物.目的是想鉴定出来?种属是什么?
所谓的双肽段匹配我估计是:对于一个蛋白的鉴定,需要至少2条肽的串联同时指向你的目的蛋白.复旦大学蛋白质组研究中心可以做这个.021-54237416

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准确点的名字应该叫复旦大学生物医学研究院蛋白质组和系统生物学研究所.这里有5台质谱仪,可以满足不同样品和不同鉴定目的的需要.

作者: IAM007 时间: 2014-5-23 16:01

基本是你的样品不能做这个事情，sds的样品里面蛋白条带太多，做串联的话得到的结果没有两条肽指向同一个蛋白，这样你的结果就是不可信的，其实一般要四条。

作者: mercedes 时间: 2014-5-23 16:01

谢谢各位。我的样品是SDS的，所以她先走了个液相把蛋白分开了然后才做的质谱啊，我只是想知道蛋白是什么就好了。
复旦大学我会联系的，不知道还有哪里做这个会比较快的，我的样品已经送去一个多月了，到现在才告诉我还要重新做，实在是耽误不起了。
另外还想问一下，我的SDS胶一直泡在脱色液里常温保存的，如果要再送样品，会不会有影响。
再次感谢各位。

作者: jkobn 时间: 2014-5-23 16:02

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脱水
回楼上。脱色液你们用的是醇加乙酸吧。这样的脱水环境一般没有问题。
再请问复旦大学的朋友。我们现在大概有70份银染（未加戊2醛）挖点未知蛋白样品急需要质谱检测定性（我们api的qstarXL，坏了。。。）。你们那里做的话需要多久，不带酶解和带酶解的价格分别是多少。我们联系了几家。都说要年后。比较郁闷。

作者: jkobn 时间: 2014-5-23 16:02

另外对pheebe的说法有点疑问。按你说，你的sds带肯定是混合物了。而且做了lc分离。并且你不知道你的蛋白是什么。
我想知道你过的是什么柱子。你能确定ms只检测到你目标蛋白？不然lc分离有什么意义。
sds一条带里面只能说明是相近分子量的蛋白质的混合物。不知道楼主目的是什么。如果这样去检测一个位置蛋白的话。是不是每个检测的确定结果都可能。

作者: mercedes 时间: 2014-5-23 16:03

谢谢楼上的。我做的GST pull down，寻找目的蛋白的相互作用蛋白。经SDS跑胶检测后，发现在某一位置出现条带，理论上讲该条带所对应的蛋白就是我所要找的相互作用蛋白，如果是蛋白混合物就说明这几个蛋白都是我所要找的，目的就是要鉴别这几个蛋白都是什么。

作者: jkobn 时间: 2014-5-23 16:03

这样如果你们老板肯花钱的话。我倒觉得是不是可以同时把样品跑次大范围（3-10）2d。这样能基本明确多少蛋白。然后把点挖下来质谱检测。这样至少知道每个样品基本是单一的蛋白。后期检测如果不出结果原因也比较明确。
当然。如果一般sdspage条带能直接确定检测出结果是最好了。

作者: mercedes 时间: 2014-5-23 16:04

回楼上。双向也做过，但是做了两个礼拜都没有出结果，可能跟我的样品有关，因为着急答辩，所以只好拿一向的胶去做了，谁想到在那边竟然拖了一个多月也没有出结果，现在是干着急一点办法也没有啊。

作者: kuohao17 时间: 2014-5-23 16:04

lz的胶用的什么染色,如果是考染的话,
没有做不出来的理由,除非有物种限制.
一个肽段也不能说不准的,
具体再加上手工验证一下吧
您的酶解没问题吗?
直接把胶条给人家做吧,
假如对自己的前处理没信心的话~

作者: mercedes 时间: 2014-5-23 16:04

谢谢楼上的，我的胶是考染的，从酶解开始都是送出去做的。
请问现在还有哪里能做液质分析的，想换个地方做，谢谢大家。

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