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标题: 【求助】胶内酶解 [打印本页]

作者: junhun 时间: 2014-7-8 15:57 标题: 【求助】胶内酶解

请问觉得蛋白质质谱鉴定中，胶内酶解，人工挖点可靠吗？

作者: toy 时间: 2014-7-8 15:57

怎么不可靠呢？！对于胶点蛋白的鉴定就是胶内酶解消化上机。人工挖点一般应注意杂蛋白的污染，尤其是CoIP下来的蛋白，含量相对痕量切点是要做好防护防止角蛋白等污染。

作者: junhun 时间: 2014-7-8 15:57

但个人觉得用图片分析软件分析银染胶完后，挑选差异斑点，再用考染胶来做质谱，考染和银染还是有差别的，很容易就会挖错点，不敢保证你挖的那个点就是自己选的差异点。

作者: cwcwcww 时间: 2014-7-8 15:58

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但个人觉得用图片分析软件分析银染胶完后，挑选差异斑点，再用考染胶来做质谱，考染和银染还是有差别的，很容易就会挖错点，不敢保证你挖的那个点就是自己选的差异点。 ...

为什么不直接考染分析，然后挖点啊！银染能看出差别的点，你也不一定能分析出什么蛋白，因为量太少啦！
不过这是我以前的经验，不知道是不是现在的机器敏感度更高！

作者: kuohao17 时间: 2014-7-8 15:58

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请问觉得蛋白质质谱鉴定中，胶内酶解，人工挖点可靠吗？

肉眼可见的差异才明显
不然你按整块胶按经纬度统统挖下来最不会遗漏

作者: junhun 时间: 2014-7-8 15:58

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为什么不直接考染分析，然后挖点啊！银染能看出差别的点，你也不一定能分析出什么蛋白，因为量太少啦！
不过这是我以前的经验，不知道是不是现在的机器敏感度更高！ ...

现在一般都是银染分析的，灵敏度高，找出的差异点较多，但就像你说的在考染胶上不一定找得到，但是有些人就觉得差异倍数越高，可能这个点就变化的越大，一般都会用这些差异倍数高的点来做质谱，所以我说觉得不怎么可靠。

作者: junhun 时间: 2014-7-8 15:59

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原帖由 kuohao17 于 2014-7-8 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

肉眼可见的差异才明显
不然你按整块胶按经纬度统统挖下来最不会遗漏

银染胶上看得到的差异不代表考染胶上也看得到，有时银染胶上这个点变化的很明显，但是考染胶上就看不到，那我去选这个差异斑点来进行质谱鉴定，人工挖点能够确保挖的就是我选的那个点吗？

作者: sunnyB 时间: 2014-7-8 15:59

银染胶上看得到的差异不代表考染胶上也看得到，有时银染胶上这个点变化的很明显，但是考染胶上就看不到，那我去选这个差异斑点来进行质谱鉴定，人工挖点能够确保挖的就是我选的那个点吗？

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我们做IP-MS 一般都只考染
因为考虑到下步的验证肯定需要相互作用最明显的条带
你说到dot的话应该是2D了吧
2D肯定还是做银染个人还是建议人工挖
当然会遗漏一些
当然不想遗漏主要做组学的研究你还是判读后再挖吧

作者: junhun 时间: 2014-7-8 16:00

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原帖由 sunnyB 于 2014-7-8 15:59 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
银染胶上看得到的差异不代表考染胶上也看得到，有时银染胶上这个点变化的很明显，但是考染胶上就看不到，那我去选这个差异斑点来进行质谱鉴定，人工挖点能够确保挖的就是我选的那个点吗？

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嗯，是的，是2D ，做的也是蛋白质组学的研究，还有一个问题就是，我发现做1D相对2D 来说它的鉴定效果会差些呢？

作者: sunnyB 时间: 2014-7-8 16:00

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原帖由 junhun 于 2014-7-8 16:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

嗯，是的，是2D ，做的也是蛋白质组学的研究，还有一个问题就是，我发现做1D相对2D 来说它的鉴定效果会差些呢？

你说的鉴定效果是指假阳性还是假阴性（丢失）
1d容易前者 2d丢失多些
总的说肯定是2d好呀

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