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标题: 【求助】测序中断的原因 [打印本页]

作者: coolcool 时间: 2015-1-14 16:11 标题: 【求助】测序中断的原因

急！pcr产物电泳条带单一也比较亮就直接送测序了，可是测序结果回来十分的郁闷，都在起始处很快就中断了，想求助下是否是因为连续的碱基造成了测序中断？如何解决？

作者: bgf5 时间: 2015-1-14 16:12

可以做个逆向测序试一下，然后把两个方向的结果拼接起来

作者: coolcool 时间: 2015-1-14 16:12 标题: 回复 #2 bgf5 的帖子

可是两段都有重复序列，两头都是在起始处就中断了。

作者: baidukk 时间: 2015-1-14 16:12

那就从中间设计引物，向两边测，然后拼接！

作者: dragonkilly 时间: 2015-1-14 16:13

这种情况我们都是做克隆的基本上1K多或者2K以内的片段都能搞定

作者: redbutterfly 时间: 2015-1-14 16:20

先测反向试试

作者: ALALA 时间: 2015-1-14 16:20

克隆后测序

作者: leifengta 时间: 2015-1-14 16:21

是因为连续T的原因，可以克隆后，从两头测序，再拼接。运气好的话，可以一次把Poly T测通。

作者: 00无名指00 时间: 2015-1-14 16:21

浓度比较高，稀释到50ng/ul试试看吧

作者: nut6694 时间: 2015-1-14 16:21

建议做T克隆后再测序，这样测序比较好些。

作者: yueban-1147 时间: 2015-1-14 16:22

条件允许的话,建议可以换一个载体试试~

作者: zhenxin 时间: 2015-1-14 16:22

再送个样去测序试试，波峰很乱……

作者: ladyhuahua 时间: 2015-1-14 16:22

换一家测序价格在30元以上的公司测，应该就行了！

作者: kuohao17 时间: 2015-1-14 16:23

可能PCR产物较杂，做克隆，多筛选几个，然后测序即可。

作者: coolcool 时间: 2015-1-14 16:23

那就从中间设计引物，向两边测，然后拼接！

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感谢提供的意见，已经从中间设计了测序引物往两端测，获得中间片段较好，另一端还是测不过PolyT 结构，只能先用测出的部分。

作者: coolcool 时间: 2015-1-14 16:24

换一家测序价格在30元以上的公司测，应该就行了！

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测序公司回复的结果是对于重复序列的结构也没有办法，只能重新设计测序引物，避开这段序列。

作者: xuuuu 时间: 2015-1-14 16:24

QUOTE:

原帖由 coolcool 于 2015-1-14 16:24 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
换一家测序价格在30元以上的公司测，应该就行了！

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测序公司回复的结果是对于重复序列的结构也没有办法，只能重新设计测序引物，避开这段序列。 ...

出结果就好！

作者: glass 时间: 2015-1-14 16:24

有二级结构，建议：
1，将反应试剂加倍量测
2，试一下测序测序反应时加入打破二级结构的试剂，如DMSO。
3，最直接的方法应该是建克隆测序，正反向测序然后拼接，当然时间会长一些。

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