1）如何在基因组测序没有完成的情况下利用质谱进行蛋白质鉴定？（目前的手段：De novo sequencing, sequence similarity search, and MS data combined with raw genome analysis);
2) 如何利用质谱进行有效而简便的肽末端测序（N-end and C-end）？要是能直接进行蛋白质末端测序更好？（估计很难，目前的质谱对测大分子量的蛋白其质量精确度和分辨率是个问题，再加上同位素干扰，实在是很难）
3）怎样有效的进行翻译后修饰研究？（磷酸化，糖基化，甲基化，乙酰化，泛素化等等等，太多了，而且不同的PTM其使用的富集方法、分离纯化、衍生及鉴定方法也各不相同）
4）在定量蛋白质组学中，怎样选用合适的稳定同位素进行标记，其标记效率和重复性怎样控制？
5）除了有效利用常用软件的功能外，怎样有效的消除质谱鉴定的假阳性和假阴性？（手工检查很重要，但要求有经验的选手）
6）怎样充分利用网络资源和相关的生物信息学软件？（要是能根据自己的需要编写软件更好）
7）以上只是粗浅的观点，望高手指点，谢谢！作者: longcz 时间: 2007-7-17 13:49
呵呵谈点粗浅的看法：
1）如何在基因组测序没有完成的情况下利用质谱进行蛋白质鉴定？
现在最常用和简单的做法是先和已有的公共数据库如NCBInr进行比对，或者和该物种的EST库比对，期望有同源的部分肽段匹配上，但效率不高.
今年刚在science发表的一篇文章可以给我们提供一点新思路：
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Science 13 April 2007:
Vol. 316. no. 5822, pp. 280 - 285
DOI: 10.1126/science.1137614
Protein Sequences from Mastodon and Tyrannosaurus Rex Revealed by Mass Spectrometry
