标题:
【求助】RT-qPCR关于结果分析中2-ΔΔCt的疑问
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作者:
PCR
时间:
2015-7-1 21:46
标题:
【求助】RT-qPCR关于结果分析中2-ΔΔCt的疑问
首先介绍一下背景:
我做的是人群,分为暴露人群和对照人群,然后采集其外周血取淋巴细胞测相关基因的表达。
RT-qPCR得到的结果包括Ct,ΔCt。由于暴露人群和对照人群只是大体的分组,并未进行一一配对,所以无法得到ΔΔCt,所以也无法得到2-ΔΔCt。在这种情况下,如何才能进行比较?
作者:
dmg
时间:
2015-7-1 21:46
不就是个t检验就出来了么?
作者:
PCR
时间:
2015-7-1 21:47
现在我想怎么求2^-ΔΔCt,或是直接用2-ΔCt比较可以不
作者:
fei1226com
时间:
2015-7-1 21:47
QUOTE:
原帖由
PCR
于 2015-7-1 21:47 发表
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现在我想怎么求2^-ΔΔCt,或是直接用2-ΔCt比较可以不
直接以某一个个体作为参照,其它样本跟这个参照进行比较计算得出2^-ΔΔCt,2^-ΔΔCt是样本与参照的比值,可以比较样本间表达量的差异,2-ΔCt没这个说法,也没有实质意义。
这样做了之后,暴露样本跟对照样本每个个体的表达情况就一目了然了,是不是有显著差异就要用生物统计学的方法检验了
作者:
PCR
时间:
2015-7-1 21:48
现在的问题是选择哪一个样本作为参照比较合适?ABI给出的结果是内参基因的Ct,样本的Ct,得到ΔCt,这时没有配对的个体,如何得到ΔΔCt,不会随意选择一个样本作为参照吧,如果可以的话,选择ΔCt=0的也可以,那就是ΔCt的数据了
作者:
fei1226com
时间:
2015-7-1 21:48
选择一个正常样本作为参照计算,其它样本跟这个正常样本的表达关系就出来了。这样正常样本的表达差异你知道了,它们的动态范围你也能得到,暴露样本的表达差异和动态范围你也能得到。最后将正常样本表达量做平均,暴露样本表达量再做平均,除以正常样本的平均表达,你就可以比较正常样本和暴露样本的表达差异了。
作者:
tewank
时间:
2015-7-1 21:49
将正常标本的内参取平均值,正常标本的目的基因A取平均值,各个暴露样本A基因与正常的均值进行比较。
作者:
ns5fan
时间:
2015-7-1 21:49
你可以选个表达目的基因的稳定细胞系当对照,然后提RNA,大量逆转录cDNA, 稀释后分装,避免反复冻融
一支的量用一板
不同的板之间都以这个为对照进行比较,这样不同的标本的目的基因才有可比性,然后按照暴露进行分组
作者:
xueyouzhang
时间:
2015-7-1 21:49
不必要纠结于ΔΔCt,你这种情况用ΔCt就行了。
作者:
avi317
时间:
2015-7-1 21:50
非配对设计 哪来2 -ΔΔct? 用2-Δct 比较
作者:
dreaming
时间:
2015-7-1 21:50
QUOTE:
原帖由
avi317
于 2015-7-1 21:50 发表
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非配对设计 哪来2 -ΔΔct? 用2-Δct 比较
与对照组比较不就能得出2 -ΔΔct吗?
作者:
小螺号
时间:
2015-7-1 21:51
我也想知道怎么做?
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