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标题: 【讨论帖】（表观）遗传学/转化医学 [打印本页]

作者: yhz1973 时间: 2015-7-7 16:57 标题: 【讨论帖】（表观）遗传学/转化医学

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开版专题前言：
鄙好为人师，曾在“核酸版”开版了“表观组学(epigenomics)的实验技术交流”一贴，其中大都涉及技术方面，但涉及理论方面欠系统，后来兴趣一度陷入miRNA启动子甲基化及其启动子转录因子调控的方面，偶有些发现，但是由于种种原因又没能深入工作，故每日在DXY寻找些寄托得以延续残生。
学能与时俱进，斯是兴事，故附“转化医学（Translational Medicine)", 终身希望遗传学能够服务于人类健康。
受版主之邀，开辟此专题（表观）遗传学/转化医学，筑梧桐以引才子佳人，发扬互组的精神，为epigenetics和Translational Medicine在本土的研究献出自己的微薄之力；
附上之前的工作链接：
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=8146022&sty=1&tpg=1&age=0')

作者: zhy平平 时间: 2015-7-7 16:58

我是第一次接触转化医学（Translational Medicine)这个名词，极为新鲜。网上搜索一下，得到许多相关信息。下面引用2008国际药物临床研究与转化医学研讨会会议通知其中的一部分
转化医学（Translational Medicine）或称转化研究（Translational Research），是近两三年来国际医学领域出现的崭新概念，是基因组学和生物信息学革命的产物，常被作为“分子医学”和“个体化用药”的代名词，被称为“从实验台到病床”（BtoB—Bench to Bedside）的一种连续过程。转化医学的核心就是在从事基础科学的研究者和了解病人需求的医生之间建立起有效联系，尤为关注如何将基础生物医学研究向最有效和最合适的疾病诊断、治疗和预防模式转化这一过程。主要目的是为了打破基础医学与药物研发、临床医学之间固有的屏障，弥补基础实验与临床应用间的鸿沟,在其间建立起直接联系。通过实践多学科交叉，把实验室基础研究成果快速转化为临床实践，从而为新药开发和新治疗方法研究开辟一条具有革命性意义的新途径。目前，转化医学正在向发挥双通道效应方向发展：从实验台到临床，再从临床到实验台，以此良性循环。

作者: yhz1973 时间: 2015-7-7 17:06

偷懒了！
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cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=116&id=12909207&sty=1&tpg=1&age=0')

作者: zzzz 时间: 2015-7-7 17:06

“DNA甲基化与基因沉默密切相关。然而，甲基化并非基因沉默的原因而是基因沉默的结果。”“启动子区CpG甲基化可直接导致相关基因的表观遗传学基因沉默。”您对此有何看法? 谢谢！

作者: shkudo 时间: 2015-7-7 17:06

DNA的修饰一般认为是转录前调控机制，所以，大家一般说“。”启动子区CpG甲基化可直接导致相关基因的表观遗传学基因沉默”，但是，作为网络，有的基因沉默，也可导致下游或上游基因启动子区域甲基化的情况，所以“甲基化并非基因沉默的原因而是基因沉默的结果”，因此，这是个很难有定论的议题。你认为呢？

作者: ns5fan 时间: 2015-7-7 17:07

是呀,任何事都不能仅仅割裂来看，表观遗传调控错综复杂，调控信息网络化，而信息表达和传递之间又是交叉组合和相互调节。非常感谢您的答疑。

作者: remonte 时间: 2015-7-7 17:07

表观遗传学现在似乎很热，我博士三年基本都是在做DNA 甲基化，总体感觉很难发较好的文章，我个人觉得这方面研究的最大限制就是研究手段，不能特异敲除掉某个特定基因调控区的甲基化，就像做基因敲除一样，而同时不影响其它基因的表观修饰状态，因此研究结果难以令人信服。通常都会用叠氮化纳去抑制甲基化来做，而这种抑制作用是global的，不是gene specific。所以我在答辩时，那些委员会长老们劈头盖脸的问，“DNA甲基化变了，基因表达变了，你就能说DNA甲基化的变化导致了基因表达的改变？”，不能，因为叠氮化纳也许也改变了组蛋白修饰，染色体结构等等，很难得出可靠结论。
所以很多人不得不把含CpG的序列拿出来，装到报告载体上，再做体外甲基化验证。送稿时人家又让你做体内实验，是啊，体内和体外环境肯定不一样啊，体外的结论不一定适于体内，没法做，只能退而求其次。所以我觉得做DNA甲基化实验可作为大实验中的一个小实验，只做DNA甲基化和基因表达，文章的点数会很低。

作者: yhz1973 时间: 2015-7-7 17:12

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看法很深刻，这里从实验角度再探讨一下”甲基化“和”基因表达“关系的研究。
单纯的用去甲基化试剂（如5-AZA）和/或组蛋白抑制剂，都是整体水平的作用而非gene-specific，所以，我认为实验可以这样来设计，（以5-aza为例）
1、药处理前后的表达谱的变化；
2、药处理前后甲基化谱的变化；
结合1，2的结果，a)找出去甲基化后基因上调的一类基因；b)找出去甲基化后基因下调的一类基因；对于a）类情况，可能得出：启动子甲基化后基因表达下调；对于b）类情况，启动子甲基化不是基因沉默的原因；
在这个基础上，可继续做一些深入研究，比如，你找到一个抑癌基因的启动子区域甲基化后，其下调明显！那么可以到正常的临床标本中去核对这个基因，如果其启动子没有甲基化，那么就直接证明了甲基化导致了基因沉默的结论；

作者: kulee 时间: 2015-7-7 17:13

目前看来可能是比较好的方法了。
最近中南大学在BMC molecular biology 发了篇甲基化的论文，所用的方法可以说是目前做甲基化的经典，该杂志IF 在3.3左右。感兴趣可看看
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18976507?ordinalpos=5&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum')
BMC Mol Biol. 2008 Nov 3;9(1):99. [Epub ahead of print]
Promoter Hypermethylation-mediated Inactivation of LRRC4 in Gliomas.Zhang Z, Li D, Wu M, Xiang B, Wang L, Zhou M, Chen P, Li X, Shen S, Li G.
PMID: 18976507 [PubMed - as supplied by publisher]

作者: zhy平平 时间: 2015-7-7 17:14

应该没有问题，那几个大峰是蓝色的，ATGC都不是蓝色，并没有影响你的测序结果。
你也可以咨询一下测序公司问问是怎么回事？一般来说是没有的。可能是试剂不太好，出现的杂乱信号。

作者: finger 时间: 2015-7-7 17:14

好像C 峰就应该是蓝色的吧？ A是绿，T是红，G是黑啊。

作者: txwuyan 时间: 2015-7-7 17:15

我最近在做SET结构域基因进化分析。
我一直有个想法，不知道怎么样？
甲基化是靠某些基因甲基化，SET基因就是负责甲基化的基因，那么这个基因的表达高低就能体现到甲基化的程度，通过控制这个基因的表达（当然还有除甲基化基因），是否发现某些基因被甲基化调控呢？（调控SET基因，影响甲基化）。
不知道我这个想法合理吗？
这个只是我大概的想法，我现在主要在做SET结构域基因进化分析，毕业论文，谁做相关方面的研究我们可以讨论下。

作者: bs4665 时间: 2015-7-7 17:15

老师的思路很好，可是我想请教一下，用去甲基化药物处理后，恢复表达的基因可能有数百个，那样的话怎样去找出有用的抑癌基因的是需要把这样的基因都做RT-PCR在肿瘤组织和正常组织中验证然后再用MSP验证吗这样的话会不会很耗时？有什么好的方法因为刚刚开始接触表观遗传希望老师不吝赐教

作者: yonger 时间: 2015-7-7 17:15

我想向各位前辈请教一个极端幼稚的问题，请各位不吝赐教：外界或内部的环境导致了一个印迹基因的印迹缺失，那么我们通过药物或者其他手段干预，这个印迹基因会恢复吗？它恢复的周期可能是多长时间啊？再者，一个疾病它的某个基因的CpG岛甲基化异常，通过药物或者其他干预，这个甲基化的异常会改变吗？

作者: dog002 时间: 2015-7-7 17:16

目前我也在看dnmt1和组蛋白修饰对dna甲基化的影响，zeb据报道可以抑制dnmt1的表达，而tsa又是组蛋白去乙酰化抑制剂。所处理的细胞是植入前胚胎。初步预测它两是协同作用，共同去甲基化。
dna甲基化和组蛋白修饰之间的相互关系还没搞懂，而一定是神秘的联系着

作者: dog002 时间: 2015-7-7 17:16

对于yonger的问题回答：
印记基因形成于配子形成过程中，认为干预再恢复这似乎很难实现
通过药物改变甲基化很正常，外界环境很容易导致甲基化变化

作者: txwuyan 时间: 2015-7-7 17:17

表观遗传甲基化引起发育分化
那么从白细胞提取出的DNA得出的表观状态
应该不能反映其他组织某一个基因的表观遗传状态吧
假设这一基因在干细胞有表达合成某种蛋白质
而在白细胞不能合成

作者: ending 时间: 2015-7-7 17:17

QUOTE:

原帖由 txwuyan 于 2015-7-7 17:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

表观遗传甲基化引起发育分化
那么从白细胞提取出的DNA得出的表观状态
应该不能反映其他组织某一个基因的表观遗传状态吧
假设这一基因在干细胞有表达合成某种蛋白质
而在白细胞不能合成 ...

DNA的不同甲基化修饰是导致组织分化的机制之一，因此，按理说不同的组织中至少组织特异性表达基因是应该具有不同的甲基化谱的。

作者: zbboom 时间: 2015-7-7 17:17

哈哈,我今年刚考上研究生，导师要我做表观遗传学方面的研究，原来还有这么多同道，搬个凳子占位

作者: DCS 时间: 2015-7-7 17:18

各位同行那位是在做全基因组甲基化分析的啊我最近就在做不同动物不同组织的全基因组甲基化分析想通过这个方法找到一些对一个性状有影响的基因不知道这样可行否请各位赐教

作者: cj_mondy 时间: 2015-7-7 17:18

IBW2009会议中很有几个报告讲到表观遗传，看来大家都在做这方面的研究，主要是组蛋白修饰，核小体定位等，

作者: zhihui小新 时间: 2015-7-7 17:19

我也在做这方面的研究，比较菜鸟。报个到先。顺便崇拜一下xxboy牛人。哈哈。顺便问下，有人用过active motif 公司的methyl detector 试剂盒吗？做出来的BSP 可信吗？和chemicon 公司的cpgenome试剂盒相比较，哪一个要好呢？欢迎交流和分享。谢谢

作者: shkudo 时间: 2015-7-7 17:19

最近看了一篇有关昆虫表观遗传的文献，对图有些疑惑，特向各位请教,图中的AT/TC-4.5是什么意思呢？

作者: zbboom 时间: 2015-7-7 17:22

想请教一下甲基化与乙酰化在调控基因表达方面是否总是协同起作用呢？两者之间有无必然的联系呢？希望有老师可以解惑！谢谢！

作者: bs4665 时间: 2015-7-7 17:22

表观遗传学是前沿啊，楼主能不能讲讲进一步发展趋势呢？

作者: any333 时间: 2015-7-7 17:23

我想请教一下老师，在做组蛋白乙酰化方面有哪些方法，我看文献中大多是用CHIP做的，但是CHIP的价格很贵，我们学校给学生的科研经费很少，做CHIP可能没有希望了。如果只是测定HAT和HDAC的含量能不能说明问题呢？还有没有其他的方法了呢？先谢谢各位老师了。

作者: u234 时间: 2015-7-7 17:23

推荐一篇reviewer，虽然是几年前的，但很经典的。
第一篇：
Wood, A. J. & R. J. Oakey (2006) Genomic imprinting in mammals: emerging themes and established theories. PLoS Genet, 2, e147.
Abstract: The epigenetic events that occur during the development of the mammalian embryo are essential for correct gene expression and cell-lineage determination. Imprinted genes are expressed from only one parental allele due to differential epigenetic marks that are established during gametogenesis. Several theories have been proposed to explain the role that genomic imprinting has played over the course of mammalian evolution, but at present it is not clear if a single hypothesis can fully account for the diversity of roles that imprinted genes play. In this review, we discuss efforts to define the extent of imprinting in the mouse genome, and suggest that different imprinted loci may have been wrought by distinct evolutionary forces. We focus on a group of small imprinted domains, which consist of paternally expressed genes embedded within introns of multiexonic transcripts, to discuss the evolution of imprinting at these loci.

作者: luoliqiong 时间: 2015-7-7 17:23

请问各位战友，我如何能知道已知基因的某些CG位点周围序列的研究情况，比如有哪些启动子结合位点，转录因子结合位点等等，以确定我研究的CG位点是有意义的，有这样的软件吗？

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