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标题: 有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自丁香园论坛] [打印本页]

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:07 标题: 有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自丁香园论坛]

有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自丁香园论坛]

大家好，我现在在mayo clinic做postdoc，主要做药物遗传学的。对SNP和Affymetrix和illumina的Chips有些了解（我们实验室有几百万美元的mRNA Chips），鉴于这一领域内容比较新，国内做的较少，所以愿意跟大家探讨，分享我的一些想法和体会。title有些夸大，主要是为了吸引更多的人进来。当然也可以给我的信箱留言：qinyx8088@gmail.com。有时候可能比较忙，回复较慢，也请体谅！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:21

我想了解有关SNP的技术,麻烦发一些资料给我

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:22

我是新手, 问一个问题:
SNP可以用从组织里提取的DNA来genotype吗?
看了一些文献都是用从外周血里提的DNA来做,
我觉得这个DNA应该全身都是一样的吧?
如果我想用从肿瘤组织里提取的DNA来做, 是不是不行啊?
多谢了.

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:23

近来SNP很热门，也希望了解这个领域的研究进展，先谢谢楼主了啊。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:23

SNP可以用从组织里提取的DNA来genotype吗?
看了一些文献都是用从外周血里提的DNA来做,
我觉得这个DNA应该全身都是一样的吧?
如果我想用从肿瘤组织里提取的DNA来做, 是不是不行啊?
多谢了.
回答如下：
当然你提的DNA 应该是genome DNA。基因组的测序和SNP的检测都是指genome DNA。你可以从肿瘤组织提取DNA进行检测，但是你得知道你检测哪个基因，还有就是样本量的问题，你发现了新的SNPs，然后你说这个snp如何如何重要，都需要一个样本量和生物学功能的支持！设计课题时，多看文献！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:23

SNPs是在后基因组时代研究的热点，因为它与个体的genotype差异有密切关系，包括药物的药效和代谢等等，这方面的进展很快，新的概念，新的技术层出不穷。举个例子COPY NUMBER VARIATION这个概念在国内可能了解的人不多，而我们这边已经着手做这方面的事情，还有新的基因测序技术，发展太快了。所以掌握这些概念技术或者方法可能会对你大有好处。我现在也正在学习，希望能够学好以后，回国做一点这方面的事情。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:24

谁能教教我如果在网页上截图，这样子以后回答会更直观一些。谢谢大家！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:24

老大
cnv我们也早就作了
还是你说的芯片我们肯定比你们那作的多
不过国内绝大多数单位还是应为经费问题
很难开展大规模研究，疾病遗传国际上已经开始
向多元化发展了，eQTL最近很热，单纯的SNP解释
的问题太过于简单了，不过贵内的科研水平尤其是
临床科研水平比国外还差的太远，这也和医改有关，
国内的样本是很好收集的就是研究态度太功力，慢慢来吧

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:25

我想做CYP19局部位点的多态性研究，该位点是CYP19[15q21.1]基因的SNP7.5 [dbSNP:rs2899472]，它在NCBI基因库中检索的基因序列为
5' Assay: ACAGGAGGGT TTAACCCTTA AAGTGCCCCT TTCTCTCTTT GTGTTACGTT TCTTTAAGCA
TCTTTTAGGA GTAATCTCTT TTTAAGTCTT TTATTATTCA GGTTTGCTGT TAACATCAGA
GTCTTTGAAA TGAGATGAAA AATATTGGGA AACTTTGTAG ACGTAACTCC AGAAGAAGAC
TATCctctct ctctctctct tgctctctct ctctctctct ctctcacaca cacacacaca
cacacacaca cacacacaca cacacacTGG GTTAAGCTGC GGAATCCCCA TGCCTAAAGG
TATACTTTGC AAATAAGAAA GGAGGCCTGA GGACTGGTCC TAGACTTTTG AGATTTCCAT
ACATCTTGGA AGGAAGGTTG AGGAAGGAGC AGGCTTTCTG ACCATAGGAA GGACTTGGCA
GATATGAAAG GCCAGGATGT TGTTCTCTGG GTGACTGCCA CTTCAGCAAG CAGGACAAAT
GACTCAAC
Observed: A/C
3' Assay: CTTTGTGTGG AAGGGTTGGC TTAGAATGTC ACTTGTGGTT TTCTCCCAGG CCGATGCATG
ATTTGCCTCT GTGTTTAAAG AGCTTGAAGC CACATGCCAA ATTTATGGGC AAAAATGTAA
TAACATGGCT TATAGGCAGT GGTATGATGT AGATATGATT TAATTTTTAA AATATGCTAA
AAAGTATTGA CTCTATCTAG TGAAAAGAAA ATTGGGCAAC AATCAGCAAA TACCATCAAT
ATGGACACAT TTCTCGGCAG TTTTGGGAAA CACATGCTAT TTCTTCACCC CTCGCCACCA
CCCTTCCCTA CCTCCCAAGA TGGGTCATTG CCTAAGTTGC ACTTAACTAT TTCTCTACAG
ACTCACCCAG TAAGTCAATA CTTTCATTAA TGTTACTGAT TTAGATACTA AAACTTGTGC
CAAACTTTCC ACTATATCAG GAAAACCAAC AGGGAGTCTA ACTCCAAAAG GAGATTCACT
GAAAAATGCT TAGGACCCTC
这个基因位于内显子4中，
1.rs2899472这个位点由C→A时，对该组基因的转录和表达有无影响？是怎样影响？这些信息能在基因库中寻找吗？
2.如果要用限制性内切酶在rs2899472这位点进行切割，如何寻找前述的内切酶？

我在gene card里面查了一下这个SNPs，发现它的location type是intron。那么我们知道intron是非编码的，所以这个应该是NON-synonymous。但是我们知道intron有enhancers，repressors，insulators这些功能，所以你的问题这个位点改变对基因的转录和表达有没有影响，我的回答是：理论上是应该有，但实际怎样，你要自己去查文献，自己去证实！数据库没有这方面的资料。另外CYP19基因的多态性研究的应该很多很多，多看文献。
你的第二个问题，我不是很明白，你是想从这个位置切开吗？如果是你就找找那些限制性酶的内切图谱跟这个位点附近的序列对比一下，那个合适就行了。这样子回答不知道对你有没有帮助?

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:26

是想做PCR－RFLP么？给大家一个很方便的online分析E切的website－－－cuturl('http://watcut.uwaterloo.ca/watcut/watcut/template.php')，
可以专门针对PCR－RFLP寻找酶切位点，只需要输入Rs号即可得到合适的内切酶，如下图所示，你可以选择BslI或者DraIII作为内切酶。

图片附件: 1.gif (2011-8-16 16:26, 47.03 KB) / 该附件被下载次数 5
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8295

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:27

这个网页真不错，不过我们已经全作测序了
收藏先~~~~~~~~~~

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:28

我想问一些问题：我使用DraⅢ进行酶切，得到的片段分别为48bp和83bp，这样两个片段行电泳可以分辨清楚吗？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:29

建议你重新设计引物，这样的片段很难，特别是有引物二聚体的时候

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:29

在椎间盘组织中可以提出DNA，进一步做SNP吗，拜求赐

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:30

这个SNP的引物已经是有资料提供的了，我是根据该引物的位置和DraⅢ酶的酶切位点来计算得到的48bp和83bp这样两个片段，这样两个片段跑电泳时是不是很难区分？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:30

去年参与过一个课题,先用SSR,然后用SNP,不过没来得及做到SNP部分就换课题了。但是对这方面有兴趣，有很多疑惑：
据我所知，SSR和SNP为寻找遗传标记方面常用的两种技术（只是出现时间上一个早些，一个晚些而已），都需要在测定大量样本的基础上分析、验证。有好多报道中认为SNP比SSR更优越。也看过一些零碎的材料总是不够系统。所以，我想请教下，二者在技术原理、实验材料，技术程序以及应用方面是怎样的以及他们的异同。
谢谢！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:31

ssr是基于第二代遗传标记物str的基础上
一般用于家系分析和物种比较
snp可以说是第三代遗传标记物，是基因组遗传突变的基础
一般用于关联分析

实验材料都是DNA，snp的检测方法可以有很多种，国外常用的
是探针芯片可以大量的检测SNP，单位成本较低
你可以去遗传板块，那有很多的帖子

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:32

能不能详细介绍一下eQTL吗？
刚才查了一些文章，还不是很明白eQTL是个什么东西，麻烦介绍一下吧，
做这个东西似乎需要专门的仪器，一般的实验室是不是也没发做？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:32

基本上是基于全基因组snp芯片和全基因组差异表达芯片的
的数据并行分析定位功能位点的方法
中文成为遗传基因组

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:32

截图：最简单是按下Print screen(prnt Scrn)键，打开画图或photoshop新建文件粘贴
或者你用傲游浏览器，工具里有屏幕截图，qq上也有截图工具。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:33

FP-TDI(fluorescence polarization template directed dye—terminator incorporation)这种检测SNP的方法实施起来难度如何，哪里能做？知道了具体的位点怎样设计引物？谢谢指教！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:33

请教如何来做某一遗传综合症的全基因组范围的DNA CNV？是否可以做某相关基因的CNV？谢谢。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:34

To wwwwwwqqqqqq 92: FP-TDI我们没有做过，荧光偏振的试验比较精细，但适合高通量的筛选！
To 九天鹰：植物方面没有资料！sorry!

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:34

可以用snp芯片做全基因组cnv
现在做cnv一般3种方法taqman探针
snp芯片和mlpa

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:49

CNV的信息，你可以从UCSC genome网站上的得到。我们这边主要用illumina的SNPs芯片检测得到的，如果你需要，我也可以帮你看看特定基因的CNV信息，这个过程很快，很简单！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:49

刚接触snp想问一下。一般的不是说在rRNA上用吗？测rRNA序列由于rRNA变化比较小，可以用来做进化树。其他的基因序列也可以找到？做什么用，还有就是SNP不是说一个核苷酸，而是几个一段的，这个是怎么分的？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:50

SNP就是基因组上的改变，不是RNA上的
SNP就是指一个，但突变或是基因组改变还包括
其他的大段改变

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:50

问一下，PCR-RFLP中，PCR产物在酶切之前要不要纯化啊？不纯化能切的开吗？我的PCR片段304bp，切后片段分别为70 、130bp，内切酶（NEB的）也买到了，好多人都说要先纯化，那样很麻烦的，原来没想到还要纯化，因为突变率不是很高，又怕切不开不知道是产物的原因还是没有突变。请高手指点一下。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:51

从哪里知道我现在这个SNP位点周围的基因示意图或者可能调控基因的示意图（不是原始的碱基序列），谁能教会我从哪里能看到基因序列的示意图？
在这个网页中， cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?rs=708692')。
reference NT_010755->NM_007144->
615245 reverse 1805 3' UTR
Celera NW_926828->NM_007144->
423100 reverse 1805 3' UTR
上面显示的是我这个多态性（SNP）的位点位于3' UTR的1805位置上。
在此，我不知道从哪里知道我现在这个位点周围的基因示意图或者可能调控基因的示意图（不是原始的碱基序列）。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:51

你可以去ucsc上查
选择你需要标记方法可以显示
外显子等位置

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:52

我说的是DNA上表达rRNA的基因，看到一些文献做的都是PCR 16SrDNA就是表达16srRNA的那段基因，测序在比较，作聚类分析。
还有就是核酸的就突变了一个，但是我看标出的时候把周围的几个也都标出来了，啥意思？看上面说的是突变的那个核酸和边上的核酸有关系，不明白！还有就是在基因上SNP有突变速度？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:52

一般来说如果离得很近的几个
snp施共连锁的，不知道是不是你说的
这样

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:53

请教:

根据IL-1A-889的Rs1800587可查到序列：TCTTTAATAATAGTAACCAGGCAACA[C/T]CATTGAAGGCTCATATGTAAAAATC。我查到的所有文献都是用NcoI来切，而NcoI 的Recognition Site: 5’…C▼CATGG…3’ 好像并不能切开Rs1800587的多态性位点。
同样，IL-1A+4845的Rs17561: TTTTAGAAATCATCAAGCCTAGGTCA[G/T]CACCTTTTAGCTTCCTGAGCAATGT。文献都用Fnu4HI来切，而Fnu4HI 的Recognition Site: 5’…GC▼NGC…3’ 好像也不能切开Rs17561的多态性位点。
总是差一个碱基，酶应该识别不了吧。

这是为什么？问题出在那里？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:53

你用cuturl('http://watcut.uwaterloo.ca/watcut/watcut/template.php')
在看一下你的位点是否和文献一致，如果还不一致，，看看文献报道的突变
和数据库是否一致

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:54

我用该在线工具查过,对Rs1800587和Rs17561所推荐酶,都有一个mutation change 这样的酶能用吗?
"位点是否和文献一致"是指IL-1A-889和Rs1800587一致吗?如何才能看出?
但我想应该是一致的,我的IL-1A-889pcr产物包含了Rs1800587的片段.IL-1A+4845也是如此.而且Rs号也是文献上告之的.
"文献报道的突变和数据库是否一致 "指哪个数据库?
请您说的详细一点,

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:54

就是和dbsnp数据库
IL-1A-889和Rs1800587一般是指il-1a全基因组
的第889个碱基突变，不过没写突变成什么呀
你可以找出基因组数一下然后看看是不是和rs1800587一致
注意有正反向问题

根据IL-1A-889的Rs1800587可查到序列：TCTTTAATAATAGTAACCAGGCAACA[C/T]CATTGAAGGCTCATATGTAAAAATC。我查到的所有文献都是用NcoI来切，而NcoI 的Recognition Site: 5’…C▼CATGG…3’ 好像并不能切开Rs1800587的多态性位点

这个因该可以切开把如果是cacca，catca就无法切了

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:55

Rs1800587的野生型是caccattg,突变型是catcattg。我要的酶必须而且只能识别其中之一，可惜NcoI识别片段是ccatgg,要是ccattg就好。
国外的文献应该不会错，我不知道问题在那里。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:55

你可以到NEB上根据你的突变碱基去找你要的酶，打开他的首页，
有 NEB cutter2.0,输入你的基因序列就可以查到你想要的酶，它的酶很全的，且我觉得从NCBI上根据RS 或SS号查到的突变位点应该是正确的。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:56

NEB cutter2.0也试过，没文献上的酶，也没我要的酶。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 16:56

这个帖子很好啊，顶一下。
在此也请教一个小问题：
分析数据时，p－value给我的数值是“3.17e-014” 这是什么意思啊？这个数到底是多少啊？
全部结果数据如下：
Global chi2 is 65.930481 while df=3 (frequency<0.03 in both control & case has been dropped.)
Fisher's p value is 4.32e-014
Pearson's p value is 3.17e-014
就是不明白3.17e-014表示什么？是很小很小了吗？谢谢！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:00

3.17X10的负14次方

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:00

最近有做点文库的rflp分析，对snp有过一点了解，但也不是特别的清楚，希望zxyapple能发些相关资料小弟拜读一下，学习中……

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:00

我按你的指示，打开网页：　cuturl('http://genome.ucsc.edu/')
但是一头雾水，不知道在这个网页，如何能找到基因功能示意图。
方便的话，请详细指教。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:00

http://genome.ucsc.edu/
你先搜索你要的基因
会出现一个列表
点所在的位置区域就可以看到一种那个结构图
上面有很多的信息可以选
然后点上方的DNA，就会可以输出序列并对输出作标记

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:01

大约你做那个方向，疾病研究还是动植物进化

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:01

NcoI C^CATGG 1 ..AGTAACCAGGCAACA C CATGGAAGGCTCATA..

这个酶切维点应该是C--C之间识别CCATGG 应该可以用

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:01

根据基因名，打开网址：cuturl('http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr17:34143676-34158084&hgsid=104834129&knownGene=pack&hgFind.matches=NM_007144')。
是否正确？如何确定这个基因功能图？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:02

NcoI C^CATGG 1 ..AGTAACCAGGCAACA C CATGG AAGGCTCATA.. 不对，应是AGTAACCAGGCAACA C CATTG AAGGCTCATA.. 我问过NEB的技术支持，他说 NcoI 的识别片段是C^CATGG ，差一个碱基也不行。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:02

你的问题回答如下：
我想是原文章的引物有问题，他实际上用的技术叫：amplification-created restriction site。
譬如：ATCGAA[C/T]TCAA 这个SNP，只有ATCGAATTCAA能被Eco RI酶切，被称为naturally occurring sites。但是有时候我们可以通过引物设计来引入一些突变，就像是你的例子：它的引物实际上应该是Noc I 识别的那个位点进行了突变，这在引物设计中是可以的。所以我觉得正确的引物(rs1800587)应该是：5-GAT TTT TAC ATA TGA GCC TTC g ATG (注意我小写的那个g，就是原文错误的地方）。要不Nco I是没办法切割该位点的。

Does that make sense？

当然因为文章比较新，你可以写信问问，是不是这种情况？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:02

请在gene card里面输入你的蛋白名字：
polycomb group ring finger 2 或者代号NM序号或者snp序号。就可以得到你想要的一切。超强，推荐gene card！
ucsc genome brower也行，进入主页，选择左边的genome brower，在position or search term一栏中输入基因名字，Snp序号或者nm序号等等都行，然后search。然后出现ucsc基因的一些名字，选择你要的进去。会得到很多信息（SNP的情况，CNV的情况）等等。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:03

Gene card是个很好的网站，它里面信息量很大。有关的信号通路，参考文献，抗体信息都给你列出来了。五星推荐！！呵呵

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:04

前面要SNP资料的，很抱歉，我所有的SNP的知识都来源与pubmed和有关的书籍！所以没发提供。还是多看文献，具体问题来这儿咨询，大家都会帮助！所以不要再给我发信要这些资料了。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:04

Gene Structure Display Server (GSDS) is a web server for drawing gene structure schematic diagram. GSDS can mark special regions (eg:domains) and intron phase in the displayed diagram. It can deal with batch genes once and the output graph is various including SVG format.

cuturl('http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php?input=gi')

或者在ncbi 的gene里可以看周围的基因

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:05

我想了解有关SNP筛查的方法，目前我想重点了解的是RFLP，DHPLC，以及REAL-TIME的方法，以及相互之间的比较～

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:07

研究某基因SNP位点与糖尿病发生的关系，如果没有别人已发表的类似论文，如何寻找如何选择感兴趣的基因型来研究。请大侠指教。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:07

刚接触SNP，想做一些关于单核苷酸多态性和泌尿系肿瘤关系的研究，基因已经选好，也看了一些相关文献，但仍觉无从开始。从NCBI上查到许多所要研究基因的RS号，这些RS号所表明的就是这个基因的SNP位点吗？如果想发现一些新的位点该如何下手呢？多谢楼主能在百忙之中对我的问题作一简略回答。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:07

我做的一段基因，SNP特别多，SSCP不准，有每有什么便宜又准确的方法？老师不让用基因芯片。。。。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:08

我正在做SNP，但是现在连P都P 不出来，很郁闷呢！
按照别人文献里的做，就做不出来，现在在摸索条件，都快崩溃了

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:08

我想做SNP检测，想用AS-PCR方法，请问各位有相关的文章吗？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:08

我正在开始做SNP，标本刚刚收集完，迫切想多了解一下这方面的知识，能否发一些资料给我？不胜感激！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:09

近来本人关注了SNP检测方面的文献，发现使用高分辨率熔解曲线可以高通量地、特异性地检测筛选SNP。但是对于高分辨率熔解曲线最后生成的图，我却还有点不明白，请楼主及各位高手指点：高分辨率熔解曲线最后生成的图一般有三种曲线，分别代表野生型以及两种SNP基因型，我想问的是这三种曲线是如何生成的？软件对于高分辨率熔解曲线的结果是如何计算得出的？有什么根据可以用来判断哪条曲线代表的是某种基因型？谢谢！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:09

想了解一下有关于SNP技术的原理及方法？能否帮忙讲解一下？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:09

新手请教各位，RS号是什么？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:10

我在用rt-pcr做snp，已经有了探针和引物，但怎么也跑不出来？请求高手的
指点！有ＳＮＰ和ＲＥ－ＰＣＲ　的有关资料发一下？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:11

我用ＲＴ－ＰＣＲ做ＳＮＰ，可是出不来结果．不知道问题有可能在哪里出现？加ＤＮＡ模板是有什么要求？探针该如何加？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:11

我们实验室一直在做分子标记，主要是aflp和ssr，最近想做snp。
snp在网上有一些发布的序列，老师说用这些序列直接标记就可以了，有点类似aflp标就行了。ps 我标记的是未被克隆的基因。
但是我看过一些资料，snp不都是大规模测序or芯片之类的么，然后和你要做的东西的序列比对，找出突变位点，在标记么。
我就不明白了。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:11

你可以看一下hapmap数据库
和omim数据库，前一个是绝大部分发现
的snp数据库，后一个是基因、snp和疾病数据库
不过要注意人种差异

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:12

想请教一些高通量、低成本检测SNP方法的具体步骤和所需要的试剂，价格，购买的公司以及操作过程当中应该注意的一些事项。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:12

我想做DNA修复基因SNP与肺癌易感性方面的课题。
谁有SNP相关资料呢？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:13

想请教一些高通量，低成本检测SNP方法的具体步骤和所需要的试剂，价格，购买的公司以及操作过程当中应该注意的一些事项。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:13

我想测序40多个PCR样品，哪个公司的服务性价比好一些？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:13

看不出来你是侧序还是想检测snp位点

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:14

是检测SNP的，测序结果作为标准，验证其他SNP检测方法的。后边还得测一部分。由于经费问题，想找一家便宜的公司，又担心测序的质量！PCR产物均为300~500bp，请大家推荐，谢谢

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:17

我想要测SNP注意的事项和测序公司的信息，以及我该准备的公司，谁能指导一下，谢谢！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:17

SNP鉴定的话，我们建议先进行筛选，再对几个样本测序，成本可以大大降低。 HRM方法是可以考虑的一种方法。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:18

SNP位点，是哪一条链上的，编码mRNA的模版链上面吗？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:18

谁能发给我一些高通量，低成本检测SNP方法的具体步骤和所需要的试剂，价格，购买的公司以及操作过程当中应该注意的一些事项。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:19

我想了解一下有关于SNP技术的我想了解一下有关于SNP技术的原理及方法？能否帮忙讲解一下？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:19

请问选择SNP位点是要根据block选，还是根据基因功能选？为什么？怎么给基因分的block？麻烦指点

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:19

用荧光定量PCR 技术检测SNP ，看看ABI的SNP研究技术去吧探针法和测序仪上的SNPshot都可以做

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:20

大家好，我想做SCN9A的有关疼痛的东东，因为刚接触这一块，不是很了解，有谁能否发一些有关SNP的技术？谢谢。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:20

请教一下，如何确定一个基因内部的SNP位点？一片迷茫？谢谢大家了！文献上好像没看到报道。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:21

各位大虾：
我是一个新手，我想做遗传性家族性乳腺癌与BRCA1基因启动子的SNP之间的关系，我应该怎么做？我是一点都不会，一个头两个大，请各位大虾给出宝贵的意见！谢谢！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:21

感谢大家的分享，很好用，
但是搜索出来的结果中有好几种酶，要怎样选择呢，还是任何一种都可以啊，请赐教，谢谢！

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:22

我现在在做冠心病易感基因关联研究，已经确定好目的基因后，请教如何进行SNP位点的筛选？

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:22

已知有hotSNP、tagSNP、功能SNP 3种方法，请大侠们详解这3种方法,谢谢

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:22

你去看cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/topic/19923201')，这个帖子应该对你有点帮助，我觉得筛选都是大同小异的。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:23

酶活栋hotSNP,一般是早期对SNP的研究，大家对这个新事物都不了解，很多国外科学家做了些工作之后，我们国内在此基础上在中国人群内做一些重复的验证工作。
tagSNP，一般来说是对新的SNP的探索性研究，希望在基因上发现一些新的有意义的SNP位点，这个一般是通过筛选的方法先去定位一些SNP，然后对结果做统计分析，以期找出有意义的SNP位点。
功能SNP，是将对已知的SNP做功能性研究，就是研究这些SNP位点在基因表达过程中的意义，像酶活性的变化、转录障碍、蛋白失活等等，一般都是研究外显子部分。
我觉得hotSNP、tagSNP、功能SNP是代表SNP研究的3种方向。

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-16 17:23

之后就是如何更好的实施SNP的挑选，可结合3种策略，针对我研究的基因

1、国外的研究结果未一致，阳性也有，阴性也有

2、tagSNP是根据hapmap的haploview进行筛选吧？这方面有什么好的文献推荐吗？我看到挑选tagSNP亦有很多方法

3、功能SNP,一般就是筛选外显子中的SNP位点。

４、在进行SNP位点筛选时，是不是一定要结合中国人的频率？是参考Hapmap？千人基因组计划中的位点在hapmap中吗？

5、在Ensembl、dbSNP、hapmap中查到的同一基因的SNP位点不一致，一般以哪个为准？hapmap吗？

6、HRM技术在SNP筛选中的作用如何？

请朋友们帮助解答，刚学习SNP，有很多疑惑，谢谢！

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