分析测试百科

标题: 知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，得到PCR产物序列！ [打印本页]

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:03 标题: 知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，得到PCR产物序列！

知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，得到PCR产物序列！ [转自丁香园论坛]

老板让查SNP的东西。我有如下SNP的信息，但不知道怎么查SNP的rs号码，没rs号，没序列，没法设计引物，请同志们教我两招啊，插三根鸡毛：
基因：血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T
文章：血管紧张素原H"$’I基因多态性与原发性高血压的相关研究;浙江大学学报；2004年33卷，02期。
引物： P1 CCGTTTGTGCAGGGCCTGGCTCTCT P2 CAGGGTGCTGTCCACACTGGACCCC

基因：G蛋白β3亚单位(GNB3)C825T
文章：G蛋白β3亚单位C825T等位基因多态性与原发性高血压的关系陈肖俊; 汪大望; 吴建波; 熊术道; 王春香; 临床内科杂志, Journal of Clinical Internal Medicine, 2007年 05期

基因：E-选择素G98T
E-选择素基因G98T多态性对原发性高血压患者血压及心脏结构功能的影响中国医学影像技术, Chinese Journal of Medical Imaging Technology, 2007年 05期

基因：β2-BKR基因-58T/C和AGT基因M235T
文章：缓激肽β2受体(β2-bradyk in in receptor,β2-BKR)基因β_2-BKR基因和AGT基因多态性与原发性高血压的相关性研究第三军医大学学报, Acta Academiae Medicinae Militaris Tertiae, 2006年 11期

基因：化生长因子β1(TGF-β1)基因第1外显子+869T/C及+915G/C
文章：转化生长因子β_1基因多态性与原发性高血压关系的研究中国老年学杂志, Chinese Journal of Gerontology,2007年 10期

作者: 菠萝菠萝蜜 时间: 2011-8-23 13:03

最好是多查些文献，找到位点附件的序列（如测序图谱和TaqMan探针等的序列），然后在到NCBI上作BLAST，这样就可以找到该位点在基因序列中的位置。有的SNP位点可能没有对应的RS号。
还可以根据该位点的信息直接在NCBI上查出基因序列，在根据该位点在基因中的位置，如mRNA（有的是cDNA）为起始位置，往后计算该位点的位置。通常这样找到的位点还是需要与文献报道的位点序列进行笔对。因为，不少SNP位点的命名规律是不同的，也就是说有的是mRNA中的位置，有的是cDNA中的位置，有的还是蛋白编码的位置，所以比较容易出错，最好要与文献进行笔对。

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-8-23 13:04

你准备采用什么方法检测
你可以把snp位点周围的序列都拿出来就可以了

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:04

我用测序法检测。
我得到引物很容易，但是查到位点，不知道怎么查。
用引物BLAST后，查到序列，但还是得到的是一个序列，而不能得到那个点在什么地方啊？
怎么办。
向2楼说的那个办法我开始就用了，一开始就错了，因为很多基因编号是从启动子等其它位子开始计数，郁闷。

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:05

把周围的序列拿出来又怎么能找到我的那个点呢。
例如我可以得到血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T 的引物，得到CDNA全长，得到引物之间的序列。但是我怎么在引物之间的序列中确定我的那个点(就是M235T)呢。？？？？？
请教了。

作者: 菠萝菠萝蜜 时间: 2011-8-23 13:06

你这个只有上dbsnp上去一个个对了，支队外显子里的
还有你可以去omim里找一下你的这几个基因，都应该是和疾病有关的
最好不行就在google里搜看一下外文的又没有列出rs号的

作者: 章鱼小丸子 时间: 2011-8-23 13:07

你列举的这几个你感兴趣的位点都已经被研究过了，找到应该是很容易的。譬如M235T中间的235应该是蛋白质序列的第235位发生了突变，都知道这个信息了就很好确定到底是哪个位点就是你的SNP了吧。对了，设计引物的话，应该是用DNA序列，而不是mRNA，当然除非你的标本是RNA而不是DNA。

作者: 章鱼小丸子 时间: 2011-8-23 13:07

如果你要得到rs号的话，也很简单，可以在GenBank的dbSNP中搜索。也可以在GenBank基因信息的页面里点击SNP的链接。

图片附件: 76187975_snap.jpg (2011-8-23 13:07, 48.88 KB) / 该附件被下载次数 80
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8368

作者: 章鱼小丸子 时间: 2011-8-23 13:07

然后，就看到下面的界面：

图片附件: 36208788_snap.jpg (2011-8-23 13:08, 55 KB) / 该附件被下载次数 40
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8369

作者: 章鱼小丸子 时间: 2011-8-23 13:08

上图显示的是编码区的，点选in gene region，refresh，就能看到基因全长内的SNP：

图片附件: 25330923_snap.jpg (2011-8-23 13:08, 43.55 KB) / 该附件被下载次数 20
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8370

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:09

问题基本解决，有空给大家总结一下！
嘿嘿！谢谢各位！

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:09

知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：

很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：

一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。

二，得到引物进入BLAST（cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/')），进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:09

三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如：313324---313943

四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=88952908&db=Nucleotide&from=313324&to=313943&view=gbwithparts')

五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/')
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。

六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2，所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:10

以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善。

图片附件: 12196991.jpg (2011-8-23 13:10, 25.62 KB) / 该附件被下载次数 8
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8371

作者: 不懂 时间: 2011-8-23 13:11

谢谢，想试试。

作者: 蒲公英 时间: 2011-8-23 13:11

知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841')，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。

图片附件: 57753395_snap.jpg (2011-8-23 13:11, 53.36 KB) / 该附件被下载次数 15
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8372

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:12

好啊，有了这个，就可以把我先前帖的步骤简化好多。
谢谢！

作者: 麻瓜 时间: 2011-8-23 13:12

很感谢！急用中！

作者: 快乐的大脚 时间: 2011-8-23 13:13

可以试试在scholar.google.com中能不能找到对应的RS号码，如果有就很方便了，不然都是可以根据给出的信息来确定的，没有问题，就是要麻烦一些而已。

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-23 13:14

知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841')，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。

============================================================================================================

从图中怎么看出3个SNP位点？谢谢

作者: 胖小妮子 时间: 2011-8-23 13:14

知道RS号码，如何查找位点呢？有的文章只是给出RS号码，没有位点的标记

作者: 我是一片云 时间: 2011-8-23 13:15

很好！强烈感激！！！

作者: 冰激凌小姐 时间: 2011-8-23 13:15

你好，我按照你的方法查snp，但没有显示序列号，是代表没有snp吗？谢谢

图片附件: 13980738_snap.jpg (2011-8-23 13:16, 36.67 KB) / 该附件被下载次数 11
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8373

作者: 阿福 时间: 2011-8-23 13:16

可能你下面的选项SNP没设置，可选择pack

作者: 开心蔬菜帮 时间: 2011-8-23 13:16

对于错义突变SNP，很简单查rs号的方法是上SNPs3D网站（cuturl('www.snps3d.org')),在网页第一个框内输入基因名，如AGT，search得到错义突变的SNP及rs号连接。

作者: 小困 时间: 2011-8-23 13:17

受教了

谢谢各位大侠

欢迎光临分析测试百科 (http://bbs.antpedia.com/)