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标题: 谈核酸染料，最佳EB替代品 [打印本页]

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 10:56 标题: 谈核酸染料，最佳EB替代品

谈核酸染料，最佳EB替代品 [转自丁香园论坛]

对于这个问题，实验室一直在讨论，各种核酸染料各有优缺，到底应该选择哪一个实在是个让人头疼的问题！

因为工作需要，我们室的核酸电泳量相当巨大，每天都要不停的跑啊跑。。所以对这个EB替代品问题就比较关心，基本上市面上的所有核酸染料都买来试过了。

其实做核酸电泳替代EB的主要原因无非两条：
1 保证对身体低危害；
2 在不影响EB的效果的前提下，可以更加稳定，敏感度更高，以适应高精确度的实验

以这两条原则为准绳，我们做到现在，只有两个产品可以达到 sybr green ,和 gelred
无论是危害性，实验效果都可以达到要求。
但是鉴于实验室已经被污染，并且这两个产品的价格要比EB高出许多，所以现在仍然在使用EB。
想立刻更换EB替代品，希望大家根据自己的经验，给些建议，师弟在此不胜感激！

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 10:57

补充一个小知识，AO又称丫叮橙，剧毒致癌物质，也可以做DNA和RNA电泳。它在做双链DNA电泳时呈现绿色荧光，单链则为红色荧光。

现在有不少国内EB替代品就是用AO(丫叮橙)为原料，实验效果虽然不如EB，这个暂且放在一边不说，就是毒性也够吓人的！无是从健康角度还是实验效果而言都无法与EB媲美！
希望大家谨慎选择，剧我所知，国内的EB替代品，核酸染料全是用AO丫叮橙调制！

因为所有的染料我都用过，这些国内的EB替代品，它们跟AO丫叮橙的实验结果惊人的相似！大家不妨都拿来试用一下看看结果。

在毒性认证这方面我可以说我们应该很重洋媚外！

没有人愿意拿自己5年甚至10以后的身体健康来做赌注

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-24 10:57

我们实验室刚用sybr green 替代EB，可能是刚用条件不是摸的透彻，跑出的不如EB漂亮。
请问你们使用sybr green 的步骤？
不是要预染10MIN，染长时间有影响吗？
实验室开空调，是否影响胶浓缩时间？

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-8-24 10:58

是不如eb漂亮，有时候还不准，跑一组，条带都成锯齿了，不过比ＥＢ敏感多了，用核酸染料染的也可以用凝胶成像仪看，也可以拍，

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-8-24 10:58

电压越高，条带越乱，有时候会误认为是非特异性扩增，后又跑下ＥＢ，发现是目的条带，现在还没想出为什么

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-8-24 10:59

不同公司的sybr现在效果差别很大！产品相当乱。
建议大家可以试试 gelred ,各方面效果都很出色，还可以免费试用的，不过不知道现在还发不发免费装

作者: @木木@ 时间: 2011-8-24 10:59

QUOTE:

原帖由 岸上的鱼 于 2011-8-24 10:57 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
补充一个小知识，AO又称丫叮橙，剧毒致癌物质，也可以做DNA和RNA电泳。它在做双链DNA电泳时呈现绿色荧光，单链则为红色荧光。

现在有不少国内EB替代品就是用AO(丫叮橙)为原料，实验效果虽然不如EB，这个暂且放在一边不说，就是毒 ...

看来以后接触goldview还是小心点好

作者: 大仙 时间: 2011-8-24 11:00

Ｇｅｌｒｅｄ是哪家公司买呢？价格多少？

作者: 何去何从 时间: 2011-8-24 11:03

天根又推出了一个叫GeneGreen的染料,说是属于花青类染料,比EB毒性低,无致癌性,灵敏度比EB高10倍.紫外发射绿色荧光.拿了个试用装.不知道是不是楼上所说的AO(丫叮橙)?
gelred价格是很高啊,将近一千块了.

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:04

只要有上边所说的那个特性就应该是丫叮橙了，所以建议大家谨慎操作
gelred价格是比较高的，奢侈的实验室才用的起了，不过送我们的试用装还没用完呢

作者: 小荷尖尖 时间: 2011-8-24 11:04

请问楼上是在哪申请的试用装？

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:05

QUOTE:

原帖由 小荷尖尖 于 2011-8-24 11:04 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请问楼上是在哪申请的试用装？

www.probes.com.cn
很久以前的活动了，你自己找找看吧

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:05

做电泳这么多年，其实还是EB最好，没毒就完美了

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:06

强力推荐大家使用gelred，效果没的说，另外我看了报价，竟然比美金报价格还便宜，相当划算的EB替代品

作者: 羊咩咩 时间: 2011-8-24 11:06

记得我们实验室用过赛百盛，跑的效果还是不错的。染DNA是绿色荧光，不知道和上面说的是不是一样的东西，我只知道商品名，呵呵

作者: 夕阳 时间: 2011-8-24 11:07

我刚到实验室不久,听说是用一种叫"GENEFINDER"的EB替代品,不知道和以上大家说的有无联系,要是也有毒性的话我以后可要小心了.

作者: 胖小妮子 时间: 2011-8-24 11:07

我现在还是从goldview用回EB了.没办法啊,EB灵敏度高而且便宜.安全自己多注意了,戴两层一次手套和一层橡胶手套可以了吧

作者: 许愿精灵 时间: 2011-8-24 11:08

其实我觉得核酸染料最好还是不要直接接触,不管现在有毒还是没毒的.
因为从目前核酸染料的原理来讲,都是插入DNA,被刚性力束缚.当一定波长的光诱导以后,无法通过基团旋转来释放多余能量,只能通过电子的跃迁来平衡,所以发出荧光.
还是少直接接触的好.

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:09

The effective ingredient in GoldView is acridine orange (extremely cheap from Aldrich or Sigma at ~100g/$140!)
Acridine orange is a known gel stain since 1970s (“Analysis of single- and double-stranded nucleic acids on polyacrylamide and agarose gels by using glyoxal and acridine orange”. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977 Nov;74(11):4835-8.
Acridine orange is a highly toxic and known mutagen!

Selected list of papers on acridine orange toxicity:
Web, RB. Mutat Res. 1984 Jul;137(1):1-6.
Wugmeister, M. Yale J Biol Med. 1983 Jan-Feb;56(1):9-13.
Martin, SE. Mutat Res. 1981 Jun;82(1):41-6.
Ashad, R. Letters in Applied Microbiology 2006, 42:94.

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:09

goldview ,genefinder等这些染料其实都是上边所说的 acridine orange （丫啶橙），毒性很大，如果大家现在用的是这两种东西就建议还是换回eb吧！！
现在已经真相大白，

建议不要再为节省那点银子而做无畏的牺牲了！！

作者: 年轮 时间: 2011-8-24 11:10

只要有上边所说的那个特性就应该是丫叮橙了，所以建议大家谨慎操作
gelred价格是比较高的，奢侈的实验室才用的起了，不过送我们的试用装还没用完呢

请问是哪个特性啊

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:11

这个特性:
它在做双链DNA电泳时呈现绿色荧光，单链则为红色荧光

作者: 阿福 时间: 2011-8-24 11:12

还想关注这个问题

作者: 细水长流 时间: 2011-8-24 11:12

赛百盛公司的Goldview核酸染料，说明书上写的是没有毒害，我们实验室一直在用，效果还是不错的。

作者: 岸上的鱼 时间: 2011-8-24 11:13

别用Goldview了，剧毒！！！强烈推荐gelred，如果不是价格问题就买吧，我有个导师刚从美国回来，那边做课题基本都在用gelred出的结果了，效果非常好，至于毒性，大家就擦亮双眼吧，这些尖端的东西还是重洋点好，毕竟老美在环保这方面可是比我们要重视的多的

作者: HOT兔 时间: 2011-8-24 11:13

GelRed的确比较不错。

我这里有翻译的中文说明书，感兴趣的可以看看。

GelRed核酸凝胶染色剂中文说明书（把@换成.）：

http://www@mylab@com@cn/admin/UploadDrivers/2007425112742365.pdf

作者: 嘉年华 时间: 2011-8-24 11:15

是不是丫锭橙跑个电泳就知道了，丫锭橙染色效果不如ＥＢ的，目前比ＥＢ好的荧光染料的毒型都低得多，比如ＧＥＬＲＥＤ，ＧＥＬＧＲＥＥＮ，ＳＹＢＲ　ＧＲＥＥＮ，ＧＥＮＥＳＥＡＲＣＨ，

作者: 王六六 时间: 2011-8-24 11:15

我们实验室用的是Gelred的，还是在我的极力推荐下替换的，老板也很爽快，竟然一下子就答应了，呵呵！
是上海开放公司代理的，其它地方有办事处，可以直接联系的。
500ul大概850左右，买多还可以讲讲价格的。可以泡胶，液可以直接加在胶里。
我们一般都是泡胶的，效果很好！和eb泡胶一样方便，且稳定性要比eb好，不用担心分解的。

作者: 小困 时间: 2011-8-24 11:16

***新出了一款花箐核酸染料，价格不错，比EB敏感，挺合适的
首页有介绍

作者: 格格巫 时间: 2011-8-24 11:16

有哪位大侠对methylene blue 有了解啊，据说这个可在可见光下观测DNA条带，虽然敏感度比EB低几倍

作者: 如影随形 时间: 2011-8-24 11:17

小弟无意中看到此贴，感到十分惊恐，我做实验有一年了，当初是因为EB有毒没用它，所以就买Goldview用的，无论公司的人还是说明书上都是说无毒的，所以一年来我一直是徒手操作的，今天才知道Goldview的主要成分是丫锭橙，呜呼，晕倒，看来小弟是命不久矣。

作者: @木木@ 时间: 2011-8-24 11:18

没关系的，兄弟，你要知道，所谓的致癌物质，只不过是统计上的意义，不是说一接触就翘啊，多锻炼身体，多加强营养，说不定你的变异是向好的方面，安了~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-8-24 11:18

各种核酸染料对比表，便于大家购买
名称  厂家  浓度  包装  价格〔元〕  颜色  染料类型  灵敏度  毒性  荧光背景  观测仪器
DNAred ***  10000x  0.5ml  180  红  花箐染料  pg级  无毒  无荧光背景  可见或紫外凝胶投射仪
SYBR GREEN I  Invitrogen  10000x  100ul  440  绿  花箐染料  pg级  无毒  无荧光背景  可见或紫外凝胶投射仪
Gelred Biotium  10000x  0.5ml  878  红  花箐染料  pg级  无毒  无荧光背景  可见或紫外凝胶投射仪
Gelgreen  Biotium  10000x  0.5ml  554  绿  花箐染料  pg级  无毒  无荧光背景  可见或紫外凝胶投射仪
Genegreen  天跟  10000x  250ul  750  绿  花箐染料  pg级  无毒  无荧光背景  可见或紫外凝胶投射仪
Genefinder  厦门百维信  10000x  0.5ml  280  黄绿  花箐染料  pg-ng级  无毒  有荧光背景,纯度不够  可见或紫外凝胶投射仪
DNAgreed  四川天泽 1.5ml  390  绿  丫啶染料  ng级,比EB低  低毒  有荧光背景  紫外凝胶投射仪
Goldview  赛百盛 1ml  90  绿  丫啶染料  ng级,比EB低  低毒  有荧光背景  紫外凝胶投射仪
Goldviewna I  博大 0.5ml  60  绿  丫啶染料  ng级,比EB低  低毒  有荧光背景  紫外凝胶投射仪
Goldviewna II  博大 0.5ml  360  绿  花箐染料  pg级  低毒  无荧光背景  可见或紫外凝胶投射仪
EB       红  溴化乙锭  ng级  致癌  有荧光背景  紫外凝胶投射仪

从以上表格可以看出, 花箐染料的敏感度都非常高,普遍比EB高,而当然价格也很贵;而市场上已有的染料基本都是丫啶染料,敏感度均比EB低.判断是花箐染料还是丫啶染料可以从以下几方面:1、花箐染料一般无荧光背景，丫啶染料有荧光背景.2、花箐染料一般在可见和紫外都有吸收峰，最高吸收峰在可见光区，因而可以用可见或紫外凝胶投射仪观测，而丫啶染料只有紫外吸收峰，只能用紫外凝胶投射仪观测.

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-8-24 11:18

***的ＤＮＡred还不错，以下是他们的介绍，价格还挺便宜的１８０元／０.５ml，效果和进口一样

DNAred是***开发的新型核酸染料，具有安全、灵敏等突出特点，可以作为各种核酸电泳的染色剂。与高致癌性的EB不同，DNAred属于花箐类染料，使用安全。另外，DNAred检测核酸的灵敏度比EB染色法平均高10倍左右（表1），而且无背景。
与核酸结合的DNAred染料的最大吸收峰为450nm（可见光区），另外，在254nm-380nm(紫外光区)还有一个吸收峰，与核酸结合的染料发射红色荧光，因此用可见光凝胶透射仪观测时灵敏度非常高，能检测到pg级的DNA和RNA；也可用紫外凝胶透射仪，效果稍差，但灵敏度仍好于EB.
本公司提供的DNAred染料为浓缩的10000×染料。
核酸  高于EB的灵敏度
DNA  6—12倍
RNA  10---16倍
寡核苷酸  4---10倍

作者: 麻瓜 时间: 2011-8-24 11:19

关于SYBR Green染料，不知道大家用来染胶效果怎么样？小弟最近刚买了100微升试试，哪位大虾有具体资料，实际应用时浓度以及用量应该在多少比较合理？多谢了

作者: 橘子水儿 时间: 2011-8-24 11:20

知道啦

作者: 蓝蜗牛 时间: 2011-8-24 11:20

任何能与核酸结合的染料都有致癌的可能，只是这些染料在皮肤渗透性上有差异；如果是粉尘吸入毒性就更大了，试想含有这些染料的电泳缓冲液水分挥发干燥后析出的染料飘在空气中。

所以，不管毒性多大还是要注意最常规的操作，污染的区域还是需要经常清理。

作者: 假小子 时间: 2011-8-24 11:21

GelRed，GelGreen我们公司都有，而且现在是在促销，价格很合适，多多购买还有折扣。而且我们是北京的代理，全部产品都是原装进口，无分装。现在也有试用装免费试用，如果有需要可以联系我

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