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标题: 【求助】请教一下各位高手蛋白质的大小怎么求 [打印本页]

作者: yazi 时间: 2015-8-29 11:23 标题: 【求助】请教一下各位高手蛋白质的大小怎么求

请教一下各位高手蛋白质的大小怎么求？已知该蛋白质的长为1389aa，相对分子质量为114718.07m.w.,怎么转化成多少KD啊？有的人说，用1389/3*110，还有的人说114718.07/1000及转换成KD。可是为什么两个计算方法的结果不一样呢？希望各位大侠指点迷津！！

作者: zouyou 时间: 2015-8-29 11:24 标题: 回复

是可以用来计算分子量和等电点前体是你必须知道全基因或者全氨基酸的序列

作者: xiaoxiaoai 时间: 2015-8-29 11:25 标题: 回复

用1389/3*110 是根据氨基酸的量来算平均分子量
114718.07/1000及转换成KD 是相对精确的算法，但也还算是平均分子量

作者: hcy517 时间: 2015-8-29 11:25 标题: 回复

用1389/3*110方法算最后结果约为51KD,而用114718.07/1000方法算结果约为115KD，其实我最不明白的是为什么两种算法差值会有这么大。还有一个就是做完western blot 之后跑的胶都能分别看到这两个大小的泳道，所以我就不知道我的蛋白大小到底应该是哪个。谢谢！！麻烦帮忙解答一下！

作者: 蓝色雨梦 时间: 2015-8-29 11:26 标题: 回复

第一种计算方法应该是一种采用平均值的近似计算，但是计算时似乎错了一点儿问题，根据楼主帖中的介绍“已知该蛋白质的长为1389aa，相对分子质量为114718.07m.w.",考虑到20种氨基酸得平均分子量及某些氨基酸在蛋白中的出现概率，在计算蛋白的相对分子量是可近似认为1个氨基酸是110Da，那么1389个氨基酸应该近似为1389*110=152790，即近似为152kD。楼主给出的计算公式好像是认为该蛋白质的编码序列为1389bp，那么除以3得到氨基酸数。但是既然是平均，那么具体的蛋白质中各氨基酸的含量就会与平均值出现差别，因此该值仅作不知道序列时的参考。

作者: zouyou 时间: 2015-8-29 11:26 标题: 回复

楼主给出的第二个数值，应该是使用一些软件计算出的分子量吧。已知道蛋白质的氨基酸序列的情况下，那么该蛋白质的分子式是可以写出的，从而计算出准确的分子量。如果楼主给的第二个数值来源于此，那么该值是可信的。

作者: n111 时间: 2015-8-29 11:27 标题: 回复

Western Blot在115kD和51kD均出现条带，不知道楼主使用的什么材料来做的。楼主可以考虑一下几方面，如果是原核表达/体外纯化，是不是该蛋白质在表达过程中由于稀有密码子问题出现截短表达，或纯化过程中存在降解，115kD已经不小了，存在境界的可能性还是很大的。

作者: 小女人@ 时间: 2015-8-29 11:28 标题: 回复

如果是体内材料来做的话，考虑是不是该材料在体内本身就存在两种不同的形式，来行使不同的功能。
希望对楼主有所帮助。

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