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标题: 【求助】SNP基因分型都有哪些技术路线？ [打印本页]

作者: 铜雀 时间: 2015-10-9 16:38 标题: 【求助】SNP基因分型都有哪些技术路线？

向坛子里的各位战友请教：SNP基因分型都有哪些技术路线？以及这些技术路线的优缺点？

作者: jude 时间: 2015-10-9 16:38

SSCP方法-，限制性酶切方法，测序方法-价格贵。

作者: eor 时间: 2015-10-9 16:38

传统的SNP检测方法是采用一些已有的成熟技术，如限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)、DNA测序、单链构象多态性分析(SSCP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)等。
但是,
传统的RFLP只能对一部分含有现成酶切位点的多态位点进行分型；
测序技术费时费力，DNA链的二级结构还容易造成人工假相，使测序结果出现偏差；
SSCP则很难满足大规模开展工作的需要。

作者: eor 时间: 2015-10-9 16:39

近来国内外所用的DNA多态性检测手段还有：TaqMan方法、变性高效液相色谱技术(DHPLC)、质谱分析(Mass Spectrometry Assay)、DNA芯片、根据DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交等。
但是,
Taqman方法针对SNP位点变异设计特异性的探针，探针标记成本较高；采用荧光淬灭及双末端标记技术，有淬灭难以彻底、本底较高的缺陷；采用酶外切活性，定量时受酶性能的影响。
DHPLC技术和质谱分析分别需要用到高效液相色谱仪与质谱仪，设备昂贵，难以在临床诊测中推广。
DNA芯片由于高通量等优点在SNP检测中得到大量应用，但其依靠野生型与突变型基因杂交动力学的差异对突变位点进行检测，由于不同位点之间的杂交动力学差异不同，在进行多位点同时检测时条件难以控制、可重复性差，易出现假阳性假阴性结果。
微测序作为一种基于阵列的突变分析，目前还面临着如何降低假阴性率和靶核苷酸序列组成的变异等关键问题。

作者: eor 时间: 2015-10-9 16:39

基于高温连接酶的连接酶检测反应(ligase detection reaction，LDR)是近几年逐渐引起人们注意的一种新型基因多态性检测方法，该技术操作简单、稳定，结果可靠。

作者: summerxx 时间: 2015-10-9 16:40

限制性酶切方法，准确性较好,费用也较低.
测序方法-最准确,价格较贵。

作者: eor 时间: 2015-10-9 16:40

如果没有酶切位点，rflp怎么做？

作者: zbs 时间: 2015-10-9 16:41

高通量检测SNP 的技术方法，如DHPLC、MALDI-TOF、DNA Chip以及DNA测序、动态特异等位基因杂交（dynamic allele-specific hybridization）等

作者: jude 时间: 2015-10-9 16:41

QUOTE:

原帖由 zbs 于 2015-10-9 16:41 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
高通量检测SNP 的技术方法，如DHPLC、MALDI-TOF、DNA Chip以及DNA测序、动态特异等位基因杂交（dynamic allele-specific hybridization）等

LDR方法也是高通量的！而且用ABI 3730测序仪即可实现检测自动化！

作者: one 时间: 2015-10-9 16:42

楼上的大哥，能详细介绍一下LDR方法么？
如果使用这种方法对SNP进行分型，需要什么特殊设备和器材？费用如何？
操作时需要注意什么？

作者: jude 时间: 2015-10-9 16:43

QUOTE:

原帖由 one 于 2015-10-9 16:42 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

楼上的大哥，能详细介绍一下LDR方法么？
如果使用这种方法对SNP进行分型，需要什么特殊设备和器材？费用如何？
操作时需要注意什么？

您可以在百度搜SNP，就可以看到LDR方法，第一条链接就是！
需要用到PCR仪和毛细管电泳，操作简便的！
（呵呵，不是大哥，是姐姐喔，哈哈！）

作者: @STAR@ 时间: 2015-10-9 16:43

如果没有酶切位点，rflp怎么做？

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可以从引物引入一到二个碱基酶切呀!
最讨厌试剂公司的人自我为中心,来这里免费做广告.

作者: bling 时间: 2015-10-9 16:43

LDR技术文献支持：
1. 基于连接酶检测反应的基因芯片分型技术的建立，国际遗传学杂志，2006,29(3)
2. 基于连接酶检测反应的并行分型系统检测AGT M235T和ACE I/D基因多态性，华东理工大学学报，2006,32(9)

作者: redbutterfly 时间: 2015-10-9 16:44

低通量：测序，taqman，DASH, RFLP, PYROSEQUENING
中等：SEQUENOM MALDI-TOF，BECKMAN SNP stream，ABI SNPlex
高通量： AFFYMETRIX, ILLUMINA

作者: summerxx 时间: 2015-10-9 16:45

嗯，还少了LDR方法吧？楼上说的LDR，我也查了，这个方法还是可以做的，算中低通量把。

作者: greenbee 时间: 2015-10-9 16:46

基因芯片

作者: moonlight 时间: 2015-10-9 16:46

PSQ(pyrosequencing)，焦磷酸测序应该算是一种高通量SNP检测技术，一天能检测几百到上千个样品。

作者: qqq111 时间: 2015-10-9 16:47

使用桥联引物的RT-PCR是新兴的SNP检测方法。引物序列长，两端引物退火温度不同，防止了错配。

作者: koook5695 时间: 2015-10-9 16:47

这个是以前在生物谷收集的一个图片，希望能有些参考价值：）

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