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标题: DNA用什么方法定量最准确 ? [打印本页]

作者: 莓菓333    时间: 2011-9-21 12:45     标题: DNA用什么方法定量最准确 ?

DNA用什么方法定量最准确 ?[转载]


我从1ml人全血抽提的DNA用紫外分光光度计定量,发现每次读数都不一样,因为抽提出来的DNA大概只有3-5微克,每次定量时还要稀释,所以每次算出来的量差距很大,本来是为PCR模板定量,但如此就很难实现,我的一个同学作RT-PCR也遇到这个问题,如果抽提出来的RNA都很难定量,那最后估计出来的初始模板量如何能准确呢?不知哪位专家知道,望赐教。

作者: 韩梅梅    时间: 2011-9-21 12:45

定量的基础不是核酸的量而是选择一个内参照
作者: 莓菓333    时间: 2011-9-21 12:46

有内参照,只能定作RT-PCR时模板的量,但初始抽提出来的mRNA表达量如何确定
作者: 韩梅梅    时间: 2011-9-21 12:47

分光光度计测OD260,可计算mRNA的量  
作者: 阿拉蕾    时间: 2011-9-21 12:47

一个非常简单的方法,制一块平皿胶,将标准样品倍比稀释后,滴在上面。将样品DNA滴在上面,放置15分钟。紫外灯下观察。(此板可放于4度一个月)。  
作者: 红豆冰    时间: 2011-9-21 12:48

我也遇上这个问题,我需要提取血中的DNA通过分光光度仪来定量DNA,从而推算细胞数作为定量PCR的模板,而我每次同样量的血做的结果都差一两个数量级,怎么办?怎么处理 ?
作者: 红豆冰    时间: 2011-9-21 12:48

再问你一个问题,你是从全血细胞还是单从白细胞中提取
DNA,你是用自己提取还是用买的试剂盒?

作者: 快乐的大脚    时间: 2011-9-21 12:48

我也有同样的问题,从全血或白细胞中用生工的纯度1.0附近这么低和V-GENE的产品纯度>2.0,生工的产品换过PROTEIN K后结果还是这样,叫人着急啊
作者: 不懂    时间: 2011-9-21 12:49

我也遇上这个问题,我需要提取血中的DNA通过分光光度仪来定量DNA,从而推算细胞数作为定量PCR的模板,而我每次同样量的血做的结果都差一两个数量级,怎么办?怎么处理

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紫外分光光度定量对於定量PCR是不合适的。而且你需要内参!
作者: 白鸟之翼    时间: 2011-9-21 12:49

我知道紫外分光光度定量对DNA定量是不准的,可是只要做为我们这批实验的共同模本以它为标准品画标准曲线,来测某基因的相对拷贝数,同时与正常相比,可以吗?
你说的内参是不是管家基因,主任?

作者: 韩梅梅    时间: 2011-9-21 12:50

我知道紫外分光光度定量对DNA定量是不准的

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你从哪看来的。
紫外分光光度计对DNA定量是准的

作者: 金手指    时间: 2011-9-21 12:50

检测HBV-DNA的 方法 是用PCR还是斑点杂交法准确?哪种方法假阳性高?主要影响因素有哪些?  
作者: 邓布利多    时间: 2011-9-21 12:50

是吗?很多文献上说作为定量PCR的模板不准,可我需要的是相对比较,可以吗?
内参是不是管家基因

作者: #甜#    时间: 2011-9-21 12:51

你从哪看来的。
紫外分光光度计对DNA定量是准的

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赫赫。紫外分光定量的确的确是非常不准的,特别对微量的dna,我建议如果条件允许,用pico green来定量。
作者: 雷子!    时间: 2011-9-21 12:51

用紫外分光法检测核酸浓度的关键在于分光光度计的性能。我们原来用DU640,由于它的线性范围在0.01以上而通常我们提取的DNA浓度都比较低,所以检测的时候机器常常是工作在0.01附近,这样就导致同一个样本会检测出几种不同的浓度。最近我们换用了一种新的紫外分光光度计,只需要1ul的样本,并且十分稳定,线性工作范围0.001。这样的检测结果让我们十分满意。我们是用购买的标准品做样本的。
作者: 格格巫    时间: 2011-9-21 12:52

你从哪看来的。
紫外分光光度计对DNA定量是准的

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哦,是吗,紫外分光光度计对DNA定量是准的的吗,那么GENEQUANT怎么样.?!
作者: 假小子    时间: 2011-9-21 12:53

不知道你们的定量范围是多少,反正我用pico Green和fluoromark( Bio rad)可以达到100ng/ml。 就是0.1ng/ul。 分光光度计可以吗?按照pico green的说明书,最高可以达到25pg/ml!
作者: 不懂    时间: 2011-9-21 12:53

我知道紫外分光光度定量对DNA定量是不准的,可是只要做为我们这批实验的共同模本以它为标准品画标准曲线,来测某基因的相对拷贝数,同时与正常相比,可以吗?
你说的内参是不是管家基因,主任?

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内参跟管家基因也不能等同,大多数内参是用管家基因做的,有的也不是。
紫外分光光度定量DNA在一定范围内还是很准的,但是不适合定量PCR。不能直接采用分光光度测得的样本浓度来作标准曲线。至少需要解决两个问题:第一,样本是否纯化,第二,怎么得出样本中目的基因的拷贝数?

作者: pou    时间: 2011-9-21 12:54

不知道你们的定量范围是多少,反正我用pico Green和fluoromark( Bio rad)可以达到100ng/ml。 就是0.1ng/ul。 分光光度计可以吗?按照pico green的说明书,最高可以达到25pg/ml!

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我们定量的范围一般都在ng/ul或以上,没试过低于ng/ul的情况。如你所说,用一些特殊的荧光染料的确可以做到比较灵敏,不知道这些染料的价格如何?需不需要特殊的方法和仪器?样本量需要多大?

作者: 长发piaopiao    时间: 2011-9-21 12:55

不知道你们的定量范围是多少,反正我用pico Green和fluoromark( Bio rad)可以达到100ng/ml。 就是0.1ng/ul。 分光光度计可以吗?按照pico green的说明书,最高可以达到25pg/ml!





请问什么是pico Green和fluoromark( Bio rad)?
作者: 长发piaopiao    时间: 2011-9-21 12:55

不知道你们的定量范围是多少,反正我用pico Green和fluoromark( Bio rad)可以达到100ng/ml。 就是0.1ng/ul。 分光光度计可以吗?按照pico green的说明书,最高可以达到25pg/ml!





请问什么是pico Green和fluoromark( Bio rad)?
作者: 蝴蝶结子    时间: 2011-9-21 12:56

我有事请教:
1:你说为什么紫外分光光度定量DNA做标准曲线不适合定量PCR?
2:我们要得出样本中目的基因的拷贝数,只要根据标准曲线,定量PCR后对照就可以了啊!
3:定量PCR是不是也有绝对和相对之分,我们实验室的很多师兄师姐做定量
PCR时都用管家基因做标准曲线,虽然他们的目标基因是另外的 基因,可以吗?

作者: 蝴蝶结子    时间: 2011-9-21 12:56

我有事请教:
1:你说为什么紫外分光光度定量DNA做标准曲线不适合定量PCR?
2:我们要得出样本中目的基因的拷贝数,只要根据标准曲线,定量PCR后对照就可以了啊!
3:定量PCR是不是也有绝对和相对之分,我们实验室的很多师兄师姐做定量
PCR时都用管家基因做标准曲线,虽然他们的目标基因是另外的 基因,可以吗?

作者: 微笑的海豚    时间: 2011-9-21 12:56

我有事请教:
1:你说为什么紫外分光光度定量DNA做标准曲线不适合定量PCR?
2:我们要得出样本中目的基因的拷贝数,只要根据标准曲线,定量PCR后对照就可以了啊!
3:定量PCR是不是也有绝对和相对之分,我们实验室的很多师兄师姐做定量
PCR时都用管家基因做标准曲线,虽然他们的目标基因是另外的 基因,可以吗?

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关于我说得紫外分光光度定量DNA做标准曲线不适合定量PCR,表述不太准确。其实我是想跟你说你如果用样本做标准品,是可以用分光光度仪定DNA的量,问题是怎样确定样本中目的基因的拷贝数。因为仅用样本而不用标准品无法得到准确的拷贝数。
绝对定量是以质粒DNA或纯化的DNA产物做标准品,由于可以准确的得到标准品中的拷贝数,根据得到标准曲线可以计算待测样本基因的拷贝数。相对定量很多人是用样本做标准曲线,因为很难确定样本中目的基因的精确拷贝数,所以得出来的结果是一种相对于该样本的结果。
对于师兄师姐的做法,我不敢苟同。不同的基因都需要做自己的标准曲线。即便是两个基因反应条件一样,两者的扩增效率会不一样,用这个基因的曲线计算另外的基因,一点意义都没有。

作者: 蝴蝶结子    时间: 2011-9-21 12:57

斑竹:谢谢你的指导,我的师兄师姐管用管家基因做标准曲线的方法叫相对定量,把用此目的基因样本画的标准曲线叫绝对定量,看来和你的说法有点不一样,看来他们太粗了;还有我的定量PCR如果只是想在我们实验室内将正常人与病人相比,不一定要得出一个标准的限值,用此目的基因样本画标准曲线应该就够了吧.师兄师姐说用管家基因做标准曲线只要同管比较,同锅比较就可以了,是吗?用质粒DNA或纯化的DNA产物做标准品好象成本高很多吧.
作者: 蝴蝶结子    时间: 2011-9-21 12:57

斑竹:谢谢你的指导,我的师兄师姐管用管家基因做标准曲线的方法叫相对定量,把用此目的基因样本画的标准曲线叫绝对定量,看来和你的说法有点不一样,看来他们太粗了;还有我的定量PCR如果只是想在我们实验室内将正常人与病人相比,不一定要得出一个标准的限值,用此目的基因样本画标准曲线应该就够了吧.师兄师姐说用管家基因做标准曲线只要同管比较,同锅比较就可以了,是吗?用质粒DNA或纯化的DNA产物做标准品好象成本高很多吧.
作者: =菓子=    时间: 2011-9-21 12:57

紫外分光光度计定量还是挺准的
但是,它对水质的要求很高

作者: 微笑的海豚    时间: 2011-9-21 12:58

谢谢你的指导,我的师兄师姐管用管家基因做标准曲线的方法叫相对定量,把用此目的基因样本画的标准曲线叫绝对定量,看来和你的说法有点不一样,看来他们太粗了;还有我的定量PCR如果只是想在我们实验室内将正常人与病人相比,不一定要得出一个标准的限值,用此目的基因样本画标准曲线应该就够了吧.师兄师姐说用管家基因做标准曲线只要同管比较,同锅比较就可以了,是吗?用质粒DNA或纯化的DNA产物做标准品好象成本高很多吧.

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如果只在实验室内比较,相对定量肯定没有问题。师兄师姐的做法,是粗了点,不过
符合国情嘛!其实定量PCR想要做好是很难很难的,要求也是非常非常高的。
祝你成功!

作者: 葡萄籽    时间: 2011-9-21 12:58

知道你们的定量范围是多少,反正我用pico Green和fluoromark( Bio rad)可以达到100ng/ml。 就是0.1ng/ul。 分光光度计可以吗?按照pico green的说明书,最高可以达到25pg/ml!!!!!!

请问什么是pico Green和fluoromark( Bio rad)?

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Pico green 是专门用来测定DNA的试剂.
作者: @木木@    时间: 2011-9-21 12:59

是否考虑用带有紫外光源的流式细胞仪进行DNA的精确定量。请莫取笑~~~
作者: 菠萝菠萝蜜    时间: 2011-9-21 12:59

请高手指教:
我从培养的肿瘤细胞提取DNA后,用UV检测其含量,结果如下:

细胞浓度:2.4 X100,000/mL
A260/280:1.8139 dsDNA 浓度 599.32ug/mL

按照如上结果,平均每个细胞的DNA 含量约为2,500pg,远远高于每个双倍体正常细胞的DNA含量(7.1pg).如何解释此结果?

多谢!!  

作者: 喵咪    时间: 2011-9-21 13:00



QUOTE:
原帖由 菠萝菠萝蜜 于 2011-9-21 12:59 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请高手指教:
我从培养的肿瘤细胞提取DNA后,用UV检测其含量,结果如下:

细胞浓度:2.4 X100,000/mL
A260/280:1.8139 dsDNA 浓度 599.32ug/mL

按照如上结果,平均每个细胞的DNA 含量约为2,500pg,远远高于每个双倍体正常 ...

是不是细胞浓度计算错了,要不不可能高这么多的!
作者: 雷子!    时间: 2011-9-21 13:00

如果已知某细菌的基因组DNA中碱基对的总数,对某一细菌菌落进行DNA抽提后,采用分光计测DNA的量,再推算菌落中细菌的数量,这个方法是否可行?
作者: coolcool    时间: 2011-9-21 13:01

不同意上面的看法,请把实时定量几种标准的问题搞清楚
作者: coolcool    时间: 2011-9-21 13:01

不同意上面的看法,请把实时定量几种标准的问题搞清楚
作者: 浆果儿cc    时间: 2011-9-21 13:02

如果用分光广度计定量首先要保证样品的纯度?  
作者: 缘yuan    时间: 2011-9-21 13:03

我们也在用PicoGreen做DNA定量------简单快速准确!下面给出我们简化的
protocol,请参考:

Preparation of reagents

--1 x TE buffer

1 x TE working solution was prepared by diluting the concentrate 1:20 x in sterile, distilled DNase free water.

Use this 1 x TE buffer as blank and for preparing all the DNA standard dilutions.
---PicoGreen working solution

Dilute the PicoGreen Reagent 1:200 in 1 x TE buffer in a plastic tube (protect from light). For the 96-well plate 100 ul of diluted reagent is needed/well

Note: This solution must be used within a few hours after preparation.

---DNA Standard Curves

1. Dilute the provided Lambda DNA standard 1:25 in 1 x TE buffer (4ug/ml).

2. For the standard curve, prepare further dilutions of this 4ug/ml DNA stock in 1 x TE buffer =2025ng/ml, 675ng/ml, 225ng/ml, 75ng/ml and 25ng/ml. Use TE buffer as a blank.



Procedure

l Pipette 100 ul blank, DNA standard dilutions or samples to the wells of a white or black 96-well strip plate.

l Add 100 ul of the diluted PicoGreen reagent.

l Mix well and allow standing at room temperature for 2-5 min protected from light.

l Measure with fluorescent microplate reader. Set the wavelengths of the filters used are excitation 485 nm and emission 538 nm or 518 nm.

l Generate standard curve. Read the unknown samples from the curve.





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