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标题: 请教：关于内含子和外显子 [打印本页]

作者: 生物迷 时间: 2011-9-24 10:43 标题: 请教：关于内含子和外显子

请教：关于内含子和外显子 [转载]

已知cDNA 的序列，准备设计引物，但对内含子和外显子不了解，请教有关内容，谢谢！

作者: 绿茶公子 时间: 2011-9-24 10:43

你设计引物的目的是什么？

作者: 长发piaopiao 时间: 2011-9-24 10:44

cdna是RNA转录的单链DNA，不存在内含子的问题。如果你想做RT-PCR可以不考虑内含子。

作者: PINK 时间: 2011-9-24 10:45

Exon : sequence of a gene’s DNA that transcribes into protein structures It is just interspersed with Introns.

Intron : sequence of a eukaryotic gene’s DNA that is not translated into a protein.

Now, you can see the main difference between exon and introns .

作者: 如影随形 时间: 2011-9-24 10:45

内含子（intron）是断裂基因中外显子之间的间隔序列（intervening sequence，IVS），可参与前体RNA的转录，但其转录的RNA序列于转录后的加工中被切除，不包括于成熟的RNA分子中。外显子（exon）在断裂基因中，转录成熟RNA中相应序列的DNA片段。所以，我认为你可不必考虑内含子。

作者: 微笑的海豚 时间: 2011-9-24 10:51

同意以上各位战友的意见，但我认为还是要考虑内含子，为了避免以后在P的过程中不出现烦人的的DNA污染问题，应该在设计引物时，其中一条引物要跨越一个内含子，即包含两个外显子。
希望对你有帮助

作者: 喵咪 时间: 2011-9-24 10:51

如果要防止DNA污染，最好是再做RT之前先用DNA酶处理一下。

作者: queen 时间: 2011-9-24 10:51

在RNA转录过程中,间隔内含子的两个外显子互相靠近,内含子突出出来形成套索,然后被剪切掉了,这是一种比较流行的说法.但RNA的剪切方式可能不止一种,有的内含子并没有被切除,仍保留在RNA中,只不过在翻译到这一段序列时发生翻译绕过,而没有翻译出蛋白质.同意引物设计在两个外显子连接处,拙见如下:
1.减少了DNA污染的干扰而出现的杂带,泡出的带子很干净,发文章时好用.
2.如果内含子很小时,杂带的位置和目的条带相近,不容易区分.如果跨越内含子就不会有这个问题。
3.如果两条引物都跨内含子会影响引物评分，至少一条引物跨，以减少基因组DNA影响。

作者: 生物迷 时间: 2011-9-24 10:52

谢谢大家！
再次请教，在从genebank上查到的cDNA序列或者NDA序列后，怎样才能知道那些序列是内含子，那些有时外显子呢？希望得到大家的继续帮助

再次感谢、！

作者: 椰子叶子 时间: 2011-9-24 10:54

建议在intron/exon结合处设计引物以避免DNA的污染问题，这一点我完全同意！我想问的一个问题是：
如果我们需要cDNA的全长扩增时又如何来设计引物呢？那时我们还能够兼顾污染防止的问题吗？

或许在中间设计一个跨越intron/exon的引物（实际上是两个5‘和3’倒置的正向和反向分别合成，序列含一个RE位点），再在两头UTR区合成引物。这样扩增能够覆盖cDNA全长。扩增以后酶切连接就可以得到全长的了。

不过这办法好象是太麻烦了，各位有何高招？

作者: 豆荚 时间: 2011-9-24 11:04

识别intron/exon的软件基础是根据结合处序列、剪接分支点序列等参数来确定的。我没有特意地去使用过相关软件的这个功能。但是一些好的蛋白质分析软件会有这个功能的，比如EMBOSS软件包。

作者: DDD 时间: 2011-9-24 11:05

应该在设计引物时，其中一条引物要跨越一个内含子，即包含两个外显子。
希望对你有帮助

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那这条引物可能象南京长江大桥一样长。

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