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标题: 【求助】关于BLAST的结果怎么看? [打印本页]

作者: hyuu 时间: 2015-12-4 14:56 标题: 【求助】关于BLAST的结果怎么看?

各种颜色的线条代表什么意思,完整的线条是不是说两条引物可以完全符合,可以扩出带.
下面的score 和 Evolue又是什么意思呢?是大了好还是小好?

作者: vvmmoy 时间: 2015-12-4 14:57

各种线条的颜色代表该条序列与要比对的序列之间相似性比对得分的多少。
黑色代表小于40分
蓝色代表40至50分
绿色代表50至80分
粉色代表80至200分
红色代表大于200分。
完整的条带代表两条序列之间没有空位罚分。
SCORE是根据取代矩阵计算的两条序列的得分，就是根据这个得分描绘出线条的颜色的。SCORE越高，说明两条序列相似性越好。
EXPECT是指在如果有一条相同长度的序列，只不过这个序列上的核苷酸是随机排列的，这种情况下还出现这个得分可能性，EXPECT越小越好。越小说明，这个序列和要比对的序列是真实的相似，而不是由于长度而引起的得分高。
另外，从你的求助中我觉得你是想检验一对引物的特异性。这个时候应该用
Search for short ,nearly exact matches。并在两个引物之间加上二十个或者更多的N。
相关的学习资料
NCBI的HANDBOOK
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bookres.fcgi/handbook/ch16d1.pdf')
楼上整理的BLAST方面的资料
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=1658508&sty=1&tpg=1&age=0')
我也是刚刚开始学习，以上是个人意见，希望高手指正

作者: guagua 时间: 2015-12-4 14:58

多谢!那也就是说红色线条的最好了?应该是有完整的线条才可以扩出带吧.那么如果有几条完整的线,是不是说明这条引物可以扩出非特异带?

作者: guagua 时间: 2015-12-4 14:59

结果当然是越红越好

作者: guagua 时间: 2015-12-4 14:59

那也不一定，那还得看你要搜索的数据库是什么，如果想要看引物的特异性，我一般都不用nr，而且用RefSeq_rna或者是RefSeq_genomic。

作者: hyuu 时间: 2015-12-4 15:01

如果想要看引物的特异性，我一般都不用nr，而且用RefSeq_rna或者是RefSeq_genomic。

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你好,请问什么是用RefSeq_rna或者是RefSeq_genomic?怎么用?我就是需要特异性的,呵呵.谢谢指教!

作者: guagua 时间: 2015-12-4 15:10

在选择数据库一项中：

图片附件: 93064343.snap.jpg (2015-12-4 15:10, 48.63 KB) / 该附件被下载次数 11
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=39205

作者: hyuu 时间: 2015-12-4 15:10

哈哈,真的只有一条完整的了,谢谢!我再试试如有问题还请帮忙,谢谢.refseq-rna 和refseq-genomic 的区别又是什么呢?

作者: guagua 时间: 2015-12-4 15:14

refseq-rna 是经过整理的RNA参考集合。
refseq-genomic是经过整理的基因组参考集合。
针对不同目标进行PCR就应该选择不同的数据库进行搜索。

作者: xuuuu 时间: 2015-12-4 15:14

请问扩了酵母的18SRDNA,可以从NCBI上对它进行分类鉴定吗.会不会只查到菌株编号呢?多谢.

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