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标题: 【求助】qRT-PCR数据处理 [打印本页]

作者: 爱老虎游tt 时间: 2016-1-6 15:06 标题: 【求助】qRT-PCR数据处理

大家好，我做了一组qRT-PCR数据，前面趋势还可以，其中有一组不行，我可以直接把这组数据舍掉么？请问发过SCI的战友，qRT-PCR到底需要提供什么给审稿人呢？谢谢大家

作者: 气泡 时间: 2016-1-6 15:07

如果觉得你的系统不能保证你的梯度条件等要求，可以考虑减少梯度的点。
关键还是看实验结果能不能支持你的结论。

作者: 爱老虎游tt 时间: 2016-1-6 15:07

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如果觉得你的系统不能保证你的梯度条件等要求，可以考虑减少梯度的点。
关键还是看实验结果能不能支持你的结论。

是中间有一个点，不知道什么原因

作者: 气泡 时间: 2016-1-6 15:07

有时候是系统不够十分稳定，引起的随机误差。

作者: summerxx 时间: 2016-1-6 15:08

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大家好，我做了一组qRT-PCR数据，前面趋势还可以，其中有一组不行，我可以直接把这组数据舍掉么？请问发过SCI的战友，qRT-PCR到底需要提供什么给审稿人呢？谢谢大家 ...

我们老板讲过一个笑话：
看到一个在审的稿子里有人的数据中做了刺激后的2小时，4小时，48小时，他默默地囚圈起数据，给编辑回了个数据操纵。

作者: 气泡 时间: 2016-1-6 15:08

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我们老板讲过一个笑话：
看到一个在审的稿子里有人的数据中做了刺激后的2小时，4小时，48小时，他默默地囚圈起数据，给编辑回了个数据操纵。

这个时间点取的确实搞笑。时间点分布也太有个性了。

作者: 爱老虎游tt 时间: 2016-1-6 15:09

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我加的是oxLDL，做凋亡的也是这八个浓度，请问发文章，qRT-PCR需要提供什么吗，还是只需要一个图呀？

作者: zhenxin 时间: 2016-1-6 15:18

扩增曲线，融解曲线，Ct值表格，表达量分析数据，柱形图

作者: 爱老虎游tt 时间: 2016-1-6 15:19

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扩增曲线，融解曲线，Ct值表格，表达量分析数据，柱形图

那我做了三组平行对照，取其中两组进行统计的行不行呀？很严格么？

作者: vera+ 时间: 2016-1-6 15:19

最好还是三个重复，如果其中有一个差异大些的话，呵呵，为了发文章的话，去掉一个也不是不可以的。

作者: 爱老虎游tt 时间: 2016-1-6 15:19

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最好还是三个重复，如果其中有一个差异大些的话，呵呵，为了发文章的话，去掉一个也不是不可以的。

您不是说需要原始图片吗，这样的话，不就不行了？而且我的CT值差异较大，我没有那种八联管离心机，不知道和这个有没有关系。

作者: ending 时间: 2016-1-6 15:19

Ct值平行样之间最好差0.5以内，大于0.5小于1也勉强吧。
CT值差异较大，有可能是加样不准，如果没有八联管离心机的话，加完样后可以用手甩甩，赶走气泡，注意气泡不能在液体底部，在液面上面不要紧。
原始图片也可以啊，你选哪个孔不就出来哪个孔的曲线了吗？

作者: orangecake 时间: 2016-1-6 15:20

我加的是oxLDL，做凋亡的也是这八个浓度，请问发文章，qRT-PCR需要提供什么吗，还是只需要一个图呀？

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我讲下我的现在做qPCR数据处理流程吧：
1.我用的是ABI 7900HT来跑，用SDS2.4来分析，检测healthy 和patients两者表达miRNA的差异。
2.反应结束后，先看融解曲线，因为SDS2.4可以看到Tm 值，一般看三个重复之间是不是一致。如果有差异，我默认是0.2到0.5度以内，视实验是验证还是筛选。筛选做的是多重反转。
3.一般一个板里做两个内参，一是U6，一是5S，以2^(-Ct）换算，计算平均值，看两个内参之间有无差异，再以两者的Ct的平均数来做校准。
4.各检测组的Ct减去内参的平均值，以2^(-deltaCt）换算成表达值，以mean/sd的形式表示。以非配对T　 test来算差异P值，用prism 绘制成图表。
因为是比较正常与病态，只是用到delta Ct，没有用到delta delta Ct.

作者: pore 时间: 2016-1-6 15:20

重新把这组再做一遍，如果仍然与前面不一致的话，仍然可以发表，只要你能自圆其说即可，甚至如果得出阴性的结果，国外的编辑可能会感觉更可信，可能更愿意接收，现在国外的编辑都不太愿意相信中国人的数据了

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