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标题: 【转载】【求助】请问如何用JEMS建立两相界面模型 [打印本页]

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:18 标题: 【转载】【求助】请问如何用JEMS建立两相界面模型

比如GaN／AlN界面的高分辨如何模拟，求高手解惑，自己试了半天，只能有一种物质的高分辨，根本没有界面结构出现，无头绪。

作者: nsdm 时间: 2016-2-11 08:18

JEMs的模拟，USTB他们几位比较在行，等待他们的回复吧

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:19

挂了几天了，莫非问题太简单，求解惑或科普。

作者: nsdm 时间: 2016-2-11 08:20

应该是问题太专业了，涉及模拟这一块，需要专门做这个的才能给予比较准确的答复，我的模拟是半路出家，不能给予你准确而全面的答复，抱歉

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:22

哦，那就等高手吧，话说看了好几天manual了，只找到了grain boundry，但是位置的详细定义怎么写，难道每个点的坐标都要输入不成，

作者: 熊猫 时间: 2016-2-11 08:22

会一相，就会二相。看看介绍就行了。
实在怕麻烦，就看看stem cell 里的介绍，两个一拼就出来了。
看过一大师写的，就是把人家的翻译一下，怎么就成了自己写的了。
满世界到处都有的东西，大师还要如此沾光。

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:23

楼上要是会的话，就指导个步骤出来，别看着我们这些摸不着门的干着急啊。

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:24 标题: 回复 #6 熊猫的帖子

楼上要是会的话，就指导个步骤出来，别看着我们这些摸不着门的干着急啊。

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:25

我的做法是，用建立一个大的单胞，P1空间群，每个原子的坐标位置自己用excel等表格工具算出来。（这个方法其实JEMS的web help文档里头有提到，以及它支持的文件说明都有，自己耐心找找吧）有些小麻烦，不过可以大概看看拿来用。这个方法简单，但是要研究界面的话就没有太大作用了，因为所有原子的位置都是你自己手动输入的，界面模型也是你假定的。
要精确一些的，可以找Molecular Dynamic （MD）的合作者，帮你建大的单胞，然后弛豫结构。要是复杂一些的结构，MD没有现成经验参数的，某些参数可能还需要DFT之类的ab initio方法先算出来。

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:26 标题: 回复 #9 红旗渠的帖子

是这样么，那就麻烦的多了。以前用过crystalkit，建两个单胞，然后interface，可以手动设定弛豫，然后从大的范围内选定包含界面上下信息的二维单胞另存为一个超原胞，直接就可以导入mactempsx模拟了，对于原子的坐标信息没有直接的认识，导致了理解不深入，楼上提到的方法我也有想过，但是对于每个原子的位置都手动输入，这个有点头疼。你所说的坐标位置能计算出来，是根据方法，能详细说说么，另外一般界面为二维的，z方向的坐标怎么设置，要不要特殊考虑。

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:28 标题: 回复 #10 小红的帖子

z方向就是电子穿透的方向。比如Si[110]方向投影，简化到P1群的话，就是4个原子:
x y z

1 0.0000000 0.0000000 0.0000000
2 0.0000000 0.2500000 0.5000000
3 0.5000000 0.7500000 0.5000000
4 0.5000000 0.7500000 0.0000000
复杂的系统就是在这种简单的基础上搭建起来的。

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:29 标题: 回复 #11 红旗渠的帖子

多谢，我明白了，自己写原子位置了，另外用记事本编辑完另存为.xyz文件后倒入呢，还是直接可以写成.txt文件，刚才试着按图例给出的xyz文件格式写了一下，不能够正常导入，如果正常txt就行的话就省了中间环节。

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:29

另外再问下，JEMS可以实现连续渐变厚度高分辨模拟么，只看到可以变欠焦量。

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:31 标题: 回复 #13 小红的帖子

JEMS的帮助里头有的：
你打开软件，到对应功能的模块上，点上面的帮助按钮就有了。
你说的逐渐变厚的也可以，仔细看看帮助文件里头有具体描述的。

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:31

Load "EMS" super-cell dialogue

      This dialog loads an EMS .cel atoms file and transform it to a jems       .txt data file.

      bbcodeurl('images/Custom/loadXYZDialog.jpg', '%s')

      Figure 1 Load super-cell dialogue.



      Here is a typical ".xyz" file
      ;ligne 1 :: comment, ligne 2 :: 0 a b c alpha beta gamma, line       3+ :: symbol x y z occ DW abs
0 2.37000000 2.37000000 0.42600000       90.0000000 90.0000000 90.0000000
C 0.32334298 0.05121548       0.66625917
C 0.32334298 0.05121548 0.33374083
C 0.29173644       0.14865905 0.66624988
C 0.29173644 0.14865905 0.33375012
C       0.23151855 0.23153739 0.66626532
C 0.23151855 0.23153739       0.33373468
C 0.14866004 0.29175007 0.66624346
C 0.14866004       0.29175007 0.33375654
C 0.05122671 0.32336660 0.66625814
C       0.05122671 0.32336660 0.33374186
C -0.05122671 0.32336660       0.66625814
C -0.05122671 0.32336660 0.33374186
C -0.14866004       0.29175007 0.66624346
C -0.14866004 0.29175007 0.33375654
C       -0.23151855 0.23153739 0.66626532
C -0.23151855 0.23153739       0.33373468
C -0.29173644 0.14865905 0.66624988
C -0.29173644       0.14865905 0.33375012
C -0.32334298 0.05121548 0.66625917
C       -0.32334298 0.05121548 0.33374083
C -0.32334298 -0.05121548       0.66625917
C -0.32334298 -0.05121548 0.33374083
C -0.29173644       -0.14865905 0.66624988
C -0.29173644 -0.14865905 0.33375012
C       -0.23151855 -0.23153739 0.66626532
C -0.23151855 -0.23153739       0.33373468
C -0.14866004 -0.29175007 0.66624346
C -0.14866004       -0.29175007 0.33375654
C -0.05122671 -0.32336660 0.66625814
C       -0.05122671 -0.32336660 0.33374186
C 0.05122671 -0.32336660       0.66625814
C 0.05122671 -0.32336660 0.33374186
C 0.14866004       -0.29175007 0.66624346
C 0.14866004 -0.29175007 0.33375654
C       0.23151855 -0.23153739 0.66626532
C 0.23151855 -0.23153739       0.33373468
C 0.29173644 -0.14865905 0.66624988
C 0.29173644       -0.14865905 0.33375012
C 0.32334298 -0.05121548 0.66625917
C       0.32334298 -0.05121548 0.33374083
C 0.31135355 0.10117283       1.16630383
C 0.31135355 0.10117283 0.83369617
C 0.26486270       0.19245097 1.16629637
C 0.26486270 0.19245097 0.83370363
C       0.19245354 0.26489770 1.16628774
C 0.19245354 0.26489770       0.83371226
C 0.10118741 0.31138568 1.16629131
C 0.10118741       0.31138568 0.83370869
C 0.00000000 0.32735425 1.16629099
C       0.00000000 0.32735425 0.83370901
C -0.10118741 0.31138568       1.16629131
C -0.10118741 0.31138568 0.83370869
C -0.19245354       0.26489770 1.16628774
C -0.19245354 0.26489770 0.83371226
C       -0.26486270 0.19245097 1.16629637
C -0.26486270 0.19245097       0.83370363
C -0.31135355 0.10117283 1.16630383
C -0.31135355       0.10117283 0.83369617
C -0.32734401 0.00000000 1.16629163
C       -0.32734401 0.00000000 0.83370837
C -0.31135355 -0.10117283       1.16630383
C -0.31135355 -0.10117283 0.83369617
C -0.26486270       -0.19245097 1.16629637
C -0.26486270 -0.19245097 0.83370363
C       -0.19245354 -0.26489770 1.16628774
C -0.19245354 -0.26489770       0.83371226
C -0.10118741 -0.31138568 1.16629131
C -0.10118741       -0.31138568 0.83370869
C 0.00000000 -0.32735425 1.16629099
C       0.00000000 -0.32735425 0.83370901
C 0.10118741 -0.31138568       1.16629131
C 0.10118741 -0.31138568 0.83370869
C 0.19245354       -0.26489770 1.16628774
C 0.19245354 -0.26489770 0.83371226
C       0.26486270 -0.19245097 1.16629637
C 0.26486270 -0.19245097       0.83370363
C 0.31135355 -0.10117283 1.16630383
C 0.31135355       -0.10117283 0.83369617
C 0.32734401 0.00000000 1.16629163
C       0.32734401 0.00000000 0.83370837
C 0.05160003 0.02976992       0.00000000
C 0.00000000 0.05957707 0.00000000
C 0.00000000       0.11906152 0.00000000
C 0.05206200 0.14764465 0.00000000
C       0.10184874 0.11890468 0.00000000
C 0.10313270 0.05954308       0.00000000
C 0.15391482 0.02871669 0.00000000
C 0.05160003       -0.02976992 0.00000000
C 0.00000000 -0.05957707 0.00000000
C       0.00000000 -0.11906152 0.00000000
C 0.05206200 -0.14764465       0.00000000
C 0.10184874 -0.11890468 0.00000000
C 0.10313270       -0.05954308 0.00000000
C 0.15391482 -0.02871669 0.00000000
C       -0.05160003 0.02976992 0.00000000
C -0.05206200 0.14764465       0.00000000
C -0.10184874 0.11890468 0.00000000
C -0.10313270       0.05954308 0.00000000
C -0.15391482 0.02871669 0.00000000
C       -0.05160003 -0.02976992 0.00000000
C -0.05206200 -0.14764465       0.00000000
C -0.10184874 -0.11890468 0.00000000
C -0.10313270       -0.05954308 0.00000000
C -0.15391482 -0.02871669 0.00000000
H       0.05173917 0.19390134 0.00000000
H 0.14207124 0.14175608       0.00000000
H 0.19381643 0.05215465 0.00000000
H 0.05173917       -0.19390134 0.00000000
H 0.14207124 -0.14175608 0.00000000
H       0.19381643 -0.05215465 0.00000000
H -0.05173917 0.19390134       0.00000000
H -0.14207124 0.14175608 0.00000000
H -0.19381643       0.05215465 0.00000000
H -0.05173917 -0.19390134 0.00000000
H       -0.14207124 -0.14175608 0.00000000
H -0.19381643 -0.05215465       0.00000000

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:31

Remarque:
      The comment starts with a ";". The second line contains a sequence       number and the lattice parameters (a, b, c, alpha, beta and gamma).       The lattice parameters are sperated by one (or more) white space(s)       and they are given in nm and degrees. The atom site lines contains       the atomic symbol, x, y, z, site occupancy, Debye-Waller and       absorption. All the entries are separated by one (or several) white       space(s). x, y, z coordinates smaller than 0.0, equal to or larger       than 1.0 are translated into [0.0, 1.0[. Site occupancy,       Debye-Waller and absorption when not specified are set to 1.0, 0.005       and 0.1 respectively. The space-group is set to P 1.

                  11/24/03 08:48:04 AM

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:32

您上文提到的我已经看过，我再试试吧，有可能我在写文件时哪个格式出了问题，谢谢您的指导。

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:33 标题: 回复 #17 小红的帖子

对了，最后一行不能有空，也就是说，最后一行必须是最后一个原子，否则就会报错哦~哈哈，屡试不爽

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:33

啊，啊，啊，居然是这个原因，欲语泪先流！

作者: 熊猫 时间: 2016-2-11 08:34

做个对应的FEM simulation 比较好，算出strain, 位置。再像模拟。
这样才是相对应的simulation. Wien 2K 可优化scattering factor.
有意义的像模拟是很严格的。其他的就是练习练习。
很多组都有自己的成熟的独门秘笈，葵花宝典。
所以，要和编程的打好交道，见面就在酒桌上吹捧他们，然后请他们把自己的想法，算法完美编出来。
让你们老板招一两个编程的，这样会有很大的好处，不会被现有程序束缚。

作者: 小红 时间: 2016-2-11 08:35 标题: 回复 #20 熊猫的帖子

同意你的观点，但是理想与现实总是有差距的。不过没关系，面包总会有的。

作者: 红旗渠 时间: 2016-2-11 08:35 标题: 回复 #21 小红的帖子

楼上的观点我觉得对于写文章来说确实是独门秘籍，但也不是一两天可以练就的，需要依赖组里头的平台。
另外，能做对应的FEM 模拟的话，就不需要像模拟了，直接跟实验像的strain分析对应不就好了，十几年来acta mater上这类的文章几乎都是这个套路。
对于做材料的人，就电镜照片分析来说，对成像原理理解好，能做点像模拟，对应的解释好材料本身的问题才是关键，从普通电镜（大部分实验室买得起用得起的电镜）的分析来看，做的最多的应该是微观力学的了，能做FEM模拟对应自然是很好，但是FEM也不是一两天就能理解学会并应用的，并且在微观上，对于存在misfit dislocation的系统，FEM几乎就无能为力了。我认为王道还是Molecular Dynamic，几万个原子的单胞算下来也不过几个小时而已。DFT虽好，毕竟计算量摆在那里，1000个原子的super-cell，大型cluster都要算上十来天。
总之，方法上是多种多样的，各有利弊，而且要深入了解应用都不是一下子可以搞定的，博士生毕竟需要毕业，时间有限，能专注一项做好就不错了。再说了，学什么不都是得从随便玩玩开始。
鄙人一点粗线的认识各位见笑见笑。

作者: 熊猫 时间: 2016-2-11 08:36

没办法，我的认识只来源于老师和文献。仅有的一点想像力也被他摧残殆尽。
从一篇十多年前的文献里，还能对照些老套路。为何FEM 后还要像模拟等。。。
平台如何不是决定性的，但相对更好的方法还是有的。

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