分析测试百科

标题: 【求助】蛋白测序是做N端测序好还是二级质谱好 [打印本页]

作者: yayayu 时间: 2016-2-14 16:34 标题: 【求助】蛋白测序是做N端测序好还是二级质谱好

v我从蘑菇里面提取蛋白，经过初步分离后，SDS-PAGE显示出比较富集的蛋白条带，但是暂时没办法再进一步纯化，由于时间关系想先测个序，但是不知道N端测序和LS-MS-MS测序那个比较好。
我现在不清楚蛋白的纯度，分子量。想做N端测序吧，又怕那个SDS-PAGE条带只是蛋白异质多聚体中的一个亚基，这样的话测N端只是测了一个部分的亚基，意义不大，还得再做，但是做LS-MS-MS吧，我又不太了解，听说这个可以把SDS-PAGE上相同位置上的不同蛋白的序列测出来，但在网上看见这句话“我今天咨询了一下，因为是未知蛋白，工程师的意思好像N端测序是测定，质谱一般用来做鉴定，所以N端测序优先，如果实在测不出来再用质谱。”这个让我很纠结，这句话里面的质谱是指一级质谱吗？怎么和我咨询的不一样呢？
求各位虫友指导！我到底是做N端测序好还是二级质谱好？

作者: jishiben 时间: 2016-2-14 16:35 标题: 【回复】

建议先做个电泳，看看纯度和大致分子量，再决定去N端测序或者LC-MS/MS鉴定，LC-MS/MS既可以测序，又可以鉴定。Edman降解被广泛用于蛋白质的N-末端测定中，两种情况很难甚至不可能通过Edman降解确定N端，N 端封闭或者修饰，多个N 端。

作者: jishiben 时间: 2016-2-14 16:35 标题: 【回复】

我最近看的一篇提取的大量蛋白质什么的，先做了二维色谱。然后质谱然后埃德曼法的N端测序得出蛋白质

作者: rrra6 时间: 2016-2-14 16:36 标题: 【回复】

过个柱子纯化一下也花不了多少时间

作者: 兔子 时间: 2016-2-14 16:36 标题: 【回复】

SDS-PAGE发上来，不然无从解答。

作者: aaby 时间: 2016-2-14 16:36 标题: 【回复】

FYI：N端测序可得氨基酸序列，跟蛋白是已知或未知无关。质谱只根据已知特征峰判断，确认已知蛋白氨基酸序列，对未知（不在信息库里的特征谱值）无能为力，不能发现新蛋白。

作者: 无怨无悔 时间: 2016-2-14 16:37 标题: 【回复】

纯度不够得话最好还是切胶做质谱质谱既能鉴定也能测序

欢迎光临分析测试百科 (http://bbs.antpedia.com/)