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标题: 【求助】关于高通量测序 [打印本页]

作者: 子衿青青 时间: 2016-2-16 21:13 标题: 【求助】关于高通量测序

第一次送样做高通量测序，很多地方不懂，我想分析古菌和细菌的多样性，引物要自己选么，一般选择什么引物呢，是把16S全长测出来还是测某个可变区，有木有大神跟我讲一讲，万分感谢

作者: newway 时间: 2016-2-16 21:14

引物的话，一般的测序公司都已经确定好了，可以选择的扩增区域不是很多，要看你选择哪个测序公司，不过，目前用的平台大都是Illumina 的，由于读长的限制，扩增区域也是比较有限的。另外，也有用三代测序Pacbio测序的，测的是16S的全长，楼主可以检索一些相关文献，学习一下。不是很懂的时候，可以多跟测序公司的技术支持聊聊，多咨询一下慢慢的就知道啦。

作者: baidukk 时间: 2016-2-16 21:14

对细菌而言一般用通用引物扩增出16sRNA，再测序比对。

作者: sunbent 时间: 2016-2-16 21:14

引物不需要自己设计。

作者: zbboom 时间: 2016-2-16 21:14

直接找公司给你做吧全套 800一个样品

作者: leifengta 时间: 2016-2-16 21:15

通用引物就可以了

作者: tewank 时间: 2016-2-16 21:15

引物有taget V3,V4,V5,V3+V4,V4+V5等。

作者: 45778 时间: 2016-2-16 21:16

采用illumina MiSeq第二代高通量测序平台测定的细菌16SV4区域和真菌ITS2区域的序列测序，测序数据量不低于4万reads。
一般引物是设定好的，特殊引物存在开发和摸索的问题，费用会增加，常规的引物已经流程化了，从成本考虑，肯定会推荐使用常规的。
如果是研究多样性，测某个可变区即可

作者: milkdog 时间: 2016-2-16 21:17

直接找公司给你做吧全套 800一个样品

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样本量大的话，全套可以低于800元，具体可以联系我们
祝好

作者: quiqui008 时间: 2016-2-16 21:18

请问朋友能给我发一些16SRNA测序（特别是对于土壤或者沉积物样品）的资料么，越详细越好。谢谢了啊。

作者: baidukk 时间: 2016-2-16 21:19

因为可以自选，我当时测序用的是V3-V4区，主要测细菌的但是能测出来部分古菌。感觉效果一般。你要是给我点金币可以详细介绍下（因为测序之后的数据分析你也会遇到问题的）

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