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标题: 求助引物设计的战友先进来这里~~~~~~· [打印本页]

作者: hold住 时间: 2011-10-19 10:21 标题: 求助引物设计的战友先进来这里~~~~~~·

求助引物设计的战友先进来这里~~~~~~[转载]·

各位战友：

近来求助引物设计的战友比较多，应助的战友也比较热心。

但引物使用的效果和很多因素有关，热心战友用软件设计的引物只是供大家参考。请各位求助战友斟酌后再使用！

大家可以用search功能在本版学习怎样进行引物设计。

也可以选择让引物合成的生物公司免费为您设计。

作者: lixi559 时间: 2011-10-19 10:26

我的基因用的抗体的抗原表位FCGDYVQGTIFPAPN，在氨基端，可以看出来对应的几到几的外显子吗？可以看出来在我的组织中存在的是以下两种形式中的哪一种吗？
我的基因mRNA有全长（GenBank mRNA：AJ238979.1）和1-5外显子缺失（GenBank mRNA：AY626137.1）两种形式。
上面的是全长形式，下面是短缺形式。
可以帮我设计针对全长而短缺型检测不出，和针对短缺型而全长检测不出的两种引物吗？不胜感激！
急啊！请好心人和高手帮助！

作者: @STAR@ 时间: 2011-10-19 10:27

呵呵，我们老板从来不用什么设计软件，自己对着序列设计，然后估算一下TM值，最后看看3‘端结合情况，往往效率很高！他不相信什么软件！我是服了

作者: 笔笔 时间: 2011-10-19 10:29

我现在想用18s做内参，看到外文上有它的引物和配套探针序列，可以直接用吗还是，需要自己另外设计啊，谢谢！

作者: 春雨 时间: 2011-10-19 10:29

我用了Primer premier效果总起来说还是很不错的。用之前同时用Clustal做个比对，看看引物区域在不同人种或个体间的异同。当然，最好在保守区合成引物。上下游引物的Tm均值基本可用。

作者: yonger 时间: 2011-10-19 10:36

本人即将进行RT-PCR实验了，可是引物设计还没有着落，恳请各位帮小妹一个忙，设计TGF－β1 及TGF－β1 I型受体的引物，万分感谢！

作者: 麻瓜 时间: 2011-10-19 10:38

TGF－β1 是兔子的吗？

作者: 969 时间: 2011-10-19 10:39

请教:microRNA的引物怎么设计啊?比如hsa-miR-31,请各位指点！谢谢！

作者: KGZ564 时间: 2011-10-19 10:40

请教：我即将做RT-PCR实验，想设计GCR-β的引物，是人的血液的，还请各位帮帮忙，我初做实验有很多不懂的地方，请各位指教，谢谢！

作者: #甜# 时间: 2011-10-19 10:40

呵呵，我们老板从来不用什么设计软件，自己对着序列设计，然后估算一下TM值，最后看看3‘端结合情况，往往效率很高！他不相信什么软件！我是服了！

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请问一下是p全长嘛?我也想学习学习

作者: +田田+ 时间: 2011-10-19 10:41

我培养细胞,即将做RT-PCR,指标是Ki67抗原,不知道怎么设计引物,,请指点迷津,非常谢谢!

作者: 白鸟之翼 时间: 2011-10-19 10:42

楼主能介绍几个目前国内做的比较好的引物合成的生物公司吗？

作者: 海鸥crazy 时间: 2011-10-19 10:44

现在做细胞培养，马上要做RT-PCR，指标是大鼠的K15，不知道怎么引物设计，请大家帮帮忙，多谢！

作者: 韩梅梅 时间: 2011-10-19 10:45

要别人制作引物其实是不好的，因为他不了解你的研究背景，很容易设计错误。所以最好自己做。那么我现在就简单的把设计流程和需要的工具告诉大家，希望大家对照着去逐步解决就可以了。

大家在找目标序列的时候，要注意一点，那些是你需要的真正的序列，因为有好多序列都是不可信，要具体看reference.一般NM的信度高一点。这个是关键。

还有，序列设计要注意三个工具的结合，
第一是primer
第二是oligo
第三是blast
三个步骤下来结果都可以就行了。

接下来就只要对着每一个工具使用就可以了。

至于具体的细节和结果的评判心得是要有一定经验的，大家可以在这个帖子里交流以下。

作者: 韩梅梅 时间: 2011-10-19 10:45

还有一点，网上有流传只要弄到人家做过的序列，blast一下，可以的话也可以直接拿来用。建议这些序列的来源应该是国外的近期印象因子高的期刊，国内的就打个？？吧。

因为我开始做时候，吃过这些亏。

作者: #甜# 时间: 2011-10-19 10:46

呵呵，我们老板从来不用什么设计软件，自己对着序列设计，然后估算一下TM值，最后看看3‘端结合情况，往往效率很高！他不相信什么软件！我是服了！

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能请教一下你们的老板吗?
他设计时是按照什么原则进行的。

作者: one 时间: 2011-10-19 10:47

我现在做大鼠caspase-8的RT-PCR,那位大侠可以给我提供引物序列，内参照的意义，谁能告诉我内参照的序列

作者: 豆荚 时间: 2011-10-19 10:48

请问大家有没有设计过DNA甲基化亚硫酸盐修饰以后的引物阿？？除了碱基的变化，他和平常设计有何不同？？

作者: 百分比 时间: 2011-10-19 10:50

大家好！我是一个新手，请问怎么找目的序列啊？在哪里可以找到？这方面我的知识是个空白，非常郁闷，谢谢！

作者: 椰子叶子 时间: 2011-10-19 10:51

我感觉引物设计不能没有软件帮助也没有完全依赖软件。
设计引物的时候最好能针对保守区，即使你手里的毒株跟GeneBank 上的毒株名一样，它们的序列也可能不同，所以就需要Blast，也可以用Bioedit ，比较起来很方便。
根据你的需要选择好不同长度的保守区，长度还是短一点比较好，我感觉15－35bp 比较容易成功。另外，如果找不到完全保守的一段长序列，只要3‘端有8个bp 完全保守也是可以P出来片段的。在5’端可以加上一些酶切位点或调GC比。加酶切位点之前用软件看看目的片段本身有无你要加的酶切位点，如果有的话要避开。用primer就可以解决，oligo也可以。设计完之后呢就可以用软件看看有无发夹，二聚体，非特异性结合以及GC％，TM值等。用Primer 就可以解决了，用pcrdesn也可以。

作者: （cat） 时间: 2011-10-19 10:52

在我用过的软件中Primer premier 5.0最好,BioXM2.6和DNAMAN也不错.

作者: 冰激凌小姐 时间: 2011-10-19 10:52

primer5引物设软件的中文说明在

基因库 cuturl('www.genecool.com')上有

作者: 柠檬籽 时间: 2011-10-19 10:53

请问一下,Blast后根据什么选择哪个是最适合的?是看评分么

作者: 蓝蜗牛 时间: 2011-10-19 10:53

求p53（小鼠）的引物序列及内参的序列，谢谢

作者: #黄药师# 时间: 2011-10-19 10:55

TGF－β1 是兔子的吗？

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你做TGFB1吗？我正在做这个的多态性啊，但是实在是不知道怎么设计引物，主要是我要做酶切来鉴定基因型啊！

作者: 冰儿0109 时间: 2011-10-19 10:56

请问各位高手,PP5软件设计简并引物的效果怎样?引物合成公司是否可以帮忙设计简并引物?

作者: 蓝蜗牛 时间: 2011-10-19 10:56

各位老师请指教：我做的是昆明小鼠的bfgf就是碱性成纤维细胞生长因子的RT-PCR，比较郁闷的是从NCBI 和 EBI查不到基因序列，只有人和大鼠、猫等动物的，没有查到小鼠的。所以不知道如何设计引物，敬请各位老师及高手指点。谢谢。

作者: 04906 时间: 2011-10-19 10:57

第一是primer
第二是oligo
第三是blast这些工具那儿有是在pubmed里面吗

作者: 3N4G 时间: 2011-10-19 10:57

我有一个小问题：假如几个人都做同一物种同一个基因的表达检测，这几个人所设计的引物是不是都是一样的呢？如何解释？？

作者: 大桃子同学 时间: 2011-10-19 10:59

我想做负链RNA扩全长,现在在网上查到了全长cDNA序列,可是反转录引物应该怎么设计呀?是用cDNA的反向互补链设计引物,然后用上游还是下游引物呀,我真的不太懂,希望高手指点,谢谢!!

作者: 8黑眼圈8 时间: 2011-10-19 11:00

我们都是用的PRIMER6.0 效果挺好

作者: mooon 时间: 2011-10-19 11:01

大家好,我也遇到了一样的困惑:
我要做的是糖尿病SD大鼠肾脏VEGF,TGFβ-1的mRNA的表达,先在NCBI的GENEBANK里查到了大鼠VEGF和TGFβ-1的核苷酸序列NM_XXXXXX,然后看reference的时候就晕了,文献里有的取材部位和我的不同(肝\心\皮肤),有的取材部位相同(肾脏)但做的病理模型又不一样,请问我是否该选用该序列作为模版来设计引物?或者能不能够引用和我取材部位相同的那篇文献的引物?
如果不能,我在设计引物的时候是不是也要将模版做一些改动?如何改?
请各位指教,谢谢~

作者: pou 时间: 2011-10-19 11:02

各位大侠好！
我要做5-HTT的mRNA的定量试验，但不知道5-HTT的引物是什么？哪位高手能给于指点。多谢！

作者: 喵咪 时间: 2011-10-19 11:03

先用primier搜索，再用Oligo比对检测，效果不错

作者: 神经侠 时间: 2011-10-19 11:04

我也要做RT-PCR了，是关于大鼠血管紧张素II受体和去甲肾上腺素受体的，难啊！不知从哪里入手，恳请各位有经验的大侠给指个路，不胜感激！！！

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-10-19 11:04

primer primer 5.0 中文使用说明
cuturl('http://www.genecool.com/bbs/thread-6536-1-7.html')

作者: 按秒计算 时间: 2011-10-19 11:05

大家好！我们用的是Primer 5.0 和DNASTAR及PHILIP的比较多，下载一个配套的使用说明书就行，自己先学着设计，之后可以让高手指点一下。

作者: queen 时间: 2011-10-19 11:05

大家好,请问谁能帮忙设计一下人脐静脉内皮细胞生长因子VEGF的引物和内参吗?最好目的片断在两百个左右,不要太长的,自己不会设计请大家帮帮我吧,先谢谢你们了!

作者: 阿拉蕾 时间: 2011-10-19 11:06

http://medgen.ugent.be/rtprimerdb/

RTPrimerDB
Real Time PCR Primer and Probe Database

实时定量引物数据库,设计实时定量引物可以先到这里查找一下,有可能有现成的引物,并且有文献支持.

作者: ffaa 时间: 2011-10-19 11:06

麻烦哪位师兄师姐帮我看看我的这个snp位点是否适合做酶切，基因：tgfbeta 1,snp ID: rs1982073 ,我选用了Msp A1I ,是从国外的文献上找到的，参考引物序列是：上游：5‘ cctccccaccacaccag 3 ’ 下游引物：5’ cggcacctccccctggctcg 3'，PCR产物是268bp ,但是现在发现这个酶在产物序列中出去snp位点外有三个酶切位点，所以酶切产物大小相差很小，这样就无法用电泳的方法来鉴定基因型，我该怎么办？我也知道国外的文献是怎么做出来的！酶切有五个片段的产物啊！

作者: 荒漠孤驴 时间: 2011-10-19 11:08

我要P的基因全长如下，现在我想扩ORF 17~1531bp 同时引入酶切位点 Kpnl 和 Xbal ，最后克隆到pcDNA3.1(+)上。我设计了好几对引物都不行，不知那位高手能帮帮我。非常感谢！急需呀，实验紧张啊！
哪个兄弟姐妹能帮帮我啊！

作者: mod=8048 时间: 2011-10-19 11:08

我是个新手,在扩增hTERT的启动子全长大概1.1kb,可是设计的引物做不出来,请教哪位怎么设计引物啊?急!

作者: HOT兔 时间: 2011-10-19 11:08

求助：请问如何设计人的过氧化氢酶（CAT）的引物，我急需用，请各位仁兄帮忙！！

作者: @花开花落@ 时间: 2011-10-19 11:09

使用Primer5设计引物，是使用自动搜索的Pairs 还是编码链和反义链分别设计，然后给它们配一对？

作者: 饭团团 时间: 2011-10-19 11:10

本人即将进行PCR实验了，可是引物设计还没有着落，恳请各位帮一个忙，设计TGF－β1 的引物(人的血液)，万分感谢！

作者: ##蒙奇奇 时间: 2011-10-19 11:12

同一mRNA翻译的起始位点不同，通常是怎么选择的啊？

作者: wawa 时间: 2011-10-19 11:12

要研究人MTCO2是否有甲基化，需要MSP的两对引物，没有找到文献中可用的，只好在此求各位帮忙了，能不能P出该基因整个683bp片段用做测序啊，真是非常棘手啊，在此先谢谢大家了

作者: 浆果儿cc 时间: 2011-10-19 11:13

求达人指点KCNC3基因的引物设计~~~用来做普通的PCR，上DHPLC去检测突变的~~~~已经为这个头痛了一个多月了~~外显子太大了~~~~~GC含量惊人地高~~~~真的想不出怎么设计了~~~~~吐血求助啊~~~~~马上面临毕业啊~~~时间太紧了~~~~求高人指点啊~~~~~`
这个是KCNC3基因的序列
cuturl('http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/19/html/KCNC3_1.html')

作者: 胖小妮子 时间: 2011-10-19 11:14

我过几天要做RT-PCR了，可是引物还一头雾水，原因是没有完整的序列，哪位大侠愿帮小妹一把啊，羊的orexin和它的受体。

作者: wu11998866 时间: 2011-10-19 11:17

研二小硕求救，楼主，我在做甲基化方面的研究，参考了一篇国内文献:改良的甲基化特异PCR法在人宫Hela细胞检测中的应用，一文
发表在中国现代医学杂志笫l6卷笫2期，2006年1月
但是我按照上面的引物序列合成 p16引物序列
野生型
pl6-WS 5’CAGAGGGTGGGGCGGACCGC3’
pl6一WA 5’CGGGCCGCGGCCGTGG3’
产物为140bp
但是我用的也是Hela细胞，提取基因组后PCR，在Genebank上比对序列同源性是100％，不过这是在mRNA序列，请问从基因组水平p，有什么区别没有？实验条件也如文献所述，为什么一直得不到预期片断，希望能够得到大家的帮助，在此实验中应该注意什么问题，怎么才能够得到目的条带的结果。
真诚期待尽快回音，谢谢

作者: 长发piaopiao 时间: 2011-10-19 11:18

求助版主：
现有一对引物，序列如下：
F：5’-ATGTTGGTCAGGCTGACTATG-3’
R：5’-GATTCCACATTTATCCTCATTGAC-3’
给推荐几个关于PCR设计的外文资料

作者: 131415 时间: 2011-10-19 11:22

叩请帮忙！！！

我做的是大鼠的脑缺血模型，求助PI3K的基因序列和引物设计！

请高人帮忙啊～～～

作者: qqq111 时间: 2011-10-19 11:22

已知一个科中所包含的几个属的基因，但各属已知基因是不同的，在这种情况下可以设计属的特异引物吗？如果可以如何设计？
恳请帮助！！谢谢！！

作者: mimili_901 时间: 2011-10-19 11:24

我要测定红细胞CR1的基因多态性，有没有作过或知道怎么设计，要加Hind3酶切的，文献上的现成的能不能用啊？我想知道所需的DNA模板的序列？很急，如有知道的请尽快回复啊，多谢啊！

作者: 功夫张CJ 时间: 2011-10-19 11:24

我也是做PCR的新手，也在为引物设计发愁，我从国外影响因子是3.多的期刊上查了因无序列，在primer上分析了一下，结果还可以，我想直接拿来做P，看看结果怎么样。

作者: wiwi 时间: 2011-10-19 11:25

我是新手,跟大家请教个问题.我想把我的目的片段从载体上P出来,然后连到另外我需要的一个载体上.我要在目的片段上加Sac1和Sma1酶切位点,请问保护碱基怎么加,还有怎么知道我的目的序列中没有这两个酶切位点?

作者: 兔纸 时间: 2011-10-19 11:25

大家好，我在做解脲脲原体分群的PCR，参考文献上的引物序列，改过很多条件一直不出目的条带，请各位高手指点一下，是不是引物有问题？
UMS-125 5-GTATTTGCAATCTTTATATGTTTTCG-3
UMA-226 5-CAGCTGATGTAAGTGCAGCATTAAATTC-3

作者: 嘉年华 时间: 2011-10-19 11:26

我想在目的基因两端加个Sac1和Sma1的酶切位点,但后来发现基因内部有Sac1的酶切位点,请问这怎么处理?如果换个酶切位点,可隆会变的很复杂.

作者: sunshine039 时间: 2011-10-19 11:27

想从cDNA中分离基因，用PCR的方法，可引物如何设计呢？只有同类型物种的序列。

作者: INK 时间: 2011-10-19 11:28

使用Primer5设计引物，是使用自动搜索的Pairs 还是编码链和反义链分别设计，然后给它们配一对？

也有过这样的疑问。后来，自己做的时候觉得分开设计得出的排列组合比较多，可选择的多，看似更合理一些。讨教了高年级师兄和实验室请来的外籍老师后总结了几点：TM值最好在60左右，两条链越接近越好；产物长度要300以上比较好；当然还要注意引物设计原则中的3段不要有A，不可有连续的CCC或GGG，再结合primer premier综合比较一下就能找到满意的引物了。我的已经做出带来了。同寝室的同学也是照这样也做出来了。
我的primer premier是同学传的

作者: loli 时间: 2011-10-19 11:28

求助人MIF, MMP-3的引物,谢谢!

作者: tieshazhang 时间: 2011-10-19 11:39

各位大侠，研究生毕业多年了，现又要做RT－PCR了，很多知识都忘了，请各位朋友不吝赐教，现在这里谢谢了！我的课题是检测大鼠骨骼肌葡萄糖转移载体（GLUT4）mRNA表达半定量。我现在还不知道引物的如何设计，必须自己设计吗？我在资料上找到的引物序列可用吗？在哪家公司合成引物质量和价格更好呢？再谢了！

作者: 飞天小鹿 时间: 2011-10-19 12:00

计算GC含量要将酶切位点和保护性碱基计算进去吗？因为primer5得到的GC含量是加酶切位点之前的，是不是可以通过改变酶来调节GC含量呢？我刚刚开始学习设计引物，希望前辈们多多指教。不胜感激--

作者: join 时间: 2011-10-19 12:01

各位牛哥哥靓姐姐,
偶门外汉子一个,完全不知道引物怎么设计,郁闷啊 ,老板在屁股头催着赶着实验进度,烦人啊,求高人指路. 本人要做的指标是 L型钙离子通道蛋白的表达.
要查什么东东再怎么设计呢? 谢了啊我先

作者: 森林木 时间: 2011-10-19 12:03

本人想通过荧光定量PCR技术检测动物血清中普通大肠杆菌DNA的含量，从而判断血清中大肠杆菌移位的情况，想请教各位大侠是否可以设计一种只要是大肠杆菌就可以测定的通用引物序列，是否可以有现成的这种试剂盒。请多多指教，不胜感激！！！求助普通大肠杆菌的PCR检测技术

作者: #甜# 时间: 2011-10-19 12:03

各位老师请指教：我做的是昆明小鼠的bfgf就是碱性成纤维细胞生长因子的RT-PCR，比较郁闷的是从NCBI 和 EBI查不到基因序列，只有人和大鼠、猫等动物的，没有查到小鼠的。所以不知道如何设计引物，敬请各位老师及高手指点。谢谢。

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请教您，如何在NCBI 和 EBI上查基因序列啊？

作者: mogu 时间: 2011-10-19 12:04

求助siRNA的MMP-9的引物设计（人滋养细胞的）,谢谢!

作者: 911 时间: 2011-10-19 12:05

请各位高手帮我看一下，我设计的这个引物能行吗？
谢谢！！！
SIRT1
AGACAACCTC CTGTTGGCTG ATGAGATCAT CACTAATGGC TTTCATTCCT
GTGAAAGTGA TGACGATGAC AGAGCATCAC ACGCAAGCTC TAGTGACTGG
ACTCCAAGGC CACGGATAGG TCCATATACT TTTGTTCAGC AACACCTCAT
GATTGGCACC GATCCTCGAA CAATTCTTAA AGATTTATTA CCAGAAACAA
TTCCTCCACC TGAGTTGGAT GATATGACAC TGTGGCAGAT TGTTATTAAT
ATCCTTTCAG AACCACCAAA GCGGAAAAAA AGAAAAGATA TTAATACAAT
TGAAGATGCT GTGAAGTTAC TACAAGAGTG CAAAAAGATA ATAGTTCTGA
CTGGAGCTGG GGTTTCTGTT TCCTGTGGGA TACCTGACTT CAGATCAAGA
GATGGTATTT ATGCTCGCCT TGCTGTGGAC TTCCCGGATC TCCCAGATCC
TCAAGCCATG TTCGATATTG AGTATTTTAG AAAAGACCCA AGACCATTCT
TCAAGTTTGC AAAGAAGAAA CAGCATTGAA GCATTATTTG GGGGGAAAAA
CACACACACA AAATCCAGCA ACTCAGCATT CATGAGCAGC TCTGTTCTAT
ACCAGTATGT GCCTGTGCAG TGGAAGGAAA GCAATTTTGG
我设计的是Antisense GGCGAGCATAAATACCAT
Sense AACCTCCTGTTGGCTGAT

NMNAT1
1 gtctcctgga ggactagggc cgtttggcct tcacggcctg acaacaacat cggcatcaga
61 ggactccatt tagatcagca actgcaactt ctccccatgg actcatccaa gaagacagag
121 gtggttctcc tggcctgtgg ttcttttaac ccaatcacca acatgcacct caggctgttt
181 gagctggcca aggactatct gaacgctaca ggagaataca aagttatcaa aggcatcatc
241 tcaccagtcg gtgatgcata caagaagaaa ggactcatcc cagcccacca ccgaatcatc
301 atggcggaac ttgccaccaa gaattcacac tgggtggaag tagacacatg ggaaagcctt
361 cagaaggaat gggtggagac cgtgaaggtg ctcagacacc atcaggagaa gctggcaact
421 ggcagccgca gtcacccgca aagctcacct gtgctggaaa ggcctgggcg gaagaggaag
481 tgggctgatc aaaagcaaga ttctagccca cagaagcccc aagaacccaa accaacaggt
541 gtgcccaggg tgaaattgct gtgtggcgca gacttgctgg agtccttcag cgtccccaac
601 ttgtggaaga tggaggacat cacgcaaatc gtggccaact ttgggctcat ctgtgtcact
661 cgggctggca gtgacgctca gaaattcatc tacgagtccg acgtgctgtg gcgacaccag
721 agcaacatcc acctggtgac cgagtggatc accaatgaca tctcatccac caagatccgc
781 cgagcgctca ggaggggcca gagcatccgc tacttggtgc cggacctcgt ccaagagtac
841 attgaggagc atgatctgta caactctgag agcgaagacc ggaatgccgg ggtcaccctg
901 gcacctctac agaggaacac ctcggaggcc aaacacaacc attccacccg atgacacccc
961 gcaacgtccg atgatcctct ccaggcccaa aacaattggt gttagtaact cagggaagga
1021 cttgccatcc tgttttataa actgaaattt aaaggtttga ttaaaaaaac caacagggaa
1081 ttaagatcag ttactgagat gaatgttcta aataagacca tataagaaag aatgtaatac
1141 acctttaaaa taacagctca ttcactaaaa tgagatgtca atgatgccct ctctaaatac
1201 attttttcaa gaaaggaccc tgtgctgtgc tctaccacac aagaggccgg agacatagtt
1261 ccgaggttaa gagcacagac tgcccttcca gagcattcag attcagctcc cagcacctgc
1321 aaggcagctc acaactgtct gtaactccag tcccagggga tccgatgccc tctctgtccc
1381 ctatgggctg taggccacaa atggtgcata gacagacata caggcaaaag atacatacat
1441 acacacactc acagatacac gcacagatac acacagacac aaaaacacac acgcacagat
1501 acgcatacat acacatacat acacacacac atacacacat acatacatac acacatacac
1561 gtattcacac acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac acacacaaag
1621 aagaacctca ctttaaccag actcagtgat ggccacctac agccccagct gcaccaggag
1681 ttgacgtagg agaatcactt tgaacccagg agtctgagat gactctagac aacatggacc
1741 ctttctgaaa acaaaaacaa aacagaatcc tagctctagt tatgaagaga gctgtccatg
1801 gctggcgccg gccatcttta tccagagtag aaggaaggaa ttctttacga cgtgaccttg
1861 gctgggcatg cagctcggtc ggtagagcat tggcccgcag gcccgaggcc ctgggttaga
1921 tccccagagc cacatcgact gggcacggca gtgcacacct gtgatcctgg cactcgggag
1981 attgaagcag aaggatcaaa agctcgaggt catccttgac aaccagcaag tttgaggccg
2041 tcaagagatg ccaaagaccc cttctctaaa ttaaacaaat aaataaatga ctctgtaaaa
2101 tgcaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
我设计的是：
Antisense TTGCCTGTATGTCTGTCTATGC
Sense GAGGACATCACGCAAATC

作者: 8黑眼圈8 时间: 2011-10-19 12:06

不用软件是可以,但不blast,可能是不行的. 如不blast,如何知道你的引物与其他序列有match?

作者: Darcy 时间: 2011-10-19 12:06

我也马上要做RT-PCR了，做的是RSV 干预A549细胞后细胞中IL-8、FKN、IKK、 IKB、NF-KB P65 、NF-KB P50的表达，但引物没有着落，哪位热心战友帮下忙吧

作者: 森林木 时间: 2011-10-19 12:09

请教！望帮助！希望有经验的老师，师兄弟姐妹们赐教，谢谢！！！
我的实验：明确suPAR（可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体）在疾病的发病中的作用，PCR方法和基因克隆手段构建suPAR的重组表达质粒DNA。
现在准备开始预实验，有几个问题没有解决：
1.作为PCR的suPAR基因模板最初可以从什么地方来，我看相关的文献多用半成品，如pTracer-uPA,或者从人脐静脉内皮细胞(HUVEC) 中克隆suPAR 基因，不知可以用肿瘤细胞嘛？如卵巢癌细胞3AO,肝癌细胞HepG2.
2.引物的设计，也是一个大问题。我看相关的文献，有不同的设计，但都可以在全序列中找到相对应的上游引物并包含起始密码；可是下游引物却不包含终止密码，这么做可以嘛？他们的文献可靠嘛？『1.可溶型尿激酶受体基因的表达及其对肿瘤生长的影响；2.Reduction of breast carcinoma tumor growth and lung colonization by overexpression of the soluble urokinase-type plasminogen activator receptor (CD87)』
3.文献上多用病毒为载体。可以用真核表达载体如PCDNA3.1(+)来构建质粒嘛？
谢谢！！！

作者: qqq111 时间: 2011-10-19 12:10

保守区不完全一致，会不会导致Ｐ出来的基因和目的基因不一致．

作者: 椰子叶子 时间: 2011-10-19 12:11

呵呵，我们老板从来不用什么设计软件，自己对着序列设计，然后估算一下TM值，最后看看3‘端结合情况，往往效率很高！他不相信什么软件！我是服了！

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用软件，但是最后修改一下最后几个碱基，不会让软件指挥我，一样效率很高！
不否认有高手能完全依赖经验解决问题，但是不要夸大，毕竟修行成“老中医”不容易。摆正机器和人之间的关系就行了，软件是能帮助人更高效的完成任务。

作者: 椰子叶子 时间: 2011-10-19 12:11

软件设计也好，人工设计也好，只要能P出来就是好的，这个世界上没有什么是绝对行的，也没有什么是绝对不行的，多失败几把不是坏事，我觉得至少从中可以学到很多东西。很多东西，口授的作用不大，可能有很多师兄师姐的，读研究生时，引物设计啥的都不会费什么事情，而这样恰恰会看轻这个过程，觉得引物设计没啥，如果你是做大事的人，这是细节，你可以不用考虑，但是如果你自己工作，而且工作就是这些，可能到时候就很郁闷了，但是如果自己在这上面吃了很多苦，后面作这方面的工作时就会很轻松了，至少不会像没有头的苍蝇，个中百味，别人是传授不来的。这也许就是我的一点感慨，希望能对新学者有用。

作者: windy+++ 时间: 2011-10-19 12:13

我也快要做PCR了，可是感觉什么都不懂！我已经在NCBI内查到了基因序列，可是一大篇，正如WX810510附件所示一样，我不知道应该看那部分才是我所需要的序列。那位高手可以告诉我，谢谢了！

作者: 何去何从 时间: 2011-10-19 12:13

楼主能介绍几个目前国内做的比较好的引物合成的生物公司吗？
急！

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上海英骏引物合成是一流的。

作者: 胖小妮子 时间: 2011-10-19 12:15

我也快要做PCR了，可是感觉什么都不懂！我已经在NCBI内查到了基因序列，可是一大篇，正如WX810510附件所示一样，我不知道应该看那部分才是我所需要的序列。那位高手可以告诉我，谢谢了！

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我是这样找的：
在PUBmed上选择nucleotides，输入关键词，结果会出来很多序列。然后你你在界面的左边选择实验的物种，人、大鼠、小鼠、猪等，选好物种后出来的序列就少多了。再逐一查找，看看哪个符合你的需要。
一般选择全长序列，如果碰到题名一样的，那就选择最新的。
在找到你要的序列后，你还会看到在题目的下方会有很多文章，这些都是别人用该序列做的实验，你也可以在此验证一下这以序列是不是你所需要的。

作者: 丸子妹 时间: 2011-10-19 12:15

这网站有不少的设计软件：cuturl('http://www.shinegene.org.cn/q2.html')

作者: XYZQ 时间: 2011-10-19 12:16

找到了序列，我不知道该怎么读取！我是想设计引物的，所以我想查看该序列的外显子、内含子等信息，应该看哪部分啊！
望各位高手指点啊！我把网站贴在这儿，希望各位大侠能解释下具体怎么看！

cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=5921')
本人不胜感激！这使我很苦恼！

作者: 椰子叶子 时间: 2011-10-19 12:17

找到了序列，我不知道该怎么读取！我是想设计引物的，所以我想查看该序列的外显子、内含子等信息，应该看哪部分啊！
望各位高手指点啊！我把网站贴在这儿，希望各位大侠能解释下具体怎么看！

cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=5921')
本人不胜感激！这使我很苦恼！

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你在网页上往下看就看见mRNA and Protein，会发现你的基因分RAS p21 protein activator 1 isoform 1和RAS p21 protein activator 1 isoform 2。然后点击各自的编号就可以进去看见你想要的该序列的外显子、内含子等信息

作者: 小妖儿 时间: 2011-10-19 12:18

本人现准备做RT-PCR，检测大鼠肺鳞癌中P16及c-myc基因，目前想明确这两种基因的序列及引物设计，偶是新手，望各位多多指教！

作者: lixi559 时间: 2011-10-19 12:19

大家有没有人做过人整合素α5β1,可以帮忙指点一下,谢谢

作者: she 时间: 2011-10-19 12:20

求助：需要用RT-PCR法检测内毒素小鼠模型中的磷酸化P38MAPK的水平，求助P38MAPK的引物。

作者: 鸽子不哭 时间: 2011-10-19 12:21

急求：
我现在急需以DNA为模板的β-actin或GAPDH的引物序列，我在网上查到的都是以cDNA为模板的β-actin或GAPDH的引物序列。实验紧急，希望得到大家的帮助，万分感谢

作者: 锤子 时间: 2011-10-19 12:22

我查的genbank中大鼠都是Rattus norvegicus（Norway rat），这和我们平时用的Wistar大鼠肯定不一样啊？怎么回事呢？

作者: =菓子= 时间: 2011-10-19 12:22

如果国内文献中引用的引物序列在BLAST中查到，那么可以使用吗？

作者: 楚留臭 时间: 2011-10-19 12:23

现在人们都在做real time PCR 而我还在做最古老的两步RT PCR，自己又不会设计引物，请问现在普遍使用real time PCR的引物能不能照搬到RT PCR上啊（相同物质的）？请各位大虾帮忙！

作者: tears 时间: 2011-10-19 12:24

大家好，我是新手，现在想找到研究类群的某个物种的基因全序列，如何从NCBI上找到啊。怎么找？
谢谢！

作者: 冰激凌小姐 时间: 2011-10-19 12:25

大家好，我自己设计的PCR引物，长度有一条是24 mer，正好是3的倍数，是不是犯了引物3‘端位于密码子第三位的错误？若果是，对我的实验影响大吗？

作者: 海鸥crazy 时间: 2011-10-19 12:26

AGGACAGTGG GTGTGCCCGT TCCCACCCCA GCACTCTGCT CTGTTCCGAA GACCTCCCAC
CCCTCCCTGT GCCGTCACCA AGACTCTCTC CGCCTCCCAC CGCACCTGCT ACCTTGTCAC
ACAGCTCTAG ACCTGCTGTC TGTGTCCTCG GAGCCCCGCC CTGACATCCT GGACATGCCT
AGCCTGCACG TAGCTTTTCC
R(A/G)
TCTTCACCCC AAATAAAGTC CTAATGCATC AGCCTCAGCT GTTTCTCTTA CAGGGCAGAG
ACTAGCCAAG CCAAGGTCAG CCCAACTTAG GCATTGGAAG TCTTCTGCCA GCCATCATCC
AGCTGGACGT GGCTTCTGAA ATGTGGAGCT GGGCCCTTGA ACCCCCATGA ATCTCTAGGG
GAGAATGGTA GCAAGAGGTT

R处为检验多态性区，求设计引物及核酸内切酶
不胜感激

作者: @木木@ 时间: 2011-10-19 12:26

TCCAACGCGTTGGGAGCTCTCCCATATGGTCGACCTGCAGGCGGCCGCACTAGTGATTAGTAACATGACGATGAGTCCTGAGTAACTGACGATGAGTCCTGAGTAACATGATGATGAGTCCTGAGTAACAAGATGATGAGTCCTGAGTAACAATGCTGTACTCGGAGGAACTGTATCTGGAAATGTGCTGATGATGAGTCCGAGTAACATGACGATGAGTCCTGAGTAACTGACGATGAGTCCTGAGTAACTGGAAACTCTTATTTTCAAGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCATGCCCCATTCCTAAAATCGCTCTCGCTCCTCTCCTTTTGTTTGTTTGCCTGTGAATTGGTACGCAGTCTACACGATGAATTGGTACGCAGTCTACAATCCCGCGGCCATGGCGGCCGGGAGCATGCGA
设计的这个引物合理嘛？F---5’ TGATGATGAGTCCGAGTAAC 3’
R---3’ TTCACAGGCAAACAAACA 5’

TCGCATGCTCCCGGCCGCCATGGCCGCGGGATTATATATATATATATATGTAGACTGCGTACCAATTCAAGGGTAGAGTAACTGGAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATATTTTTTTTTAGACTGCGTTACTCAGGACTCATCGTCATGTTACTCAGGACTCAATCACTAGTGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGA
引物2 F---5’ ACCAATTCAAGGGTAGAG 3’
R---3’ TGAGTAACATGACGATGAG 5’
TCGCATGCTCCCGGCCGCCATGGCCGCGGGATTGTAGACTGCGTACCAATTCATTAGCAATAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTTGTTTGCTTGAAGAAGAAGATAGTTGAAAGAGACACGCTTTTGAGAGAGGGAGAGAAGTACGGGAGACGTGAGTTAGTTACTCAGGACTCATCGTCAATCACTAGTGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGA
引物3 F—5’ GTAGACTGCGTACCAATTC 3’
R---3’ TTGACGATGAGTCCTGAG 5’
各位大虾看看我设计的合理嘛？

作者: zhezhe 时间: 2011-10-19 12:27

急求progesterone receptor A 和progesterone receptor B，c-fos,c-jun 的引物设计,多谢！

作者: TAT 时间: 2011-10-19 12:28

为什么我设计的引物有的时候跟有无二聚体、有无发夹都没有关系，有的时候软件设计满分的引物也不行，各种奇怪的现象。总的感觉，产物片段短一点，退火温度高一点的引物比较好。

作者: 大虾米 时间: 2011-10-19 12:28

请教高手设计引物扩增能6061-6900，试了N次没有用，唉, NND, GC太rich 了
5881 <gggtctgccc ccactaccac ctctggcaca acgccctcca gcagcaccat cggcagcacc
5941 gtgagcacca cacctgttac cagcccgccc tcacccagcc cgacttcagt cagcacatcc
6001 acacccgggc caacacctac cacctctgta acacgtcctc ccacgtcgac agaaggtccc>
6061 actcctgaga gcacaacacg tacgactgtg tcaagtagca gtgccccgcc aacaccaact
6121 ggatctagcc ccactaccac ctctggcacg acgccctcca gcagcaccat cggcagcacc
6181 gtgagcacca cgcctgttac cagcccgccc tcacccagcc cgacttcagt cagcacatcc
6241 acacccgggc caacacccac cacctccgta acacgtcctc ccacgtcgac agaaggtccc
6301 acttcccaga gcaccaccag tacaacagtg tcgagtccaa gtgtgtcaag tagcagtgcc
6361 ccgccaacac caactggatc tagccccact accacctctg gcacgacgcc ctccagcagc
6421 accatcggca gcaccgtgag caccacgcct gttaccagcc cgccctcacc cagcccgact
6481 tcagtcagca catccacacc cgggccaaca cccaccacct ccgtaacacg tcctcccacg
6541 tcgacagaag gtcccactcc tgagagcaca acacgtacga ctgtgtcaag tagcagtgcc
6601 ccgccaacac caactggatc tagccccact accacctctg gcacgacgcc ctccagcagc
6661 accatcggca gcaccgtgag caccacgcct gttaccagcc cgccctcacc cagcccgact
6721 tcagtcagca catccacacc cgggccaaca cccaccacct ccgtaacacg tcctcccacg
6781 tcgacagaag gtcccacttc ccagagcacc accagtacaa cagtgtcgag tccaagtgtg
6841 tcaagtagca gtgccccgcc aacaccaact ggatctagcc ccactaccac ctctggcacg
6901 <acgccctcca gcagcaccat cggcagcacc gtgagcacca cgcctgttac cagcccgccc
6841 tcaagtagca gtgccccgcc aacaccaact ggatctagcc ccactaccac ctctggcacg
6901 acgccctcca gcagcaccat cggcagcacc gtgagcacca cgcctgttac cagcccgccc
6961 tcacccagcc cgacttcagt cagcacatcc acacccgggc caacacccac cacctccgta
7021 acacgtcctc ccacgtcgac agaaggtccc actcctgaga gcacaacacg tacgactgtg>

作者: 红豆冰 时间: 2011-10-19 12:32

想请教一下如何设计反义寡核苷酸序列啊？拜托了。。。。

作者: 假小子 时间: 2011-10-19 12:32

请问扩全长CDS，构建表达载体，引物怎么设计？

作者: 荷塘青蛙！ 时间: 2011-10-19 12:33

各位乡亲父老兄弟姐妹，小人要用PCR做我的乳腺癌细胞的BAX基因表达。但是引物设计要我的命了，跑到GENEBANK上去找相应的基因序列，但是一个BAX就有5种transcript variant！这真是让人吐血了，哪位大侠能告诉我应该在OLIGO里用哪个transcript variant设计序列啊？问了好几个人，好像都不太了解。
盼着救命。然后毕业。

作者: 花裙子 时间: 2011-10-19 12:33

本人系在读研究生想对angptl6的snp位点进行多态性分析但其snp位点颇多该如何选择以及怎样设计引物和选择什么酶进行酶切谢谢

作者: 紫烟 时间: 2011-10-19 12:34

请教：我即将做RT-PCR实验，想设计糖原生成素glycogenin(GN-1)的引物，
是SD雄性大鼠骨骼肌的，另外我查相关文献觉得做这方面的非常之少,当然很有可能是我没有查到,还请各位有相关资料的能跟我联系,还请各位大侠帮帮忙，我初做实验有很多不懂的地方，请各位不吝赐教，在下不胜感激,多谢！

作者: 爆炸头 时间: 2011-10-19 12:35

请问我想设计HCV病毒的包膜蛋白E区域的上下游引物,应该如何设计,请大家帮忙,谢谢!

作者: windy+++ 时间: 2011-10-19 12:36

各位大侠：
脑源性神经营养因子的引物怎么设计？是犬的。谢了

作者: 嗨皮 时间: 2011-10-19 12:37

请教楼主beacon designer 对引物设计如何？我要做的是taqman 实验。谢谢！

作者: 冰儿0109 时间: 2011-10-19 12:38

参照中文文献查的引物，做了N个反应条件，电泳还是出不了结果，头痛呀。我做的是SD大鼠腹膜TGF-B1,VEGF,FN，内参选的是GAPDH

作者: 按秒计算 时间: 2011-10-19 12:38

我想求助小鼠的CSE的引物设计及整个SCEmRNART-PCR技术过程。急需。

作者: 金手指 时间: 2011-10-19 12:39

学会Primier5设计引物了，Rating最高的上下游是100，产物是96，GC%都是50%，Tm值上有54.6℃下游57.5℃，长度都是20，自己觉得挺好的，可BLAST结果好像不理想，这可怎么办啊

作者: 金手指 时间: 2011-10-19 12:40

BLAST结果如下图

图片附件: 45533426.gif (2011-10-19 12:40, 11.8 KB) / 该附件被下载次数 16
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8778

作者: 金手指 时间: 2011-10-19 12:40

部分数据结果如下

图片附件: 58806761_snap.jpg (2011-10-19 12:41, 62.65 KB) / 该附件被下载次数 9
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8779

作者: 金手指 时间: 2011-10-19 12:41

本人做的是大鼠的TREM-1
部分数据结果如下

图片附件: 12321634_snap.jpg (2011-10-19 12:41, 62.65 KB) / 该附件被下载次数 10
http://bbs.antpedia.com/attachment.php?aid=8780

作者: 莲花白 时间: 2011-10-19 12:42

最近设计热休克蛋白基因引物总是出问题，无法批出条带。
保证酶、模板、等都没问题，有人用同样的东西批出了别的基因
现在求助高手帮我设一个引物，最好能检测，本人不会检测引物
谢谢大家

作者: 我是一片云 时间: 2011-10-19 12:43

本人准备作兔1型胶原表达测定。
一个疑问是兔1型胶原前肽有两种，alpha 1和2，不知引用哪种进行引物设计。
对于在NCBI上查得的alpha 1引物也有疑问,兔基因系列与其它动物系列界面好似有差别。除了在PUBMED上查以外，还有哪种方式？希望有识战友帮忙查一下，谢过！
以下是1型胶原alpha 1界而：ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=100008952&ordinalpos=6&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum

作者: 阳光树 时间: 2011-10-19 12:43

大鼠的cox-2 肿瘤坏死因子白介素-6 的序列我怎么找不到啊请高人指点指点

作者: 过路甲 时间: 2011-10-19 12:44

有几个疑问，想在此向大家请教：
1、以检测基因的表达情况为目的，引物设计是应该以该基因的DNA还是mRNA为模板设计更为合适？
2、如果以mRNA为模版，用Primer Premier5引物设计软件设计引物，在拷贝粘贴序列过程中选择“as it is"还是应该选择"complemented"呢？在什么情况下采用到“reversed"？
3、直接在NCBI里，找到某一基因mRNA的保守区序列CDS，是否可以直接用CDS序列为模版设计引物？
请各位指点迷津先谢谢各位啦！

作者: 荒漠孤驴 时间: 2011-10-19 12:44

我现在设计的是等位基因特异性引物，有几个问题在此向大家请教一下。
虽说根据序列就可直接设计出来，但需要在特异性引物5端加上5个或15个碱基的尾巴，哪位高手能指点下，在加5端加尾巴时需应考虑哪些方面？
另外，对于退火温度应考虑加过尾巴之后的Tm还是为加尾巴时的引物Tm；若用加尾巴之后的引物进行Blast，将会发现结果非常不好，而在未加尾巴前结果挺好，这时应怎么抉择？希望各位高手能尽快给以帮忙，本人将非常感激。
还有一问题，加5个碱基和加15个碱基的特异性引物的Tm，因有10个碱基的差异，很难相差较小，若把二者同时放在一个管里扩增，所采用的退火温度势必很难确定，各位又是怎么考虑的？
急切期待各位前辈们的不吝赐教！本人非常感谢。

作者: 快乐的大脚 时间: 2011-10-19 12:45

我现在准备做病人的Caspase-1的基因表达情况，急需设计引物，但caspase-1有alpha、 beta、gamma、delta、epsilon五个亚型，请问哪位有做过的，用哪一个序列来设计引物？谢谢。

作者: 圆圆圈圈 时间: 2011-10-19 12:45

我要急做小鼠的磷酸化的 JNK 和磷酸化的ERK ，RT-PCR ,可是设计引物不知从哪里入手啊？序列到那里找啊，怎么找啊？怎么没有人讲一下第一步怎么做啊？详细一点的，好吗？有人说在基因库里查，可是基因库里那么多，选哪一个，那一段怎么确定啊？十分感谢

作者: 泉水叮咚 时间: 2011-10-19 12:46

我想问个问题？希望大家能帮我解答，？十分感谢。
我已经在Genbank中找到了我的基因序列，但是太长，大概有5000bp,我还要转染所以得取一段，老板告诉我，让我找增强子，怎么找啊？有这样的软件吗？

作者: #黄药师# 时间: 2011-10-19 12:47

请问大家有没有设计过DNA甲基化亚硫酸盐修饰以后的引物阿？？除了碱基的变化，他和平常设计有何不同？？

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还有就是在引物序列里，CG含量不能多，只能有1个或者没有，是最好的。

作者: 韩梅梅 时间: 2011-10-19 14:00

我的序列长度是2265bp，老板让我扩全长测序，可以分段做，但我设计的引物特异性很差，很多杂带，求各位帮个忙，设计几对引物，让我把全长扩出来吧！不胜感激！序列在附件中。

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杂带有问题吗？只要找到根自己设计的长度相等的片段回收，连接载体就可以了，管那么多的杂带干吗呢

作者: birdfish 时间: 2011-10-19 14:02

我想请教一下设计启动子的引物有什么注意事项？这个启动子序列大概长度我已经查到，只是没设计引物，是连在pgl-3载体上的。谢啦

作者: SOS 时间: 2011-10-19 14:04

请教各位为什么我在GENEBANK中只能找到cDNA序列，含启动子的序列只能在ucsu上找吗？

作者: 蝴蝶结子 时间: 2011-10-19 14:05

求助：做猪的GST的引物设计，遇到很多问题。首先，这是一个具有多种亚型的酶类（如GSTa1,GSTm1,GSTo1等，找同学帮我比对了一下亚型之间的同源性，同源性很低。所以我打算做一两个亚型的表达做代表。但是我又看到外文文献上有做总的GST的表达，引物序列也给出来了，这篇文章的IF在2.5左右，他的引物序列可不可信呢？有没有做过的高手，请指点，非常万分感谢！

作者: zzzz 时间: 2011-10-19 14:06

各位大师：我是个新手，请问PCR-ssp技术中的内参照引物什么时候加入PCR系统中，怎么选择？

作者: 猫屎一号 时间: 2011-10-19 14:07

我要做和2型糖尿病相关基因TCF7L2中位点的多态性，先提取DNA，然后用荧光定量，检测，请问我从外文上看的文献中那个探针和引物能不能用？还是自己设计

作者: dmg 时间: 2011-10-19 14:07

求高人指点，目前我做的人血中提取DNA，基因多态性研究，用的是单一等位基因特异性引物PCR技术，根据突变点的碱基不同设计等位基因特异性引物。
但是先后设计了两次引物都不得要领，
第一次是引物不稳定，产物时有时无，
上游1  CCAGGTATGGAAAACGATGC
上游2  CCAGGTATGGAAAACGATGT
下游共用  CAGGGACTCACTCTATGCTC
第二次重新设计了上游引物，结果是所有的都有条带，根本分不出纯合子和杂合子。
下游共用  CAGGGACTCACTCTATGCTC
F1  CCAGATATGGAAAACGATCC
F2  CCAGATATGGAAAACGATCT

作者: panda王 时间: 2011-10-19 14:08

求助！！！目前我做的人组织标本中提取基因组DNA，研究某特定基因外显子的SNP，需要先从基因组DNA中PCR出此基因的外显子序列然后进行测序。
但是我在用PrimerPremier5设计引物的过程中碰到了很棘手的问题：
设计引物的时候，我是在每个外显子上下游120~200bp的范围内设定参数来设计的。但当所有外显子的引物按参数设计筛选出来后，将它们带入整个基因序列里，发现这些引物与基因中非目的位点（内含子中）发生错配的几率非常大。。请问这种问题要怎么解决比较好呢？？请问大家对基因组DNA的某一特定基因的PCR引物设计有什么经验可以介绍么？？

作者: 阿敏 时间: 2011-10-19 14:09

我马上要做三七LEA蛋白方面的，但是目前三七的基因组还没有测序，所以也很难那找到同源序列来设计引物，在人参中也很难找到，所以请各位高手帮忙一下，有关三七的报道文献和关于三七LEA蛋白研究的文献请贡献一下！感激

作者: DONT 时间: 2011-10-19 14:09

求助：请问，我想做MSP，如果要做的基因序列中没有查到CpG岛，但是CG>50%可以做吗？另外，有谁做过LINE-1（long interspersed nuclear element-1）啊？想请教一些问题。非常感谢！

作者: tieshazhang 时间: 2011-10-19 14:10

我想针对鳞翅目昆虫的乙酰胆碱酯酶基因设计一对简并引物，应该怎样做呢？已经根据国内发表的文章用特异的引物扩增过了，但扩增不出目的片段，所以有点怀疑他们提交的序列是假的，因此想自己设计一对引物来扩增家蚕的乙酰胆碱酯酶基因。请各位高手指点一下！

作者: PINK 时间: 2011-10-19 14:12

我要做实时PCR,该怎么设计引物呢，之前做过RT-PCR，这两种PCR有何不同呢？引物设计上需要注意什么呢？求大虾帮助。不胜感激。我要做的是转基因鼠的肾小管上皮细胞TKC2转分化，不知道转基因鼠和普通鼠的引物是一样的吗？

作者: PCR 时间: 2011-10-19 14:13

即将做androgen receptor EXON1 的 CAG 多态性分析，可是我不会确定多态性位点，不知引物怎样设计,求高手指点

作者: seven7 时间: 2011-10-19 14:16

大家好啊，最近在做甲基化特异性PCR，从文献上抄的引物，可是老是扩增不出来，有哪家公司可以帮助设计甲基化特异性PCR的引物啊。急啊

作者: 冰激凌小姐 时间: 2011-10-19 14:16

目前合成引物比较好的公司就是上海生工和华大基因了。。。另外对于引物设计我们一般都是自己比对序列，自己看着设计，从不用什么软件，毕竟软件也是根据那些原则设计的啊。

作者: jude 时间: 2011-10-19 14:17

引物设计和合成去chinagenex.com这个网站，那边的技术人员设计的引物很棒，可以试试联系

作者: fangxiang 时间: 2011-10-19 14:18

大家好！我是一个新手，请问怎么找目的序列啊？在哪里可以找到？这方面我的知识是个空白，非常郁闷，谢谢！

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我也是个新手，刚学会如何查找母的基因mRNA序列。具体操作如下：在Google主页中输入NCBI进入主页，在search下拉菜单中选Nucleotide，然后输入要查找的目的基因，同时输入种属，如rat；点击search键；在结果中找到CDS，并点击，即可查看该基因的mRNA序列。以上是个人查找方法，希望对你有帮助！

作者: 蛐蛐儿 时间: 2011-10-19 14:19

最好从保守区域设计引物，但是实际情况是合成这段序列需要给这段序列设计引物，那也就顾不了到底保守不保守了吧。还有，引物设计的所有条件没有办法都满足，我设计的把别的条件都满足了，但是Tm值又太低了，有没有办法修饰啥的提高Tm值呀？

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