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标题: 【求助】Thermo QE和Agilent 6550肿么选？ [打印本页]

作者: yhn 时间: 2016-3-22 10:36 标题: 【求助】Thermo QE和Agilent 6550肿么选？

预算不超过290万（可以免税），配置超高效液相+筛选用的质谱，如果QE（非Focus）和6550都能落在这个预算范围内，选哪一款更优？主要用于非常复杂的生物样品中筛选差异表达的分子（类似于代谢组学，但对灵敏度、通量和线性范围的要求更高），应用目的上以定性为主，兼顾半定量。从液相上来说，Agilent好点吧？Thermo是收购原戴安公司的产品。从质谱上来说，貌似QE指标（尤其是分辨率）更高。但是，这种分辨率不是以牺牲分析速度为代价的吗（离子总是在阱里绕圈子，当然耗时间了）？另外，阱型质谱仪的容量可能有限吧，能满足高通量的分析吗？谢谢啦~~~ ......

作者: 椰子叶子 时间: 2016-3-22 10:36

离子阱不太了解，帮顶

作者: mogu 时间: 2016-3-22 10:37

楼主要检测什么类型的物质呢？

作者: 45778 时间: 2016-3-22 10:37

QUOTE:

原帖由 mogu 于 2016-3-22 10:37 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼主要检测什么类型的物质呢？

主要用于非常复杂的生物样品中筛选差异表达的分子（类似于代谢组学，但对灵敏度、通量和线性范围的要求更高）

作者: 45778 时间: 2016-3-22 10:38

液相上是不是岛津的也可以啊

作者: 555444 时间: 2016-3-22 10:38

戴安的液相低压的用的比较多，但他们也有高压液相，也是相当不错的

作者: 969 时间: 2016-3-22 10:38

个人觉得：
如果偏重于蛋白组学，以Q-Exactive为佳，目前很多蛋白组学的文献是用它做的；
如果主要是做代谢组学，可以考虑Agilent的Q-TOF，主要是因为常用的代谢组学数据库METLIN很多数据是用Aglient家的Q-TOF做的，碎裂方式为CID，这个跟Q-Exactive的HCD还是有些差别的。

作者: 04906 时间: 2016-3-22 10:39

从楼主的要求看，似乎QE更适合（因为有定量要求）。但是290w恐怕做不下来QE的。

作者: caihong 时间: 2016-3-22 10:39

waters 和 AB都有 Q-TOF， 5600 也可以可以考虑的，WATERS的话就一个型号G2-XS，UPLC I CLASS是蛮贵的，不过性能也是最强大，不过你这个预算应该也可以把。组学不是应该色魔和AB比较优秀么。考虑啥安捷伦的，另外组学用nano液相比较多啊，你的样品份量比较大么？

作者: 45778 时间: 2016-3-22 10:39

复杂样品代谢组学，你就不用考虑QE了。
要接超高效液相，你更不用考虑QE了。
你的应用方向Q-TOF更合适。

作者: 9900 时间: 2016-3-22 11:07

你说的对，QE如果联液相使用，高扫描速度的情况下，是发挥不到那么高的分辨率的，有的型号的QE（例如Focus）甚至比QTOF类型的仪器分辨率要差得多
如果你做蛋白组的话，蛋白组的峰你懂的，一坨坨的，一个峰拖了好长时间，扫描速度可以相对慢点，QE还是可以的，你也可以看到Thermo在蛋白组还是有一定优势的
但是，如果你做代谢组学，就不要考虑QE，转向QTOF吧。QE的同位素信息真是丢的不要不要的，做小分子分辨率也不灵了（高扫描速度下，分辨率就降低了)，定性很困难。所以，大家都问你做什么。你的研究课题直接决定你买什么仪器。
还有，建议你关注一下相关软件，做代谢组，软件很重要。不要只看硬件。
多找真正在用仪器做实验的人打听，不要盲目的相信各家销售的话，王婆卖瓜没有不自夸的。

作者: milkdog 时间: 2016-3-22 11:10

如果是代谢组学研究的话，软件更重要，特别是数据挖掘的过程，当然灵敏度很重要，特别是做内源性化合物的比较时候，如果灵敏度不够，根本就看不到痕量的代谢物，特别是基体很复杂的时候。Orbi用的还是Trap的技术，所以空间电荷积累的效应还是存在，所以复杂基体时候的灵敏度和纯标样的灵敏度没法比，建议还是多多考虑QTOF。而且代谢组学找到差异后需要进行鉴定，现在用的最广泛的就是Metlin的库，这个是QTOF做的，是CID碰撞反应池出来的，和Orbi/QE 用HCD碰撞反应池打出来吃的二级质谱完全不具有参考性，换句话说如果是买Orbi/QE就没有办法使用Metlin进行鉴定啦。

作者: xevin 时间: 2016-3-22 11:11

QUOTE:

原帖由 milkdog 于 2016-3-22 11:10 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
如果是代谢组学研究的话，软件更重要，特别是数据挖掘的过程，当然灵敏度很重要，特别是做内源性化合物的比较时候，如果灵敏度不够，根本就看不到痕量的代谢物，特别是基体很复杂的时候。Orbi用的还是Trap的技术，所以空间电荷积累的 ...

灵敏度不够一直是QTOF类产品的软肋，QTOF获取高分辨率是要消耗一定量的样品的，所以QTOF设置参数中区分有高分辨和高灵敏度两种模式，高分辨和灵敏度是互相制约的关系。对于Orbitrap来说，高分辨和扫描速度是互相制约关系，但高分辨和高灵敏度可以同时获得，这也是为啥QE可以同时做定性和定量。
对于Trap技术，很多人将IT离子阱和Orbitrap轨道阱混为一谈，这是两种质谱技术，IT离子阱是低分辨的质量分析器，Orbi轨道阱是高分辨质量分析器和无损检测器。然后就说凡是Trap都有空间电荷抑制效应。复杂基体时候的灵敏度和纯标样的灵敏度是没法比，但我还从来没见过任何质谱检测复杂基质样品灵敏度能超过标样的。如果连标样灵敏度都做不好，更别提复杂基质样品了。
对于复杂基质样品，高分辨和高灵敏度才是代谢检测的关键因素。因此Orbitrap在灵敏度这方面完胜QTOF，不相信的话可以送标样做工作曲线，用基质盲样定量考核。
目前我看过的QE小分子配置都是接UHPLC，一个色谱峰常规在10s以上，超高压条件下最窄也得2-3s吧。质谱扫描速度都是ms为单位计时，常规定性定量一个色谱峰采集10个点即可，说Orbi扫描速度慢的还是先等液相色谱出峰缩短到1s以内再说吧。
代谢组学现在用的最广泛的就是Metlin的库，这个是安捷伦QTOF做的，如果依赖Metlin数据库来做实验时的确优先考虑QTOF，不过数据库不是万能的，毕竟这又不是气质的NIST，还是根据自己的实验设计吧。
现在质谱技术发展很快，论坛很多人还停留在远古时代，带有色眼镜去分析真的应该回炉重新学习了。

作者: xevin 时间: 2016-3-22 11:11

复杂样品代谢组学，你就不用考虑QE了。
要接超高效液相，你更不用考虑QE了。
你的应用方向Q-TOF更合适。

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一看就是砖家，我还是。
复杂样品代谢组学，你就不用考虑QE了。国内代谢组学做的最多的中科院大连化物所有3台以上QE
要接超高效液相，你更不用考虑QE了。我见过QE小分子配置基本都是接UHPLC；大分子因为样品量少，为了获取更高的灵敏度采用Nano LC

作者: vera+ 时间: 2016-3-22 11:12

QUOTE:

原帖由 xevin 于 2016-3-22 11:11 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
复杂样品代谢组学，你就不用考虑QE了。
要接超高效液相，你更不用考虑QE了。
你的应用方向Q-TOF更合适。

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去年冬天大化所许老师办代谢组学培训班许老师实验室是各个厂家的仪器都有的吧........
我们组qe是连的nano lc 做蛋白组学 mascot也用的但代谢组学的确用qtof
QE做代谢真的不行啊 sieve也没人教功能也太少我们只能xcms自己写代码

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