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标题: 【转帖】【分享帖】PCR技术概论 [打印本页]

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:38     标题: 【转帖】【分享帖】PCR技术概论


PCR技术简史
PCR技术的基本原理
PCR反应体系与反应条件
PCR反应特点
PCR扩增产物的分析


  聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。 它具有特异、敏感、产率高、 快速、 简便、重复性好、易自动化等突出优点;能在一个试管内将所要研究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至十万乃至百万倍,使肉眼能直接观察和判断;可从一根毛发、一滴血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分析研究和检测鉴定。过去几天几星期才能做到的事情,用PCR几小时便可完成。PCR技术是生物医学领域中的一项**性创举和里程碑。
PCR技术简史
  PCR的最早设想 核酸研究已有100多年的历史,本世纪60年代末、70年代初人们致力于研究基因的体外分离技术,Korana于1971年最早提出核酸体外扩增的设想:“经过DNA变性,与合适的引物杂交,用DNA聚合酶延伸引物,并不断重复该过程便可克隆tRNA基因”。
  PCR的实现 1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的Mullis 等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应。其原理类似于DNA的体内复制,只是在试管中给DNA的体外合成提供以致一种合适的条件---摸板DNA ,寡核苷酸引物,DNA聚合酶,合适的缓冲体系,DNA变性、复性及延伸的温度与时间。
  PCR的改进与完善 Mullis最初使用的DNA聚合酶是大肠杆菌 DNA 聚合酶 I 的Klenow片段,其缺点是:①Klenow酶不耐高温, 90℃会变性失活,每次循环都要重新加。②引物链延伸反应在37℃下进行,容易发生模板和引物之间的碱基错配,其PCR产物特异性较差,合成的DNA片段不均一。此种以Klenow酶催化的PCR技术虽较传统的基因扩增具备许多突出的优点,但由于Klenow酶不耐热,在DNA模板进行热变性时,会导致此酶钝化,每加入一次酶只能完成一个扩增反应周期,给PCR技术操作程序添了不少困难。这使得PCR技术在一段时间内没能引起生物医学界的足够重视。
  1988年初,Keohanog改用T4 DNA聚合酶进行PCR,其扩增的DNA片段很均一,真实性也较高,只有所期望的一种DNA片段。但每循环一次,仍需加入新酶。
  1988年Saiki 等从温泉中分离的一株水生嗜热杆菌(thermus aquaticus) 中提取到一种耐热DNA聚合酶。 此酶具有以下特点:①耐高温,在70℃下反应2h后其残留活性大于原来的90%,在93℃下反应2h后其残留活性是原来的60%,在95℃下反应2h后其残留活性是原来的40%。②在热变性时不会被钝化,不必在每次扩增反应后再加新酶。③大大提高了扩增片段特异性和扩增效率,增加了扩增长度(2.0Kb)。由于提高了扩增的特异性和效率,因而其灵敏性也大大提高。为与大肠杆菌多聚酶I Klenow片段区别,将此酶命名为Taq DNA多聚酶(Taq DNA Polymerase)。此酶的发现使PCR广泛的被应用。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:39

PCR技术的基本原理


  PCR技术的基本原理 类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟, 2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。
  (Plateau)。 到达平台期所需循环次数取决于样品中模板的拷贝
  PCR的反应动力学  PCR的三个反应步骤反复进行,使DNA扩增量呈指数上升。反应最终的DNA 扩增量可用Y=(1+X)n计算。Y代表DNA片段扩增后的拷贝数,X表示平(Y)均每次的扩增效率,n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为100%,但在实际反应中平均效率达不到理论值。 反应初期,靶序列DNA片段的增加呈指数形式,随着PCR产物的逐渐积累,被扩增的DNA 片段不再呈指数增加,而进入线性增长期或静止期, 即出现“停滞效应” ,这种效应称平台期数、PCR 扩增效率及DNA聚合酶PCR的种类和活性及非特异性产物的竟争等因素。大多数情况下,平台期的到来是不可避免的。
  PCR扩增产物  可分为长产物片段和短产物片段两部分。短产物片段的长度严格地限定在两个引物链5'端之间,是需要扩增的特定片段。短产物片段和长产物片段是由于引物所结合的模板不一样而形成的,以一个原始模板为例,在第一个反应周期中, 以两条互补的DNA为模板,引物是从3'端开始延伸, 其5'端是固定的,3' 端则没有固定的止点,长短不一,这就是“长产物片段”。进入第二周期后,引物除与原始模板结合外,还要同新合成的链(即“长产物片段”)结合。引物在与新链结合时, 由于新链模板的5'端序列是固定的, 这就等于这次延伸的片段3'端被固定了止点, 保证了新片段的起点和止点都限定于引物扩增序列以内、形成长短一致的“短产物片段”。不难看出“短产物片段”是按指数倍数增加, 而“长产物片段”则以算术倍数增加, 几乎可以忽略不计, 这使得PCR的反应产物不需要再纯化,就能保证足够纯DNA片段供分析与检测用。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:39

PCR反应体系与反应条件


标准的PCR反应体系:
   10×扩增缓冲液   10ul
   4种dNTP混合物   各200umol/L
   引物        各10~100pmol 
   模板DNA      0.1~2ug 
    Taq DNA聚合酶   2.5u 
   Mg2+       1.5mmol/L
   加双或三蒸水至  100ul
  PCR反应五要素: 参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+
  引物: 引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。
设计引物应遵循以下原则:
  ①引物长度: 15-30bp,常用为20bp左右。
  ②引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。
  ③引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
  ④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3'端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带。
  ⑤引物3'端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。
  ⑥引物中有或能加上合适的酶切位点, 被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点, 这对酶切分析或分子克隆很有好处。
  ⑦引物的特异性:引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。
  引物量: 每条引物的浓度0.1~1umol或10~100pmol,以最低引物量产生所需要的结果为好,引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增,且可增加引物之间形成二聚体的机会。
  酶及其浓度 目前有两种Taq DNA聚合酶供应, 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶,另一种为大肠菌合成的基因工程酶。催化一典型的PCR反应约需酶量2。5U(指总反应体积为100ul时),浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少。
  dNTP的质量与浓度 dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系,dNTP粉呈颗粒状,如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP溶液呈酸性,使用时应配成高浓度后,以1M NaOH或1M Tris。HCL的缓冲液将其PH调节到7.0~7.5,小量分装, -20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反应中,dNTP应为50~200umol/L,尤其是注意4种dNTP的浓度要相等( 等摩尔配制),如其中任何一种浓度不同于其它几种时(偏高或偏低),就会引起错配。浓度过低又会降低PCR产物的产量。dNTP能与Mg2+结合,使游离的Mg2+浓度降低。
  模板(靶基因)核酸 模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一,传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理标本。SDS的主要功能是: 溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,SDS 还能与蛋白质结合而沉淀; 蛋白酶K能水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作为模板用于PCR反应。一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于PCR扩增。RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K法,要防止RNase降解RNA。
  Mg2+浓度 Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响,在一般的PCR反应中,各种dNTP浓度为200umol/L时,Mg2+浓度为1.5~2.0mmol/L为宜。Mg2+浓度过高,反应特异性降低,出现非特异扩增,浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性,使反应产物减少。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:40

PCR反应条件的选择


  PCR反应条件为温度、时间和循环次数。
  温度与时间的设置: 基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸三个温度点。在标准反应中采用三温度点法,双链DNA在90~95℃变性,再迅速冷却至40 ~60℃,引物退火并结合到靶序列上,然后快速升温至70~75℃,在Taq DNA 聚合酶的作用下,使引物链沿模板延伸。对于较短靶基因(长度为100~300bp时)可采用二温度点法, 除变性温度外、退火与延伸温度可合二为一,一般采用94℃变性,65℃左右退火与延伸(此温度Taq DNA酶仍有较高的催化活性)。
  ①变性温度与时间:变性温度低,解链不完全是导致PCR失败的最主要原因。一般情况下,93℃~94℃lmin足以使模板DNA变性,若低于93℃则需延长时间,但温度不能过高,因为高温环境对酶的活性有影响。此步若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性,就会导致PCR失败。
  ②退火(复性)温度与时间:退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。变性后温度快速冷却至40℃~60℃,可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多,引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。退火温度与时间,取决于引物的长度、碱基组成及其浓度,还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸,G+C含量约50%的引物,55℃为选择最适退火温度的起点较为理想。引物的复性温度可通过以下公式帮助选择合适的温度:
     Tm值(解链温度)=4(G+C)+2(A+T)
     复性温度=Tm值-(5~10℃)
  在Tm值允许范围内, 选择较高的复性温度可大大减少引物和模板间的非特异性结合, 提高PCR反应的特异性。复性时间一般为30~60sec,足以使引物与模板之间完全结合。
  ③延伸温度与时间:Taq DNA聚合酶的生物学活性:
           70~80℃ 150核苷酸/S/酶分子
           70℃ 60核苷酸/S/酶分子
           55℃ 24核苷酸/S/酶分子
           高于90℃时, DNA合成几乎不能进行。
  PCR反应的延伸温度一般选择在70~75℃之间,常用温度为72℃,过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。PCR延伸反应的时间,可根据待扩增片段的长度而定,一般1Kb以内的DNA片段,延伸时间1min是足够 的。3~4kb的靶序列需3~4min;扩增10Kb需延伸至15min。延伸进间过长会导致非特异性扩增带的出现。对低浓度模板的扩增,延伸时间要稍长些。
  循环次数  循环次数决定PCR扩增程度。PCR循环次数主要取决于模板DNA的浓度。一般的循环次数选在30~40次之间,循环次数越多,非特异性产物的量亦随之增多。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:40

PCR反应特点


特异性强:
   PCR反应的特异性决定因素为:
   ①引物与模板DNA特异正确的结合;
   ②碱基配对原则;
   ③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性;
   ④靶基因的特异性与保守性。
  其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及Taq DNA聚合酶耐高温性,使反应中模板与引物的结合(复性)可以在较高的温度下进行,结合的特异性大大增加,被扩增的靶基因片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶基因区,其特异性程度就更高。
灵敏度高:
  PCR产物的生成量是以指数方式增加的,能将皮克(pg=10- 12)量级的起始待测模板扩增到微克(ug=-6)水平。能从100万个细胞中检出一个靶细胞;在病毒的检测中,PCR的灵敏度可达3个RFU(空斑形成单位);在细菌学中最小检出率为3个细菌。
简便、快速:
  PCR反应用耐高温的Taq DNA聚合酶,一次性地将反应液加好后,即在DNA扩增液和水浴锅上进行变性-退火-延伸反应,一般在2~4 小时完成扩增反应。扩增产物一般用电泳分析,不一定要用同位素,无放射性污染、易推广。
对标本的纯度要求低:
  不需要分离病毒或细菌及培养细胞,DNA 粗制品及总RNA均可作为扩增模板。可直接用临床标本如血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等粗制的DNA扩增检测。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:41

PCR扩增产物的分析


  PCR产物是否为特异性扩增 ,其结果是否准确可靠,必须对其进行严格的分析与鉴定,才能得出正确的结论。PCR产物的分析,可依据研究对象和目的不同而采用不同的分析方法。
  凝胶电泳分析:PCR产物电泳,EB溴乙锭染色紫外仪下观察,初步判断产物的特异性。PCR产物片段的大小应与预计的一致,特别是多重PCR,应用多对引物,其产物片断都应符合预讦的大小,这是起码条件。
  琼脂糖凝胶电泳: 通常应用1~2%的琼脂糖凝胶, 供检测用。
  聚丙烯酰胺凝胶电泳:6~10%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离效果比琼脂糖好,条带比较集中,可用于科研及检测分析。
  酶切分析:根据PCR产物中限制性内切酶的位点,用相应的酶切、电泳分离后,获得符合理论的片段,此法既能进行产物的鉴定,又能对靶基因分型,还能进行变异性研究。
  分子杂交:分子杂交是检测PCR产物特异性的有力证据,也是检测PCR 产物碱基突变的有效方法。
  Southern印迹杂交: 在两引物之间另合成一条寡核苷酸链(内部寡核苷酸)标记后做探针,与PCR产物杂交。此法既可作特异性鉴定,又可以提高检测PCR产物的灵敏度,还可知其分子量及条带形状,主要用于科研。
  斑点杂交: 将PCR产物点在硝酸纤维素膜或尼膜薄膜上,再用内部寡核苷酸探针杂交,观察有无着色斑点,主要用于PCR产物特异性鉴定及变异分析。
  核酸序列分析:是检测PCR产物特异性的最可靠方法

作者: woshituzhu    时间: 2016-4-4 10:41


我还想了解一下有关PCR分类及应用范围还有新的技术进展,帮帮忙吧!
关于in-cell PCR 有了解吗?我很需要这方面的文献呀!
救急吧!!!

作者: vtongli    时间: 2016-4-4 10:42


该技术先将抗体产生细胞进行固定和通透处理(permeated),细胞保持完整状态,而PCR反应体系可以进入到细胞内,在细胞内进行逆转录反应,然后用一组寡核苷酸引物在细胞内扩增抗体轻重链可变区基因并组装成单链抗体结构,将扩增得到的多样性抗体基因构建成为抗体库,就可以用不同的抗原筛选到相应的抗体。这项技术能够确保扩增出的抗体基因轻重链配对与细胞内的原始配对相同,因此特别适用于天然自身抗体编码基因的研究。

作者: idea2011    时间: 2016-4-4 10:43

12楼
2、 常用PCR分类、简介
(1) 逆转录PCR
(2) 定量PCR
(3) 硷基替代PCR
(4) 彩色PCR
(5) 重组PCR
(6) 不对称PCR
(7) 膜结合PCR
(8) 固着PCR
(9) 原位PCR
(10) 反向PCR
3.PCR在分子生物学中的应用
(1) cDNA文库的制备与筛选
(2) 直接测序
(3) 染色体区带中特异片段的克隆
(4) 检测突变基因
(5) 用简并引物法扩增未知序列
(6) 应用PCR法标记DNA探针
(7) PCR与新基因的寻找
4.PCR在临床医学中的应用
(1) 病原体检测
(2) 遗传病的基因诊断
(3) 肿瘤的早期诊断与转移确定
(4) 用于器官移植的配型选择

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:44

PCR文献检索方法简介
检索途径
  在进行文献检索时,我们可根据文献的内部特征或外部特征进行检索。
  文献的内部特征是指文献所论及事物,所提出的问题,涉及的基本概仿即主题以及文 献内容所属的学科范围都是文献的内部特征;
  文献的外部特征包括题名,作者,作者单经以及某种特殊文献自身的特征标识。如专 种文献的专利另科技报告的报告号,标准文献的标准号等等。
  分类途经:从学科角度将文献内容划分到某一学科内,根据文献内容所属的类检索文 献的途经即为分类途经,检索工具设置的分类途经主要遵循其选用的某种分类法,在 分布在《中图法》的医药卫生类。用分类途经检索文献关键在于正确性解检索工具中 的分类表, 将要查课题划分到相应的类系中去。
  主题途经:主题途径是指通过代表文献内容的名词术语进行检索的途径。通过主题途 径检索文献的工具常见的有主题索引,关键词索引。 主题索引。主题索引是用表达 文献内容特征的经过规范化的名词术语按字排列而成的检索系统,而关键词索引是用 来经过规范化的自然语言(关键词),按字顺排列而成的检索系统。用主题途经检索文 献关键在于分析课题,提炼主题概念,用语词表达出来。如果用主题索引还必须把自 拟的语词用相应的词表核对,选用标准语词作为检索入口
  题名途经:它是指根据文献的题名检索文献。由名检索 语言献主要通过检索工具的 出名索引,会议名称索引,书目索引等
  作者途经:作者途经是通过已知作者(包括个人团体、机构、公司等)的中外文名称字 顺来查找文献资料的途经。国外检索工具书大部分都有作者索引,便于按作者姓名进 行检索。利用作者途经时,要注意国外作者姓名的写法,应按姓在前名在后的规定, 依字顺查找。姓有单姓、复姓、父母姓边写、夫妻性边写 。名有单名、双名、多 名、敖名、父名等。还有的在姓名前题以荣誉称号及位,这都要注意按国外风谷习惯 加以识辨才能进行准确检索。此外多作者的取舍、俄、日文姓名转 成英文的部题, 一般都有通用的规定,应注意工具刊的说明和有关译名的参考次料。
  其他途经:它包括文献主序号途经(如报告号、专利号、标准号及合同号等)和分子式 途经(为化学化工专业检索工具所特有)。以及动植和药物名称索引等各种途经。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 10:44

检索方法
  在PCR科技文献的检索 实践中,一般采用以下三种方法:
  常用法:常用法变是利用有关检索 工具检索文献 的方法。一般按 时间顺序又可分为三种:①顺查法: 顺查法是以PCR课题研究的起 始年代为时间规点,由远及近逐年进行检索。顺查法可以保较高的 查全率,检出的文献具有课题研究过程的连贯性。②逐查法:它与 顺查法相反,是以现在为时间点,由近远检索 文献,重点在于查 新,了解课的研究现状。因为现在科技术发展迅速,超过一定年限 往往会失参考价值。③抽查法:是以课题研究的高峰为时间段,检 索这段时间内产生的文献这种方法可保证较高的查合率,查准率。 但此法要求检索者必须熟知课题的发展史。
  追溯法:追溯法是有二种:一种是选定一篇与自己科研课题有关论 文的参考文献进行追溯,这种方法检 出的文,从时间上讲愈来愈 旧,从与课题联系的紧密度上讲愈来愈松散。另一种追溯法是种用 《科学引文》进行追溯。 是以一篇已知文献, 查找最新引用文献 的方法,利用这种方法检测出的文献恰好克服了前一种的不足
  循环法:循环法是上述二种方法的结合,在查找文献时先利用检索 工具查出一批相关文献,然后根据这些文献 所附的参考文献进行追 溯检索,分期分段交语使用。采用交替循环查找,可以获笪相当长 进间的文献,其优点是在检索工具残缺的情况下,保持连续获取所 缺年限内的文献资料线索。
检索步骤
  医学文献检索步骤是在PCR课题和其他检索课题确定之后,于准备检索 前,结检索全过程进行科学安排的过程。一般要经过五个步骤:
  分析研究检索课题:要对检索课题进行认真细致的分析研究,明确检索内容和检索目 的,确定学科的检索范围,文献类型,回溯年限等,掌握检索线索。
  选择检索工具和检索方法:检索工具的种类很多,每一种检索工具都有各自的特点和 用途,检索时应根据课题的要求,正确地进行选择。检索方法的选择可根据检索工具 是否齐备来规定,如果检索工具齐全可以使用常用法;如果没有或者缺乏检索工具则 可使用追溯法;如果检索课题要求全面普查可使用顺查法或循环法;如果检索课题要 求查新近的文献资料则可采用逆查法。
  选择检索途经,确定检索标志:在选证检索工具后,应考虑的是确定检索途经和检索 标志。这要根据检索课题的要求而定,如果课题所需要的文献 资料范围广,应考虑 采用族性检索系统,选择分类途经较好;如果课题所需文献资料要求去除,应按特性 检索,选择主题途经较好;如果已知课题研究的作者、报告号、专利号等、则可选择 相应的径进行检索 。在选择的检索 途经之后,即可确定检索 标志,如选择主题途 经,即可选主题词为检索 标志,选择分类途经即可选择分类号标志。
  具体查找文献线索:这一步骤是开始了解,使用检索工具进行具体查找检索的过程, 实际上是一个将准确表达的检索提问式与检索工具中的文献标志进行比较而决定文献 取舍的过程。
  了解文献收藏情况,索取原始文献:根据查得的文献线索索取原始文献是整个检索过 程的归宿,检索工具提供的文献线索,都注明有出处(出版社,出版物,及年范期), 或附有文献及收藏单位一览表或文献来源索引等,可利用馆藏书刊目录和联合目录查 知,并向本馆或外单位联系借用,复制。
PCR医学专业文献检索系统及用法
  PCR医学文献检索系统根据检索工具的种类以操作手段的不同,基本上可以划分为二 大检索系统,一是手工检索系统,二是计算机检索系统,而每一检索系又由适宜查 找,PCR医学文献不同类型的检索工具或数据库所组成。
《中文科技资料目录(医药性)(简称《中目医)》
  《中目医》是收集报道生物医文章的题录性刊物,由中国医科院医学信息研究年(简 称医科院信息所)编辑出版。日刊,每期题录约3200条。
  检索途径主要有二条:
  分类目次表:它按照《中国图书馆资料分类法》的R类(医药卫生)编排,对非R类学 科,用相关的R类交替类目,通地目次表可查到同类文献位置;
  主题索引:按照主题词字顺排列。在其前而附有《主题索引首字字顺目次表》。主题 词:标引主要依据该年出版的《医学主题词注释顺表》。
  检索要点:根据课题内容选择检索途径。
  a. 在通常情况下如果对某一课作比较全的文献搜集积累,或者已经 知道所需文献的学科分类体系就可以利作分类目次表去找。
  b. 假设要查找针对某一具体课题方面的文献,或者不了解要查找文 献的学科分类体系,或者虽然知道分类体系但并非广泛地收集文献,则可通过主题索引去查。
  示例1. 查有关染色体异常方面的文献。检查步骤:先在“主题索引 首字字顺目次表”中找到“染”字,的汉语拼音为“Ran”后面标明 页码为243,即可在《中目》1991年,第1 期主题索引部分的第243 页见到2在染色体异常主题词之下有三个文献顺号:01526,02000, 02238,即为三篇染色体文献 的题录加,然而查题录得出外。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 18:29

《全国报刊索引(自然科学技术版》
  该工具由上海图书馆编辑出版。目刊,收录期刊3321种,报纸3种。 有“分类目录”,与医药卫生有关的类为:R、Q、X、类等。检索途 径: 该索引检索文献的途径原来只有分类目录一条,从1992 年起 增加了名中人名分析索引和蓍者索引。另外本索引还有引用《引用 报刊一览表》, 于每年一月和七月号附列检索引之后,各种报刊按 刊名笔划由少到多的序排列。检索要点:课题局限于一具类目时如 果和分类目录中期一致时可直接检索, 小课题有二个以上类目同时 要检索除检索主要类目具有上下类关系时,以上经类自为检索类 目。
  示例2:查找分子生物学的有关文献利用1991年第1期为检索用科其检 索步骤为:先在分类目录中查到生物科学,其不为分子生物学,后 面的页码是40,翻到2题录正文的第40页,即可查到有关分子生物学 的文献5篇。
《中国医学文摘》
  该检索工具1982年创刊,现有18个分册,各刊均在每年首期登“引 用期刊目录”未期登年度主题索引。少数分册附有年度著者索引。 检索途径: ①分类:该文摘分类目次是以《中图法》为依据结合学 科特点加以编排。②主题:主题索引按《医学主题注释字顺表》标 引主题。③著者:著者引按汉语拼音顺排,著者后列有文连续摘 写。
《中国生物学文摘》
  由中国科学院上海文献中心出版。 目刊, 每年首期登“引用期刊 一览表”,年终附“年度主题索引”。每期均有分类目次。 除去R9 药物学以外其余均是a类。检索途径同上。
美国《医学索引》(Index Medicus,简称IM)
  《IM》由美国国立医学图书馆编辑出版,创刊于1829年,1960 年新 版问世沿用到今。本刊收录世界七十多个国家44种文字的期刊3200 多种,中国被康期刊40余种,全年级道题录约30万条。
  检索途经:《IM》的检索途经只有两种,一是主题途径(Subject Inder),另一种是著者途径,(Auchor Index),如果能熟地掌握和 应用这两种途径,就可在意地检索到所需的医学文献。主题索引的 使用,其操用过程是对每个检索课题选取一个或多个能表达文献内 容概念的规范化词作为主题词,再以付主题组配,以加强文献的专 指性,然后按主题词字顺去查图主题索引即可查到所需文献。著者 索引的使用:《IM》著者引按著者姓名的序排列的,姓在前名在 后。姓石能缩写 。与主题引的不同点是把著者摆在首位,文题摆在 第二位。主题索引只著录第一位著者,而著者索引著录前10位,超 过则用“et al”表示。知已知某人是某方面的医术组成或家,我们 想了解他近年是否发表什第方章,可以著者索引接取。
  检索要点:A为了避免在《IM 》上查不到现象的产生必须学会利用 主题检索的重要工具--《医学主题词表》(Medical Subject Healing简称MeSH)。该表提供规范化主题词,当你感到选择的主 题词没把握,去MeSH进行核对。 其次要学会看表中主题词的楞史注 释,这主要说明该主题词的使用年代及其变化情况。再就是学会使 用参照系统:字顺表建立了一套参照系统以规范词义,指导检索者 了解各种词间关系,帮助查找文献线索的范围,B在查找著者索引时 文献题目名称的著录不同。主要是用非英文西文所写 论文题目, 其所用翻译符号“[]”取消。以主题索引查出的文题却没取消。
  示例3:主题查PCR技术用于兽医学方面为文献。检索步骤:本课题可 选PCR技术(Polymerase Chain Reaction) 以兽医学(Veterinary)作 为付主题词组配成和下检索词组:Polymerase Chain Reaction Veterinary,以此在《IM》1995年,36( 1) 中查出文献: Diagnositic test for Lympho Proliferative Virus infection of turkeys..,Sarid R,et al,Am J Vet Res 55(6):762~72,.
  示例4: 查PCR技术发明人SaiKi: RK近年就要完成的文献。检索步 骤: 以《IM》1993年Vol 34为检索用书, 查得saiki RK 见 Monnsamy Dr, 这意味着saiki PK93年没有单独发表文章, 但 与他合作有3 篇通过其他人姓名,查找获得:篇文章题目及出处。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:33

美国《生物学文摘》(Biological Abstracts,简称BA)
  《BA》是由美国生物科怀 服务社出 创刊于1926年底,半月刊,半 年1卷。它收录116个国家的23和文字期刊9000多种,年文摘星27万 篇, 是PCR 医学文献的主要检索工具之一。
  检索途径:分类目次表(Content):从分类途径检索文献关键是正确 选择类目在不能准确判断类目的时候,可以利用《BA》的《主题指 南Subjecb Guide》查检,得知正确的大类名称后,再按字顺查找具 体类目,进而查找文摘正文 。《主题指南》的主要作用明确揭示各 级类目的隶属关系,将可能用作检索标识的类目名称一律按字顺在 《主题指南》从69卷起附在每卷的第1期,善于利用《主题指南》可 以更好地掌握《BA》的主题结构, 找出所需主题词。示例5: 查有 关PCR分子生物学方面的文献。检索步骤: 如果不知道“分子生物 学”(Molecuar Biology)在《BA》类目中的隶属关系, 可在《主题 指南》中查“Molecular ”的“M ”字顺位置。其结果, Molecluar Biology (See Biochemistry)。这里告诉检者要“分子 生物学”方面的文献需列Biochemistry去查,然后通过分类目次所 标明页码,查找所需文献。
  生物分类索引(Biosystematic Index): 生物分类索引是按较大的 生物学分类单位为标目,供用产从生物体所属的界(Kingdom),门 (Phylum)纲(Class)。目(order),科(Family)去查找文献的一种索 引,使生物分类索引查找文献必须有生物分类基础知识。因为索引 中生物体的排列顺序是按生物体的进化过程由低级向高级排列的, 而后是按字顺排列的。而后是按字顺排列的。检索时先需根据所查 课题,确定涉及到的生物体的分类位置才能查到。示例6: 查PCR技 术用于人类肿瘤诊断方面的文献。检索步骤:先清楚本课题涉及到 的“人”在生物分类上属“动物界( Animalia)、”“简索动物门 (chordate)”、“哺乳纲(Msmmalia)”、“灵长目(Primate)”、 “L( Homindae ”、 在人科标目下找出肿瘤诊断方法( Cancer, Diagnostic Methods), 从其所附的文摘号中通过济览阅读文摘 正文, 筛选与PCR技术相关的言文献。
  属类索引: 属类索引是根据生物分类系统中的属种名称近顺排 列 而成。属类引从生物体的拉丁学名(即属种双名法)入手检索,凡知 道生物体的属种名称(Genus-Species Name)就可以利用该索引来检 索与其有关的文献。示例7:查聚合酶链反应( Polymerase Chain Reaction) 与嗜热菌( Thermus aquaticus)相关的文献。检索步骤: 借助《生物辞典》查出哮热菌学名为thermus aguaticus) ,和其 英译名相同,根据其学名按字顺查找属类索引,根据其后所附的文 摘号阅读文摘筛选与课题相关的文献。
  主题索引(Subject Zndex):该索引是以文题及其文中有实质意义的 词汇(即关键词)作为检索入口的一种计算机编排的索引。它是由关 键词及其左右联系的上下文和文摘号组成的一行检索条目,所以又 称上下文关键词索引( Keyword in contec Index, 简称(BASIC)。 其特点是选词不受限制,不要规范化,一个课题可以从多外关键词 入手检索,比较灵活方便。示例8:查聚合酶链应酶连免疫吸附剂测 定洁用于检测人乳头状瘤病毒(Apolymerase chain reaction-enzyme- linked immunosorbent assay meg hod for detecting human Papillomavirus)方面的文献。检索步 骤: 第一步,确定本课题能够参加索引轮排的词:human Papiuomavirus,immunosorbent;PCR-enzyne -linked。第二 步:分别交不同词汇按在索引中这顺年在位置查找, 并结合左右 词汇联系起来判读,第三步,根据切题款目的文摘号,去查阅文 摘,可查到同一篇文献。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:42

著者索引:(Author Index):按著者姓名字顺排列。用方法和其他 著者索引方法相同。
  检索要点提示:a、检索某种具体的事物并有确切的主题名称进可用 “主题索引”b、检索某个特定固体或某一作者进宜用“著者索引”; c、如果要查生物大类方面的文献,可用“生物分类索引”如果要查 比较具体的生物可用“属类索引”;d、如果要了解自已所选的主题 是否恰当,可查“主题指南”。此外,《BA》编辑部还出版《Biolog ical Abstracts/RRM(生物学文摘/报告、评述、会议录),只有题 录, 没有文摘, 使用方法和《生物学文摘》相同。
荷兰《医学文摘》(Excerptu Medica, 简称EM)
  该文摘由荷 兰医学文摘基金会出版, 创刊于1947年,出版52个分 册, (其中个别分册行刊),共收录世界各国医学期刊5400余种,年 文摘显逾25万篇。
  检索途经:分类目次表(Contents)的利用:《EM》是按学科的类别 分册出版的, 每个分册每期都有该学科的分类目次表,通过分类目 次表提供从分类检索文的途径。主题索引的种用:在利用主题索引 查找文献时,第一步确定检索词,第二要确定检索分册,第三步查 “概念字顺表”,第四步才进行实际检索。著者途径的利用,和 《BA》相同。检索要点:利用《EM》去查找文献,其一要熟悉 《EM》的各分册。《EM》按学科分为53多个分册,必然造成文献的 分散和交叉重复增加检索难度;其次要注意分类途径与主题途径的 配合。从分类途径检索一般只浏览一二级类目和文献篇名,有的主 题内容从文献篇名中表现不出来,而主题途径可以弥补这一缺陷。
  示例9:查正常人碱性磷酸酶升高与遗传学有无关系的文献。检索步 骤 :①确定分册,本课题涉及遗传问题和生化知识,因此首先确定 《Human Genetics 》(22人类遗传学)《Clinical Biochemistry》 (29临床生物化学) 二分册作为查找对;②查分类目次表:在第22 分册中查到一级类目Biochemical Genetics(生化遗传)二级类目man (人类)。在29分册查到一级类目Enzymes(酶),二级类目Hydrotases ( 水解酶),按照分类目次后面标明的页码,到正文中查(alkaline phosphate)(碱性磷酸酶)的文献即得。如果从主题途径查本课题, 经先查“概念字顺表”获知:Alkaline Phosphatase分配第19分 册, 按外文各称字顺序列29 分册的主题索引中也同样查到和分类 途径相同的文摘。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:43

美国《近期期刊目次》(Current Contents, 简称CC)
  《C C》是由美国科学情报所于1958年创刊。共有七个分册其中与 PCR 医学文献最密切的是《Life Sciences》(生命科学) 和《Clini- cal Medicine》(临床医学)分册。二分册共收编期刊2000余种, 年 报道论文43万余篇。
  检索途径:篇名索引(Title Word Index):它是利用期刊论文或图 书书名名中有实际意义的标题词作为检索词,由电子计算机自已编 排,按篇名的英文字用顺序排列,并对各中的词进行轮排,为检索 专业文献提供了方便,但对检索词不作规范化处理,故易造成误检 和漏检。使用该索引检索时,必须进行组配电号检查。
  著者索引及地址目录(Author Index and address Directory):利 用索引,当选中某篇文献需参考而又找不到收藏单位,可根据作者 的地址发函索取,还可以作为读者出国留学时选择导师和向导。
  学科指南(Discipline Guide):从此指南可知该期刊物中报道了哪 些学科方面的文献,这时检索者了解某些学科的期刊有一定帮助。
日本《医学中央杂志》(Japan Central Revuo Medicine)
  该刊是检索日本医学的重要检索工具,创刊于1903年,现收录日文 医学刊1900种,西文刊150种,有文摘和题录两种形式,年报道是20 万条。
  检索途径:分类目次:本目项的查找方法根据研究课题的容,在每 期的分类目次中找到相应的类目及类目后标出的页码,就可以找到 所需文献的题录、著者、出处及文摘内容。
  件名索引:即主题索引词,主题词分“欧文”。从主题途径查找文 献的关键是要选准主题(引中的主题词是按五十即英文)“和文”(即 日文)两部分。 日文索章图顺序排的,不熟悉日文可用欧文查找。
  人名索引, 即作者索引。利用人名索引检索前需先查其它工具书, 弄清其姓氏读音后才能进行检索。每期附注的难读姓氏读者要充分 利用。
查找PCR医学文献常用计算机检索系统
  按照设计目的不同,使用范围和存贮内容的不同主要可分为联机检 索系统;CD-ROM(光盘)检索系统。
  机检索统:联机检索系统是由一个主机系统(检索中心)带多个检索终端的检索系统。 这种系统具有分时操作的能力,多个相对独立的终端可同时进行检索。国际联机检索 就是利用计算机和通讯设备,进行远距离的人机对话,查找世界各国存贮在计算机系 统中的情报资料。
  联机检索系统的组成:(主要有五大系统):
  MEDLARS 系统:MEDLARS--Medical Literature Analysis and Retrieval System(医学文献分析检索系统),由美国国立医学图书馆研制与开发的当今世界上最有权威的医学文献数据库检索系统。它拥有30个数据库,收录了自1965年以来全世界范围内发表的生物医学文献1300多万篇。是PCR医学文献的主要检索系统。
  DIALOG系统:该系统是当今世界最大的国际联机检索系统。隶属美 国Kniht-Ridder公司DIALOG数据库系统创建于1963年,因研制了“DIALOG ”人机对话情报检索软件而得名。目前已拥有 320个数据文档,存贮记录超过1亿条。 系统的服务方式有追溯检 索,定题检索联机订购原文等。
  ORBIT系统:ORBIT--Online Retrieval of Biolgraphic Information on Timeshared(文献信息分时联机检索)系统,是由美 国系统发展公司(SDC) 研究发展的世界第二大联面检索系统。该系 统目前已拥有100个数据库,每年更新文献20 万篇。其检索功能和 服务方式与DIALOG系统基本相同。
  ESA/IRS系统:ESA/IRS--European Space Agency/Information Retrieval Service(欧洲空间局情报检索)系统,是欧洲最大的情报 检索中心。目前已拥有80多个文档,存贮文献超过3000万条。
  STN系统:STN--The Scientific and Technical Information Network International (国际科学技术情报网络)系统的简称。 该 系统设三个服务中心, 有文档50余个,文献总显4000多万篇。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:44

常用的PCR医学文联面检索数据库
  MEDLINE--医学文献分析系统联机数据库)是MED---LARS 系统中最大 和使用频率最高的数据库,是检索世界上生物医学资源最主要的数 据库之一,数据库收录全世界70多个国家和地区出版的大约3600余 种生物医学期刊的文嵯其中67%,有文摘,其余7赤题录。每月增加 文献3万余条,总文献量达900余万条。是PCR使用重点数据库。检索 途径可通过:MEDLARS, DIALOG。BRS联机检索系统进行查找。
  BIOSIS数据库:BIOSIS PREVIEWS ( Biosciences Information Service Previews,生命科学情报数据库),是由设在美国费城的生 命科学情报服务处研制开发的数据库。本数据库包括了美国《生物 学文摘》(BA)和《生物学文摘/ 报告、述详、会议录、》(BA/RRM) 二种大型检索工具。数据库现有1969年以来的万条记录。
  查找途径:选用DIALOG系统5号、55号、255号文档,或选用ESA/IRS 系统的7 号文档。
  EMBASE数据库:EMBASE(Excerpta Medical Date Base,荷兰医学文 摘数据库),是荷兰医学文摘社编制的数据库。它是被认为一个重要 的综合性医文献数据库,它收录了从1974年以来的文献500余万条。 每年增编索引23。5万条。其中数据库中的60%记录附有文摘,是查 找PCR医学文献的重要检索工具。检索途径:利用DIALOG系统的72 号、73号、172号、173号文档来检索。
  LSC数据库: LSC(Life Sciences Collection), 生命科学文献数 据库是由美国剑桥科文摘社编制的生命科数据库。数据库含有1978 年以来的文献170余万篇。检索途径:可利用DIALOG系统的76号文档 进行检索。
CD-ROM(光盘)检索系统

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:46

常用的PCR医学文联面检索数据库
  MEDLINE--医学文献分析系统联机数据库)是MED---LARS 系统中最大 和使用频率最高的数据库,是检索世界上生物医学资源最主要的数 据库之一,数据库收录全世界70多个国家和地区出版的大约3600余 种生物医学期刊的文嵯其中67%,有文摘,其余7赤题录。每月增加 文献3万余条,总文献量达900余万条。是PCR使用重点数据库。检索 途径可通过:MEDLARS, DIALOG。BRS联机检索系统进行查找。
  BIOSIS数据库:BIOSIS PREVIEWS ( Biosciences Information Service Previews,生命科学情报数据库),是由设在美国费城的生 命科学情报服务处研制开发的数据库。本数据库包括了美国《生物 学文摘》(BA)和《生物学文摘/ 报告、述详、会议录、》(BA/RRM) 二种大型检索工具。数据库现有1969年以来的万条记录。
  查找途径:选用DIALOG系统5号、55号、255号文档,或选用ESA/IRS 系统的7 号文档。
  EMBASE数据库:EMBASE(Excerpta Medical Date Base,荷兰医学文 摘数据库),是荷兰医学文摘社编制的数据库。它是被认为一个重要 的综合性医文献数据库,它收录了从1974年以来的文献500余万条。 每年增编索引23。5万条。其中数据库中的60%记录附有文摘,是查 找PCR医学文献的重要检索工具。检索途径:利用DIALOG系统的72 号、73号、172号、173号文档来检索。
  LSC数据库: LSC(Life Sciences Collection), 生命科学文献数 据库是由美国剑桥科文摘社编制的生命科数据库。数据库含有1978 年以来的文献170余万篇。检索途径:可利用DIALOG系统的76号文档 进行检索。
CD-ROM(光盘)检索系统
  示例11,经PCR技术检测在AIDS病中的应用文献:①分析:题目包 括二个关键概念,聚合酶链反应(PCR),爱滋病(AIOS)②概念转换: 关键概念词为简写,通过MeSH(主题词表)查对转换为标准概念词“Polymerase  Chain Reaction”;“acquired Immunodeficiency Syndrome”。 ③概念组合:课题要求二个关键概念必须同进出现在一篇文献内容 内, 因此逻辑组配:“Polymerase Chain Reaction”and“acquaried  Immunodeficiency Syndrome”如果用“AIOS”检索会出现“假 命中”,如合检出财政资助(Finacialaids)等方面的文献,因为资 助(aids)好和爱滋病(AIDS)这简称相同,如果用“PCR”自由词检 索,哪只能命中文献中有“PCR”同样词形的文献,而不管其内容如 何利用“MeSH”词表中的词进行检索,只要内容相关都可以检索出 来。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:46

PCR文献库常用检索用词
  根据Medline光盘数据库索引系统及词表系统提供的检索标识得知, 与PCR技术相关的医学主题标识主要有57个,排列如下:
简 称   全 称   中 文 译 名
PCR   Polymerase Chain Reaction   聚合酶链反应
PCR-   Polymerase Chain Reaction-   聚合酶链反应/
PCR-AIDED   Polymerase Chain Reaction-Aided   聚合酶链反应/辅 助的
PCR-AMPLIFECATION   Polymerase Chain Reaction Amplification   聚合酶链反应/ 扩 增的
PCR-AMPLIFIED   Polymerase Chain Reaction- Amplified   聚合酶链反应/ 扩 增的
PCR-ARMS   Polymerase Chain Reaction-Amplification Refractory Mutation System   聚合酶链反应/扩 增阻抗突变系统
PCR-ASP   Polymerase Chain Reaction-   聚合酶链反应/等 位基因
  Auele Specific Primers   特异性引物
PCR-ASRA   Polymerase Chain Reaction-Alleles-specific Restriction Enzyme Analysis   聚合酶链反应/等 位基因特异性限制 酶切分析
PCR-ASSAY   Polymerase Chain Reaction-Assay   聚合酶链反应/分 析
PCR-BASED   Polymerase Chain Reaction-Based   聚合酶链反应/基 础
PCR-CIRCUIT   Polymerase Chain Reaction-Circuit   聚合酶链反应/电 路
PCR-CLONING   Polymerase Chain Reaction-Cloning   聚合酶链反应/克 隆
PCR-COLORIMETRIC   Polymerase Chain Reaction-Colorimetric   聚合酶链反应/比 色
PCR-COUPLED   Polymerase Chain Reaction-Coupled   聚合酶链反应/偶合的
PCR-CR-CK   Polymerase Chain Reaction-Complete-Response-Creation Kinase   聚合酶链反应/完 全应答/激酶
PCR-CYCLES   Polymerase Chain Reaction-Cycles   聚合酶链反应/循 环
PCR-DERIVED   Polymerase Chain Reaction-Derived   聚合酶链反应/演 生
PCR-DETECTABLE   Polymerase Chain Reaction-Detectable   聚合酶链反应/检 测到的
PCR-DGGE   Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis   聚合酶链反应/变 性梯度胶电泳
PCR-DIAGNOSTICUM   Polymerase Chain Reaction-Diagnosticum  聚合酶链反应/诊 断试剂
PCR-DIRECT   Polymerase Chain Reaction-Direct   聚合酶链反应/导 向的
PCR-DRFLP   Polymerase Chain Reaction-Double-Restriction Fraginent Lengeh PolymorPhism   聚合酶链反应/双 限制片段长度多态 性
PCR-EB   Polymerase Chain Reaction-Ethidium Bromide Staining   聚合酶链反应/溴 化乙锭染色
PCR-EIA   Polymerase Chain Reaction-Enzyme Immunoassay   聚合酶链反应/酶 免试验
PCR-ELISA   Polymerase Chain Reaction-Enzyme-Linked- Immunosorbent Assay   聚合酶链反应/酶 联免疫吸附试验
PCR-ELISA-BASED   Polymerase Chain Reaction-Enzyme-Linked- Immunosorbent Assay Based   聚合酶链反应/酶 联免疫吸附试验基 础
PCR-ENZYME LINKED   Polymerase Chain Reaction-Enzyme-Linked   聚合酶链反应/酶 联的
PCR-F   Polymerase Chain Reaction-Fusion Protein   聚合酶链反应/融 合蛋白
PCR-G   Polymerase Chain Reaction-G Attachment  聚合酶链反应/G- 吸附
PCR-INITIATED   Polymerase Chain Reaction-Initiated   聚合酶链反应/激 发的
PCR-MEDIATED   Polymerase Chain Reaction-Mediated   聚合酶链反应/介 导的
PXR-MICROWEN   Polymerase Chain Reaction-Microwell   聚合酶链反应/微 孔
PCR-MPH   Polymerase Chain Reaction- Micnotiter Plate Hybridization   聚合酶链反应/微 滴定板杂交
PXR-NEGATIVE   Polymerase Chain Reaction-Negative   聚合酶链反应/阴 性的
PCR-POSITIVE   Polymerase Chain Reaction-Primer Introduced Restriction Analysis   聚合酶链反应/可 诱导引物限制性分 析
PCR-POSITIVE   Polymerase Chain Reaction-Dositive   聚合酶链反应/阳 性的
PXR-PRODUCT   Polymerase Chain Reaction-Product   聚合酶链反应/产 物
PCR-PRODUCT-   Polymerase Chain Reaction-   聚合酶链反应/产物长度
LENGTH   Product-Length   
PCR-RE   Polymerase Chain Reaction-Restriction Enzyme   聚合酶链反应/限 制酶
PCR-REACTIONS   Polymerase Chain Reaction-Reactions   聚合酶链反应/反 应物
PCR-RELATED   Polymerase Chain Reaction-Related   聚合酶链反应/相 关的
PCR-RESTRICTION   Polymerase Chain Reaction-Restriction   聚合酶链反应/限 制
PCR-RFLP   Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymor Phism   聚合酶链反应/限 制性片段长度多态 性
PCR-SINGLE   Polymerase Chain Reaction-Single   聚合酶链反应/单 链的
PCR-SINGLE-   Polymerase Chain Reaction-Single   聚合酶链反应/单 链
STRAND   Strand   
PCR-SSCP   Polymerase Chain Reaction-Single-Strand Conformation Polymorphism   聚合酶链反应/单 链构象多态性
PCR-SSO   Polymerase Chain Reaction-Single Strand Origin   聚合酶链反应/单 链来源的
PCR-SSOP   Polymerase Chain Reaction-Sequence-Specific Oligonudeotide Probe   聚合酶链反应/序 列特异性寡核苷酸 探针
PCR-SSP   Polymerase Chain Reaction-Sequence-Specific Primers   聚合酶链反应/序 列特异性引物
PCR-SYNTHESIZED   Polymerase Chain Reaction-Synthesized   聚合酶链反应/合 成的
PCR-SYSTEM   Polymerase Chain Reaction-System   聚合酶链反应/系 统
PCR-TECHIVIQUE   Polymerase Chain Reaction-Techiniqoue   聚合酶链反应/技 术
PCR-TIME   Polymerase Chain Reaction-Time   聚合酶链反应/时 间
PCR-TYPABLE   Polymerase Chain Reaction-Typable   聚合酶链反应/分 型
ANCHORED PCR   Anchored Polymerase Chain Reaction   锚定聚合酶链反 应
INVERSE PCR   Inverse Polymerase Chain Reaction   反向聚合酶链反 应
NESTED PCR   Nested Polymerase Chain Reaction   巢式聚合酶链反 应

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:47

17楼
课堂笔记!
聚合酶链式反应:
PCR是在DNA聚合酶、模板DNA、引物和4种dNTP存在的条件下进行的体外酶促DNA合成反应,是在体外特异性扩增位于两段已知序列之间的DNA区段的一种方法。
原理:
PCR反应是重复进行DNA复制的过程,需要重复进行DNA模板解链、引物与模板DNA结合、DNA聚合酶催化新生DNA的合成(引物延伸),这些过程都是通过控制温度来实现的,即通过改变温度引起变性、退火和延伸过程,使DNA得到复制。其基本过程为:
① 变性:加热至95℃左右,使DNA双螺旋的氢键断裂,形成单链DNA,作为反应的模板。
② 退火:将温度降至引物的Tm值左右或以下,引物与DNA模板互补区域结合,形成杂交链。
③ 延伸:反应体系温度升至70℃左右,Taq DNA聚合酶催化以引物为起始点的5'→3' DNA链延伸反应,形成新生DNA链。
以上三步为一个循环,每一循环的产物作为下一个循环的模板,如此循环30次,使介于引物之间DNA片段得到大量扩增。
理解:
1、PCR反应中DNA合成的特点
2、聚合酶链式反应
3、前几轮反应产物的分析
4、PCR产物积累的一般规律
三、PCR引物设计的基本原则
1、引物的序列
2、引物的长度
3、引物中碱基的分布
4、引物中 (G+C)%
5、引物的3'末端的序列
6、引物的5'末端的序列
7、引物中引入限制酶位点
四、模板核酸的制备
PCR的模板可以是DNA,也可以是RNA。核酸模板的取材主要依据PCR的扩增对象。
病原体标本:病毒、细菌、霉菌、螺旋体、立克次体、支原体等。
病理生理标本:细胞、血液、绒毛、羊水细胞、尿液、上皮细胞、体外培养细胞系。
法医学标本:血斑、精斑、毛发等。
还可从考古样品制备核酸模板。
用于PCR模板制备方法多种多样,标本处理的基本要求是除去杂质,并部分纯化标本中的核酸。
在制备RNA模板时,要注意防止RNA降解。可用TRIZOL试剂盒制备。
DNA模板的制备相对容易。多数样品需要经过SDS和蛋白酶K处理。难以破碎的细菌,可用溶菌酶加EDTA处理。所得到的粗制DNA,经酚、氯仿׃异戊醇抽提纯化,再用乙醇沉淀后用作PCR反应模板。

作者: 987789    时间: 2016-4-4 20:48

五、PCR的基本反应体系
1、PCR
50 mmol/L KCl
10 mmol/L Tris·HCl (pH8.3 at room temperature,)
1.5 mmol/L MgCl2
100 μg/ml bovine serum albumin (BSA)
2 primers,0.25 μmol/L of each (50 ~ 100 pmol per reaction )
4 dNTPs (dATP+dCTP+dGTP+dTTP),200μmol/L of each
template DNA 0.1 μg
Taq DNA polymerase 2.5 units
temperature parameters:
94℃, 30s,55℃, 30s,70~72℃, 30~60s,25 ~ 30 cycles.
2. reverse-transcription PCR (RT-PCR)
reverse transcription:
mRNA (1μg/μl) 10.0μl
Oligo(dT)12-18 (1μg/ml) 10.0μl
1 mol/L Tris-HCl (pH7.6) 2.5μl
1 mol/L KCl 3.5μl
250 mmol/L MgCl2 2.0μl
4 dNTPs mixture, 5 mmol/L of each 10.0μl
0.1 mol/L DTT 2.0μl
inhibitor of RNase 25.0 units
add ddH2O to a final volume of 48 μl
2μl MMLV-reverse transcriptase
incubate the mixture at 37℃ for 1 hour. Then, incubate at 95℃ for 5 min to inactivate reverse transcriptase.
Take 5μl of reaction product as template in a standard PCR reaction system.
六、PCR技术的扩展
(一)多重PCR
多重PCR(multiple PCR)是在一次反应中加入多对引物,同时扩增一份DNA样品中不同序列的PCR过程。由于每对引物扩增区位于模板DNA的不同部位,因而扩增片段长短不同,由此检测是否存在某些基因片段的缺失或突变。
杜氏肌营养不良症,抗肌萎缩蛋白基因
(二)筑巢PCR
筑巢PCR(nested-primer PCR)法先用一对外侧引物扩增含目的基因的大片段,再用内侧引物以大片段为模板扩增获取目的基因。筑巢PCR可以提高PCR的效率和特异性。
采用第一期PCR产物作为第二期反应的模板时,如果第二期PCR引物采用第一期反应的一条引物和互补于第一期扩增产物内的另一条引物(内侧引物),则成为半巢式PCR。半巢式PCR亦具有很强的特异性。
(三)二次PCR
二次PCR又称Boster PCR,是分二期进行的PCR,以第一次扩增的产物作为第二次扩增的模板。需要大量PCR产物时可采用此方法,不必每次都以原始模板进行PCR,这样可以节省模板。
(四)中断性PCR
中断性PCR(interrupted PCR),即半巢式PCR。
(五)共享引物PCR
共享引物PCR(shared primer PCR)是利用3条引物扩增两种不同的DNA序列,其中一条引物与两种待扩序列都互补,它与另两条引物分别组成两对PCR引物。
这种PCR方法常用于细菌学鉴定,确定同一种属细菌的不同种类。也可用于确定基因重排。
(六)不对称PCR
不对称PCR(asymmetric PCR)是将两条引物以不同的浓度(一般为50׃1~100׃1的比例)加入反应液中,其中低浓度引物通常为0.5~1.0 pmol/L。在PCR前10个循环中,主要生成双链DNA产物。在低浓度引物逐渐耗尽时,高浓度引物介导的PCR反应就会产生大量单链DNA,分离此扩增产物中单链DNA,利用原引物或扩增单链DNA序列内的引物直接测定序列。
(七)彩色PCR
彩色PCR(color complementation assay)又可直译为“着色互补性检测”。
不同的荧光物质可以发出不同的荧光色彩:
JOE(4',5'-dichloro-2',7'-dimethyoxy-6-carboxyfluorescein),绿色荧光
FAM(5'-carboxyfluorescein),绿色荧光
TAMRA(6-carboxylelra-methyl rhodamine)红色荧光
ROX(6-carboxy-x-rhodamine),红色荧光
COUM(7-amino-4-methylcoumarain-3-aceticacid),蓝色荧光
用不同的荧光物质标记PCR引物5'端,进行PCR扩增后的产物就含有不同色彩的染料,可发出不同颜色的荧光。用荧光激发灯观察电泳结果,可见到彩色产物, 并可彩色照相。
(八)反向PCR
反向PCR(inverted PCR)可以扩增已知序列两侧的未知序列。反向PCR亦可用于未知DNA片段的序列测定。用合适的限制酶将基因组DNA完全消化,然后用连接酶将未知序列两端连接成环状。利用单一限制酶原点切开已知序列,根据已知序列的碱基顺序设计3'端和5'端引物扩增未知序列。
(九)重组PCR
重组PCR是利用PCR技术进行DNA重组,可对DNA进行定位点突变、定位缺失,或进行两个DNA片段的重组连接。
1、用PCR方法进行DNA的定位点突变。
2、用PCR方法进行特定序列的缺失。

作者: 17685573913    时间: 2018-3-20 10:52

学习了!
作者: 17685573913    时间: 2018-3-20 10:52

学习了!
作者: yhtfyl    时间: 2023-2-24 07:39

感谢楼主分享,受教了




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