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标题: 【讨论帖】神奇的PCR:只有想不到,没有做不到! [打印本页]

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:28     标题: 【讨论帖】神奇的PCR:只有想不到,没有做不到!


曾经对PCR一无所知;之后不知所云;再则豁然开朗,并为之痴迷...经过一番苦战,终于实现了17重扩增检测SNP!时而为之兴奋!
但是,每次一想到要提取DNA就后怕,一则捞财害命;再则真担心被感染上什么东东。其实倒没那么可怕:)于是就梦想要是能不通过提取就能进行PCR扩增该有多好啊!梦想在课题结束中沉睡。后来,又把命搭在了从组织提取RNA上,要说提取DNA是后怕,那提取RNA呢简直就叫惨绝人寰。不时在骂:***是谁提出要这样干的?!日子就在恶梦中残喘。
有一天,当我看到12年前的两篇NAR文献时,我首先骂的是老板:没那能力招什么研究生,不是误人子弟吗!回头想想,也怪自己查文献不认真。
当我们必需花费很多很多宝贵的时间按照前人建立的方法一步一步提取时,当我们必须花很多可望而不可及的金钱去购买试剂盒时,我们的同僚却早早就实现了用血和组织直接进行PCR扩增。
我真的不明白为什么有那么多人,愿意花那么多钱,耗费那么多人力(虽然是免费的)去干那么多无意义的事?很值得我们深思......

作者: zbboom    时间: 2016-4-4 21:28

DNA的提取并非没有他的意义,第一细胞运输不方便,第二细胞只能传代保存,费用大,若提取DNA保存则经久耐用。而且我想应该后续实验也会相对简单。前一段我整天提DNA也没见的多么恐怖,呵呵,实验嘛,因地制宜最好,不过你的得到的文献还是比较感兴趣,发给我一份吧,谢谢。
作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:29


呵呵!当然不是用活的血细胞,所以不需要培养保存;而是采用干血或死组织,一则携带方便,二来嘛费用大大的减少!
No problem,I will send them to you.Good luck!

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:29


呵呵!当然不是用活的血细胞,所以不需要培养保存;而是采用干血或死组织,一则携带方便,二来嘛费用大大的减少!
No problem,I will send them to you.Good luck!

作者: vcve    时间: 2016-4-4 21:30


我昨天也正有这个想法。能不能不提DNA直接进行PCR呢?

作者: JK.jon    时间: 2016-4-4 21:30

请问直接用血液或组织扩增微卫星DNA序列,效果怎样?望赐教!
作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:31



QUOTE:
原帖由 JK.jon 于 2016-4-4 21:30 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请问直接用血液或组织扩增微卫星DNA序列,效果怎样?望赐教!

我认为没问题,我们已经实现了多重扩增法从全血直接检测SNP,由于文章还没发(BioTech),所以不便透露太多,请见谅!
作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:31


看到这么多勤奋的同学响应,我感到很欣慰!!!谢谢大家的支持!!!
发此贴的目的也主要是为了引起大家对该领域的关注及重视,同时也希望能通过这样的方式来促进交流,少走弯路。自私一点说是能保证毕业,从宏观的角度说,也是想通过大家齐心协力提高我们国家的科学研究水平,发展科学事业。
“把自己的经验告诉别人,你将获得两倍以上的经验”
个人观点

作者: 小蜜蜂    时间: 2016-4-4 21:32

非常赞同您的观点“把自己的经验告诉别人,你将获得两倍以上的经验”.希望能够分享您的成功经验
作者: 小蜜蜂    时间: 2016-4-4 21:32

我对你说的很感兴趣,这篇找不到 Biotechniques. 1993 Feb;14(2):238-43
作者: 987789    时间: 2016-4-4 21:33


Thank you very much for sending me the email with papers.
Your boss let you do the job. Did you get some results by the methods in the papers?
If you can give me some suggestions (your experience), I will be very grateful.
A good guy!!!!!!!!

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:34

补充:
Amplification of DNA from whole blood.
A method is described for the amplification by PCR of human chromosomal DNA sequences from whole blood samples. Various amounts of blood samples, with either EDTA, citrate, or heparin used as the anticoagulant, have been used to determine optimal PCR conditions for each type of sample. Up to 80% (vol/vol) of whole blood sample is tolerated in PCR with Taq polymerase. Amplification from whole blood requires the optimization of salt (K+ and Mg++) according to sample volume and type of anticoagulant used. Pretreatment of fresh blood samples to lyse the leukocytes is required for EDTA-treated blood samples and is beneficent in PCR with heparin- and citrate-treated blood samples to obtain maximal amplicon amounts. A satisfactory method of pretreating samples is freeze/thawing. In addition, EDTA-treated blood samples require a heat treatment before PCR for maximal amplicon synthesis. It appears that purification of the DNA is not necessary for any of the whole blood samples analyzed by PCR. Results of amplification reactions from unpurified hepatitis

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:34


FoLT PCR: a simple PCR protocol for amplifying DNA directly from whole blood.
FoLT (formamide low temperature) PCR is a protocol for amplifying DNA directly from whole blood without any preparative steps. Up to 10% (vol/vol) whole blood can be added directly into the tube containing the PCR mixture. There is no need for transfers, centrifugations, pre-boiling or any preparative step. It involves the use of formamide (18% vol/vol) as well as reduced incubation temperatures (cycles of 85 degrees, 40 degrees, 60 degrees C). The type of anticoagulant used was critical: sodium heparin or EDTA being superior to lithium or fluoride heparin. Our studies indicate that FoLT PCR probably works by reducing the amount of protein coagulation and allowing more DNA template to be accessible for amplification. The sensitivity of FoLT PCR is such that a single copy gene from 5.5 nucleated cells in 1 microliter of whole blood can be detected.

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:35


Various applications of direct PCR using blood samples.
Samples of blood or other animal fluids contain a variety of substances that inhibit the polymerase chain reaction (PCR), meaning that isolation of DNA, involving multiple labor-intensive steps, is generally necessary prior to PCR. We have developed a novel reagent cocktail that effectively suppresses these inhibitory substances. Using this reagent cocktail, DNA from various targets can be efficiently amplified directly from various forms of blood samples without DNA isolation. 1. DNA sequences within the beta-globin gene could be amplified directly from human blood samples treated with various anticoagulants. Either fresh blood or blood samples stored frozen for up to 4 years could be used for PCR. 2. DNA sequences of up to 2056 bp within the beta-globin gene could be amplified directly from human blood samples. 3. Human chromosomal and mitochondrial DNA from different individuals could be amplified directly from blood samples. 4. Low titers of hepatitis B virus could be amplified directly from human blood samples. 5. DNA could be amplified directly from various target sequences using dried blood in a PCR tube or on a filter paper. 6. Transgenes could be detected directly in blood samples from transgenic mice.
Blood and other animal fluids contain a variety of substances that inhibit the polymerase chain reaction (PCR), so that isolation of DNA is generally necessary prior to PCR. We have developed a novel reagent cocktail that effectively suppresses these inhibitory substances and makes DNA isolation from blood unnecessary for PCR. When this reagent was included in the PCR mixture, DNA fragments of the beta-globin gene could be efficiently amplified directly from human blood samples treated with various anticoagulants or PCR-inhibitory substances. We confirmed the usefulness of this cocktail by examining a large number of blood samples with various PCR primer sets. In addition to fresh blood, this method enabled PCR amplification from blood samples stored at 4 degrees C, -20 degrees C or -80 degrees C for a minimum of 1 year.

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:35


有哪位需要关于CYP2D6,多重PCR技术,SNP检测技术和芯片电泳方面的外文文献?本人愿意将多年来积累的资料免费提供给他(她)。
不求名不求利,只愿为我们中华民族的科学事业作出自己应有的贡献!

作者: join    时间: 2016-4-4 21:36

楼主真是一位热心人。
这些文章不错,但发表时间久了,请问楼主最近在不用提取DNA就直接做PCR方面有何进展?如能分享你在这方面的经验不胜感激。

作者: viviwang1987    时间: 2016-4-4 21:37


”有CYP2D6,多重PCR技术,SNP检测技术和芯片电泳方面的外文文献“真是太好了,多年来的积累不容易了,在PCR技术方面真是一位大虾了(尤其在直接PCR多重扩增方面)!你已经成功地用血直接扩增了17重PCR真不可思议呀!通过你的帖子看,你的老板从不看外文吧,自学成才吧,介绍介绍经验。
发些给我,mrna_pcr@yahoo.com.cn
我很重视经验的讨论,我对用血直接扩增很感兴趣,好像文献的方法不太行,你成功地用文献方法扩增17重,希望你给我介绍介绍你的秘密。
谢谢了!

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:37

要说“大虾”还真的称不上,我想你误会了,我做的17重扩增不是用血直接进行的,是将提取的基因组DNA经酶切等处理后的产物作为模板进行扩增的,至于直接用血扩还正在进行中。目前只能用四引物的方法直接从血液进行SNP的检测,效果很好!但文章待发,所以还不便透露太多,希望你和其他各位能理解!但请大家放心,我们所作的工作都是立足于文献的,发现文献中有缺陷,那就是我们的入口点!!!
不知你在进行哪方面的研究?文献太多,希望你能具体一点。
我看的文献基本上是外文的,很少看中文的,只有当我对新的研究领域感兴趣的时候,刚开始还是先看中文。我并不觉得中文文献没价值,相反。但是真正好的文献都是英文的我想大家也会赞同的,毕竟英文才是最为普及的。要让别人知道你所做的成果,至少得让他看懂吧,而有几个老外懂中文呢,我是这样理解的。

作者: kewanqi2011    时间: 2016-4-4 21:38


楼主太骇人听闻了吧,可不要吓唬小师弟、小师妹哟!其实普通病毒和细菌的DNA和RNA并不可怕,只要按操作规程操作就行。 绝对不会“捞财害命、后怕、惨绝人寰”。楼主是操作有问题还是实验条件不好呢?提取是最最基本的,如果这都惨绝人寰,我建议你好好复习分子生物学(注意只看中文,不看英文)或改行吧?从事我们这行的人离开了DNA和RNA不就失业了吗?
直接从血中提取DNA或从组织中提取RNA的课题,对分子生物学研究来说十分重要。 “同僚却早早就实现了用血和组织直接进行PCR扩增”,不知楼主是否重复过文献报道的方法,现在发展日新月异,你们还在重复12年前的文献呀?真不可思议。

作者: PCR    时间: 2016-4-4 21:39



QUOTE:
原帖由 kewanqi2011 于 2016-4-4 21:38 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

楼主太骇人听闻了吧,可不要吓唬小师弟、小师妹哟!其实普通病毒和细菌的DNA和RNA并不可怕,只要按操作规程操作就行。 绝对不会“捞财害命、后怕、惨绝人寰”。楼主是操作有问题还是实验条件不好呢?提取是最最基本的,如果这 ...

你好!
“楼主太骇人听闻了吧,可不要吓唬小师弟、小师妹哟!”出于能引起大家关注的目的,我的用词在一定程度上可能有些夸大,希望与你有同感的人见谅!但那的确是我的切身体会;
“其实普通病毒和细菌的DNA和RNA并不可怕,只要按操作规程操作就行”如果我们什么事都按照常规进行,我想我们都没必要做什么实验,那科学也就此终结了,你说呢?
“楼主是操作有问题还是实验条件不好呢?”我当然承认我仍然还存在很多问题,我也必须承认,毕竟我只是一个凡人,直到我生命结束的那一天,但如果我或者别人发现了我的问题,我会很开心,你呢?因为至少我有机会改进;实验条件我认为在国内还过得去,也就是说基本还能完成分子生物实验,与我见过的日本国家基因组实验室的确还存在差距,那就需要大家共同努力,努力,再努力啊!
“提取是最最基本的,如果这都惨绝人寰,我建议你好好复习分子生物学(注意只看中文,不看英文)或改行吧?”在电脑和网络出现之前,用手写书信是基本,但当大家觉得电子邮件方便快捷的时候,就喜欢上了她;当初发明网络的人可能没我的用词夸张:)你的建议很好!的确好久没看了,也变得生疏了,改行嘛现在还没考虑,因为我的PCR技术还没达到我所理想的境界;
“从事我们这行的人离开了DNA和RNA不就失业了吗?”说实话,还真不知道你是哪一行的,如果你离开了DNA和RNA就失业了的话,那还真让人感到同情:(
“不知楼主是否重复过文献报道的方法,现在发展日新月异,你们还在重复12年前的文献呀?真不可思议”我相信我肯定没有看过所有的文献,如果你有能否赐大家和我分享,我将不甚感激!准确的说,我们是在完善这一技术,如果我没记错的话,今年刚好是PCR技术发明20周年,20年过去了,尽管他还存在很多问题,而先后却有很多科学家为发展这一技术呕心沥血,我不敢和他们相提并论,但我认为我对此也作出了我应有的贡献(把这一技术介绍给了很多战友),虽然微不足道。
有不对的地方还请指出





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