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标题: 【求助】用sybr green好还是用TaqMan探针好? [打印本页]

作者: 挖挖挖 时间: 2016-4-7 15:58 标题: 【求助】用sybr green好还是用TaqMan探针好?

我们想用定量PCR同时检测5种细菌,但不知道用sybr green好还是用TaqMan探针好?有的人说用sybr green好，有的人说用TaqMan探针好。用TaqMan探针特异性高，但同时检测5种细菌是不是很难？用sybr green能结合所有的模板，而且引物二聚体的问题可以解决。到底哪一种好？请各位高手指点，急阿！

作者: 45778 时间: 2016-4-7 16:04

你搞反了, 用sybr green是不能同时测多种样品的，而且sybr green也不能解决二聚体的问题，TaqMan倒是可以。你要是有足够经费，当然用TaqMan好。同时测5种是胃口太大了点，不过有公司正在开发。

作者: 66+77 时间: 2016-4-7 16:05

你应该先将两种PCR实验弄弄熟，在引物设计和探针设计方面积累一点经验之后再决定。

作者: wanglaoshi 时间: 2016-4-7 16:05

这要根据片段的长度来定啊,如果片段比较短,(最好在80-200bp)就用sybr green,如果比较长用taqman probe,当然,片段短做realtime更准确

作者: xueyouzhang 时间: 2016-4-7 16:08

如果要同管同时检测5种
无论是用sybr green
还是用taqman
都有难度的
现在临床上用双检都有一定的难度。

作者: daod 时间: 2016-4-7 16:08

其实同时检测几种细菌是可以的，国外可以同时检测18中细菌，如果你留意一下，在NCBI上应该可以搜索到那篇文章，采用的技术就是sybr green，利用Melting curve区分何种细菌，我觉得只有sybr green可以做到这一点，同时检测5种细菌，用Taqman 探针几乎是不可能的，难度太大，而且对仪器的要求也高，至少5通道才行。我当时想做，可惜老板不支持，做科研还是很有意思的。不过用荧光PCR检测细菌意义不大，主要还得摇菌。现有的方法也不差，不知你的目的毕业论文还是其他。

作者: 挖挖挖 时间: 2016-4-7 16:25

十分感激各位的回答！我做的是毕业论文，其实我只要同时检测这5种细菌的数量变化，并不要求定性检测它们，因为这5种细菌已经知道存在了。所以还想问一下各位：用sybr green染料，还是用taqman呢？
ytht88,谢谢你详细的回答。你说的那篇文章我没找到，你能帮我找一下吗？谢谢！

作者: 45778 时间: 2016-4-7 16:25

一般用用sybr就可以了，若不需要同时一起检测的话就分开做还清爽些，但每次只能标记一种检测物质。多重标记在引物设计上难度较大，尤其是相互之间的干扰。目前世面上的定量PCR仪最多也只能同时检测四种（bio-rad和abi的高端机型可以装五种不同的滤光片但同时只能检测四种）。

作者: jude 时间: 2016-4-7 16:31

对多种细菌的检测,基本只有sybr green能做到
TaqMan花费太高,而且5种探针设计难度大

作者: 9900 时间: 2016-4-7 16:33

问题是sybr green的体系如何优化和实现还是比较麻烦的，特别是引物二聚体的干扰影响。如果你对realtimepcr还不是很熟悉的话，这样的结果非常难保证，可能的结果就是你花了大把时间和金钱最后得不到你要的结果，paper就无从谈起。

作者: xyw5 时间: 2016-4-7 16:34

sybr green 和TaqMan 探针对于定量PCR的应用原理是不一样的。sybr green 是结合在双链的产物上的，而TaqMan 探针是特异性的针对目的片段设计的带有荧光标记的互补单链序列。就特异性和准确性而言，sybr green 方法不如TaqMan 探针，我在以往的实验中看到的结果也是这样的。不过TaqMan 探针的造价比较高，每条目的片段都要合成一条探针，如果同时测还需要五种荧光基团都能检测到的定量PCR仪，估计不可行。我不太明白你所说的检测五种细菌是什么意思，五种质粒吧，需要定量检测这么精确吗，而且定量PCR对这种检测目的真的有意义吗？如果是检测细菌的量，可否有其他的和细菌功能相关的办法？

作者: mamamiya 时间: 2016-4-7 16:36

如果经费许可，我建议你用TaqMan探针

作者: DDD 时间: 2016-4-7 16:36

用sybr green 好,TaqMan探针价格高.只要你引物设计好,在一块板上分五孔同时检测可以达到你的要求,不过一定要有内标,否则不能定量.如果有引物二聚体干扰,可通过提高读板温度来消除,一般引物二聚体的Tm值<80度.

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