小中大刚刚找到的一半的答案如下：
激光共聚焦显微镜的作用主要是以下几个方面：
1 定量荧光测定 比如用于细胞骨架装配、细胞黏附行为、凋亡机制，离子通道装配等研究。
2 定量共聚焦图像分析 主要是对获得的光学切片进行分析，测定其生物学物理学特性的变化。
3三维重组分析生物结构 通过薄层光学切片，经计算机图像处理三维重建
4 动态观察生物结构 用合适的荧光探针标记
5 荧光光漂泊技术 研究生物膜的扩散 ，细胞间通讯等
6 荧光共振能量转移技术
7激光细胞显微外科
8 光活化技术
是否要confocal和免疫组化都做要取决于实验的具体检测指标和实验的目的，比如检测核因子等转录因子，静息状态时核因子kb存在于细胞浆，刺激时进入细胞核，这样用激光共聚焦的共定位技术就可以很清楚的指示出来，而免疫组化只能粗略的看出。
组织切片的自发荧光应该是限制了荧光标记技术在这一方面的应用，所以不做任何处理， 在荧光显微镜下都可以看到荧光，处理这样的情况一是选用不同的标记荧光尽量避开自发荧光，也有些去除自发荧光的措施，要具体情况具体使用了。
当然不排除有些文章纯粹为了confocal而confocal，其实能用简单的实验说明问题了就不要选用复杂的了，免疫组化的定位显示在发国外论文的时候还是很受重视的。
