吴云东，（1957年5月~ ），江苏溧阳人，理论有机化学家。
香港科技大学教授。1957年生于江苏溧阳。1981年毕业于兰州大学化学系，1986年获美国匹兹堡大学化学系博士学位，师从Kendall N. Houk 教授。
主要从事理论与计算有机化学的研究。提出Sharpless环氧化反应的机理，用理论方法解决过渡金属不对称催化机理及其立体化学；对钼-烷烯基催化物催化烯烃开环复分解聚合反应和炔烃复分解聚合反应的机理及立体化学进行了理论研究；在手性有机小分子催化，特别是脯氨酰胺衍生物催化的不对称直接Aldol反应方面，与他人合作提出Gong-Wu模型；提出了oxa-多肽概念，并设计合成出多种结构的oxa-多肽；指出在溶液中存在与老年痴呆症相关的淀粉样β-多肽单体的结构的可能性，并将其稳定性与淀粉样β-多肽聚集的速度相关起来；通过取代基对碳、硅和氧自由基中心的电荷和自旋的影响，导出诱导效应和自旋离域与自由基稳定性的定量关系。
