小中大这个情况我考虑可能是以下几个环节：
1）胰酶消化过度。我对293细胞用0.25%胰酶+0.01%EDTA消化30秒，最多60秒，细胞就可以吹下了，EDTA是保证细胞呈单个的关键。当然细胞要清洗去掉胰酶和EDTA，洗2次更好。你是老手，相信这个问题可能性较小。
2）挑克隆前细胞的状态。建议此前不要加药，等细胞贴壁后再加药。细胞不要融合。不要用力吹打。
3）800微克/毫升的G418浓度是有效浓度还是单纯的质量/体积比，如果按G418的纯度为70%的话也有560微克/毫升了。这是事先测定了还是参考其他细胞的浓度。严谨些应先测定。每个细胞差异很大。293是人的细胞，该浓度似乎大了。
4）血清质量。单个细胞生长的要求要高的多。进口的也不一定就好。
5）载体。我们发现过某些基因对于细胞生长是有影响的，有荧光但就是不长。最后换了载体。
以上原因不会都存在，供你参考。96孔板不是问题。实验的成功往往就在于细节的把握。祝你早日成功！
