小中大老师您好!
最近做WB遇到很多问题,想请老师帮忙解答:
我做小鼠小肠H2AX 17kd和Ku70+ku80,之前用10%的胶,觉得ku70和80的两条带距离太近,H2AX的带又很粗而且连成线,后来改用15%的胶做H2Ax,8%的胶做ku70+ku80。蛋白浓度4ug/ul,上样量8-12ul都试过。电泳60V 30min,100V 45min,转膜用半干转,18V 30min,转ku时也用过20V 45min。一抗都是abcam的,H2Ax 1:1000,ku 1:600(推荐1:300-1000),二抗1:1000,抗体都用1%BSA-TBST稀释。
我的问题是这样的:
1.用8%的胶后ku就没做出来,其他条件都没变,近两次H2Ax也没条带了,丽春红染是有带的,但70、80分子量处一直都不明显。抗体一般会重复用3-4次,可以前用过1个月还能出条带的,大约5cm2大小的膜敷1.5ml抗体。是重复用抗体的原因吗?可以用10%的胶做ku吗?
2.actin曝光出的条带都像方括号一样连在一起,而且中间泳道条带粗,两边细,因为目的蛋白条带也是两边泳道的细,以至于不能确定是真的连actin表达量都低了还是电泳的原因。这和电泳槽电压有关吗?而且开始跑时内槽会缓慢漏液,漏一段时间就停了,我需要中途暂停补加电泳液。条带连线我也怀疑过上样量的问题,但ku蛋白的条带很细,我怕上样少了ku的做不出来,如果不在同一块胶上跑又怕结果不可靠。
3.H2AX有的表达比actin强很多,条带连线,有的很弱,上样量怎么控制呢?
4.转膜条件可以吗?H2AX的膜7.5*3cm大小,ku的7.5*2cm,是不是这样的条件对于ku的效果不太好?
5.在浓缩胶中跑大概10min左右时就会有一些样的溴酚蓝从孔下边的角漏出来,漏到浓缩胶和分离胶的界限为止,速度很快,而且并不沿泳道往正下方漏,而是随意的方向,漏的孔和样也是随机的,但都漏过,随着样进入分离胶后,那些漏出来的溴酚蓝也跟着一起被压入分离胶了。因为目的蛋白是核蛋白,我用的是RIPA裂解液,每次提蛋白时都会有胶状的DNA,我已经尽可能少吸DNA了,但是不能完全避免。这些漏出来的会不会是DNA在作怪呢?浓缩胶我一般会凝3h的,应该能凝好啊
另外附上曝光的图片,第一张是actin的,第二张是ku的,最后是H2AX的,希望老师能帮忙解答!谢谢!
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1、8%的胶分离70-80效果要好于10%
2、重复3、4次,里面的BSA还没坏?
3、actin像括号是因为上样量太大,另外是转膜后抗体孵育不完全造成两边细
4、上样量控制的看预实验条带啊。。。
5、转膜我没用过恒压